# TARGET T0346 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 89.1856 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.027 0.231 0.460 0.005 0.046 0.020 0.030 0.001 0.175 0.004 0.002 2 P 0.047 0.010 0.828 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 3 Q 0.052 0.514 0.326 0.018 0.040 0.029 0.002 0.001 0.015 0.001 0.002 4 C 0.016 0.764 0.136 0.009 0.039 0.018 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 5 H 0.015 0.738 0.095 0.013 0.056 0.031 0.004 0.001 0.046 0.001 0.001 6 F 0.024 0.588 0.174 0.016 0.097 0.043 0.009 0.001 0.046 0.001 0.001 7 D 0.029 0.294 0.350 0.025 0.071 0.145 0.021 0.002 0.050 0.002 0.010 8 I 0.032 0.681 0.177 0.016 0.045 0.023 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 9 E 0.034 0.559 0.322 0.007 0.025 0.030 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 10 I 0.078 0.665 0.115 0.026 0.020 0.043 0.003 0.001 0.049 0.001 0.001 11 N 0.066 0.170 0.119 0.136 0.070 0.079 0.284 0.009 0.058 0.007 0.001 12 R 0.071 0.157 0.186 0.160 0.132 0.037 0.134 0.076 0.016 0.028 0.003 13 E 0.016 0.483 0.349 0.001 0.037 0.008 0.004 0.001 0.100 0.001 0.001 14 P 0.237 0.005 0.561 0.007 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 15 V 0.080 0.314 0.259 0.220 0.061 0.024 0.018 0.002 0.019 0.001 0.002 16 G 0.005 0.011 0.025 0.005 0.239 0.001 0.015 0.220 0.001 0.479 0.001 17 R 0.009 0.354 0.482 0.020 0.088 0.030 0.003 0.001 0.010 0.001 0.006 18 I 0.001 0.794 0.168 0.001 0.015 0.012 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 19 M 0.002 0.866 0.090 0.001 0.009 0.018 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 20 F 0.001 0.788 0.166 0.001 0.013 0.019 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 21 Q 0.002 0.701 0.118 0.001 0.011 0.057 0.001 0.001 0.109 0.001 0.001 22 L 0.053 0.321 0.506 0.010 0.004 0.085 0.001 0.001 0.018 0.001 0.002 23 F 0.034 0.291 0.369 0.018 0.075 0.105 0.012 0.001 0.090 0.004 0.001 24 S 0.773 0.013 0.097 0.059 0.018 0.009 0.008 0.005 0.001 0.016 0.001 25 D 0.605 0.023 0.039 0.265 0.013 0.021 0.020 0.005 0.008 0.001 0.001 26 I 0.564 0.052 0.072 0.292 0.004 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 27 C 0.535 0.064 0.201 0.005 0.022 0.007 0.017 0.006 0.098 0.045 0.001 28 P 0.846 0.001 0.087 0.009 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 29 K 0.945 0.005 0.011 0.023 0.002 0.004 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 30 T 0.924 0.010 0.010 0.047 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 C 0.978 0.004 0.003 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 K 0.979 0.003 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 N 0.941 0.002 0.002 0.049 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 F 0.975 0.003 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 L 0.981 0.005 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 C 0.981 0.004 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 L 0.907 0.003 0.007 0.079 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 C 0.663 0.075 0.085 0.135 0.007 0.017 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 39 S 0.255 0.064 0.076 0.565 0.013 0.008 0.007 0.002 0.006 0.003 0.001 40 G 0.069 0.012 0.075 0.044 0.062 0.002 0.086 0.393 0.004 0.253 0.001 41 E 0.322 0.108 0.301 0.114 0.029 0.048 0.035 0.012 0.015 0.009 0.005 42 K 0.207 0.168 0.316 0.214 0.028 0.022 0.021 0.003 0.018 0.003 0.001 43 G 0.080 0.031 0.157 0.041 0.144 0.014 0.087 0.244 0.007 0.195 0.002 44 L 0.199 0.273 0.254 0.199 0.030 0.017 0.005 0.001 0.019 0.001 0.002 45 G 0.116 0.117 0.232 0.054 0.179 0.019 0.043 0.082 0.013 0.143 0.001 46 K 0.247 0.202 0.359 0.095 0.040 0.029 0.007 0.004 0.012 0.004 0.001 47 T 0.304 0.230 0.195 0.138 0.038 0.029 0.018 0.010 0.031 0.007 0.001 48 T 0.181 0.137 0.257 0.268 0.034 0.015 0.067 0.004 0.030 0.006 0.001 49 G 0.039 0.004 0.052 0.039 0.024 0.005 0.132 0.574 0.002 0.129 0.001 50 K 0.097 0.257 0.481 0.063 0.032 0.026 0.010 0.004 0.025 0.004 0.001 51 K 0.099 0.181 0.536 0.038 0.028 0.045 0.029 0.007 0.029 0.005 0.003 52 L 0.114 0.266 0.422 0.087 0.029 0.053 0.011 0.003 0.013 0.001 0.001 53 C 0.106 0.389 0.228 0.068 0.140 0.023 0.013 0.008 0.017 0.009 0.001 54 Y 0.111 0.495 0.180 0.055 0.070 0.033 0.009 0.003 0.040 0.004 0.001 55 K 0.086 0.118 0.532 0.097 0.016 0.040 0.073 0.002 0.031 0.003 0.001 56 G 0.017 0.003 0.025 0.025 0.024 0.003 0.150 0.704 0.001 0.048 0.001 57 S 0.041 0.242 0.632 0.016 0.039 0.016 0.002 0.001 0.008 0.002 0.001 58 T 0.178 0.394 0.329 0.036 0.021 0.024 0.004 0.002 0.010 0.002 0.001 59 F 0.217 0.445 0.195 0.033 0.052 0.032 0.004 0.001 0.018 0.002 0.001 60 H 0.304 0.423 0.105 0.068 0.055 0.019 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 61 R 0.176 0.408 0.203 0.018 0.076 0.068 0.020 0.002 0.029 0.001 0.001 62 V 0.161 0.497 0.232 0.021 0.012 0.047 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 63 V 0.124 0.441 0.239 0.025 0.009 0.055 0.003 0.001 0.103 0.001 0.001 64 K 0.443 0.058 0.390 0.051 0.011 0.019 0.013 0.003 0.004 0.007 0.001 65 N 0.098 0.053 0.034 0.183 0.089 0.018 0.417 0.089 0.013 0.005 0.001 66 F 0.093 0.415 0.212 0.091 0.125 0.019 0.016 0.006 0.015 0.006 0.001 67 M 0.041 0.674 0.162 0.015 0.043 0.026 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 68 I 0.062 0.414 0.351 0.021 0.028 0.085 0.006 0.001 0.029 0.002 0.001 69 Q 0.071 0.425 0.173 0.100 0.031 0.067 0.018 0.001 0.111 0.001 0.001 70 G 0.063 0.084 0.143 0.073 0.290 0.014 0.081 0.079 0.010 0.161 0.002 71 G 0.069 0.067 0.144 0.047 0.283 0.010 0.026 0.126 0.007 0.219 0.003 72 D 0.054 0.152 0.412 0.064 0.082 0.119 0.025 0.004 0.072 0.008 0.008 73 F 0.467 0.068 0.163 0.157 0.032 0.045 0.029 0.010 0.015 0.006 0.007 74 S 0.358 0.136 0.124 0.295 0.037 0.019 0.008 0.007 0.010 0.006 0.001 75 E 0.182 0.102 0.173 0.301 0.079 0.018 0.068 0.030 0.031 0.016 0.001 76 G 0.098 0.024 0.069 0.078 0.075 0.006 0.102 0.301 0.005 0.241 0.001 77 N 0.099 0.036 0.152 0.257 0.030 0.043 0.312 0.028 0.027 0.014 0.002 78 G 0.134 0.041 0.186 0.098 0.084 0.010 0.083 0.235 0.003 0.123 0.003 79 K 0.207 0.176 0.216 0.291 0.038 0.018 0.025 0.005 0.018 0.006 0.001 80 G 0.028 0.010 0.086 0.032 0.094 0.002 0.091 0.251 0.002 0.405 0.001 81 G 0.124 0.044 0.248 0.058 0.149 0.010 0.038 0.189 0.003 0.132 0.005 82 E 0.179 0.293 0.277 0.138 0.073 0.014 0.005 0.003 0.012 0.004 0.001 83 S 0.115 0.286 0.346 0.041 0.154 0.023 0.007 0.005 0.011 0.009 0.001 84 I 0.262 0.331 0.181 0.140 0.034 0.027 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 85 Y 0.134 0.218 0.196 0.220 0.096 0.030 0.047 0.007 0.045 0.007 0.001 86 G 0.076 0.043 0.159 0.049 0.177 0.005 0.084 0.196 0.006 0.204 0.001 87 G 0.175 0.085 0.288 0.057 0.155 0.007 0.021 0.105 0.004 0.101 0.002 88 Y 0.199 0.326 0.267 0.081 0.056 0.025 0.014 0.005 0.018 0.006 0.001 89 F 0.143 0.230 0.395 0.045 0.044 0.065 0.024 0.004 0.038 0.009 0.001 90 K 0.438 0.116 0.195 0.109 0.039 0.041 0.028 0.005 0.020 0.006 0.002 91 D 0.463 0.077 0.129 0.166 0.055 0.026 0.037 0.018 0.018 0.008 0.003 92 E 0.546 0.123 0.118 0.156 0.021 0.012 0.008 0.004 0.009 0.002 0.001 93 N 0.296 0.098 0.136 0.219 0.028 0.049 0.126 0.009 0.035 0.004 0.001 94 F 0.275 0.117 0.164 0.193 0.048 0.050 0.101 0.016 0.029 0.006 0.001 95 I 0.371 0.264 0.178 0.089 0.020 0.032 0.014 0.002 0.028 0.001 0.001 96 L 0.220 0.176 0.484 0.025 0.012 0.045 0.008 0.001 0.027 0.001 0.002 97 K 0.372 0.115 0.336 0.078 0.011 0.052 0.013 0.003 0.015 0.001 0.003 98 H 0.267 0.146 0.206 0.159 0.065 0.054 0.051 0.009 0.033 0.009 0.001 99 D 0.280 0.088 0.114 0.336 0.033 0.045 0.058 0.013 0.025 0.006 0.001 100 R 0.193 0.276 0.247 0.076 0.117 0.020 0.028 0.007 0.026 0.009 0.001 101 A 0.282 0.111 0.397 0.112 0.029 0.026 0.016 0.010 0.006 0.005 0.006 102 F 0.077 0.444 0.181 0.029 0.218 0.013 0.011 0.006 0.017 0.004 0.001 103 L 0.071 0.657 0.185 0.008 0.028 0.031 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 104 L 0.110 0.639 0.145 0.016 0.028 0.036 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 105 S 0.103 0.571 0.153 0.023 0.088 0.031 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 106 M 0.221 0.329 0.188 0.045 0.087 0.050 0.024 0.004 0.048 0.003 0.001 107 A 0.384 0.196 0.240 0.073 0.046 0.030 0.011 0.002 0.011 0.006 0.001 108 N 0.264 0.132 0.126 0.249 0.061 0.061 0.066 0.008 0.028 0.004 0.001 109 R 0.119 0.116 0.180 0.430 0.049 0.018 0.053 0.012 0.020 0.003 0.001 110 G 0.036 0.039 0.169 0.012 0.166 0.003 0.040 0.170 0.010 0.354 0.001 111 K 0.376 0.096 0.289 0.137 0.036 0.025 0.009 0.006 0.004 0.011 0.011 112 H 0.052 0.110 0.194 0.207 0.042 0.139 0.170 0.012 0.068 0.004 0.001 113 T 0.152 0.341 0.210 0.129 0.104 0.023 0.009 0.009 0.015 0.008 0.001 114 N 0.169 0.105 0.080 0.325 0.066 0.034 0.143 0.020 0.049 0.007 0.001 115 G 0.088 0.072 0.228 0.085 0.236 0.005 0.018 0.127 0.003 0.137 0.001 116 S 0.106 0.345 0.235 0.057 0.203 0.018 0.010 0.009 0.008 0.008 0.001 117 Q 0.070 0.533 0.165 0.082 0.083 0.028 0.010 0.002 0.025 0.003 0.001 118 F 0.015 0.701 0.095 0.007 0.150 0.012 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 119 F 0.013 0.754 0.149 0.003 0.029 0.022 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 120 I 0.021 0.776 0.128 0.005 0.017 0.029 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 121 T 0.024 0.620 0.155 0.019 0.097 0.056 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 122 T 0.096 0.372 0.167 0.202 0.047 0.041 0.009 0.001 0.060 0.003 0.001 123 K 0.013 0.401 0.323 0.001 0.128 0.012 0.023 0.001 0.094 0.003 0.001 124 P 0.131 0.003 0.510 0.014 0.001 0.116 0.001 0.001 0.002 0.001 0.222 125 A 0.033 0.288 0.485 0.005 0.075 0.015 0.011 0.002 0.081 0.002 0.003 126 P 0.274 0.009 0.657 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 127 H 0.204 0.063 0.188 0.423 0.018 0.027 0.019 0.019 0.036 0.001 0.001 128 L 0.107 0.207 0.400 0.104 0.013 0.117 0.007 0.001 0.042 0.001 0.001 129 D 0.038 0.062 0.182 0.304 0.019 0.051 0.279 0.005 0.052 0.006 0.001 130 G 0.018 0.002 0.013 0.017 0.023 0.001 0.061 0.748 0.001 0.117 0.001 131 V 0.138 0.479 0.263 0.053 0.044 0.010 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 132 H 0.029 0.370 0.451 0.028 0.026 0.054 0.008 0.001 0.030 0.001 0.001 133 V 0.015 0.615 0.296 0.005 0.021 0.032 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 134 V 0.021 0.788 0.122 0.005 0.030 0.021 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 135 F 0.016 0.742 0.079 0.035 0.074 0.024 0.007 0.001 0.021 0.001 0.001 136 G 0.006 0.182 0.086 0.002 0.688 0.002 0.006 0.011 0.003 0.013 0.001 137 L 0.010 0.724 0.206 0.002 0.029 0.018 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 138 V 0.010 0.102 0.774 0.001 0.001 0.106 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 139 I 0.825 0.011 0.006 0.153 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 S 0.060 0.361 0.062 0.091 0.394 0.002 0.021 0.001 0.005 0.003 0.001 141 G 0.071 0.016 0.024 0.008 0.098 0.001 0.022 0.320 0.002 0.438 0.001 142 F 0.827 0.027 0.097 0.011 0.016 0.007 0.001 0.004 0.003 0.006 0.001 143 E 0.978 0.002 0.005 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 V 0.993 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 Q 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 I 0.922 0.001 0.001 0.076 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 E 0.957 0.003 0.022 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 N 0.295 0.001 0.008 0.655 0.001 0.008 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 151 L 0.063 0.110 0.602 0.141 0.005 0.045 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 152 K 0.098 0.128 0.215 0.107 0.039 0.176 0.177 0.008 0.042 0.009 0.001 153 T 0.130 0.434 0.180 0.144 0.062 0.020 0.003 0.003 0.020 0.004 0.001 154 D 0.129 0.131 0.296 0.142 0.065 0.103 0.044 0.010 0.071 0.008 0.001 155 A 0.394 0.060 0.105 0.354 0.015 0.026 0.018 0.010 0.015 0.003 0.001 156 A 0.292 0.042 0.098 0.379 0.019 0.014 0.094 0.039 0.008 0.015 0.001 157 S 0.130 0.058 0.224 0.303 0.031 0.041 0.121 0.059 0.020 0.011 0.001 158 R 0.012 0.448 0.371 0.002 0.014 0.014 0.007 0.001 0.131 0.001 0.001 159 P 0.043 0.007 0.907 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 160 Y 0.132 0.318 0.302 0.113 0.048 0.051 0.006 0.004 0.024 0.001 0.001 161 A 0.041 0.521 0.239 0.015 0.143 0.007 0.007 0.001 0.022 0.004 0.001 162 D 0.035 0.142 0.564 0.070 0.009 0.143 0.010 0.001 0.022 0.001 0.005 163 V 0.002 0.693 0.220 0.002 0.050 0.013 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 164 R 0.002 0.686 0.261 0.001 0.005 0.031 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 165 V 0.003 0.309 0.575 0.001 0.001 0.098 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 166 I 0.304 0.398 0.044 0.172 0.048 0.015 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 167 D 0.008 0.406 0.202 0.010 0.292 0.043 0.014 0.001 0.022 0.001 0.001 168 C 0.191 0.512 0.113 0.089 0.062 0.012 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 169 G 0.262 0.112 0.077 0.052 0.239 0.008 0.034 0.084 0.011 0.122 0.001 170 V 0.190 0.487 0.151 0.086 0.043 0.020 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 171 L 0.197 0.255 0.343 0.065 0.015 0.075 0.009 0.001 0.037 0.002 0.001 172 A 0.466 0.151 0.202 0.065 0.042 0.030 0.022 0.003 0.011 0.008 0.001