# TARGET T0346 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1396 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.084 0.291 0.125 0.024 0.249 0.017 0.029 0.053 0.055 0.044 0.030 2 P 0.177 0.175 0.058 0.010 0.341 0.007 0.013 0.049 0.057 0.062 0.051 3 Q 0.168 0.190 0.032 0.005 0.452 0.007 0.019 0.041 0.031 0.025 0.029 4 C 0.228 0.108 0.013 0.002 0.582 0.002 0.004 0.017 0.006 0.009 0.029 5 H 0.248 0.083 0.017 0.007 0.534 0.007 0.014 0.029 0.008 0.016 0.038 6 F 0.243 0.139 0.029 0.014 0.488 0.008 0.006 0.014 0.006 0.013 0.040 7 D 0.249 0.125 0.022 0.012 0.406 0.017 0.037 0.037 0.012 0.022 0.060 8 I 0.232 0.149 0.016 0.003 0.524 0.004 0.007 0.016 0.007 0.013 0.030 9 E 0.332 0.053 0.005 0.002 0.530 0.004 0.012 0.022 0.004 0.003 0.032 10 I 0.230 0.047 0.015 0.045 0.200 0.202 0.103 0.035 0.013 0.040 0.070 11 N 0.066 0.238 0.071 0.146 0.205 0.078 0.068 0.039 0.021 0.034 0.032 12 R 0.091 0.025 0.011 0.034 0.036 0.027 0.021 0.021 0.086 0.485 0.162 13 E 0.009 0.357 0.514 0.043 0.064 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 14 P 0.157 0.155 0.081 0.048 0.163 0.050 0.080 0.092 0.057 0.047 0.070 15 V 0.025 0.063 0.082 0.121 0.037 0.163 0.276 0.073 0.079 0.061 0.020 16 G 0.032 0.141 0.175 0.273 0.071 0.061 0.021 0.032 0.038 0.121 0.037 17 R 0.305 0.116 0.011 0.001 0.522 0.001 0.003 0.005 0.005 0.008 0.021 18 I 0.273 0.106 0.006 0.001 0.587 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 19 M 0.290 0.043 0.004 0.003 0.595 0.008 0.008 0.005 0.002 0.003 0.040 20 F 0.369 0.068 0.006 0.002 0.486 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.052 21 Q 0.243 0.122 0.018 0.002 0.568 0.001 0.002 0.006 0.003 0.003 0.032 22 L 0.272 0.136 0.037 0.007 0.371 0.012 0.013 0.021 0.012 0.029 0.089 23 F 0.127 0.256 0.084 0.053 0.261 0.012 0.016 0.043 0.052 0.038 0.057 24 S 0.018 0.044 0.020 0.021 0.037 0.021 0.034 0.285 0.446 0.061 0.013 25 D 0.012 0.015 0.011 0.009 0.018 0.018 0.174 0.378 0.248 0.105 0.013 26 I 0.030 0.078 0.047 0.024 0.047 0.021 0.104 0.203 0.127 0.294 0.024 27 C 0.019 0.465 0.318 0.031 0.066 0.008 0.007 0.048 0.014 0.013 0.012 28 P 0.019 0.168 0.083 0.015 0.079 0.020 0.016 0.400 0.161 0.025 0.013 29 K 0.011 0.007 0.007 0.001 0.016 0.002 0.014 0.735 0.159 0.031 0.017 30 T 0.002 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.007 0.755 0.158 0.060 0.003 31 C 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.857 0.121 0.007 0.001 32 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.917 0.058 0.002 0.001 33 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.896 0.074 0.017 0.001 34 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.860 0.133 0.004 0.001 35 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.864 0.127 0.001 0.001 36 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.895 0.072 0.002 0.001 37 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.076 0.799 0.085 0.029 0.001 38 C 0.023 0.022 0.005 0.003 0.030 0.006 0.044 0.547 0.164 0.133 0.023 39 S 0.009 0.083 0.062 0.049 0.026 0.060 0.127 0.414 0.099 0.064 0.006 40 G 0.026 0.198 0.185 0.068 0.077 0.037 0.062 0.117 0.056 0.141 0.033 41 E 0.063 0.068 0.062 0.063 0.056 0.051 0.075 0.162 0.121 0.198 0.080 42 K 0.067 0.210 0.098 0.051 0.138 0.036 0.064 0.117 0.074 0.095 0.049 43 G 0.047 0.146 0.079 0.084 0.112 0.070 0.061 0.119 0.085 0.151 0.046 44 L 0.084 0.128 0.134 0.054 0.120 0.031 0.035 0.067 0.062 0.210 0.074 45 G 0.060 0.232 0.184 0.062 0.156 0.024 0.030 0.077 0.053 0.086 0.036 46 K 0.057 0.134 0.137 0.073 0.104 0.037 0.050 0.173 0.105 0.089 0.042 47 T 0.037 0.060 0.099 0.091 0.047 0.093 0.119 0.195 0.120 0.114 0.024 48 T 0.028 0.211 0.103 0.091 0.074 0.070 0.127 0.128 0.070 0.081 0.019 49 G 0.050 0.030 0.033 0.068 0.045 0.037 0.030 0.053 0.082 0.433 0.140 50 K 0.053 0.269 0.243 0.120 0.116 0.036 0.032 0.041 0.032 0.035 0.025 51 K 0.114 0.138 0.079 0.076 0.167 0.048 0.057 0.066 0.063 0.097 0.094 52 L 0.118 0.135 0.096 0.045 0.172 0.023 0.053 0.086 0.109 0.113 0.051 53 C 0.174 0.138 0.076 0.040 0.204 0.028 0.040 0.069 0.048 0.108 0.076 54 Y 0.082 0.125 0.179 0.186 0.107 0.070 0.021 0.045 0.033 0.095 0.058 55 K 0.008 0.038 0.028 0.112 0.017 0.211 0.353 0.124 0.065 0.039 0.006 56 G 0.045 0.023 0.028 0.051 0.032 0.010 0.008 0.029 0.062 0.535 0.177 57 S 0.093 0.352 0.083 0.009 0.339 0.005 0.008 0.034 0.036 0.024 0.017 58 T 0.232 0.085 0.025 0.013 0.282 0.020 0.052 0.113 0.065 0.045 0.068 59 F 0.214 0.105 0.021 0.021 0.294 0.011 0.024 0.072 0.056 0.096 0.087 60 H 0.172 0.149 0.032 0.021 0.332 0.024 0.032 0.057 0.054 0.077 0.050 61 R 0.211 0.156 0.039 0.005 0.393 0.005 0.017 0.058 0.036 0.028 0.052 62 V 0.247 0.114 0.021 0.016 0.222 0.020 0.028 0.033 0.033 0.131 0.135 63 V 0.068 0.248 0.286 0.168 0.132 0.016 0.008 0.015 0.010 0.019 0.030 64 K 0.004 0.019 0.022 0.100 0.007 0.275 0.355 0.129 0.070 0.017 0.003 65 N 0.060 0.048 0.049 0.071 0.063 0.012 0.021 0.074 0.129 0.339 0.134 66 F 0.151 0.166 0.032 0.020 0.302 0.014 0.019 0.054 0.052 0.114 0.076 67 M 0.156 0.145 0.029 0.008 0.483 0.009 0.030 0.041 0.025 0.039 0.035 68 I 0.329 0.110 0.039 0.011 0.353 0.007 0.010 0.015 0.013 0.031 0.081 69 Q 0.127 0.127 0.071 0.094 0.178 0.067 0.066 0.053 0.041 0.092 0.086 70 G 0.055 0.174 0.142 0.098 0.129 0.035 0.039 0.061 0.070 0.139 0.059 71 G 0.056 0.157 0.120 0.126 0.114 0.062 0.053 0.046 0.067 0.135 0.064 72 D 0.104 0.217 0.140 0.035 0.259 0.019 0.028 0.049 0.050 0.050 0.047 73 F 0.107 0.077 0.033 0.015 0.099 0.013 0.033 0.124 0.197 0.225 0.078 74 S 0.032 0.211 0.161 0.084 0.096 0.054 0.120 0.091 0.055 0.076 0.019 75 E 0.049 0.125 0.133 0.150 0.082 0.067 0.037 0.057 0.052 0.171 0.077 76 G 0.042 0.131 0.163 0.149 0.072 0.059 0.066 0.079 0.074 0.124 0.042 77 N 0.049 0.126 0.139 0.103 0.078 0.062 0.063 0.071 0.057 0.192 0.060 78 G 0.046 0.121 0.137 0.120 0.080 0.054 0.053 0.088 0.080 0.159 0.062 79 K 0.044 0.143 0.151 0.130 0.085 0.077 0.082 0.070 0.053 0.120 0.045 80 G 0.044 0.096 0.170 0.159 0.083 0.050 0.035 0.073 0.065 0.158 0.070 81 G 0.090 0.141 0.080 0.031 0.159 0.025 0.035 0.124 0.129 0.135 0.051 82 E 0.084 0.166 0.110 0.039 0.162 0.019 0.035 0.115 0.117 0.105 0.049 83 S 0.098 0.166 0.075 0.015 0.214 0.013 0.034 0.134 0.105 0.102 0.045 84 I 0.099 0.067 0.030 0.020 0.126 0.039 0.098 0.227 0.118 0.133 0.045 85 Y 0.051 0.157 0.091 0.073 0.109 0.042 0.061 0.140 0.079 0.154 0.043 86 G 0.047 0.121 0.135 0.146 0.084 0.051 0.038 0.120 0.091 0.120 0.048 87 G 0.066 0.171 0.115 0.034 0.119 0.020 0.044 0.187 0.125 0.080 0.038 88 Y 0.076 0.212 0.133 0.024 0.136 0.013 0.036 0.150 0.081 0.091 0.047 89 F 0.058 0.289 0.181 0.034 0.130 0.016 0.022 0.100 0.060 0.076 0.034 90 K 0.044 0.236 0.106 0.029 0.108 0.025 0.045 0.186 0.135 0.063 0.024 91 D 0.044 0.089 0.051 0.015 0.078 0.013 0.044 0.318 0.230 0.093 0.025 92 E 0.033 0.088 0.039 0.021 0.059 0.048 0.135 0.273 0.160 0.121 0.024 93 N 0.106 0.138 0.057 0.029 0.170 0.017 0.026 0.101 0.089 0.181 0.085 94 F 0.093 0.090 0.049 0.030 0.117 0.020 0.028 0.168 0.175 0.151 0.078 95 I 0.056 0.141 0.079 0.033 0.129 0.023 0.050 0.180 0.138 0.132 0.040 96 L 0.107 0.164 0.062 0.017 0.202 0.010 0.024 0.155 0.121 0.092 0.045 97 K 0.063 0.078 0.033 0.022 0.106 0.046 0.141 0.243 0.149 0.087 0.032 98 H 0.151 0.072 0.030 0.024 0.186 0.020 0.033 0.121 0.104 0.174 0.085 99 D 0.099 0.099 0.068 0.066 0.128 0.048 0.060 0.108 0.086 0.196 0.043 100 R 0.045 0.195 0.192 0.125 0.112 0.047 0.059 0.101 0.042 0.063 0.019 101 A 0.089 0.087 0.034 0.036 0.076 0.027 0.066 0.213 0.118 0.161 0.092 102 F 0.033 0.244 0.226 0.130 0.107 0.028 0.018 0.109 0.034 0.055 0.018 103 L 0.258 0.084 0.015 0.004 0.336 0.005 0.013 0.195 0.034 0.018 0.038 104 L 0.287 0.049 0.014 0.017 0.273 0.038 0.028 0.200 0.032 0.014 0.046 105 S 0.130 0.159 0.051 0.021 0.316 0.014 0.013 0.197 0.039 0.026 0.035 106 M 0.158 0.100 0.028 0.010 0.226 0.008 0.016 0.239 0.094 0.069 0.051 107 A 0.085 0.152 0.056 0.029 0.117 0.028 0.075 0.240 0.133 0.052 0.034 108 N 0.114 0.130 0.039 0.021 0.189 0.030 0.120 0.174 0.066 0.069 0.049 109 R 0.072 0.267 0.148 0.109 0.132 0.025 0.029 0.033 0.031 0.106 0.049 110 G 0.042 0.153 0.283 0.241 0.070 0.062 0.025 0.028 0.017 0.043 0.034 111 K 0.062 0.179 0.047 0.029 0.124 0.055 0.093 0.168 0.116 0.081 0.046 112 H 0.144 0.099 0.090 0.036 0.137 0.022 0.025 0.044 0.064 0.221 0.118 113 T 0.074 0.110 0.106 0.068 0.107 0.066 0.075 0.129 0.122 0.097 0.046 114 N 0.056 0.151 0.139 0.100 0.109 0.064 0.075 0.069 0.062 0.133 0.043 115 G 0.055 0.160 0.117 0.104 0.099 0.033 0.027 0.041 0.059 0.223 0.082 116 S 0.221 0.157 0.024 0.004 0.503 0.003 0.006 0.012 0.013 0.027 0.031 117 Q 0.255 0.114 0.018 0.020 0.441 0.028 0.027 0.018 0.015 0.022 0.043 118 F 0.272 0.073 0.008 0.002 0.588 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.044 119 F 0.219 0.129 0.014 0.004 0.588 0.004 0.003 0.006 0.002 0.004 0.026 120 I 0.224 0.113 0.014 0.001 0.593 0.002 0.003 0.005 0.003 0.007 0.036 121 T 0.329 0.087 0.014 0.003 0.474 0.003 0.005 0.007 0.004 0.013 0.062 122 T 0.175 0.111 0.041 0.037 0.200 0.023 0.026 0.037 0.062 0.190 0.099 123 K 0.029 0.391 0.312 0.040 0.160 0.012 0.015 0.016 0.011 0.008 0.005 124 P 0.159 0.152 0.047 0.018 0.199 0.024 0.033 0.035 0.068 0.147 0.118 125 A 0.095 0.297 0.119 0.013 0.391 0.004 0.006 0.012 0.020 0.017 0.026 126 P 0.051 0.113 0.039 0.019 0.122 0.026 0.068 0.230 0.249 0.061 0.022 127 H 0.115 0.077 0.037 0.011 0.098 0.024 0.100 0.191 0.127 0.161 0.059 128 L 0.067 0.053 0.049 0.108 0.063 0.107 0.061 0.107 0.107 0.193 0.085 129 D 0.009 0.112 0.166 0.354 0.030 0.086 0.122 0.062 0.035 0.020 0.005 130 G 0.011 0.021 0.032 0.068 0.010 0.046 0.049 0.125 0.212 0.377 0.049 131 V 0.061 0.233 0.049 0.015 0.203 0.014 0.048 0.097 0.143 0.097 0.039 132 H 0.271 0.079 0.010 0.005 0.484 0.003 0.007 0.013 0.023 0.044 0.062 133 V 0.201 0.117 0.012 0.001 0.638 0.001 0.002 0.004 0.002 0.004 0.017 134 V 0.418 0.049 0.011 0.010 0.369 0.018 0.008 0.012 0.004 0.016 0.086 135 F 0.123 0.044 0.027 0.187 0.118 0.059 0.049 0.037 0.037 0.170 0.148 136 G 0.042 0.225 0.279 0.176 0.118 0.027 0.019 0.021 0.014 0.055 0.024 137 L 0.085 0.376 0.084 0.002 0.411 0.001 0.003 0.017 0.005 0.005 0.012 138 V 0.403 0.070 0.014 0.005 0.276 0.016 0.020 0.063 0.013 0.015 0.105 139 I 0.031 0.062 0.042 0.125 0.068 0.256 0.166 0.125 0.043 0.060 0.022 140 S 0.023 0.103 0.103 0.213 0.033 0.072 0.081 0.173 0.074 0.105 0.020 141 G 0.026 0.054 0.083 0.050 0.026 0.011 0.005 0.071 0.072 0.487 0.115 142 F 0.029 0.113 0.015 0.010 0.098 0.015 0.018 0.457 0.209 0.021 0.014 143 E 0.016 0.015 0.007 0.002 0.017 0.001 0.017 0.841 0.068 0.008 0.007 144 V 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.841 0.103 0.038 0.001 145 I 0.003 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.873 0.101 0.007 0.002 146 E 0.003 0.010 0.004 0.002 0.005 0.001 0.006 0.897 0.067 0.003 0.002 147 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.012 0.835 0.127 0.017 0.001 148 I 0.010 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.012 0.659 0.258 0.041 0.006 149 E 0.002 0.006 0.002 0.002 0.005 0.013 0.084 0.622 0.244 0.018 0.001 150 N 0.021 0.020 0.003 0.003 0.029 0.008 0.060 0.311 0.153 0.369 0.023 151 L 0.073 0.347 0.186 0.011 0.259 0.006 0.009 0.023 0.019 0.043 0.025 152 K 0.162 0.165 0.082 0.032 0.171 0.026 0.047 0.084 0.046 0.087 0.099 153 T 0.061 0.383 0.107 0.022 0.263 0.011 0.010 0.034 0.027 0.054 0.028 154 D 0.075 0.167 0.296 0.105 0.096 0.027 0.020 0.078 0.047 0.050 0.038 155 A 0.005 0.014 0.045 0.077 0.008 0.148 0.168 0.358 0.144 0.028 0.005 156 A 0.007 0.259 0.174 0.258 0.036 0.028 0.020 0.048 0.034 0.120 0.018 157 S 0.024 0.031 0.027 0.023 0.030 0.009 0.009 0.019 0.036 0.635 0.157 158 R 0.017 0.543 0.277 0.006 0.126 0.003 0.004 0.008 0.007 0.006 0.003 159 P 0.148 0.311 0.085 0.002 0.389 0.001 0.005 0.009 0.006 0.007 0.037 160 Y 0.178 0.153 0.099 0.051 0.195 0.083 0.078 0.031 0.033 0.043 0.057 161 A 0.020 0.482 0.243 0.054 0.132 0.020 0.017 0.014 0.007 0.008 0.004 162 D 0.367 0.068 0.017 0.006 0.349 0.005 0.016 0.012 0.013 0.046 0.100 163 V 0.154 0.267 0.022 0.002 0.539 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 164 R 0.124 0.201 0.016 0.001 0.638 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.013 165 V 0.569 0.023 0.002 0.001 0.314 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.086 166 I 0.039 0.078 0.020 0.152 0.113 0.387 0.145 0.031 0.011 0.013 0.011 167 D 0.353 0.043 0.019 0.010 0.262 0.003 0.002 0.005 0.005 0.057 0.243 168 C 0.140 0.221 0.061 0.075 0.258 0.027 0.017 0.028 0.043 0.065 0.066 169 G 0.071 0.225 0.147 0.078 0.185 0.025 0.036 0.039 0.032 0.089 0.073 170 V 0.203 0.202 0.068 0.010 0.297 0.010 0.027 0.081 0.037 0.024 0.041 171 L 0.103 0.166 0.075 0.040 0.191 0.054 0.050 0.089 0.057 0.103 0.073 172 A 0.187 0.131 0.079 0.032 0.298 0.020 0.018 0.056 0.047 0.057 0.074