# TARGET T0346 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 88.7316 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.004 0.001 0.001 0.002 0.117 0.874 2 P 0.025 0.004 0.019 0.012 0.275 0.665 3 Q 0.130 0.013 0.034 0.012 0.279 0.533 4 C 0.428 0.025 0.050 0.013 0.202 0.281 5 H 0.596 0.012 0.018 0.009 0.112 0.253 6 F 0.656 0.009 0.011 0.010 0.104 0.210 7 D 0.649 0.005 0.006 0.010 0.100 0.230 8 I 0.803 0.004 0.006 0.008 0.058 0.121 9 E 0.883 0.008 0.004 0.009 0.038 0.058 10 I 0.868 0.012 0.006 0.012 0.049 0.052 11 N 0.682 0.008 0.008 0.013 0.154 0.135 12 R 0.497 0.010 0.010 0.006 0.217 0.261 13 E 0.452 0.014 0.015 0.003 0.298 0.218 14 P 0.382 0.028 0.019 0.002 0.367 0.202 15 V 0.295 0.009 0.027 0.002 0.458 0.210 16 G 0.425 0.004 0.010 0.001 0.369 0.190 17 R 0.881 0.003 0.001 0.001 0.043 0.071 18 I 0.974 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 19 M 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 20 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 21 Q 0.972 0.002 0.001 0.003 0.005 0.019 22 L 0.805 0.008 0.002 0.008 0.040 0.138 23 F 0.265 0.009 0.015 0.013 0.325 0.374 24 S 0.032 0.003 0.294 0.048 0.495 0.126 25 D 0.010 0.003 0.416 0.102 0.386 0.083 26 I 0.014 0.008 0.343 0.212 0.335 0.088 27 C 0.015 0.010 0.042 0.241 0.349 0.343 28 P 0.005 0.004 0.029 0.722 0.109 0.131 29 K 0.006 0.004 0.024 0.909 0.033 0.025 30 T 0.004 0.001 0.014 0.958 0.014 0.009 31 C 0.003 0.001 0.008 0.974 0.009 0.005 32 K 0.002 0.001 0.004 0.986 0.004 0.003 33 N 0.002 0.001 0.004 0.987 0.005 0.002 34 F 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 35 L 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 36 C 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.001 37 L 0.001 0.001 0.004 0.982 0.008 0.005 38 C 0.001 0.002 0.005 0.951 0.024 0.017 39 S 0.002 0.002 0.011 0.812 0.092 0.081 40 G 0.006 0.003 0.039 0.171 0.466 0.315 41 E 0.010 0.005 0.087 0.070 0.563 0.265 42 K 0.045 0.017 0.089 0.033 0.579 0.237 43 G 0.068 0.021 0.062 0.036 0.571 0.242 44 L 0.114 0.040 0.036 0.049 0.429 0.332 45 G 0.131 0.029 0.025 0.030 0.513 0.272 46 K 0.092 0.021 0.064 0.054 0.532 0.238 47 T 0.100 0.016 0.083 0.036 0.530 0.234 48 T 0.147 0.015 0.075 0.039 0.505 0.218 49 G 0.198 0.017 0.036 0.025 0.377 0.347 50 K 0.469 0.030 0.024 0.019 0.171 0.287 51 K 0.584 0.023 0.021 0.020 0.122 0.230 52 L 0.712 0.023 0.019 0.012 0.064 0.170 53 C 0.647 0.027 0.009 0.010 0.163 0.145 54 Y 0.296 0.028 0.027 0.018 0.605 0.026 55 K 0.053 0.002 0.008 0.007 0.904 0.026 56 G 0.022 0.001 0.010 0.007 0.928 0.033 57 S 0.454 0.045 0.005 0.010 0.407 0.078 58 T 0.718 0.034 0.004 0.024 0.046 0.173 59 F 0.857 0.011 0.015 0.035 0.035 0.047 60 H 0.843 0.003 0.024 0.036 0.042 0.052 61 R 0.848 0.004 0.031 0.036 0.037 0.044 62 V 0.820 0.011 0.017 0.041 0.048 0.063 63 V 0.658 0.015 0.020 0.054 0.207 0.046 64 K 0.337 0.010 0.031 0.054 0.506 0.063 65 N 0.152 0.003 0.031 0.049 0.672 0.093 66 F 0.559 0.015 0.021 0.022 0.327 0.055 67 M 0.821 0.025 0.006 0.011 0.062 0.075 68 I 0.858 0.022 0.006 0.006 0.034 0.073 69 Q 0.676 0.011 0.009 0.007 0.138 0.161 70 G 0.349 0.018 0.008 0.008 0.229 0.388 71 G 0.158 0.024 0.016 0.009 0.336 0.457 72 D 0.180 0.047 0.025 0.011 0.413 0.324 73 F 0.161 0.040 0.083 0.030 0.460 0.226 74 S 0.126 0.045 0.067 0.028 0.560 0.173 75 E 0.103 0.019 0.061 0.019 0.610 0.188 76 G 0.070 0.017 0.027 0.009 0.607 0.268 77 N 0.063 0.032 0.024 0.007 0.581 0.294 78 G 0.096 0.022 0.021 0.003 0.684 0.174 79 K 0.139 0.036 0.021 0.006 0.583 0.216 80 G 0.106 0.040 0.017 0.008 0.568 0.261 81 G 0.198 0.034 0.013 0.007 0.413 0.335 82 E 0.304 0.064 0.022 0.013 0.216 0.381 83 S 0.344 0.078 0.027 0.015 0.243 0.293 84 I 0.296 0.037 0.039 0.015 0.458 0.155 85 Y 0.202 0.029 0.029 0.019 0.548 0.172 86 G 0.080 0.009 0.022 0.017 0.642 0.231 87 G 0.228 0.020 0.024 0.018 0.437 0.273 88 Y 0.323 0.087 0.019 0.015 0.150 0.406 89 F 0.296 0.083 0.041 0.023 0.260 0.296 90 K 0.141 0.016 0.070 0.048 0.377 0.349 91 D 0.125 0.009 0.085 0.044 0.426 0.311 92 E 0.127 0.011 0.130 0.095 0.440 0.196 93 N 0.130 0.015 0.104 0.099 0.394 0.258 94 F 0.153 0.015 0.096 0.091 0.356 0.290 95 I 0.218 0.018 0.063 0.085 0.261 0.356 96 L 0.348 0.057 0.041 0.113 0.179 0.262 97 K 0.354 0.023 0.029 0.088 0.293 0.213 98 H 0.287 0.023 0.020 0.058 0.286 0.326 99 D 0.148 0.011 0.011 0.025 0.337 0.469 100 R 0.216 0.013 0.015 0.052 0.429 0.275 101 A 0.359 0.008 0.007 0.035 0.304 0.287 102 F 0.684 0.008 0.004 0.021 0.125 0.157 103 L 0.933 0.004 0.001 0.011 0.014 0.037 104 L 0.938 0.004 0.003 0.021 0.010 0.024 105 S 0.931 0.002 0.004 0.024 0.010 0.029 106 M 0.851 0.003 0.014 0.046 0.028 0.057 107 A 0.744 0.008 0.024 0.038 0.076 0.110 108 N 0.529 0.012 0.024 0.032 0.222 0.181 109 R 0.269 0.033 0.019 0.038 0.293 0.348 110 G 0.078 0.030 0.007 0.012 0.589 0.283 111 K 0.027 0.012 0.020 0.021 0.665 0.256 112 H 0.027 0.017 0.021 0.013 0.690 0.232 113 T 0.040 0.033 0.026 0.022 0.726 0.153 114 N 0.062 0.023 0.025 0.029 0.584 0.276 115 G 0.136 0.041 0.026 0.026 0.500 0.273 116 S 0.221 0.029 0.028 0.018 0.411 0.293 117 Q 0.388 0.016 0.026 0.025 0.244 0.302 118 F 0.702 0.013 0.021 0.035 0.113 0.116 119 F 0.857 0.006 0.014 0.035 0.042 0.046 120 I 0.911 0.007 0.009 0.031 0.015 0.026 121 T 0.861 0.012 0.009 0.022 0.035 0.062 122 T 0.572 0.014 0.011 0.009 0.120 0.274 123 K 0.220 0.014 0.009 0.004 0.254 0.499 124 P 0.077 0.042 0.020 0.005 0.358 0.498 125 A 0.028 0.017 0.040 0.003 0.634 0.278 126 P 0.014 0.006 0.220 0.009 0.599 0.154 127 H 0.014 0.012 0.308 0.011 0.550 0.105 128 L 0.029 0.027 0.164 0.013 0.648 0.119 129 D 0.043 0.010 0.073 0.012 0.615 0.247 130 G 0.064 0.011 0.041 0.010 0.626 0.247 131 V 0.232 0.010 0.019 0.007 0.439 0.293 132 H 0.665 0.018 0.006 0.003 0.131 0.176 133 V 0.912 0.014 0.001 0.001 0.023 0.048 134 V 0.918 0.006 0.001 0.002 0.022 0.051 135 F 0.883 0.002 0.002 0.006 0.038 0.069 136 G 0.800 0.003 0.005 0.012 0.076 0.103 137 L 0.850 0.006 0.008 0.015 0.057 0.064 138 V 0.788 0.008 0.013 0.033 0.072 0.086 139 I 0.500 0.017 0.054 0.099 0.207 0.122 140 S 0.218 0.013 0.033 0.176 0.249 0.311 141 G 0.019 0.002 0.026 0.753 0.094 0.107 142 F 0.011 0.002 0.012 0.888 0.052 0.036 143 E 0.016 0.004 0.011 0.902 0.036 0.032 144 V 0.006 0.001 0.015 0.955 0.016 0.007 145 I 0.005 0.001 0.017 0.952 0.019 0.007 146 E 0.006 0.001 0.017 0.953 0.019 0.004 147 Q 0.005 0.001 0.014 0.953 0.020 0.008 148 I 0.002 0.001 0.019 0.945 0.025 0.008 149 E 0.003 0.001 0.027 0.925 0.033 0.012 150 N 0.005 0.001 0.038 0.770 0.098 0.088 151 L 0.034 0.013 0.027 0.326 0.168 0.432 152 K 0.071 0.015 0.016 0.077 0.170 0.652 153 T 0.107 0.039 0.018 0.034 0.188 0.615 154 D 0.094 0.024 0.026 0.014 0.619 0.224 155 A 0.020 0.005 0.170 0.018 0.716 0.071 156 A 0.011 0.002 0.128 0.017 0.767 0.074 157 S 0.031 0.010 0.053 0.005 0.768 0.133 158 R 0.135 0.029 0.006 0.002 0.226 0.602 159 P 0.283 0.050 0.005 0.001 0.107 0.554 160 Y 0.365 0.032 0.025 0.001 0.177 0.400 161 A 0.510 0.006 0.014 0.001 0.161 0.307 162 D 0.659 0.004 0.009 0.001 0.110 0.217 163 V 0.858 0.003 0.001 0.001 0.037 0.099 164 R 0.949 0.001 0.001 0.001 0.012 0.037 165 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 166 I 0.961 0.001 0.001 0.003 0.011 0.023 167 D 0.899 0.001 0.001 0.008 0.030 0.061 168 C 0.773 0.001 0.005 0.010 0.081 0.129 169 G 0.734 0.004 0.006 0.008 0.057 0.192 170 V 0.702 0.008 0.009 0.011 0.044 0.226 171 L 0.300 0.016 0.006 0.016 0.059 0.604 172 A 0.010 0.001 0.001 0.001 0.012 0.977