# TARGET T0346 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 88.7316 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.003 0.938 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.037 0.004 0.002 0.009 2 P 0.001 0.011 0.858 0.008 0.016 0.009 0.001 0.001 0.003 0.045 0.025 0.005 0.018 3 Q 0.007 0.026 0.477 0.022 0.029 0.026 0.004 0.002 0.031 0.132 0.065 0.100 0.079 4 C 0.039 0.046 0.215 0.011 0.031 0.023 0.023 0.008 0.082 0.076 0.032 0.081 0.333 5 H 0.068 0.013 0.225 0.034 0.021 0.029 0.027 0.012 0.086 0.051 0.034 0.227 0.175 6 F 0.090 0.011 0.213 0.057 0.013 0.019 0.015 0.006 0.063 0.074 0.037 0.184 0.218 7 D 0.154 0.007 0.157 0.057 0.012 0.015 0.014 0.006 0.037 0.082 0.022 0.212 0.224 8 I 0.240 0.011 0.077 0.040 0.014 0.018 0.034 0.005 0.028 0.021 0.012 0.117 0.383 9 E 0.434 0.008 0.038 0.009 0.019 0.023 0.042 0.013 0.021 0.008 0.019 0.206 0.159 10 I 0.389 0.011 0.043 0.010 0.014 0.024 0.047 0.008 0.015 0.017 0.026 0.114 0.283 11 N 0.077 0.008 0.161 0.047 0.016 0.025 0.012 0.002 0.008 0.097 0.218 0.198 0.132 12 R 0.028 0.007 0.158 0.030 0.006 0.003 0.002 0.001 0.002 0.307 0.307 0.019 0.131 13 E 0.006 0.017 0.290 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.353 0.030 0.244 0.047 14 P 0.005 0.020 0.403 0.034 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.164 0.106 0.017 0.235 15 V 0.038 0.010 0.381 0.076 0.013 0.001 0.008 0.001 0.005 0.124 0.160 0.086 0.097 16 G 0.153 0.005 0.182 0.006 0.004 0.001 0.028 0.001 0.011 0.108 0.020 0.276 0.205 17 R 0.372 0.001 0.102 0.015 0.001 0.001 0.072 0.002 0.009 0.023 0.002 0.060 0.339 18 I 0.532 0.001 0.019 0.004 0.001 0.001 0.100 0.003 0.008 0.002 0.001 0.222 0.108 19 M 0.713 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.109 0.006 0.005 0.001 0.001 0.056 0.094 20 F 0.683 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.170 0.006 0.007 0.001 0.001 0.049 0.071 21 Q 0.638 0.001 0.012 0.010 0.001 0.001 0.151 0.009 0.020 0.002 0.001 0.091 0.066 22 L 0.295 0.008 0.108 0.008 0.002 0.001 0.078 0.010 0.067 0.016 0.003 0.086 0.318 23 F 0.030 0.010 0.523 0.029 0.011 0.005 0.006 0.003 0.052 0.066 0.020 0.109 0.136 24 S 0.004 0.006 0.170 0.017 0.206 0.028 0.001 0.001 0.009 0.179 0.329 0.008 0.042 25 D 0.001 0.008 0.104 0.003 0.194 0.041 0.001 0.001 0.004 0.253 0.362 0.019 0.012 26 I 0.001 0.027 0.200 0.001 0.184 0.091 0.001 0.001 0.006 0.208 0.254 0.003 0.023 27 C 0.001 0.012 0.387 0.001 0.034 0.152 0.001 0.001 0.003 0.329 0.063 0.008 0.012 28 P 0.001 0.002 0.139 0.001 0.026 0.712 0.001 0.001 0.001 0.042 0.070 0.001 0.005 29 K 0.001 0.006 0.043 0.001 0.017 0.883 0.001 0.001 0.001 0.018 0.025 0.003 0.002 30 T 0.002 0.004 0.040 0.001 0.008 0.908 0.001 0.001 0.001 0.013 0.011 0.001 0.012 31 C 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 32 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 33 N 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 34 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 35 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 36 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 37 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 38 C 0.001 0.002 0.015 0.001 0.010 0.910 0.001 0.001 0.001 0.015 0.041 0.001 0.003 39 S 0.001 0.007 0.053 0.003 0.015 0.620 0.001 0.001 0.002 0.034 0.255 0.005 0.003 40 G 0.001 0.003 0.126 0.005 0.012 0.100 0.001 0.001 0.001 0.220 0.524 0.003 0.005 41 E 0.001 0.015 0.457 0.004 0.020 0.029 0.001 0.001 0.003 0.267 0.182 0.006 0.015 42 K 0.002 0.031 0.374 0.006 0.058 0.039 0.001 0.001 0.008 0.227 0.195 0.027 0.031 43 G 0.009 0.029 0.290 0.010 0.064 0.039 0.002 0.001 0.015 0.199 0.218 0.045 0.079 44 L 0.028 0.054 0.254 0.020 0.038 0.049 0.006 0.002 0.013 0.192 0.184 0.074 0.087 45 G 0.030 0.043 0.319 0.004 0.024 0.059 0.003 0.001 0.008 0.194 0.132 0.058 0.125 46 K 0.024 0.011 0.158 0.004 0.062 0.165 0.002 0.001 0.004 0.188 0.304 0.029 0.048 47 T 0.052 0.022 0.128 0.004 0.065 0.140 0.005 0.002 0.004 0.146 0.290 0.054 0.089 48 T 0.025 0.013 0.134 0.022 0.054 0.107 0.003 0.001 0.002 0.124 0.422 0.052 0.040 49 G 0.026 0.010 0.281 0.014 0.036 0.049 0.002 0.001 0.002 0.177 0.302 0.027 0.074 50 K 0.047 0.040 0.305 0.009 0.028 0.062 0.005 0.001 0.010 0.130 0.042 0.194 0.127 51 K 0.027 0.047 0.255 0.021 0.044 0.063 0.005 0.002 0.020 0.078 0.034 0.040 0.365 52 L 0.040 0.030 0.237 0.086 0.092 0.093 0.009 0.012 0.027 0.066 0.087 0.118 0.103 53 C 0.060 0.045 0.223 0.074 0.074 0.071 0.014 0.024 0.030 0.077 0.130 0.037 0.141 54 Y 0.048 0.034 0.281 0.014 0.064 0.084 0.008 0.008 0.021 0.105 0.105 0.146 0.082 55 K 0.007 0.010 0.052 0.017 0.028 0.061 0.001 0.002 0.002 0.101 0.685 0.011 0.023 56 G 0.005 0.002 0.059 0.033 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.119 0.753 0.008 0.007 57 S 0.036 0.020 0.593 0.008 0.006 0.006 0.010 0.003 0.016 0.100 0.027 0.059 0.115 58 T 0.112 0.072 0.258 0.020 0.013 0.013 0.046 0.012 0.066 0.050 0.026 0.157 0.153 59 F 0.151 0.018 0.143 0.036 0.036 0.038 0.073 0.031 0.093 0.039 0.034 0.102 0.207 60 H 0.131 0.006 0.106 0.169 0.043 0.037 0.070 0.041 0.104 0.057 0.051 0.075 0.108 61 R 0.111 0.008 0.104 0.015 0.017 0.020 0.054 0.080 0.171 0.047 0.030 0.218 0.127 62 V 0.107 0.027 0.126 0.029 0.008 0.016 0.042 0.049 0.142 0.040 0.013 0.056 0.345 63 V 0.045 0.027 0.285 0.113 0.013 0.027 0.014 0.014 0.088 0.051 0.020 0.197 0.105 64 K 0.012 0.008 0.137 0.164 0.072 0.071 0.004 0.004 0.019 0.129 0.293 0.016 0.071 65 N 0.005 0.002 0.076 0.189 0.067 0.025 0.002 0.002 0.010 0.117 0.469 0.023 0.013 66 F 0.053 0.013 0.243 0.045 0.060 0.025 0.026 0.034 0.073 0.102 0.102 0.040 0.184 67 M 0.155 0.022 0.071 0.007 0.007 0.008 0.090 0.216 0.163 0.016 0.011 0.143 0.092 68 I 0.263 0.013 0.043 0.011 0.003 0.004 0.101 0.208 0.093 0.010 0.006 0.118 0.127 69 Q 0.175 0.012 0.154 0.028 0.004 0.008 0.068 0.083 0.120 0.037 0.016 0.134 0.160 70 G 0.053 0.012 0.285 0.035 0.015 0.019 0.018 0.016 0.068 0.152 0.111 0.099 0.117 71 G 0.022 0.015 0.273 0.034 0.013 0.013 0.005 0.003 0.014 0.323 0.197 0.030 0.059 72 D 0.015 0.059 0.444 0.019 0.019 0.012 0.002 0.001 0.011 0.176 0.093 0.085 0.062 73 F 0.013 0.025 0.355 0.006 0.077 0.022 0.002 0.001 0.006 0.118 0.263 0.019 0.092 74 S 0.019 0.027 0.178 0.004 0.102 0.025 0.002 0.001 0.004 0.186 0.386 0.030 0.035 75 E 0.014 0.029 0.140 0.003 0.087 0.022 0.002 0.002 0.003 0.183 0.460 0.020 0.036 76 G 0.006 0.018 0.217 0.003 0.020 0.010 0.001 0.001 0.001 0.307 0.370 0.023 0.023 77 N 0.004 0.027 0.480 0.006 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.214 0.202 0.014 0.037 78 G 0.008 0.022 0.252 0.004 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.328 0.306 0.025 0.030 79 K 0.016 0.036 0.240 0.002 0.025 0.019 0.003 0.001 0.004 0.269 0.238 0.077 0.073 80 G 0.021 0.033 0.238 0.009 0.032 0.022 0.003 0.001 0.004 0.263 0.243 0.037 0.095 81 G 0.029 0.021 0.372 0.012 0.017 0.022 0.003 0.001 0.004 0.285 0.087 0.090 0.059 82 E 0.037 0.067 0.405 0.012 0.014 0.027 0.006 0.001 0.007 0.105 0.031 0.054 0.235 83 S 0.040 0.048 0.456 0.023 0.025 0.031 0.008 0.001 0.010 0.056 0.054 0.076 0.171 84 I 0.059 0.043 0.268 0.025 0.047 0.048 0.013 0.002 0.009 0.123 0.132 0.106 0.126 85 Y 0.019 0.029 0.171 0.012 0.049 0.061 0.005 0.002 0.006 0.125 0.430 0.041 0.052 86 G 0.004 0.005 0.275 0.017 0.015 0.014 0.001 0.001 0.002 0.280 0.354 0.012 0.020 87 G 0.008 0.016 0.586 0.003 0.006 0.011 0.002 0.001 0.006 0.203 0.054 0.065 0.039 88 Y 0.016 0.105 0.521 0.003 0.005 0.015 0.006 0.001 0.010 0.064 0.020 0.019 0.215 89 F 0.004 0.027 0.719 0.010 0.010 0.022 0.002 0.001 0.006 0.056 0.016 0.104 0.025 90 K 0.006 0.022 0.392 0.015 0.056 0.068 0.002 0.001 0.006 0.141 0.192 0.015 0.084 91 D 0.007 0.013 0.287 0.011 0.094 0.065 0.002 0.001 0.004 0.168 0.280 0.032 0.036 92 E 0.009 0.017 0.221 0.010 0.123 0.114 0.002 0.001 0.006 0.200 0.222 0.033 0.042 93 N 0.010 0.017 0.291 0.016 0.089 0.095 0.003 0.001 0.009 0.155 0.216 0.035 0.064 94 F 0.025 0.022 0.320 0.018 0.056 0.090 0.004 0.001 0.011 0.176 0.132 0.061 0.085 95 I 0.035 0.049 0.350 0.008 0.037 0.082 0.008 0.002 0.020 0.119 0.073 0.064 0.153 96 L 0.029 0.027 0.383 0.007 0.036 0.088 0.006 0.001 0.024 0.109 0.052 0.116 0.123 97 K 0.021 0.029 0.464 0.011 0.034 0.068 0.005 0.001 0.015 0.066 0.090 0.047 0.147 98 H 0.021 0.031 0.338 0.012 0.039 0.066 0.005 0.002 0.010 0.130 0.181 0.073 0.093 99 D 0.008 0.015 0.459 0.013 0.017 0.028 0.001 0.001 0.007 0.270 0.076 0.021 0.083 100 R 0.006 0.006 0.201 0.008 0.038 0.122 0.001 0.001 0.008 0.369 0.145 0.071 0.024 101 A 0.015 0.015 0.278 0.019 0.027 0.116 0.005 0.003 0.021 0.160 0.174 0.008 0.159 102 F 0.061 0.017 0.209 0.012 0.016 0.200 0.018 0.013 0.066 0.085 0.033 0.233 0.037 103 L 0.121 0.029 0.089 0.006 0.011 0.259 0.045 0.035 0.127 0.014 0.011 0.025 0.228 104 L 0.216 0.012 0.051 0.070 0.015 0.262 0.070 0.052 0.080 0.009 0.014 0.076 0.071 105 S 0.253 0.010 0.040 0.034 0.035 0.238 0.058 0.043 0.047 0.017 0.036 0.070 0.117 106 M 0.230 0.007 0.082 0.017 0.049 0.144 0.042 0.031 0.043 0.043 0.039 0.158 0.113 107 A 0.098 0.028 0.156 0.015 0.102 0.175 0.016 0.012 0.033 0.068 0.082 0.053 0.164 108 N 0.046 0.026 0.138 0.021 0.129 0.179 0.005 0.004 0.011 0.094 0.229 0.062 0.056 109 R 0.019 0.035 0.190 0.016 0.083 0.116 0.003 0.001 0.005 0.143 0.324 0.010 0.054 110 G 0.001 0.013 0.628 0.007 0.015 0.009 0.001 0.001 0.001 0.268 0.028 0.022 0.008 111 K 0.001 0.010 0.100 0.003 0.048 0.009 0.001 0.001 0.001 0.156 0.667 0.001 0.006 112 H 0.001 0.009 0.097 0.001 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 0.129 0.714 0.004 0.004 113 T 0.001 0.040 0.369 0.002 0.043 0.007 0.001 0.001 0.002 0.352 0.151 0.015 0.017 114 N 0.002 0.018 0.218 0.004 0.026 0.009 0.001 0.001 0.001 0.221 0.476 0.008 0.018 115 G 0.010 0.010 0.186 0.014 0.025 0.004 0.001 0.001 0.002 0.333 0.375 0.016 0.023 116 S 0.072 0.014 0.473 0.007 0.013 0.002 0.011 0.001 0.011 0.158 0.053 0.061 0.123 117 Q 0.342 0.010 0.121 0.016 0.008 0.003 0.057 0.008 0.027 0.070 0.007 0.123 0.208 118 F 0.650 0.001 0.024 0.010 0.002 0.002 0.083 0.015 0.020 0.009 0.001 0.097 0.084 119 F 0.723 0.001 0.006 0.002 0.001 0.002 0.141 0.013 0.015 0.001 0.001 0.040 0.053 120 I 0.639 0.002 0.014 0.006 0.001 0.002 0.156 0.014 0.021 0.002 0.001 0.058 0.085 121 T 0.438 0.003 0.075 0.009 0.001 0.001 0.070 0.010 0.036 0.007 0.003 0.195 0.153 122 T 0.103 0.012 0.226 0.028 0.003 0.001 0.021 0.002 0.045 0.068 0.011 0.024 0.456 123 K 0.008 0.005 0.299 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.017 0.218 0.021 0.389 0.025 124 P 0.001 0.035 0.650 0.009 0.008 0.002 0.001 0.001 0.007 0.102 0.028 0.002 0.156 125 A 0.001 0.036 0.738 0.010 0.032 0.008 0.001 0.001 0.002 0.093 0.034 0.032 0.015 126 P 0.001 0.026 0.232 0.007 0.101 0.020 0.001 0.001 0.002 0.153 0.428 0.006 0.024 127 H 0.002 0.015 0.174 0.002 0.113 0.016 0.001 0.002 0.002 0.132 0.527 0.002 0.013 128 L 0.009 0.053 0.233 0.002 0.087 0.033 0.001 0.002 0.003 0.203 0.289 0.063 0.020 129 D 0.001 0.005 0.184 0.005 0.029 0.011 0.001 0.001 0.001 0.101 0.652 0.004 0.008 130 G 0.002 0.002 0.128 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.332 0.510 0.005 0.005 131 V 0.024 0.029 0.488 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.006 0.214 0.061 0.096 0.069 132 H 0.080 0.102 0.249 0.003 0.001 0.001 0.026 0.003 0.042 0.057 0.007 0.064 0.365 133 V 0.214 0.026 0.186 0.056 0.005 0.003 0.100 0.026 0.050 0.025 0.010 0.168 0.132 134 V 0.321 0.013 0.066 0.017 0.008 0.005 0.138 0.037 0.055 0.018 0.008 0.122 0.191 135 F 0.185 0.006 0.148 0.132 0.023 0.025 0.056 0.022 0.056 0.042 0.046 0.107 0.152 136 G 0.205 0.003 0.153 0.107 0.017 0.028 0.045 0.031 0.058 0.084 0.067 0.070 0.131 137 L 0.293 0.013 0.136 0.006 0.011 0.030 0.051 0.033 0.056 0.018 0.017 0.210 0.126 138 V 0.156 0.015 0.087 0.005 0.015 0.034 0.039 0.015 0.043 0.010 0.008 0.023 0.550 139 I 0.117 0.012 0.144 0.229 0.038 0.093 0.026 0.010 0.030 0.040 0.028 0.163 0.072 140 S 0.020 0.017 0.116 0.010 0.045 0.174 0.005 0.002 0.015 0.182 0.254 0.068 0.093 141 G 0.002 0.001 0.211 0.002 0.029 0.250 0.001 0.001 0.004 0.113 0.353 0.005 0.029 142 F 0.001 0.002 0.077 0.001 0.011 0.829 0.001 0.001 0.001 0.033 0.037 0.004 0.003 143 E 0.002 0.003 0.017 0.001 0.009 0.929 0.001 0.001 0.002 0.008 0.020 0.003 0.005 144 V 0.004 0.001 0.007 0.001 0.008 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.004 145 I 0.003 0.001 0.007 0.002 0.016 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 146 E 0.002 0.001 0.005 0.001 0.025 0.944 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.002 0.003 147 Q 0.002 0.001 0.006 0.001 0.030 0.916 0.001 0.001 0.001 0.005 0.033 0.002 0.003 148 I 0.002 0.003 0.029 0.001 0.082 0.771 0.001 0.001 0.001 0.017 0.082 0.002 0.009 149 E 0.002 0.006 0.028 0.003 0.095 0.585 0.001 0.001 0.002 0.024 0.248 0.003 0.004 150 N 0.003 0.002 0.036 0.002 0.092 0.422 0.001 0.001 0.001 0.044 0.387 0.003 0.007 151 L 0.001 0.006 0.331 0.002 0.027 0.149 0.001 0.001 0.005 0.337 0.120 0.007 0.013 152 K 0.002 0.033 0.536 0.008 0.023 0.057 0.001 0.001 0.005 0.135 0.169 0.014 0.019 153 T 0.005 0.151 0.455 0.004 0.020 0.043 0.002 0.001 0.016 0.146 0.073 0.016 0.069 154 D 0.001 0.025 0.727 0.002 0.028 0.024 0.001 0.001 0.013 0.077 0.076 0.008 0.019 155 A 0.001 0.005 0.070 0.001 0.188 0.078 0.001 0.001 0.001 0.065 0.580 0.004 0.007 156 A 0.001 0.002 0.074 0.001 0.092 0.038 0.001 0.001 0.001 0.083 0.701 0.004 0.002 157 S 0.001 0.004 0.292 0.003 0.030 0.008 0.001 0.001 0.001 0.443 0.207 0.005 0.007 158 R 0.001 0.032 0.646 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.251 0.008 0.026 0.028 159 P 0.001 0.125 0.622 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.006 0.071 0.030 0.010 0.117 160 Y 0.008 0.029 0.536 0.076 0.052 0.006 0.003 0.001 0.009 0.120 0.059 0.032 0.069 161 A 0.008 0.011 0.311 0.050 0.075 0.006 0.003 0.001 0.025 0.248 0.033 0.162 0.067 162 D 0.006 0.006 0.498 0.054 0.025 0.005 0.004 0.001 0.039 0.074 0.022 0.022 0.243 163 V 0.023 0.009 0.417 0.043 0.004 0.004 0.020 0.009 0.146 0.025 0.004 0.109 0.186 164 R 0.081 0.018 0.108 0.004 0.001 0.002 0.049 0.021 0.246 0.007 0.001 0.366 0.095 165 V 0.042 0.011 0.068 0.004 0.001 0.003 0.039 0.025 0.222 0.002 0.001 0.016 0.567 166 I 0.010 0.001 0.035 0.839 0.002 0.001 0.006 0.002 0.031 0.004 0.003 0.057 0.010 167 D 0.035 0.005 0.154 0.041 0.010 0.003 0.023 0.003 0.142 0.083 0.035 0.126 0.340 168 C 0.046 0.007 0.189 0.030 0.028 0.009 0.027 0.006 0.075 0.070 0.044 0.076 0.393 169 G 0.068 0.015 0.103 0.017 0.015 0.008 0.030 0.009 0.070 0.072 0.059 0.487 0.047 170 V 0.050 0.021 0.180 0.004 0.010 0.011 0.027 0.006 0.070 0.083 0.015 0.040 0.484 171 L 0.036 0.024 0.587 0.033 0.005 0.011 0.014 0.002 0.037 0.049 0.016 0.092 0.094 172 A 0.001 0.007 0.906 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.002 0.009 0.044