(c) 1992-2000 Regents of the University of California, Santa Cruz
Sequence Alignment and Modeling Software System
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Citations (SAM, SAM-T99, HMMs)

Sequence numbers correspond to the following labels:

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    • gi|109073554|ref|XP_001116544.1|_2:59 PREDICTED: similar to peptidylprolyl isomerase (cyclophilin)-like 1, partial [Macaca mulatta]
    • gi|73972726|ref|XP_864594.1|_1:67 PREDICTED: similar to Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase like 1 (PPIase) (Rotamase) isoform 2 [Canis familiaris]
    • gi|94403592|ref|XP_998293.1|_6:85 PREDICTED: similar to peptidylprolyl isomerase (cyclophilin)-like 1 isoform 1 [Mus musculus]
    • gi|55644393|ref|XP_523437.1|_133:259 PREDICTED: similar to peptidylprolyl isomerase A isoform 1; cyclophilin A; peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A; T cell cyclophilin; rotamase; cyclosporin A-binding protein [Pan troglodytes]
    • gi|18202432|sp|P82869|CYP37_ARATH_288:435 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP37, chloroplast precursor (PPIase CYP37) (Rotamase CYP37) (Thylakoid lumen PPIase of 38 kDa) (p38) (TLP38) [Taxonomy]
    • gi|76692752|ref|XP_875917.1|_30:106 PREDICTED: similar to peptidylprolyl isomerase E, partial [Bos taurus]
    • gi|88987964|ref|XP_942002.1|_1:49 PREDICTED: similar to peptidylprolyl isomerase domain and WD repeat containing 1 [Homo sapiens]
    • gi|55659729|ref|XP_515004.1|_588:650 PREDICTED: similar to peptidylprolyl isomerase-like 2 isoform a; cyclophilin-like protein CyP-60; peptidylprolyl cis-trans isomerase; cyclophilin, 60kDa [Pan troglodytes]
    • gi|62666525|ref|XP_576919.1|_28:125 PREDICTED: similar to Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A (PPIase) (Rotamase) (Cyclophilin A) (Cyclosporin A-binding protein) (SP18) [Rattus norvegicus]
    • gi|75853447|ref|ZP_00761303.1|_6:57 COG0652: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase) - cyclophilin family [Vibrio sp. Ex25] 
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   2 .P...L...H...YKG..S.A..F.H.R..V.....I.....P.....G.....F.M..C...Q.
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 284 .-...-...-...FKG..S.V..F.H.R..V.....I.....P.....G.....F.M..L...Q.
 285 .-...-...-...YSG..S.G..F.H.R..I.....I.....P.....N.....F.M..C...Q.
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 287 .-...-...-...YKG..S.S..F.H.R..V.....I.....P.....G.....F.M..C...Q.
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 290 .-...-...-...YKG..S.K..F.H.R..V.....I.....K.....D.....F.M..I...Q.
 291 .-...-...-...YKG..S.K..F.H.R..V.....I.....K.....D.....F.M..I...Q.
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 296 .-...-...-...YKG..S.T..F.H.R..V.....I.....R.....D.....F.M..I...Q.
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 302 .-...-...-...YKG..S.C..F.H.R..I.....I.....P.....G.....F.M..C...Q.
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 313 .-...-...-...YKG..S.G..F.H.R..V.....I.....P.....G.....F.M..C...Q.
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 200 ....G..K.....HVV.F..G..R..V....T.....K..G.....M.....G.....V...V..
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 203 ....G..K.....HVV.F..G..K..V....L.....E..G.....M.....D.....V...V..
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2202 ....R..KaefspYKP.L..G..F..V....I.....S..G.....M.....E.....A...L..
2203 ....-..-.....---.-..-..-..-....-.....-..-.....-.....-.....-...-..
2204 ....Gw.G.....YCV.F..G..E..V....V.....E..G.....M.....D.....I...V..
2205 ....-..-.....---.-..-..-..-....-.....-..-.....-.....-.....-...-..
2206 ....-..-.....---.-..-..-..-....-.....-..-.....-.....-.....-...-..
2207 ....G..K.....HVI.R..A..E..W....A.....D..G.....K.....H.....V...V..


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   1 .E.Q..I.....E....N.L.....K...T.....D.....A.....A....S.....R.....P
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   1 .Y.....A...D...V...R..V..ID...C..GVL.....A
   2 .A.....K...P...V...V..I..AD...C..GQI.....C
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 414 .L.....A...D...V...V..I..LN...C..GELvrrk.-
 415 .K.....Q...K...V...M..I..AD...C..GEYm....-
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 417 .K.....L...P...C...V..I..AE...C..GEM.....-
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 435 .S.....K...K...I...T..I..AD...C..GQL.....-
 436 .K.....L...P...V...V..I..SQ...C..GEM.....-
 437 .A.....K...D...V...V..I..AD...S..GTIevke.-
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 461 .K.....L...A...C...V..I..AE...C..GEM.....-
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 468 .L.....K...D...C...V..I..VN...S..GEItvke.-
 469 .R.....K...K...V...V..I..TD...S..GEIpkek.-
 470 .S.....S...R...I...E..I..AK...C..GAC.....-
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 472 .N.....K...A...V...K..I..ND...C..GVL.....-
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 474 .V.....D...Q...V...K..I..LK...A..RVVeet..G
 475 .K.....L...P...I...V..I..VQ...C..GQL.....-
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 477 .V.....K...P...V...V..I..TD...C..GVL.....-
 478 .K.....Q...D...V...I..I..AA...S..GHIavdt.-
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 480 .V.....K...D...V...V..I..AN...S..GTLpvse.-
 481 .C.....R...R...I...T..I..TE...C..GQI.....-
 482 .Q.....Q...V...V...K..I..VK...S..GELesed.-
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 883 .T.....T...D...C...K..I..TD...C..GIFtfq..-
 884 .K.....L...A...I...N..I..VE...C..GEL.....-
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 886 .A.....R...R...S...P..F..LT...V..DNSnkfd.-
 887 .V.....E...P...V...V..I..ES...I..TIS.....-
 888 .-.....-...-...-...-..-..--...-..---.....-
 889 .S.....K...K...I...A..T..AD...C..GQLe....-
 890 .K.....K...Q...V...F..I..YN...C..GVIpldk.-
 891 .A.....R...R...S...P..F..LT...V..DNSnkfd.-
 892 .S.....K...K...I...T..I..AD...C..XQL.....-
 893 .A.....S...E...I...T..I..DR...V..EIHe....-
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 901 .S.....K...K...I...M..V..AN...S..GSL.....-
 902 .L.....E...D...V...V..I..LT...I..EVKe....-
 903 .I.....E...N...I...I..I..QK...A..QVFvdpfq-
 904 .S.....K...K...I...T..I..AD...C..GQLqqi..-
 905 .R.....N...P...H...K..I..RS...C..EVLfnpf.-
 906 .R.....N...P...H...K..I..RS...C..EVLfnpf.-
 907 .V.....D...D...V...K..I..IK...A..YPS.....G
 908 .I.....D...P...V...I..I..VN...C..GEMptep.-
 909 .I.....E...D...I...V..L..IR...A..QVFvnpf.-
 910 .T.....D...P...V...V..I..ES...I..TIS.....-
 911 .V.....T...P...V...V..I..NH...V..R--.....-
 912 .H.....N...P...H...K..I..KS...C..EVLfnpf.-
 913 .H.....N...P...H...K..I..KS...C..EVLfnpf.-
 914 .H.....N...P...H...K..I..KS...C..EVLfnpf.-
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 919 .L.....E...D...V...V..I..LT...I..EVKe....-
 920 .Yn....K...K...P...T..I..VK...S..GEL.....-
 921 .Yn....K...K...P...T..I..VK...S..GEL.....-
 922 .L.....D...D...V...R..I..LR...A..YPS.....G
 923 .I.....I...D...V...I..F..LN...A..EIFvdpfe-
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 925 .L.....L...L...C...S..I..AD...S..GVLyt...-
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 930 .K.....E...D...V...I..I..ET...I..EVFd....-
 931 .V.....E...P...V...V..I..ES...V..ELA.....-
 932 .K.....E...D...V...I..I..ET...I..EVFd....-
 933 .S.....K...K...S...C..Q..RP...V..VQLtvdn.-
 934 .I.....L...A...V...V..I..TD...C..GMLelek.-
 935 .L.....K...P...V...E..I..KS...V..RISesn..-
 936 .V.....E...R...A...Y..I..KR...A..YIK.....-
 937 .I.....F...D...V...K..I..LR...T..STAvnvd.-
 938 .G.....T...P...D...V..I..ER...A..YLVekt..A
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 941 .S.....R...K...I...T..I..TD...C..GQI.....-
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 943 .S.....K...K...I...T..I..SD...C..GQR.....-
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 946 .V.....S...R...A...W..I..TE...C..GQSsgdk.-
 947 .V.....D...D...V...V..I..ES...V..EIIep...-
 948 .N.....A...N...I...K..I..AK...S..GT-.....-
 949 .K.....T...E...V...K..I..TK...A..ELV.....-
 950 .-.....-...-...-...-..-..--...-..---.....-
 951 .I.....V...D...V...I..F..LN...A..EIFvdpfe-
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 956 .L.....N...E...I...I..L..KS...V..TIHanpi.-
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 960 .L.....K...P...V...V..I..SD...V..KTAidksk-
 961 .R.....T...A...V...V..L..TR...V..VLGdkap.-
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 963 .S.....K...P...V...K..I..AD...C..GQL.....S
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 967 .L.....E...P...A...V..I..LS...V..DVAe....-
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 971 .V.....E...D...V...V..I..NE...L..NIIkkg..S
 972 .K.....R...D...V...V..V..SE...C..GEY.....-
 973 .L.....S...P...H...K..I..RS...S..EVLfnpf.-
 974 .K.....E...D...V...I..I..ET...I..EVFd....-
 975 .L.....E...S...I...T..I..IR...V..GAKaeaf.-
 976 .K.....T...E...V...K..I..IK...A..ELV.....-
 977 .L.....N...P...V...E..I..QS...V..RISesn..-
 978 .-.....-...-...-...-..-..--...-..---.....-
 979 .R.....E...T...I...Q..I..MS...I..SLK.....-
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 981 .L.....H...D...V...T..I..IR...S..GLLktq..A
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 987 .L.....E...D...I...K..I..LN...I..KINn....-
 988 .I.....D...D...I...V..I..ES...I..EVIdden.-
 989 .S.....K...K...I...T..T..AD...C..GQLlisl.-
 990 .V.....S...R...A...W..I..TD...C..GQSsgak.-
 991 .T.....A...P...I...V..I..RD...C..GEIahne.-
 992 .K.....E...D...V...I..I..ET...I..EVFd....-
 993 .L.....K...K...I...Q..I..QD...V..LVTedpf.-
 994 .-.....-...-...-...-..-..--...-..---.....-
 995 .T.....V...S...V...K..I..IR...C..GEYsgdk.-
 996 .L.....V...Q...Q...K..-..--...-..---.....-
 997 .L.....A...D...L...R..I..ED...V..VVLidpfe-
 998 .V.....S...D...I...V..I..ES...V..VIEtre..G
 999 .I.....E...T...Q...K..I..IK...A..FVKkd...-
1000 .-.....-...-...-...-..-..--...-..---.....-
1001 .M.....V...S...V...V..I..MR...A..EVFvdpfe-
1002 .I.....A...D...V...L..F..LN...S..EIFvdpfe-
1003 .I.....K...T...V...K..I..IR...T..GNEakaf.-
1004 .T.....V...S...V...K..I..IR...C..GEYsgdk.-
1005 .V.....E...P...V...V..L..ES...V..EIS.....A
1006 .A.....D...A...V...V..I..ES...V..EIT.....A
1007 .A.....D...A...V...V..I..ES...V..EIT.....A
1008 .A.....D...A...V...V..I..ES...V..EIT.....A
1009 .M.....V...N...V...M..I..MR...A..EVFvdpfe-
1010 .M.....V...N...V...M..I..MR...A..EVFvdpfe-
1011 .K.....L...P...I...K..L..ED...I..IIFvdpfe-
1012 .K.....L...P...I...K..L..ED...I..IIFvdpfe-
1013 .K.....E...D...V...V..I..LK...A..VIV.....-
1014 .L.....K...D...V...I..I..AD...C..GKIevek.-
1015 .A.....E...P...V...V..I..ET...V..EIVr....G
1016 .-.....-...-...-...-..-..--...-..---.....-
1017 .R.....E...P...V...V..I..SS...V..DVErd...-
1018 .K.....E...P...V...R..I..EN...V..TIHanpl.-
1019 .L.....E...E...V...V..I..ET...I..EVTd....-
1020 .S.....V...Q...T...V..I..KS...C..KVKkl...-
1021 .V.....V...E...K...K..I..NS...V..TIHanpl.-
1022 .-.....-...-...-...-..-..--...-..---.....-
1023 .L.....N...K...I...V..I..KD...M..IILidpf.A
1024 .-.....-...-...D...V..I..ET...A..YLVek...-
1025 .S.....A...Q...T...I..I..KS...C..KVKkl...-
1026 .-.....-...-...-...-..-..--...-..---.....-
1027 .-.....-...-...-...-..-..--...-..---.....-
1028 .L.....E...E...V...V..I..ET...I..EVTd....-
1029 .L.....E...E...V...V..I..ET...I..EVTd....-
1030 .R.....E...T...V...T..I..TD...C..GELv....-
1031 .V.....Y...P...Q...K..I..LS...V..EVLwnpf.-
1032 .V.....Y...P...Q...K..I..LS...V..EVLwnpf.-
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1035 .L.....E...K...I...V..I..KK...A..FIK.....-
1036 .L.....D...E...I...K..I..LN...I..KINh....-
1037 .F.....Y...P...P...K..V..IK...T..DILnnpf.-
1038 .-.....-...-...-...-..-..--...-..---.....-
1039 .L.....D...E...I...K..I..LN...I..KINh....-
1040 .V.....V...E...K...K..I..NS...V..TIHanpl.-
1041 .H.....E...D...V...V..I..ET...I..EIEd....-
1042 .V.....V...D...V...V..M..NT...V..EIIrngk.-
1043 .-.....-...-...-...-..-..--...-..---.....-
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1051 .D.....E...P...Q...V..M..AK...V..TVEnae..G
1052 .I.....D...D...I...I..I..TS...T..TIHsnpi.-
1053 .E.....S...D...V...R..I..SD...C..GVWektm.-
1054 .E.....S...D...V...R..I..SD...C..GVWektm.-
1055 .L.....E...D...V...V..I..ES...V..VVEtr...-
1056 .-.....-...-...-...-..-..--...-..---.....-
1057 .-.....-...-...-...-..-..--...-..---.....-
1058 .L.....D...S...V...V..M..ET...V..EIVrkgr.-
1059 .S.....K...R...I...E..V..TA...C..SHYsgt..A
1060 .L.....H...D...I...T..I..DS...I..EIVe....-
1061 .L.....H...D...V...V..I..ES...I..DVEe....-
1062 .V.....E...D...V...V..I..ET...I..EIEd....-
1063 .V.....E...D...V...V..I..ES...V..TIEe....-
1064 .N.....A...N...I...K..I..AK...S..GTV.....-
1065 .S.....T...P...VnppV..I..RK...V..TIAee...-
1066 .I.....V...S...V...S..I..IR...N..GEAakkf.-
1067 .L.....E...K...V...T..I..TR...-..GAQ.....-
1068 .R.....D...P...D...S..I..VS...M..RVAadi..A
1069 .V.....K...P...I...T..I..LS...A..KVLp....-
1070 .I.....Y...P...H...K..I..IK...T..EVLnnpf.-
1071 .L.....H...D...V...V..I..ES...I..DVEe....-
1072 .H.....V...D...K...K..I..NG...V..TIHanpl.-
1073 .I.....D...P...P...K..I..LS...C..YVVenpf.-
1074 .-.....-...-...-...-..-..--...-..---.....-
1075 .V.....S...R...A...W..I..SD...C..GQSggym.-
1076 .Y.....E...D...Q...V..I..KS...V..TVDmqgee-
1077 .L.....E...E...I...R..I..ES...V..RISel...-
1078 .V.....E...D...I...V..V..KR...A..YRQgdd..-
1079 .K.....E...D...V...I..I..KS...V..TVSe....-
1080 .T.....E...P...V...G..I..VS...V..EVLk....-
1081 .-.....-...-...-...-..-..--...-..---.....-
1082 .V.....Y...D...V...V..I..ES...I..DVEe....-
1083 .T.....E...D...V...V..I..TS...V..SVE.....-
1084 .T.....P...D...I...R..I..KD...V..TIFvdpfe-
1085 .T.....P...D...I...R..I..KD...V..TIFvdpfe-
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1877 .A.....S...K...P...K..I..LS...I..TITqg...G
1878 .Q.....S...A...K...V..I..TG...Q..NNLek...-
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1880 .S.....K...T...I...T..V..SD...V..NNSnff..-
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1883 .L.....K...D...V...I..I..AD...C..GKIevek.-
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1927 .Y.....T...E...C...V..I..VN...S..GKIkvke.-
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1929 .-.....-...-...-...-..-..--...-..---.....-
1930 .-.....-...-...-...-..-..--...-..---.....-
1931 .L.....S...A...R...L..I..SG...Q..DNLktg..A
1932 .-.....-...-...-...-..-..--...-..---.....-
1933 .L.....T...P...I...T..M..-D...V..NIIkmk..A
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1935 .K.....N...D...I...Y..I..E-...M..SVVn....-
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1979 .Yn....K...R...A...T..I..VK...S..GEL.....-
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1981 .A.....L...R...S...I..I..RN...C..GEYhlnq.-
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