# TARGET T0346 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 88.7316 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.121 0.015 0.005 0.021 0.039 0.045 0.085 0.005 0.001 0.005 0.659 2 P 0.008 0.001 0.003 0.004 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.970 3 Q 0.038 0.001 0.003 0.053 0.052 0.074 0.202 0.001 0.001 0.006 0.570 4 C 0.195 0.003 0.006 0.102 0.060 0.077 0.101 0.001 0.001 0.012 0.444 5 H 0.022 0.007 0.002 0.205 0.122 0.217 0.088 0.001 0.001 0.003 0.334 6 F 0.007 0.003 0.001 0.322 0.176 0.283 0.050 0.001 0.001 0.002 0.156 7 D 0.014 0.004 0.001 0.241 0.090 0.173 0.058 0.001 0.001 0.003 0.415 8 I 0.016 0.004 0.002 0.264 0.220 0.258 0.035 0.001 0.001 0.004 0.198 9 E 0.009 0.003 0.001 0.229 0.204 0.284 0.077 0.001 0.001 0.004 0.189 10 I 0.011 0.003 0.002 0.155 0.204 0.308 0.050 0.001 0.001 0.004 0.262 11 N 0.010 0.003 0.001 0.134 0.209 0.357 0.066 0.001 0.001 0.003 0.216 12 R 0.021 0.002 0.003 0.050 0.088 0.146 0.053 0.001 0.001 0.005 0.631 13 E 0.026 0.003 0.003 0.068 0.156 0.201 0.151 0.001 0.001 0.007 0.385 14 P 0.004 0.001 0.001 0.009 0.013 0.020 0.025 0.001 0.001 0.001 0.926 15 V 0.017 0.001 0.001 0.028 0.051 0.095 0.183 0.001 0.001 0.010 0.614 16 G 0.301 0.003 0.001 0.028 0.054 0.061 0.127 0.001 0.001 0.039 0.384 17 R 0.176 0.007 0.008 0.049 0.056 0.079 0.097 0.001 0.001 0.013 0.514 18 I 0.016 0.002 0.006 0.130 0.304 0.279 0.057 0.001 0.001 0.003 0.203 19 M 0.006 0.001 0.002 0.169 0.212 0.351 0.048 0.001 0.001 0.002 0.210 20 F 0.002 0.001 0.001 0.144 0.278 0.410 0.023 0.001 0.001 0.001 0.140 21 Q 0.002 0.001 0.001 0.145 0.245 0.401 0.030 0.001 0.001 0.001 0.173 22 L 0.003 0.001 0.001 0.095 0.157 0.334 0.057 0.001 0.001 0.002 0.349 23 F 0.009 0.002 0.001 0.147 0.152 0.263 0.082 0.001 0.001 0.004 0.339 24 S 0.008 0.003 0.001 0.038 0.032 0.068 0.110 0.001 0.001 0.004 0.736 25 D 0.038 0.006 0.001 0.019 0.011 0.023 0.179 0.001 0.001 0.009 0.712 26 I 0.397 0.025 0.004 0.015 0.013 0.017 0.130 0.003 0.001 0.018 0.379 27 C 0.277 0.094 0.014 0.017 0.018 0.030 0.167 0.002 0.001 0.007 0.375 28 P 0.006 0.015 0.003 0.003 0.002 0.006 0.016 0.001 0.001 0.001 0.947 29 K 0.024 0.045 0.001 0.009 0.011 0.022 0.082 0.001 0.001 0.001 0.805 30 T 0.138 0.154 0.001 0.004 0.006 0.008 0.098 0.002 0.001 0.002 0.586 31 C 0.049 0.726 0.001 0.009 0.010 0.020 0.035 0.002 0.001 0.001 0.147 32 K 0.016 0.811 0.001 0.006 0.004 0.016 0.028 0.002 0.001 0.001 0.116 33 N 0.041 0.807 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.005 0.001 0.001 0.119 34 F 0.043 0.915 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.028 35 L 0.027 0.935 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.021 36 C 0.025 0.866 0.005 0.001 0.005 0.008 0.004 0.022 0.001 0.001 0.062 37 L 0.087 0.818 0.002 0.003 0.003 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 0.058 38 C 0.125 0.734 0.011 0.004 0.007 0.008 0.005 0.021 0.001 0.001 0.085 39 S 0.047 0.312 0.033 0.020 0.029 0.051 0.023 0.025 0.001 0.001 0.458 40 G 0.082 0.086 0.010 0.026 0.020 0.036 0.075 0.026 0.001 0.003 0.637 41 E 0.396 0.058 0.034 0.015 0.009 0.013 0.092 0.006 0.001 0.011 0.366 42 K 0.063 0.046 0.017 0.020 0.011 0.015 0.125 0.003 0.001 0.004 0.696 43 G 0.078 0.028 0.010 0.029 0.028 0.031 0.146 0.003 0.001 0.009 0.639 44 L 0.164 0.040 0.010 0.022 0.025 0.045 0.121 0.001 0.001 0.010 0.562 45 G 0.036 0.023 0.003 0.021 0.059 0.068 0.095 0.002 0.001 0.004 0.690 46 K 0.099 0.032 0.007 0.027 0.050 0.086 0.108 0.001 0.001 0.010 0.580 47 T 0.043 0.043 0.003 0.029 0.063 0.088 0.152 0.003 0.001 0.006 0.570 48 T 0.084 0.061 0.004 0.036 0.054 0.086 0.135 0.005 0.001 0.015 0.521 49 G 0.141 0.050 0.008 0.030 0.045 0.066 0.176 0.007 0.001 0.025 0.451 50 K 0.183 0.065 0.028 0.034 0.044 0.072 0.156 0.004 0.001 0.021 0.392 51 K 0.046 0.037 0.010 0.036 0.066 0.079 0.081 0.004 0.001 0.005 0.635 52 L 0.047 0.031 0.006 0.046 0.114 0.145 0.071 0.003 0.001 0.005 0.533 53 C 0.069 0.050 0.003 0.064 0.135 0.203 0.110 0.005 0.001 0.007 0.354 54 Y 0.075 0.061 0.005 0.052 0.096 0.144 0.085 0.005 0.001 0.007 0.470 55 K 0.056 0.040 0.003 0.030 0.062 0.093 0.153 0.004 0.001 0.009 0.549 56 G 0.204 0.020 0.008 0.030 0.027 0.044 0.140 0.007 0.001 0.033 0.486 57 S 0.234 0.020 0.043 0.057 0.048 0.051 0.182 0.003 0.001 0.024 0.335 58 T 0.022 0.009 0.013 0.060 0.073 0.074 0.171 0.001 0.001 0.006 0.570 59 F 0.019 0.011 0.004 0.116 0.151 0.269 0.095 0.001 0.001 0.005 0.330 60 H 0.026 0.016 0.001 0.146 0.232 0.347 0.065 0.001 0.001 0.004 0.161 61 R 0.029 0.018 0.001 0.070 0.180 0.218 0.076 0.002 0.001 0.004 0.401 62 V 0.043 0.017 0.005 0.138 0.178 0.351 0.059 0.003 0.001 0.008 0.199 63 V 0.022 0.008 0.003 0.131 0.210 0.308 0.105 0.003 0.001 0.006 0.204 64 K 0.003 0.001 0.002 0.025 0.021 0.034 0.016 0.001 0.001 0.002 0.896 65 N 0.014 0.001 0.002 0.089 0.080 0.148 0.103 0.001 0.001 0.006 0.557 66 F 0.215 0.001 0.006 0.116 0.105 0.104 0.082 0.001 0.001 0.019 0.352 67 M 0.022 0.004 0.003 0.197 0.150 0.195 0.098 0.001 0.001 0.004 0.327 68 I 0.004 0.002 0.001 0.267 0.208 0.348 0.051 0.001 0.001 0.002 0.117 69 Q 0.011 0.003 0.001 0.255 0.142 0.283 0.066 0.001 0.001 0.003 0.235 70 G 0.011 0.003 0.001 0.078 0.096 0.172 0.059 0.001 0.001 0.005 0.574 71 G 0.020 0.002 0.003 0.079 0.111 0.208 0.125 0.001 0.001 0.012 0.439 72 D 0.027 0.001 0.002 0.035 0.072 0.086 0.151 0.001 0.001 0.009 0.615 73 F 0.009 0.001 0.001 0.025 0.053 0.063 0.053 0.001 0.001 0.004 0.791 74 S 0.018 0.003 0.001 0.036 0.109 0.194 0.244 0.001 0.001 0.009 0.385 75 E 0.123 0.012 0.001 0.025 0.066 0.078 0.163 0.001 0.001 0.018 0.512 76 G 0.179 0.040 0.003 0.027 0.068 0.082 0.221 0.002 0.001 0.021 0.357 77 N 0.097 0.025 0.005 0.018 0.034 0.047 0.274 0.002 0.001 0.019 0.479 78 G 0.119 0.028 0.006 0.024 0.038 0.045 0.216 0.004 0.001 0.028 0.492 79 K 0.166 0.029 0.018 0.015 0.036 0.053 0.263 0.002 0.001 0.029 0.388 80 G 0.041 0.017 0.010 0.015 0.043 0.062 0.135 0.002 0.001 0.009 0.667 81 G 0.067 0.012 0.006 0.024 0.098 0.144 0.125 0.002 0.001 0.012 0.510 82 E 0.050 0.010 0.008 0.020 0.080 0.138 0.088 0.001 0.001 0.008 0.597 83 S 0.016 0.013 0.002 0.050 0.183 0.253 0.090 0.001 0.001 0.003 0.389 84 I 0.038 0.023 0.002 0.076 0.145 0.255 0.096 0.002 0.001 0.007 0.357 85 Y 0.053 0.047 0.002 0.088 0.143 0.238 0.112 0.003 0.001 0.010 0.303 86 G 0.090 0.044 0.006 0.049 0.069 0.132 0.154 0.005 0.001 0.019 0.431 87 G 0.156 0.034 0.012 0.041 0.065 0.092 0.124 0.006 0.001 0.017 0.452 88 Y 0.081 0.019 0.015 0.025 0.059 0.072 0.093 0.003 0.001 0.009 0.623 89 F 0.042 0.012 0.009 0.031 0.145 0.198 0.104 0.002 0.001 0.006 0.451 90 K 0.024 0.010 0.003 0.031 0.080 0.137 0.062 0.001 0.001 0.003 0.649 91 D 0.040 0.017 0.001 0.019 0.070 0.096 0.181 0.002 0.001 0.006 0.568 92 E 0.135 0.022 0.002 0.012 0.023 0.037 0.206 0.002 0.001 0.022 0.538 93 N 0.238 0.030 0.004 0.017 0.020 0.027 0.353 0.005 0.001 0.041 0.265 94 F 0.284 0.035 0.023 0.021 0.020 0.022 0.234 0.003 0.001 0.028 0.330 95 I 0.066 0.035 0.014 0.028 0.053 0.064 0.198 0.002 0.001 0.008 0.532 96 L 0.045 0.019 0.007 0.033 0.092 0.154 0.115 0.001 0.001 0.005 0.531 97 K 0.032 0.015 0.002 0.021 0.078 0.126 0.071 0.001 0.001 0.003 0.650 98 H 0.039 0.015 0.002 0.019 0.065 0.124 0.100 0.001 0.001 0.006 0.628 99 D 0.085 0.013 0.002 0.021 0.056 0.095 0.165 0.003 0.001 0.013 0.547 100 R 0.148 0.017 0.008 0.037 0.033 0.045 0.135 0.003 0.001 0.020 0.553 101 A 0.057 0.013 0.011 0.050 0.025 0.042 0.139 0.001 0.001 0.014 0.648 102 F 0.058 0.017 0.009 0.108 0.100 0.143 0.207 0.001 0.001 0.018 0.337 103 L 0.050 0.054 0.007 0.160 0.125 0.224 0.128 0.001 0.001 0.007 0.244 104 L 0.008 0.060 0.002 0.172 0.211 0.347 0.036 0.001 0.001 0.002 0.160 105 S 0.010 0.071 0.001 0.176 0.206 0.351 0.056 0.001 0.001 0.003 0.125 106 M 0.039 0.136 0.002 0.087 0.109 0.175 0.066 0.004 0.001 0.003 0.378 107 A 0.042 0.230 0.003 0.178 0.153 0.230 0.065 0.013 0.001 0.008 0.078 108 N 0.155 0.130 0.012 0.030 0.043 0.092 0.240 0.026 0.001 0.033 0.237 109 R 0.096 0.064 0.088 0.037 0.029 0.043 0.096 0.018 0.001 0.011 0.518 110 G 0.131 0.012 0.013 0.018 0.027 0.026 0.250 0.018 0.001 0.018 0.486 111 K 0.086 0.003 0.137 0.006 0.008 0.009 0.036 0.001 0.001 0.008 0.706 112 H 0.011 0.005 0.002 0.028 0.048 0.050 0.187 0.002 0.001 0.003 0.664 113 T 0.206 0.010 0.002 0.028 0.039 0.039 0.196 0.001 0.001 0.026 0.453 114 N 0.086 0.033 0.001 0.020 0.024 0.032 0.246 0.002 0.001 0.018 0.538 115 G 0.156 0.017 0.003 0.021 0.023 0.031 0.323 0.004 0.001 0.069 0.353 116 S 0.595 0.013 0.012 0.035 0.015 0.014 0.135 0.003 0.001 0.059 0.119 117 Q 0.095 0.013 0.048 0.104 0.099 0.088 0.185 0.002 0.001 0.020 0.346 118 F 0.005 0.002 0.007 0.161 0.299 0.397 0.073 0.001 0.001 0.002 0.053 119 F 0.001 0.001 0.001 0.243 0.273 0.432 0.015 0.001 0.001 0.001 0.033 120 I 0.001 0.001 0.001 0.197 0.312 0.414 0.011 0.001 0.001 0.001 0.064 121 T 0.001 0.001 0.001 0.178 0.300 0.405 0.019 0.001 0.001 0.001 0.095 122 T 0.005 0.001 0.001 0.236 0.121 0.247 0.043 0.001 0.001 0.003 0.343 123 K 0.004 0.001 0.001 0.191 0.112 0.254 0.080 0.001 0.001 0.003 0.354 124 P 0.002 0.001 0.001 0.021 0.009 0.024 0.015 0.001 0.001 0.002 0.927 125 A 0.024 0.001 0.001 0.057 0.069 0.226 0.125 0.001 0.001 0.006 0.492 126 P 0.011 0.001 0.001 0.005 0.007 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.962 127 H 0.078 0.006 0.001 0.043 0.068 0.069 0.089 0.001 0.001 0.004 0.643 128 L 0.198 0.011 0.001 0.016 0.033 0.054 0.157 0.001 0.001 0.013 0.516 129 D 0.071 0.020 0.001 0.019 0.034 0.040 0.233 0.001 0.001 0.007 0.574 130 G 0.192 0.007 0.005 0.018 0.022 0.033 0.141 0.001 0.001 0.027 0.553 131 V 0.228 0.004 0.026 0.060 0.073 0.056 0.196 0.001 0.001 0.026 0.330 132 H 0.018 0.001 0.020 0.132 0.154 0.151 0.159 0.001 0.001 0.006 0.359 133 V 0.002 0.001 0.002 0.266 0.254 0.405 0.028 0.001 0.001 0.001 0.042 134 V 0.001 0.001 0.001 0.358 0.228 0.366 0.012 0.001 0.001 0.001 0.034 135 F 0.001 0.001 0.001 0.293 0.235 0.418 0.010 0.001 0.001 0.001 0.043 136 G 0.001 0.001 0.001 0.342 0.201 0.336 0.018 0.001 0.001 0.001 0.099 137 L 0.002 0.001 0.001 0.344 0.204 0.311 0.024 0.001 0.001 0.002 0.111 138 V 0.002 0.002 0.001 0.211 0.170 0.287 0.051 0.001 0.001 0.003 0.272 139 I 0.010 0.007 0.001 0.164 0.168 0.426 0.057 0.001 0.001 0.006 0.161 140 S 0.023 0.028 0.002 0.081 0.095 0.225 0.105 0.002 0.001 0.004 0.435 141 G 0.084 0.025 0.003 0.019 0.022 0.039 0.073 0.003 0.001 0.007 0.724 142 F 0.118 0.045 0.031 0.027 0.014 0.049 0.110 0.001 0.001 0.012 0.591 143 E 0.012 0.031 0.001 0.014 0.019 0.018 0.164 0.001 0.001 0.001 0.738 144 V 0.046 0.206 0.003 0.012 0.013 0.023 0.089 0.001 0.001 0.003 0.605 145 I 0.019 0.737 0.001 0.010 0.020 0.040 0.034 0.001 0.001 0.001 0.137 146 E 0.022 0.702 0.001 0.005 0.015 0.034 0.061 0.002 0.001 0.003 0.157 147 Q 0.050 0.857 0.001 0.001 0.003 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.072 148 I 0.030 0.929 0.001 0.002 0.004 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 0.022 149 E 0.028 0.894 0.003 0.003 0.005 0.013 0.003 0.014 0.001 0.001 0.036 150 N 0.109 0.505 0.007 0.006 0.012 0.016 0.006 0.175 0.001 0.001 0.164 151 L 0.462 0.317 0.049 0.006 0.006 0.007 0.007 0.054 0.001 0.001 0.091 152 K 0.124 0.071 0.072 0.020 0.040 0.031 0.051 0.043 0.001 0.003 0.544 153 T 0.019 0.010 0.074 0.022 0.022 0.031 0.061 0.002 0.001 0.002 0.757 154 D 0.030 0.010 0.002 0.068 0.048 0.054 0.246 0.002 0.001 0.003 0.537 155 A 0.089 0.008 0.002 0.019 0.007 0.008 0.130 0.001 0.001 0.013 0.724 156 A 0.087 0.010 0.002 0.016 0.006 0.010 0.486 0.001 0.001 0.022 0.359 157 S 0.541 0.009 0.005 0.026 0.006 0.008 0.172 0.003 0.001 0.050 0.181 158 R 0.386 0.019 0.016 0.040 0.019 0.018 0.203 0.002 0.001 0.016 0.283 159 P 0.002 0.001 0.003 0.005 0.005 0.006 0.015 0.001 0.001 0.001 0.962 160 Y 0.013 0.002 0.001 0.053 0.076 0.252 0.127 0.001 0.001 0.004 0.472 161 A 0.073 0.005 0.001 0.034 0.076 0.129 0.071 0.001 0.001 0.006 0.603 162 D 0.046 0.011 0.001 0.045 0.076 0.149 0.053 0.001 0.001 0.005 0.613 163 V 0.047 0.005 0.004 0.185 0.176 0.271 0.067 0.001 0.001 0.007 0.238 164 R 0.021 0.006 0.002 0.407 0.174 0.193 0.065 0.001 0.001 0.003 0.129 165 V 0.007 0.009 0.002 0.275 0.196 0.326 0.034 0.001 0.001 0.002 0.150 166 I 0.002 0.007 0.001 0.302 0.231 0.380 0.029 0.001 0.001 0.001 0.048 167 D 0.019 0.016 0.001 0.167 0.135 0.224 0.084 0.002 0.001 0.005 0.347 168 C 0.031 0.018 0.006 0.183 0.138 0.224 0.077 0.002 0.001 0.009 0.312 169 G 0.029 0.010 0.003 0.099 0.112 0.175 0.188 0.003 0.001 0.013 0.368 170 V 0.055 0.010 0.014 0.065 0.068 0.110 0.109 0.002 0.001 0.013 0.552 171 L 0.024 0.013 0.004 0.073 0.120 0.187 0.120 0.002 0.001 0.005 0.452 172 A 0.024 0.008 0.003 0.025 0.029 0.057 0.049 0.001 0.001 0.004 0.801