# TARGET T0346 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 88.7316 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 2 P 0.077 0.018 0.025 0.033 0.018 0.042 0.788 3 Q 0.211 0.022 0.060 0.045 0.189 0.124 0.349 4 C 0.369 0.017 0.049 0.027 0.103 0.064 0.371 5 H 0.573 0.013 0.011 0.028 0.058 0.031 0.287 6 F 0.690 0.008 0.005 0.016 0.054 0.014 0.213 7 D 0.712 0.005 0.006 0.022 0.044 0.014 0.197 8 I 0.674 0.009 0.020 0.035 0.054 0.034 0.174 9 E 0.765 0.010 0.012 0.030 0.023 0.038 0.123 10 I 0.719 0.039 0.015 0.017 0.035 0.043 0.132 11 N 0.548 0.014 0.008 0.007 0.073 0.136 0.214 12 R 0.328 0.013 0.009 0.003 0.286 0.144 0.217 13 E 0.255 0.025 0.009 0.001 0.245 0.019 0.446 14 P 0.206 0.010 0.021 0.002 0.119 0.123 0.519 15 V 0.144 0.014 0.058 0.003 0.188 0.316 0.277 16 G 0.346 0.004 0.028 0.003 0.204 0.206 0.209 17 R 0.597 0.004 0.005 0.002 0.083 0.031 0.278 18 I 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 19 M 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 20 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 21 Q 0.965 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.025 22 L 0.791 0.010 0.002 0.008 0.028 0.005 0.156 23 F 0.208 0.005 0.023 0.026 0.140 0.040 0.558 24 S 0.042 0.005 0.254 0.112 0.190 0.226 0.171 25 D 0.013 0.002 0.249 0.141 0.155 0.357 0.082 26 I 0.010 0.008 0.174 0.330 0.213 0.194 0.073 27 C 0.015 0.007 0.006 0.169 0.540 0.020 0.244 28 P 0.012 0.005 0.017 0.654 0.036 0.066 0.210 29 K 0.012 0.003 0.018 0.893 0.018 0.038 0.016 30 T 0.014 0.002 0.019 0.926 0.008 0.015 0.017 31 C 0.009 0.001 0.009 0.961 0.004 0.007 0.009 32 K 0.003 0.001 0.005 0.972 0.003 0.014 0.003 33 N 0.002 0.001 0.003 0.960 0.002 0.027 0.005 34 F 0.001 0.001 0.002 0.973 0.001 0.014 0.008 35 L 0.001 0.001 0.003 0.982 0.003 0.006 0.004 36 C 0.002 0.001 0.004 0.981 0.001 0.010 0.002 37 L 0.002 0.001 0.005 0.968 0.002 0.019 0.004 38 C 0.005 0.005 0.008 0.868 0.013 0.075 0.026 39 S 0.007 0.005 0.011 0.514 0.041 0.361 0.061 40 G 0.012 0.004 0.015 0.154 0.170 0.412 0.232 41 E 0.021 0.008 0.051 0.083 0.167 0.312 0.358 42 K 0.035 0.014 0.084 0.047 0.241 0.248 0.331 43 G 0.063 0.034 0.076 0.033 0.250 0.232 0.313 44 L 0.102 0.074 0.053 0.039 0.209 0.193 0.330 45 G 0.098 0.046 0.045 0.032 0.185 0.156 0.438 46 K 0.054 0.010 0.111 0.043 0.164 0.350 0.269 47 T 0.068 0.018 0.126 0.034 0.144 0.405 0.205 48 T 0.076 0.025 0.095 0.023 0.182 0.401 0.197 49 G 0.084 0.013 0.042 0.008 0.284 0.359 0.209 50 K 0.211 0.016 0.024 0.009 0.238 0.058 0.444 51 K 0.522 0.021 0.021 0.020 0.100 0.026 0.289 52 L 0.724 0.034 0.023 0.021 0.050 0.018 0.130 53 C 0.656 0.022 0.017 0.032 0.032 0.048 0.193 54 Y 0.586 0.024 0.030 0.036 0.058 0.096 0.171 55 K 0.073 0.003 0.013 0.024 0.067 0.775 0.046 56 G 0.032 0.001 0.007 0.004 0.124 0.782 0.050 57 S 0.311 0.024 0.005 0.013 0.092 0.025 0.530 58 T 0.761 0.046 0.004 0.013 0.027 0.013 0.135 59 F 0.802 0.010 0.012 0.026 0.022 0.010 0.118 60 H 0.759 0.005 0.021 0.048 0.034 0.013 0.120 61 R 0.702 0.007 0.050 0.068 0.057 0.028 0.088 62 V 0.747 0.024 0.024 0.046 0.032 0.024 0.104 63 V 0.627 0.013 0.028 0.044 0.049 0.018 0.221 64 K 0.238 0.004 0.084 0.074 0.106 0.384 0.111 65 N 0.256 0.005 0.072 0.051 0.102 0.440 0.074 66 F 0.634 0.024 0.046 0.035 0.052 0.083 0.126 67 M 0.810 0.031 0.011 0.016 0.032 0.027 0.073 68 I 0.803 0.016 0.011 0.011 0.029 0.025 0.105 69 Q 0.640 0.030 0.008 0.009 0.070 0.061 0.182 70 G 0.267 0.020 0.006 0.004 0.204 0.115 0.383 71 G 0.171 0.038 0.005 0.003 0.323 0.057 0.402 72 D 0.135 0.064 0.004 0.002 0.082 0.021 0.692 73 F 0.057 0.021 0.062 0.014 0.152 0.468 0.227 74 S 0.047 0.037 0.062 0.016 0.139 0.516 0.183 75 E 0.045 0.034 0.062 0.019 0.254 0.391 0.195 76 G 0.049 0.044 0.017 0.008 0.303 0.252 0.327 77 N 0.064 0.048 0.020 0.005 0.267 0.317 0.280 78 G 0.070 0.055 0.019 0.003 0.268 0.335 0.250 79 K 0.098 0.110 0.019 0.005 0.234 0.181 0.353 80 G 0.086 0.049 0.016 0.005 0.290 0.260 0.293 81 G 0.102 0.025 0.021 0.009 0.239 0.154 0.451 82 E 0.193 0.069 0.038 0.021 0.172 0.071 0.437 83 S 0.236 0.065 0.043 0.024 0.112 0.077 0.444 84 I 0.281 0.077 0.064 0.029 0.127 0.145 0.276 85 Y 0.190 0.044 0.044 0.028 0.135 0.352 0.207 86 G 0.081 0.013 0.036 0.017 0.276 0.341 0.235 87 G 0.085 0.017 0.018 0.012 0.280 0.087 0.501 88 Y 0.176 0.103 0.021 0.015 0.133 0.080 0.473 89 F 0.167 0.059 0.042 0.038 0.108 0.056 0.531 90 K 0.141 0.037 0.071 0.067 0.117 0.134 0.432 91 D 0.105 0.021 0.115 0.077 0.163 0.144 0.375 92 E 0.122 0.019 0.172 0.151 0.104 0.209 0.222 93 N 0.120 0.012 0.166 0.118 0.137 0.214 0.234 94 F 0.167 0.014 0.097 0.109 0.136 0.127 0.351 95 I 0.207 0.040 0.091 0.154 0.080 0.101 0.327 96 L 0.228 0.051 0.065 0.134 0.099 0.091 0.331 97 K 0.140 0.020 0.092 0.136 0.080 0.225 0.308 98 H 0.078 0.015 0.052 0.102 0.120 0.331 0.302 99 D 0.055 0.009 0.029 0.064 0.294 0.152 0.397 100 R 0.059 0.005 0.015 0.087 0.528 0.076 0.230 101 A 0.128 0.014 0.021 0.155 0.177 0.228 0.276 102 F 0.481 0.023 0.016 0.083 0.086 0.090 0.221 103 L 0.775 0.018 0.003 0.052 0.033 0.007 0.111 104 L 0.862 0.008 0.005 0.054 0.012 0.006 0.053 105 S 0.718 0.007 0.012 0.137 0.027 0.021 0.078 106 M 0.594 0.006 0.031 0.194 0.027 0.034 0.115 107 A 0.592 0.012 0.030 0.154 0.052 0.041 0.118 108 N 0.317 0.027 0.047 0.113 0.072 0.134 0.291 109 R 0.097 0.024 0.026 0.072 0.345 0.200 0.236 110 G 0.035 0.010 0.004 0.004 0.497 0.031 0.419 111 K 0.014 0.010 0.027 0.005 0.212 0.577 0.156 112 H 0.022 0.019 0.028 0.002 0.250 0.432 0.248 113 T 0.070 0.067 0.024 0.002 0.299 0.146 0.391 114 N 0.088 0.049 0.019 0.003 0.276 0.230 0.334 115 G 0.090 0.018 0.041 0.003 0.306 0.310 0.231 116 S 0.259 0.019 0.031 0.002 0.163 0.062 0.464 117 Q 0.615 0.019 0.018 0.003 0.139 0.021 0.184 118 F 0.929 0.004 0.004 0.003 0.011 0.007 0.044 119 F 0.971 0.005 0.001 0.003 0.002 0.002 0.017 120 I 0.974 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 121 T 0.923 0.008 0.001 0.001 0.005 0.003 0.060 122 T 0.633 0.018 0.001 0.001 0.061 0.009 0.276 123 K 0.154 0.007 0.005 0.002 0.517 0.079 0.236 124 P 0.120 0.077 0.009 0.003 0.291 0.093 0.407 125 A 0.038 0.021 0.075 0.016 0.103 0.021 0.726 126 P 0.014 0.006 0.369 0.049 0.126 0.267 0.170 127 H 0.012 0.007 0.438 0.037 0.075 0.310 0.122 128 L 0.091 0.032 0.163 0.028 0.304 0.143 0.239 129 D 0.033 0.008 0.046 0.011 0.209 0.506 0.186 130 G 0.087 0.004 0.021 0.005 0.301 0.471 0.112 131 V 0.334 0.015 0.009 0.007 0.142 0.031 0.462 132 H 0.787 0.029 0.003 0.002 0.047 0.010 0.122 133 V 0.826 0.005 0.003 0.003 0.021 0.006 0.137 134 V 0.906 0.005 0.001 0.002 0.017 0.004 0.064 135 F 0.815 0.003 0.004 0.008 0.021 0.011 0.138 136 G 0.743 0.002 0.005 0.010 0.082 0.040 0.118 137 L 0.881 0.006 0.004 0.017 0.023 0.014 0.055 138 V 0.877 0.019 0.002 0.020 0.015 0.013 0.054 139 I 0.575 0.019 0.008 0.053 0.083 0.065 0.198 140 S 0.238 0.018 0.009 0.062 0.240 0.233 0.200 141 G 0.036 0.004 0.043 0.324 0.115 0.277 0.202 142 F 0.011 0.003 0.041 0.796 0.043 0.040 0.067 143 E 0.009 0.003 0.028 0.878 0.017 0.025 0.040 144 V 0.004 0.001 0.014 0.956 0.003 0.011 0.012 145 I 0.001 0.001 0.005 0.986 0.001 0.003 0.004 146 E 0.001 0.001 0.008 0.984 0.001 0.005 0.001 147 Q 0.001 0.001 0.006 0.978 0.001 0.014 0.001 148 I 0.003 0.002 0.025 0.909 0.003 0.054 0.005 149 E 0.003 0.002 0.041 0.684 0.008 0.250 0.012 150 N 0.003 0.001 0.058 0.371 0.035 0.507 0.024 151 L 0.013 0.004 0.009 0.039 0.539 0.077 0.318 152 K 0.044 0.022 0.009 0.008 0.144 0.069 0.703 153 T 0.116 0.146 0.013 0.008 0.159 0.029 0.529 154 D 0.096 0.038 0.018 0.005 0.104 0.054 0.685 155 A 0.030 0.009 0.112 0.016 0.155 0.571 0.107 156 A 0.013 0.005 0.050 0.007 0.109 0.743 0.073 157 S 0.024 0.008 0.041 0.005 0.426 0.287 0.209 158 R 0.087 0.060 0.004 0.002 0.276 0.011 0.561 159 P 0.195 0.105 0.005 0.001 0.067 0.027 0.600 160 Y 0.314 0.044 0.010 0.002 0.118 0.049 0.463 161 A 0.385 0.010 0.014 0.004 0.205 0.064 0.318 162 D 0.367 0.004 0.008 0.003 0.064 0.029 0.526 163 V 0.623 0.008 0.001 0.002 0.020 0.002 0.345 164 R 0.902 0.008 0.001 0.002 0.004 0.001 0.083 165 V 0.954 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.034 166 I 0.905 0.002 0.001 0.004 0.015 0.005 0.067 167 D 0.856 0.001 0.003 0.007 0.028 0.016 0.088 168 C 0.754 0.003 0.008 0.014 0.025 0.012 0.185 169 G 0.816 0.003 0.010 0.014 0.033 0.020 0.102 170 V 0.779 0.010 0.012 0.008 0.038 0.028 0.124 171 L 0.376 0.020 0.002 0.003 0.003 0.006 0.589 172 A 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992