# TARGET T0346 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 88.7316 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.024 0.294 0.348 0.003 0.075 0.024 0.028 0.001 0.198 0.005 0.001 2 P 0.369 0.005 0.404 0.035 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 3 Q 0.212 0.339 0.242 0.090 0.047 0.034 0.007 0.004 0.024 0.001 0.001 4 C 0.092 0.467 0.251 0.072 0.042 0.039 0.005 0.002 0.028 0.002 0.001 5 H 0.070 0.539 0.132 0.066 0.072 0.047 0.021 0.003 0.048 0.002 0.001 6 F 0.079 0.486 0.185 0.039 0.107 0.039 0.019 0.003 0.040 0.003 0.001 7 D 0.067 0.200 0.438 0.038 0.035 0.152 0.024 0.002 0.036 0.001 0.006 8 I 0.078 0.665 0.138 0.027 0.052 0.018 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 9 E 0.060 0.605 0.227 0.017 0.037 0.029 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 10 I 0.103 0.653 0.094 0.047 0.030 0.028 0.003 0.001 0.040 0.001 0.001 11 N 0.096 0.141 0.104 0.134 0.071 0.061 0.321 0.013 0.051 0.006 0.001 12 R 0.116 0.173 0.182 0.164 0.127 0.040 0.092 0.059 0.025 0.020 0.002 13 E 0.021 0.446 0.352 0.001 0.040 0.012 0.006 0.001 0.117 0.002 0.001 14 P 0.251 0.005 0.521 0.017 0.001 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 15 V 0.117 0.258 0.224 0.275 0.044 0.035 0.017 0.003 0.022 0.001 0.003 16 G 0.006 0.016 0.035 0.005 0.233 0.001 0.015 0.155 0.001 0.534 0.001 17 R 0.014 0.398 0.430 0.020 0.081 0.033 0.003 0.001 0.012 0.001 0.007 18 I 0.001 0.771 0.176 0.001 0.017 0.017 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 19 M 0.003 0.845 0.102 0.002 0.010 0.021 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 20 F 0.003 0.746 0.194 0.001 0.013 0.027 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 21 Q 0.006 0.754 0.107 0.001 0.018 0.036 0.002 0.001 0.077 0.001 0.001 22 L 0.058 0.377 0.467 0.012 0.007 0.064 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 23 F 0.067 0.248 0.401 0.014 0.077 0.089 0.022 0.003 0.072 0.006 0.001 24 S 0.858 0.013 0.048 0.039 0.011 0.007 0.008 0.005 0.001 0.010 0.001 25 D 0.850 0.010 0.012 0.109 0.003 0.006 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 26 I 0.596 0.044 0.041 0.303 0.005 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 27 C 0.340 0.104 0.240 0.006 0.029 0.015 0.027 0.003 0.221 0.015 0.001 28 P 0.842 0.001 0.095 0.009 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 29 K 0.962 0.002 0.009 0.016 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 30 T 0.893 0.010 0.014 0.070 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 31 C 0.977 0.002 0.002 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 K 0.978 0.002 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 N 0.955 0.002 0.002 0.032 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 34 F 0.982 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 L 0.990 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 C 0.989 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 L 0.945 0.001 0.002 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 C 0.796 0.030 0.039 0.108 0.003 0.012 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 39 S 0.425 0.045 0.073 0.431 0.007 0.008 0.003 0.001 0.005 0.002 0.001 40 G 0.107 0.008 0.046 0.051 0.043 0.002 0.125 0.416 0.004 0.198 0.001 41 E 0.260 0.072 0.284 0.151 0.039 0.055 0.086 0.021 0.016 0.014 0.003 42 K 0.217 0.186 0.265 0.192 0.055 0.022 0.029 0.006 0.021 0.006 0.001 43 G 0.068 0.019 0.093 0.026 0.124 0.007 0.061 0.200 0.006 0.395 0.001 44 L 0.201 0.199 0.302 0.234 0.032 0.015 0.003 0.001 0.008 0.002 0.002 45 G 0.088 0.059 0.141 0.029 0.159 0.007 0.043 0.131 0.009 0.333 0.001 46 K 0.358 0.151 0.313 0.096 0.038 0.019 0.007 0.003 0.009 0.005 0.002 47 T 0.314 0.202 0.233 0.107 0.042 0.032 0.020 0.008 0.034 0.008 0.001 48 T 0.278 0.119 0.222 0.282 0.030 0.018 0.021 0.003 0.022 0.004 0.001 49 G 0.123 0.018 0.101 0.060 0.079 0.009 0.087 0.334 0.006 0.183 0.001 50 K 0.186 0.242 0.416 0.051 0.039 0.026 0.007 0.002 0.024 0.005 0.002 51 K 0.126 0.149 0.607 0.021 0.011 0.040 0.011 0.002 0.026 0.003 0.005 52 L 0.186 0.165 0.471 0.072 0.015 0.062 0.008 0.002 0.016 0.001 0.003 53 C 0.169 0.328 0.250 0.070 0.087 0.039 0.016 0.006 0.027 0.008 0.001 54 Y 0.182 0.342 0.169 0.122 0.066 0.042 0.020 0.007 0.043 0.006 0.001 55 K 0.127 0.108 0.389 0.210 0.017 0.032 0.081 0.002 0.031 0.004 0.001 56 G 0.020 0.003 0.016 0.027 0.021 0.004 0.132 0.726 0.002 0.049 0.001 57 S 0.036 0.257 0.600 0.020 0.039 0.022 0.006 0.002 0.015 0.002 0.001 58 T 0.120 0.409 0.371 0.028 0.021 0.029 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 59 F 0.154 0.476 0.201 0.027 0.059 0.045 0.007 0.002 0.028 0.002 0.001 60 H 0.288 0.426 0.114 0.061 0.054 0.024 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 61 R 0.181 0.364 0.202 0.026 0.072 0.090 0.019 0.002 0.041 0.001 0.001 62 V 0.145 0.503 0.239 0.027 0.019 0.037 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 63 V 0.126 0.475 0.226 0.026 0.018 0.046 0.005 0.001 0.076 0.001 0.001 64 K 0.324 0.067 0.500 0.037 0.012 0.023 0.015 0.002 0.006 0.013 0.001 65 N 0.101 0.030 0.025 0.224 0.044 0.025 0.426 0.104 0.018 0.003 0.001 66 F 0.064 0.403 0.258 0.099 0.094 0.028 0.026 0.004 0.021 0.003 0.001 67 M 0.038 0.710 0.148 0.012 0.051 0.018 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 68 I 0.053 0.515 0.279 0.022 0.033 0.063 0.005 0.001 0.028 0.002 0.001 69 Q 0.057 0.510 0.218 0.047 0.033 0.064 0.007 0.001 0.060 0.001 0.001 70 G 0.067 0.179 0.123 0.095 0.360 0.019 0.039 0.039 0.019 0.058 0.001 71 G 0.051 0.102 0.155 0.042 0.313 0.012 0.033 0.096 0.008 0.186 0.001 72 D 0.052 0.187 0.425 0.053 0.100 0.094 0.024 0.004 0.046 0.010 0.005 73 F 0.429 0.116 0.156 0.163 0.038 0.037 0.027 0.011 0.016 0.005 0.002 74 S 0.413 0.153 0.121 0.213 0.040 0.021 0.008 0.007 0.014 0.008 0.001 75 E 0.198 0.121 0.150 0.375 0.033 0.024 0.048 0.008 0.037 0.004 0.001 76 G 0.065 0.023 0.064 0.037 0.068 0.007 0.119 0.385 0.008 0.223 0.001 77 N 0.163 0.081 0.242 0.348 0.037 0.020 0.066 0.009 0.020 0.013 0.001 78 G 0.033 0.014 0.102 0.027 0.065 0.007 0.099 0.460 0.003 0.190 0.001 79 K 0.184 0.270 0.220 0.263 0.033 0.012 0.003 0.002 0.009 0.003 0.001 80 G 0.034 0.026 0.106 0.053 0.105 0.008 0.137 0.202 0.010 0.319 0.001 81 G 0.063 0.061 0.299 0.029 0.193 0.008 0.020 0.131 0.005 0.189 0.003 82 E 0.217 0.181 0.410 0.081 0.059 0.020 0.005 0.004 0.016 0.005 0.002 83 S 0.178 0.153 0.478 0.039 0.076 0.029 0.008 0.010 0.012 0.016 0.002 84 I 0.323 0.286 0.148 0.160 0.032 0.026 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 85 Y 0.157 0.142 0.320 0.223 0.026 0.039 0.043 0.003 0.040 0.007 0.001 86 G 0.054 0.012 0.066 0.041 0.068 0.006 0.160 0.467 0.005 0.121 0.001 87 G 0.179 0.144 0.350 0.063 0.115 0.015 0.019 0.053 0.008 0.052 0.001 88 Y 0.160 0.361 0.349 0.043 0.038 0.018 0.006 0.004 0.014 0.005 0.001 89 F 0.138 0.286 0.342 0.049 0.045 0.072 0.013 0.003 0.049 0.004 0.001 90 K 0.456 0.119 0.255 0.072 0.017 0.042 0.013 0.002 0.017 0.006 0.001 91 D 0.285 0.087 0.123 0.208 0.044 0.091 0.077 0.011 0.066 0.004 0.003 92 E 0.431 0.137 0.156 0.180 0.038 0.022 0.013 0.007 0.012 0.004 0.001 93 N 0.297 0.150 0.152 0.207 0.037 0.045 0.060 0.008 0.039 0.003 0.001 94 F 0.246 0.181 0.197 0.133 0.070 0.054 0.068 0.013 0.030 0.008 0.001 95 I 0.230 0.342 0.205 0.106 0.022 0.042 0.012 0.002 0.036 0.001 0.001 96 L 0.199 0.255 0.373 0.027 0.042 0.042 0.014 0.002 0.042 0.004 0.001 97 K 0.301 0.071 0.450 0.062 0.003 0.081 0.010 0.002 0.013 0.001 0.004 98 H 0.235 0.184 0.199 0.159 0.069 0.059 0.037 0.009 0.038 0.010 0.001 99 D 0.273 0.081 0.120 0.315 0.031 0.059 0.060 0.008 0.044 0.007 0.001 100 R 0.233 0.286 0.234 0.065 0.092 0.022 0.031 0.005 0.026 0.006 0.001 101 A 0.169 0.124 0.568 0.075 0.011 0.026 0.009 0.002 0.007 0.002 0.006 102 F 0.065 0.211 0.210 0.038 0.330 0.011 0.046 0.048 0.017 0.024 0.001 103 L 0.089 0.547 0.250 0.007 0.033 0.047 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 104 L 0.084 0.572 0.209 0.013 0.013 0.062 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 105 S 0.118 0.489 0.192 0.013 0.120 0.034 0.004 0.002 0.024 0.004 0.001 106 M 0.180 0.312 0.195 0.072 0.082 0.063 0.027 0.003 0.061 0.002 0.002 107 A 0.329 0.169 0.285 0.090 0.048 0.035 0.016 0.004 0.012 0.012 0.001 108 N 0.219 0.138 0.125 0.206 0.053 0.120 0.081 0.008 0.042 0.007 0.001 109 R 0.125 0.232 0.170 0.312 0.075 0.020 0.034 0.007 0.022 0.003 0.001 110 G 0.044 0.052 0.139 0.032 0.183 0.007 0.074 0.241 0.013 0.213 0.001 111 K 0.353 0.082 0.254 0.182 0.033 0.028 0.026 0.008 0.009 0.021 0.004 112 H 0.057 0.077 0.132 0.191 0.027 0.146 0.272 0.022 0.071 0.004 0.001 113 T 0.193 0.250 0.179 0.210 0.098 0.018 0.010 0.010 0.017 0.014 0.001 114 N 0.127 0.066 0.108 0.262 0.039 0.041 0.278 0.034 0.036 0.008 0.001 115 G 0.131 0.071 0.183 0.099 0.153 0.007 0.040 0.193 0.006 0.117 0.001 116 S 0.132 0.294 0.264 0.077 0.156 0.023 0.016 0.014 0.015 0.007 0.001 117 Q 0.049 0.627 0.188 0.031 0.065 0.017 0.004 0.001 0.015 0.002 0.001 118 F 0.025 0.730 0.109 0.010 0.093 0.014 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 119 F 0.022 0.759 0.113 0.005 0.059 0.016 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 120 I 0.026 0.738 0.139 0.006 0.038 0.029 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 121 T 0.027 0.584 0.230 0.019 0.067 0.048 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 122 T 0.107 0.383 0.152 0.258 0.036 0.027 0.007 0.001 0.028 0.001 0.001 123 K 0.009 0.491 0.258 0.001 0.125 0.013 0.021 0.001 0.079 0.003 0.001 124 P 0.087 0.007 0.687 0.020 0.001 0.141 0.001 0.001 0.003 0.001 0.055 125 A 0.021 0.328 0.431 0.003 0.078 0.022 0.006 0.001 0.108 0.002 0.001 126 P 0.452 0.006 0.477 0.013 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 127 H 0.252 0.056 0.170 0.398 0.019 0.027 0.026 0.016 0.032 0.002 0.001 128 L 0.180 0.194 0.330 0.160 0.015 0.074 0.009 0.002 0.034 0.001 0.001 129 D 0.068 0.062 0.245 0.273 0.022 0.055 0.223 0.005 0.037 0.010 0.001 130 G 0.033 0.005 0.018 0.032 0.020 0.003 0.121 0.738 0.002 0.029 0.001 131 V 0.109 0.439 0.309 0.062 0.046 0.016 0.003 0.001 0.012 0.002 0.001 132 H 0.029 0.384 0.427 0.028 0.021 0.063 0.012 0.001 0.033 0.001 0.001 133 V 0.040 0.533 0.316 0.013 0.017 0.055 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 134 V 0.052 0.651 0.190 0.011 0.027 0.045 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 135 F 0.042 0.549 0.113 0.075 0.076 0.042 0.031 0.003 0.067 0.001 0.001 136 G 0.025 0.101 0.117 0.003 0.634 0.002 0.008 0.040 0.003 0.065 0.001 137 L 0.055 0.540 0.303 0.008 0.025 0.045 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 138 V 0.014 0.091 0.732 0.001 0.001 0.155 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 139 I 0.847 0.003 0.001 0.147 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 S 0.035 0.302 0.054 0.070 0.508 0.002 0.015 0.001 0.007 0.006 0.001 141 G 0.195 0.021 0.053 0.006 0.128 0.001 0.019 0.287 0.003 0.286 0.001 142 F 0.894 0.012 0.052 0.015 0.006 0.008 0.002 0.005 0.002 0.003 0.002 143 E 0.988 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 V 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 Q 0.985 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 I 0.965 0.002 0.002 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 E 0.967 0.002 0.012 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 N 0.364 0.001 0.004 0.613 0.001 0.005 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 151 L 0.083 0.088 0.547 0.213 0.004 0.038 0.008 0.002 0.016 0.001 0.001 152 K 0.049 0.052 0.150 0.066 0.027 0.116 0.471 0.020 0.037 0.013 0.001 153 T 0.082 0.459 0.243 0.084 0.076 0.029 0.003 0.002 0.018 0.003 0.001 154 D 0.026 0.141 0.468 0.034 0.064 0.172 0.018 0.002 0.073 0.003 0.001 155 A 0.697 0.028 0.064 0.164 0.005 0.018 0.008 0.006 0.008 0.002 0.001 156 A 0.397 0.016 0.043 0.480 0.007 0.008 0.027 0.012 0.006 0.002 0.001 157 S 0.134 0.042 0.158 0.329 0.036 0.040 0.153 0.075 0.027 0.007 0.001 158 R 0.030 0.338 0.460 0.003 0.018 0.014 0.020 0.001 0.114 0.001 0.001 159 P 0.072 0.006 0.857 0.007 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 160 Y 0.203 0.277 0.213 0.189 0.040 0.044 0.007 0.004 0.020 0.002 0.001 161 A 0.040 0.574 0.176 0.014 0.149 0.009 0.007 0.001 0.027 0.003 0.001 162 D 0.043 0.169 0.564 0.055 0.007 0.122 0.010 0.001 0.025 0.001 0.004 163 V 0.004 0.642 0.260 0.004 0.042 0.021 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 164 R 0.004 0.678 0.251 0.001 0.010 0.037 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 165 V 0.003 0.335 0.553 0.001 0.002 0.094 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 166 I 0.437 0.301 0.033 0.176 0.018 0.016 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 167 D 0.009 0.526 0.148 0.014 0.209 0.040 0.020 0.001 0.032 0.001 0.001 168 C 0.054 0.575 0.126 0.045 0.149 0.011 0.008 0.002 0.028 0.001 0.001 169 G 0.067 0.133 0.094 0.028 0.384 0.008 0.027 0.070 0.015 0.173 0.001 170 V 0.080 0.460 0.316 0.025 0.050 0.038 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 171 L 0.183 0.229 0.298 0.120 0.013 0.090 0.015 0.002 0.047 0.002 0.001 172 A 0.158 0.219 0.280 0.037 0.197 0.016 0.026 0.012 0.013 0.039 0.001