# TARGET T0346 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 88.7316 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.137 0.283 0.128 0.011 0.368 0.004 0.012 0.015 0.006 0.007 0.028 2 P 0.083 0.156 0.036 0.007 0.171 0.009 0.018 0.132 0.229 0.120 0.038 3 Q 0.154 0.134 0.030 0.007 0.272 0.018 0.067 0.110 0.085 0.084 0.039 4 C 0.322 0.093 0.014 0.005 0.427 0.007 0.015 0.023 0.013 0.028 0.054 5 H 0.313 0.091 0.027 0.013 0.402 0.017 0.020 0.017 0.010 0.032 0.058 6 F 0.185 0.230 0.042 0.011 0.455 0.012 0.007 0.011 0.005 0.013 0.031 7 D 0.485 0.037 0.008 0.001 0.342 0.002 0.004 0.006 0.003 0.018 0.093 8 I 0.382 0.103 0.006 0.004 0.391 0.009 0.004 0.006 0.007 0.014 0.075 9 E 0.164 0.189 0.030 0.002 0.588 0.001 0.003 0.007 0.003 0.005 0.008 10 I 0.285 0.043 0.007 0.078 0.152 0.180 0.059 0.051 0.026 0.034 0.084 11 N 0.057 0.244 0.101 0.131 0.332 0.032 0.025 0.030 0.017 0.018 0.013 12 R 0.243 0.036 0.014 0.008 0.128 0.008 0.013 0.039 0.057 0.277 0.176 13 E 0.021 0.515 0.239 0.013 0.180 0.003 0.008 0.014 0.004 0.002 0.001 14 P 0.225 0.187 0.131 0.033 0.176 0.047 0.065 0.061 0.014 0.016 0.044 15 V 0.050 0.072 0.049 0.169 0.046 0.110 0.209 0.073 0.067 0.107 0.047 16 G 0.019 0.116 0.183 0.427 0.059 0.109 0.007 0.010 0.009 0.044 0.017 17 R 0.162 0.159 0.012 0.001 0.634 0.002 0.004 0.010 0.003 0.005 0.008 18 I 0.337 0.060 0.004 0.001 0.574 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 19 M 0.262 0.044 0.004 0.003 0.660 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.019 20 F 0.274 0.065 0.005 0.001 0.629 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 21 Q 0.297 0.090 0.009 0.001 0.519 0.001 0.002 0.005 0.001 0.011 0.064 22 L 0.171 0.170 0.066 0.039 0.243 0.040 0.053 0.045 0.017 0.064 0.092 23 F 0.153 0.214 0.117 0.031 0.254 0.006 0.007 0.025 0.026 0.064 0.102 24 S 0.017 0.091 0.045 0.027 0.041 0.062 0.056 0.226 0.365 0.059 0.011 25 D 0.008 0.015 0.011 0.015 0.013 0.036 0.235 0.348 0.215 0.091 0.015 26 I 0.029 0.033 0.017 0.010 0.031 0.008 0.036 0.109 0.151 0.534 0.042 27 C 0.028 0.173 0.088 0.015 0.072 0.007 0.013 0.431 0.127 0.030 0.015 28 P 0.004 0.030 0.015 0.005 0.017 0.009 0.018 0.782 0.113 0.006 0.003 29 K 0.005 0.005 0.003 0.001 0.007 0.002 0.013 0.898 0.055 0.007 0.003 30 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.932 0.046 0.012 0.001 31 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.911 0.079 0.006 0.001 32 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.966 0.023 0.001 0.001 33 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.020 0.005 0.001 34 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.041 0.001 0.001 35 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.054 0.002 0.001 36 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.949 0.039 0.002 0.001 37 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.905 0.051 0.005 0.001 38 C 0.007 0.008 0.004 0.003 0.009 0.007 0.052 0.775 0.082 0.047 0.006 39 S 0.008 0.471 0.081 0.040 0.070 0.031 0.057 0.160 0.034 0.043 0.004 40 G 0.037 0.064 0.117 0.094 0.025 0.035 0.031 0.096 0.067 0.274 0.160 41 E 0.073 0.083 0.055 0.045 0.113 0.051 0.125 0.193 0.105 0.101 0.057 42 K 0.038 0.258 0.145 0.092 0.109 0.054 0.089 0.081 0.058 0.052 0.024 43 G 0.059 0.052 0.081 0.205 0.040 0.109 0.053 0.063 0.039 0.201 0.099 44 L 0.063 0.155 0.069 0.071 0.110 0.090 0.117 0.090 0.069 0.113 0.054 45 G 0.047 0.079 0.125 0.210 0.070 0.058 0.017 0.044 0.055 0.207 0.088 46 K 0.093 0.169 0.106 0.029 0.161 0.022 0.048 0.159 0.105 0.072 0.036 47 T 0.125 0.119 0.083 0.030 0.144 0.032 0.066 0.165 0.077 0.095 0.064 48 T 0.045 0.213 0.130 0.118 0.094 0.064 0.091 0.082 0.054 0.077 0.032 49 G 0.052 0.055 0.099 0.178 0.038 0.050 0.018 0.033 0.048 0.315 0.113 50 K 0.092 0.277 0.116 0.029 0.232 0.028 0.030 0.055 0.048 0.061 0.032 51 K 0.234 0.149 0.053 0.010 0.311 0.013 0.026 0.056 0.039 0.044 0.065 52 L 0.198 0.171 0.038 0.018 0.308 0.024 0.024 0.046 0.047 0.055 0.071 53 C 0.249 0.164 0.080 0.015 0.293 0.009 0.019 0.045 0.025 0.041 0.060 54 Y 0.187 0.065 0.065 0.158 0.119 0.089 0.027 0.058 0.042 0.085 0.105 55 K 0.005 0.043 0.045 0.334 0.015 0.200 0.207 0.112 0.027 0.007 0.003 56 G 0.028 0.017 0.022 0.043 0.017 0.013 0.009 0.022 0.050 0.646 0.133 57 S 0.056 0.426 0.103 0.014 0.284 0.005 0.009 0.028 0.026 0.035 0.014 58 T 0.250 0.158 0.039 0.004 0.342 0.006 0.013 0.055 0.035 0.036 0.062 59 F 0.243 0.090 0.029 0.016 0.271 0.021 0.035 0.081 0.075 0.055 0.086 60 H 0.153 0.153 0.042 0.020 0.308 0.022 0.024 0.081 0.073 0.068 0.056 61 R 0.216 0.177 0.053 0.003 0.420 0.002 0.008 0.049 0.022 0.017 0.032 62 V 0.339 0.103 0.022 0.012 0.231 0.018 0.035 0.075 0.043 0.040 0.081 63 V 0.215 0.139 0.074 0.058 0.350 0.033 0.016 0.030 0.020 0.019 0.045 64 K 0.005 0.008 0.004 0.085 0.009 0.290 0.330 0.226 0.035 0.007 0.002 65 N 0.094 0.059 0.034 0.056 0.106 0.018 0.042 0.099 0.099 0.298 0.094 66 F 0.206 0.123 0.014 0.019 0.476 0.013 0.011 0.026 0.024 0.039 0.050 67 M 0.203 0.127 0.014 0.002 0.560 0.003 0.005 0.019 0.013 0.011 0.043 68 I 0.335 0.087 0.023 0.005 0.376 0.006 0.019 0.018 0.009 0.025 0.098 69 Q 0.155 0.084 0.058 0.071 0.166 0.066 0.113 0.066 0.043 0.099 0.079 70 G 0.081 0.117 0.105 0.089 0.103 0.043 0.054 0.061 0.079 0.197 0.072 71 G 0.031 0.087 0.120 0.151 0.055 0.064 0.029 0.043 0.089 0.275 0.055 72 D 0.154 0.142 0.077 0.018 0.380 0.012 0.023 0.039 0.040 0.060 0.057 73 F 0.068 0.098 0.044 0.014 0.096 0.016 0.041 0.172 0.240 0.147 0.063 74 S 0.071 0.090 0.063 0.029 0.137 0.039 0.120 0.158 0.108 0.143 0.043 75 E 0.038 0.206 0.200 0.101 0.088 0.051 0.062 0.080 0.059 0.081 0.033 76 G 0.042 0.069 0.099 0.121 0.058 0.061 0.050 0.083 0.090 0.233 0.094 77 N 0.037 0.233 0.174 0.095 0.097 0.072 0.119 0.058 0.042 0.048 0.025 78 G 0.052 0.044 0.068 0.096 0.038 0.044 0.041 0.091 0.093 0.290 0.143 79 K 0.047 0.124 0.063 0.060 0.097 0.126 0.250 0.096 0.052 0.058 0.027 80 G 0.031 0.083 0.145 0.193 0.040 0.042 0.023 0.028 0.041 0.284 0.090 81 G 0.049 0.135 0.213 0.181 0.083 0.044 0.018 0.034 0.037 0.139 0.067 82 E 0.075 0.322 0.112 0.015 0.276 0.010 0.014 0.060 0.056 0.035 0.026 83 S 0.193 0.188 0.082 0.008 0.291 0.009 0.026 0.081 0.036 0.026 0.059 84 I 0.147 0.086 0.063 0.040 0.136 0.056 0.093 0.161 0.069 0.087 0.063 85 Y 0.056 0.162 0.095 0.165 0.108 0.104 0.117 0.093 0.026 0.043 0.031 86 G 0.023 0.041 0.074 0.215 0.021 0.047 0.019 0.035 0.052 0.394 0.079 87 G 0.016 0.222 0.238 0.188 0.074 0.046 0.024 0.083 0.045 0.054 0.011 88 Y 0.169 0.203 0.061 0.007 0.268 0.010 0.034 0.129 0.049 0.029 0.042 89 F 0.117 0.167 0.078 0.027 0.184 0.018 0.032 0.151 0.073 0.081 0.071 90 K 0.063 0.146 0.067 0.038 0.117 0.053 0.083 0.221 0.112 0.068 0.031 91 D 0.146 0.108 0.071 0.013 0.159 0.009 0.021 0.158 0.098 0.131 0.087 92 E 0.050 0.084 0.038 0.020 0.070 0.032 0.072 0.286 0.208 0.115 0.025 93 N 0.090 0.151 0.053 0.028 0.157 0.018 0.031 0.175 0.102 0.135 0.060 94 F 0.152 0.091 0.019 0.006 0.203 0.011 0.029 0.216 0.118 0.097 0.059 95 I 0.139 0.103 0.032 0.010 0.201 0.015 0.037 0.231 0.094 0.089 0.050 96 L 0.169 0.178 0.053 0.014 0.287 0.010 0.020 0.140 0.047 0.039 0.042 97 K 0.123 0.137 0.077 0.027 0.153 0.036 0.075 0.176 0.073 0.070 0.053 98 H 0.085 0.124 0.049 0.041 0.135 0.041 0.085 0.197 0.093 0.095 0.054 99 D 0.083 0.116 0.079 0.044 0.113 0.029 0.033 0.106 0.106 0.225 0.066 100 R 0.024 0.213 0.127 0.035 0.087 0.016 0.027 0.300 0.103 0.059 0.010 101 A 0.115 0.088 0.021 0.011 0.168 0.019 0.070 0.322 0.088 0.056 0.041 102 F 0.092 0.158 0.059 0.052 0.214 0.035 0.033 0.226 0.045 0.054 0.032 103 L 0.324 0.054 0.005 0.003 0.361 0.005 0.014 0.167 0.014 0.011 0.041 104 L 0.220 0.059 0.011 0.014 0.296 0.020 0.027 0.245 0.032 0.033 0.044 105 S 0.187 0.134 0.018 0.006 0.367 0.008 0.021 0.180 0.023 0.022 0.033 106 M 0.164 0.071 0.029 0.013 0.210 0.016 0.031 0.285 0.062 0.068 0.051 107 A 0.059 0.142 0.062 0.023 0.086 0.042 0.089 0.319 0.107 0.042 0.030 108 N 0.157 0.096 0.058 0.017 0.139 0.020 0.054 0.152 0.066 0.150 0.091 109 R 0.041 0.303 0.131 0.128 0.108 0.066 0.057 0.047 0.038 0.055 0.026 110 G 0.029 0.082 0.171 0.311 0.041 0.067 0.023 0.033 0.044 0.139 0.060 111 K 0.076 0.122 0.064 0.049 0.123 0.066 0.145 0.124 0.098 0.087 0.044 112 H 0.126 0.104 0.050 0.026 0.149 0.018 0.039 0.077 0.091 0.198 0.121 113 T 0.111 0.128 0.077 0.056 0.147 0.064 0.095 0.088 0.082 0.095 0.055 114 N 0.066 0.132 0.150 0.090 0.096 0.063 0.081 0.084 0.079 0.110 0.049 115 G 0.100 0.099 0.053 0.041 0.116 0.030 0.036 0.058 0.093 0.276 0.098 116 S 0.205 0.144 0.028 0.013 0.330 0.010 0.014 0.035 0.045 0.112 0.065 117 Q 0.282 0.083 0.012 0.010 0.440 0.016 0.031 0.037 0.024 0.026 0.040 118 F 0.204 0.119 0.011 0.005 0.623 0.004 0.005 0.008 0.002 0.005 0.014 119 F 0.323 0.044 0.004 0.002 0.581 0.002 0.002 0.006 0.001 0.005 0.030 120 I 0.223 0.160 0.019 0.003 0.527 0.003 0.004 0.009 0.002 0.008 0.041 121 T 0.313 0.107 0.018 0.002 0.411 0.001 0.005 0.009 0.004 0.032 0.098 122 T 0.124 0.154 0.102 0.069 0.167 0.036 0.032 0.042 0.071 0.139 0.064 123 K 0.009 0.279 0.407 0.105 0.051 0.027 0.037 0.052 0.027 0.006 0.002 124 P 0.140 0.169 0.100 0.021 0.182 0.021 0.060 0.048 0.049 0.115 0.094 125 A 0.077 0.306 0.188 0.018 0.263 0.007 0.013 0.029 0.048 0.022 0.029 126 P 0.030 0.097 0.037 0.017 0.077 0.074 0.123 0.232 0.251 0.045 0.016 127 H 0.148 0.047 0.030 0.010 0.092 0.011 0.041 0.091 0.094 0.315 0.120 128 L 0.163 0.083 0.052 0.080 0.124 0.080 0.036 0.038 0.058 0.139 0.145 129 D 0.009 0.061 0.083 0.362 0.029 0.206 0.139 0.049 0.033 0.020 0.009 130 G 0.016 0.015 0.019 0.043 0.011 0.010 0.008 0.045 0.133 0.633 0.066 131 V 0.088 0.188 0.040 0.020 0.221 0.020 0.076 0.091 0.116 0.099 0.041 132 H 0.209 0.199 0.034 0.007 0.401 0.007 0.008 0.020 0.020 0.030 0.066 133 V 0.230 0.134 0.030 0.004 0.527 0.006 0.011 0.014 0.008 0.010 0.026 134 V 0.416 0.047 0.023 0.014 0.224 0.020 0.028 0.032 0.010 0.041 0.144 135 F 0.104 0.147 0.088 0.086 0.133 0.016 0.019 0.033 0.042 0.235 0.096 136 G 0.023 0.133 0.275 0.351 0.074 0.065 0.009 0.021 0.020 0.020 0.009 137 L 0.086 0.409 0.075 0.003 0.325 0.002 0.008 0.059 0.019 0.004 0.011 138 V 0.355 0.090 0.023 0.006 0.298 0.009 0.027 0.087 0.014 0.013 0.078 139 I 0.016 0.014 0.009 0.115 0.022 0.328 0.211 0.204 0.048 0.022 0.010 140 S 0.021 0.101 0.161 0.123 0.043 0.034 0.054 0.285 0.093 0.068 0.018 141 G 0.026 0.054 0.055 0.048 0.029 0.013 0.010 0.335 0.136 0.252 0.042 142 F 0.008 0.024 0.007 0.004 0.032 0.005 0.009 0.610 0.267 0.026 0.007 143 E 0.011 0.019 0.006 0.001 0.021 0.002 0.016 0.853 0.065 0.004 0.003 144 V 0.004 0.004 0.002 0.002 0.004 0.002 0.007 0.837 0.096 0.041 0.003 145 I 0.005 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.801 0.166 0.010 0.003 146 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.029 0.842 0.112 0.003 0.001 147 Q 0.003 0.003 0.003 0.001 0.004 0.001 0.019 0.781 0.131 0.053 0.002 148 I 0.019 0.012 0.004 0.003 0.015 0.004 0.012 0.504 0.348 0.069 0.010 149 E 0.001 0.009 0.005 0.006 0.003 0.020 0.121 0.647 0.183 0.005 0.001 150 N 0.028 0.008 0.004 0.001 0.018 0.002 0.027 0.184 0.167 0.514 0.046 151 L 0.054 0.448 0.108 0.003 0.324 0.002 0.007 0.019 0.010 0.013 0.012 152 K 0.275 0.103 0.038 0.008 0.266 0.012 0.022 0.036 0.020 0.069 0.151 153 T 0.077 0.279 0.125 0.024 0.246 0.010 0.021 0.056 0.046 0.074 0.041 154 D 0.042 0.214 0.241 0.046 0.124 0.017 0.022 0.097 0.078 0.082 0.036 155 A 0.016 0.033 0.018 0.010 0.027 0.018 0.071 0.434 0.299 0.062 0.012 156 A 0.019 0.201 0.096 0.054 0.092 0.045 0.118 0.125 0.085 0.140 0.024 157 S 0.090 0.042 0.035 0.022 0.060 0.011 0.025 0.033 0.056 0.451 0.174 158 R 0.026 0.462 0.328 0.012 0.125 0.005 0.007 0.014 0.009 0.006 0.006 159 P 0.154 0.339 0.046 0.003 0.363 0.004 0.013 0.021 0.017 0.016 0.024 160 Y 0.273 0.076 0.058 0.023 0.192 0.022 0.024 0.037 0.065 0.116 0.114 161 A 0.014 0.323 0.214 0.077 0.116 0.073 0.062 0.083 0.024 0.009 0.005 162 D 0.458 0.033 0.006 0.001 0.251 0.001 0.004 0.006 0.007 0.050 0.184 163 V 0.153 0.268 0.024 0.001 0.538 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 164 R 0.071 0.379 0.024 0.001 0.517 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 165 V 0.703 0.017 0.004 0.003 0.150 0.003 0.002 0.002 0.002 0.005 0.110 166 I 0.005 0.045 0.017 0.120 0.032 0.432 0.255 0.062 0.026 0.005 0.002 167 D 0.391 0.071 0.026 0.003 0.296 0.002 0.005 0.010 0.007 0.064 0.126 168 C 0.256 0.117 0.022 0.031 0.255 0.009 0.006 0.026 0.046 0.114 0.117 169 G 0.026 0.176 0.218 0.211 0.119 0.065 0.022 0.051 0.062 0.039 0.012 170 V 0.297 0.145 0.036 0.008 0.286 0.009 0.042 0.066 0.028 0.023 0.060 171 L 0.056 0.118 0.073 0.104 0.110 0.071 0.118 0.124 0.077 0.105 0.043 172 A 0.110 0.230 0.147 0.055 0.191 0.030 0.034 0.080 0.043 0.039 0.040