# TARGET T0346 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 88.9705 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.026 0.003 0.003 0.002 0.167 0.800 2 P 0.095 0.008 0.016 0.005 0.244 0.633 3 Q 0.360 0.018 0.021 0.003 0.165 0.433 4 C 0.701 0.012 0.016 0.003 0.086 0.182 5 H 0.817 0.007 0.005 0.002 0.048 0.122 6 F 0.784 0.006 0.003 0.002 0.051 0.155 7 D 0.712 0.004 0.002 0.002 0.071 0.209 8 I 0.848 0.004 0.002 0.001 0.036 0.110 9 E 0.907 0.005 0.002 0.001 0.035 0.049 10 I 0.895 0.008 0.003 0.002 0.047 0.046 11 N 0.708 0.006 0.004 0.004 0.156 0.121 12 R 0.561 0.009 0.005 0.002 0.207 0.216 13 E 0.458 0.017 0.010 0.002 0.252 0.260 14 P 0.356 0.032 0.016 0.003 0.365 0.228 15 V 0.179 0.008 0.024 0.004 0.571 0.214 16 G 0.262 0.005 0.008 0.002 0.438 0.284 17 R 0.791 0.006 0.002 0.002 0.087 0.112 18 I 0.948 0.003 0.001 0.002 0.013 0.034 19 M 0.987 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 20 F 0.992 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 21 Q 0.975 0.001 0.001 0.008 0.004 0.012 22 L 0.875 0.004 0.002 0.020 0.026 0.073 23 F 0.451 0.011 0.017 0.037 0.229 0.254 24 S 0.067 0.004 0.188 0.069 0.514 0.158 25 D 0.016 0.004 0.264 0.096 0.501 0.118 26 I 0.020 0.018 0.241 0.182 0.400 0.138 27 C 0.022 0.015 0.028 0.091 0.339 0.505 28 P 0.008 0.003 0.023 0.517 0.138 0.312 29 K 0.003 0.002 0.011 0.957 0.013 0.014 30 T 0.002 0.001 0.005 0.986 0.004 0.003 31 C 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 32 K 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 33 N 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 34 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 35 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 36 C 0.001 0.001 0.004 0.994 0.002 0.001 37 L 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 38 C 0.001 0.001 0.004 0.980 0.009 0.006 39 S 0.002 0.004 0.011 0.776 0.085 0.122 40 G 0.003 0.006 0.037 0.148 0.352 0.454 41 E 0.010 0.009 0.070 0.033 0.586 0.291 42 K 0.031 0.011 0.099 0.031 0.612 0.216 43 G 0.049 0.011 0.074 0.041 0.611 0.214 44 L 0.148 0.052 0.031 0.057 0.421 0.290 45 G 0.207 0.042 0.014 0.021 0.467 0.249 46 K 0.131 0.031 0.064 0.039 0.641 0.094 47 T 0.099 0.017 0.082 0.022 0.703 0.078 48 T 0.055 0.006 0.070 0.022 0.768 0.079 49 G 0.119 0.015 0.021 0.011 0.582 0.252 50 K 0.355 0.066 0.019 0.018 0.201 0.340 51 K 0.562 0.047 0.020 0.016 0.142 0.213 52 L 0.636 0.036 0.041 0.016 0.119 0.152 53 C 0.620 0.050 0.026 0.009 0.192 0.102 54 Y 0.341 0.016 0.039 0.010 0.568 0.026 55 K 0.122 0.004 0.013 0.008 0.818 0.035 56 G 0.070 0.004 0.010 0.010 0.852 0.055 57 S 0.475 0.028 0.003 0.005 0.357 0.131 58 T 0.796 0.025 0.003 0.008 0.046 0.122 59 F 0.880 0.011 0.006 0.014 0.036 0.053 60 H 0.910 0.003 0.007 0.014 0.025 0.042 61 R 0.913 0.002 0.007 0.014 0.027 0.039 62 V 0.861 0.008 0.008 0.022 0.039 0.062 63 V 0.740 0.019 0.011 0.024 0.135 0.072 64 K 0.396 0.011 0.024 0.031 0.418 0.119 65 N 0.216 0.003 0.032 0.021 0.585 0.143 66 F 0.705 0.009 0.018 0.011 0.198 0.059 67 M 0.891 0.010 0.005 0.007 0.043 0.044 68 I 0.909 0.016 0.004 0.005 0.027 0.040 69 Q 0.769 0.013 0.004 0.006 0.089 0.120 70 G 0.458 0.017 0.008 0.004 0.222 0.292 71 G 0.275 0.018 0.019 0.003 0.370 0.314 72 D 0.259 0.035 0.034 0.005 0.424 0.244 73 F 0.205 0.035 0.042 0.008 0.504 0.205 74 S 0.175 0.042 0.028 0.006 0.555 0.194 75 E 0.139 0.063 0.035 0.007 0.588 0.168 76 G 0.090 0.036 0.030 0.005 0.634 0.205 77 N 0.082 0.036 0.034 0.005 0.644 0.199 78 G 0.094 0.026 0.023 0.003 0.644 0.210 79 K 0.140 0.035 0.018 0.006 0.568 0.233 80 G 0.119 0.031 0.012 0.006 0.582 0.251 81 G 0.160 0.050 0.016 0.007 0.413 0.355 82 E 0.332 0.090 0.045 0.018 0.235 0.281 83 S 0.415 0.082 0.054 0.023 0.199 0.227 84 I 0.285 0.060 0.059 0.029 0.480 0.085 85 Y 0.178 0.025 0.022 0.026 0.623 0.126 86 G 0.067 0.009 0.015 0.029 0.728 0.152 87 G 0.157 0.024 0.014 0.029 0.576 0.200 88 Y 0.244 0.067 0.020 0.054 0.198 0.417 89 F 0.180 0.110 0.075 0.079 0.299 0.258 90 K 0.113 0.025 0.101 0.079 0.405 0.278 91 D 0.057 0.011 0.130 0.059 0.525 0.218 92 E 0.057 0.009 0.175 0.111 0.505 0.143 93 N 0.075 0.014 0.137 0.124 0.451 0.199 94 F 0.104 0.020 0.108 0.106 0.396 0.265 95 I 0.185 0.026 0.066 0.072 0.274 0.376 96 L 0.282 0.101 0.034 0.050 0.196 0.336 97 K 0.228 0.040 0.026 0.046 0.534 0.126 98 H 0.140 0.017 0.022 0.034 0.585 0.202 99 D 0.074 0.008 0.014 0.018 0.650 0.236 100 R 0.226 0.018 0.011 0.018 0.555 0.172 101 A 0.411 0.014 0.005 0.017 0.222 0.332 102 F 0.747 0.013 0.003 0.012 0.088 0.138 103 L 0.933 0.004 0.002 0.009 0.018 0.035 104 L 0.946 0.002 0.002 0.018 0.009 0.022 105 S 0.929 0.002 0.003 0.027 0.011 0.028 106 M 0.832 0.004 0.007 0.045 0.034 0.078 107 A 0.669 0.009 0.018 0.038 0.088 0.178 108 N 0.354 0.018 0.023 0.019 0.295 0.290 109 R 0.098 0.029 0.016 0.016 0.441 0.399 110 G 0.020 0.013 0.006 0.004 0.677 0.280 111 K 0.010 0.008 0.019 0.008 0.663 0.292 112 H 0.013 0.014 0.022 0.009 0.600 0.342 113 T 0.025 0.017 0.025 0.020 0.625 0.288 114 N 0.031 0.027 0.101 0.080 0.400 0.360 115 G 0.099 0.032 0.070 0.057 0.431 0.312 116 S 0.189 0.018 0.064 0.034 0.412 0.284 117 Q 0.374 0.019 0.034 0.043 0.248 0.282 118 F 0.702 0.012 0.023 0.028 0.110 0.125 119 F 0.849 0.008 0.024 0.028 0.036 0.055 120 I 0.864 0.010 0.018 0.030 0.025 0.053 121 T 0.700 0.018 0.018 0.030 0.081 0.153 122 T 0.363 0.018 0.017 0.012 0.221 0.369 123 K 0.121 0.011 0.018 0.005 0.397 0.447 124 P 0.074 0.020 0.041 0.007 0.465 0.392 125 A 0.034 0.031 0.070 0.004 0.556 0.304 126 P 0.020 0.018 0.247 0.008 0.536 0.172 127 H 0.016 0.021 0.295 0.010 0.527 0.131 128 L 0.025 0.026 0.136 0.010 0.609 0.193 129 D 0.034 0.019 0.039 0.011 0.609 0.288 130 G 0.036 0.006 0.025 0.013 0.610 0.311 131 V 0.162 0.006 0.014 0.011 0.497 0.310 132 H 0.797 0.020 0.003 0.005 0.081 0.094 133 V 0.944 0.012 0.001 0.001 0.017 0.025 134 V 0.914 0.005 0.001 0.002 0.025 0.054 135 F 0.865 0.002 0.001 0.005 0.045 0.081 136 G 0.769 0.003 0.004 0.011 0.083 0.130 137 L 0.869 0.005 0.005 0.013 0.047 0.061 138 V 0.820 0.013 0.009 0.028 0.059 0.071 139 I 0.552 0.017 0.037 0.120 0.206 0.069 140 S 0.166 0.015 0.034 0.303 0.289 0.193 141 G 0.014 0.002 0.028 0.718 0.125 0.112 142 F 0.005 0.002 0.013 0.906 0.047 0.028 143 E 0.011 0.003 0.012 0.929 0.023 0.022 144 V 0.010 0.002 0.013 0.943 0.021 0.010 145 I 0.015 0.002 0.019 0.930 0.025 0.009 146 E 0.013 0.001 0.030 0.909 0.038 0.008 147 Q 0.011 0.001 0.024 0.925 0.029 0.010 148 I 0.003 0.001 0.026 0.935 0.026 0.009 149 E 0.003 0.001 0.026 0.928 0.024 0.017 150 N 0.005 0.001 0.042 0.742 0.084 0.125 151 L 0.032 0.017 0.029 0.247 0.201 0.475 152 K 0.045 0.015 0.009 0.046 0.134 0.751 153 T 0.080 0.044 0.013 0.020 0.161 0.683 154 D 0.062 0.025 0.024 0.012 0.562 0.316 155 A 0.013 0.004 0.234 0.017 0.677 0.055 156 A 0.011 0.002 0.168 0.015 0.741 0.063 157 S 0.037 0.010 0.083 0.006 0.730 0.133 158 R 0.148 0.034 0.009 0.002 0.242 0.564 159 P 0.233 0.039 0.007 0.001 0.123 0.597 160 Y 0.338 0.036 0.023 0.002 0.203 0.399 161 A 0.429 0.005 0.010 0.001 0.182 0.372 162 D 0.572 0.004 0.006 0.001 0.149 0.267 163 V 0.882 0.003 0.001 0.001 0.032 0.081 164 R 0.974 0.002 0.001 0.001 0.005 0.017 165 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 166 I 0.967 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 167 D 0.885 0.002 0.002 0.003 0.048 0.060 168 C 0.715 0.004 0.006 0.007 0.138 0.130 169 G 0.586 0.008 0.011 0.008 0.150 0.238 170 V 0.471 0.033 0.016 0.019 0.112 0.349 171 L 0.194 0.039 0.006 0.019 0.113 0.630 172 A 0.038 0.003 0.001 0.004 0.053 0.900