# TARGET T0346 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 88.9705 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.033 0.003 0.017 0.023 0.025 0.076 0.004 0.819 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 3 Q 0.027 0.002 0.055 0.107 0.208 0.130 0.006 0.463 4 C 0.103 0.005 0.061 0.065 0.077 0.058 0.006 0.625 5 H 0.038 0.009 0.097 0.166 0.254 0.054 0.003 0.379 6 F 0.039 0.006 0.078 0.134 0.218 0.077 0.003 0.446 7 D 0.034 0.008 0.083 0.172 0.248 0.074 0.006 0.377 8 I 0.047 0.007 0.069 0.136 0.259 0.088 0.006 0.388 9 E 0.045 0.016 0.059 0.220 0.340 0.136 0.006 0.179 10 I 0.037 0.020 0.060 0.200 0.252 0.075 0.008 0.348 11 N 0.027 0.029 0.048 0.209 0.285 0.062 0.009 0.330 12 R 0.056 0.021 0.046 0.089 0.186 0.063 0.026 0.513 13 E 0.058 0.012 0.033 0.087 0.124 0.151 0.013 0.521 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 15 V 0.013 0.003 0.015 0.050 0.086 0.113 0.007 0.713 16 G 0.169 0.009 0.069 0.138 0.081 0.074 0.034 0.426 17 R 0.170 0.002 0.071 0.066 0.114 0.124 0.007 0.446 18 I 0.028 0.002 0.157 0.296 0.271 0.052 0.002 0.192 19 M 0.010 0.001 0.149 0.273 0.486 0.027 0.001 0.053 20 F 0.002 0.002 0.156 0.337 0.436 0.010 0.001 0.057 21 Q 0.002 0.002 0.243 0.270 0.423 0.012 0.001 0.047 22 L 0.005 0.007 0.122 0.285 0.422 0.032 0.002 0.124 23 F 0.014 0.009 0.142 0.142 0.460 0.062 0.005 0.166 24 S 0.022 0.014 0.058 0.073 0.155 0.101 0.009 0.569 25 D 0.067 0.020 0.023 0.016 0.039 0.132 0.028 0.676 26 I 0.340 0.022 0.012 0.009 0.014 0.168 0.045 0.390 27 C 0.216 0.047 0.032 0.034 0.020 0.139 0.024 0.487 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 29 K 0.008 0.026 0.026 0.030 0.074 0.191 0.002 0.644 30 T 0.040 0.199 0.020 0.016 0.023 0.082 0.004 0.616 31 C 0.036 0.594 0.020 0.018 0.053 0.049 0.005 0.226 32 K 0.056 0.587 0.016 0.011 0.017 0.100 0.006 0.207 33 N 0.093 0.667 0.005 0.006 0.007 0.049 0.013 0.161 34 F 0.049 0.851 0.007 0.005 0.007 0.008 0.009 0.063 35 L 0.012 0.894 0.006 0.010 0.017 0.009 0.006 0.047 36 C 0.021 0.838 0.011 0.021 0.026 0.009 0.010 0.064 37 L 0.083 0.678 0.023 0.047 0.061 0.016 0.025 0.067 38 C 0.138 0.510 0.034 0.098 0.059 0.018 0.035 0.108 39 S 0.043 0.280 0.150 0.134 0.097 0.028 0.031 0.237 40 G 0.079 0.097 0.060 0.092 0.129 0.056 0.047 0.441 41 E 0.193 0.045 0.066 0.052 0.089 0.190 0.021 0.345 42 K 0.011 0.019 0.016 0.026 0.025 0.071 0.010 0.822 43 G 0.125 0.031 0.038 0.055 0.058 0.085 0.032 0.576 44 L 0.136 0.013 0.078 0.060 0.069 0.108 0.013 0.522 45 G 0.044 0.010 0.029 0.095 0.144 0.106 0.008 0.565 46 K 0.043 0.010 0.035 0.069 0.141 0.067 0.005 0.630 47 T 0.026 0.012 0.028 0.064 0.100 0.175 0.006 0.589 48 T 0.074 0.014 0.025 0.052 0.075 0.147 0.013 0.600 49 G 0.130 0.022 0.036 0.052 0.070 0.176 0.028 0.486 50 K 0.155 0.014 0.070 0.053 0.075 0.287 0.014 0.332 51 K 0.017 0.017 0.047 0.084 0.094 0.101 0.004 0.635 52 L 0.031 0.026 0.064 0.136 0.268 0.084 0.006 0.384 53 C 0.041 0.022 0.105 0.136 0.215 0.091 0.012 0.377 54 Y 0.040 0.048 0.113 0.140 0.200 0.102 0.009 0.349 55 K 0.014 0.039 0.049 0.057 0.086 0.089 0.008 0.656 56 G 0.065 0.032 0.042 0.044 0.056 0.072 0.041 0.646 57 S 0.430 0.010 0.046 0.024 0.030 0.120 0.022 0.318 58 T 0.015 0.008 0.050 0.030 0.032 0.083 0.004 0.777 59 F 0.027 0.026 0.056 0.124 0.300 0.128 0.005 0.333 60 H 0.050 0.049 0.068 0.156 0.256 0.124 0.007 0.290 61 R 0.064 0.065 0.082 0.182 0.216 0.071 0.009 0.311 62 V 0.064 0.074 0.084 0.149 0.208 0.070 0.012 0.340 63 V 0.038 0.099 0.084 0.175 0.367 0.046 0.009 0.182 64 K 0.008 0.041 0.032 0.034 0.101 0.051 0.007 0.727 65 N 0.057 0.052 0.039 0.041 0.060 0.094 0.036 0.621 66 F 0.682 0.016 0.046 0.027 0.014 0.026 0.063 0.127 67 M 0.035 0.012 0.717 0.052 0.038 0.023 0.018 0.106 68 I 0.006 0.007 0.611 0.088 0.109 0.025 0.006 0.148 69 Q 0.009 0.007 0.540 0.100 0.155 0.070 0.004 0.115 70 G 0.009 0.009 0.214 0.069 0.131 0.058 0.004 0.507 71 G 0.012 0.005 0.273 0.054 0.087 0.118 0.008 0.443 72 D 0.059 0.003 0.044 0.040 0.054 0.193 0.009 0.599 73 F 0.044 0.006 0.056 0.087 0.105 0.088 0.006 0.608 74 S 0.024 0.006 0.021 0.059 0.110 0.405 0.005 0.370 75 E 0.063 0.011 0.028 0.058 0.087 0.120 0.008 0.626 76 G 0.046 0.023 0.018 0.042 0.057 0.328 0.008 0.478 77 N 0.111 0.026 0.025 0.051 0.054 0.179 0.026 0.528 78 G 0.098 0.046 0.064 0.072 0.073 0.128 0.036 0.482 79 K 0.059 0.010 0.026 0.031 0.056 0.452 0.014 0.351 80 G 0.068 0.014 0.034 0.041 0.059 0.162 0.019 0.603 81 G 0.129 0.019 0.044 0.054 0.098 0.171 0.012 0.473 82 E 0.035 0.007 0.079 0.071 0.090 0.135 0.006 0.578 83 S 0.019 0.008 0.023 0.055 0.133 0.087 0.004 0.672 84 I 0.056 0.020 0.074 0.158 0.303 0.083 0.006 0.301 85 Y 0.028 0.017 0.039 0.078 0.149 0.213 0.007 0.467 86 G 0.097 0.019 0.031 0.058 0.152 0.127 0.019 0.498 87 G 0.107 0.030 0.058 0.071 0.067 0.128 0.014 0.524 88 Y 0.036 0.011 0.027 0.023 0.037 0.120 0.010 0.737 89 F 0.112 0.024 0.086 0.076 0.166 0.118 0.008 0.411 90 K 0.031 0.023 0.049 0.060 0.110 0.130 0.006 0.592 91 D 0.048 0.038 0.037 0.043 0.103 0.096 0.011 0.623 92 E 0.143 0.043 0.057 0.028 0.058 0.148 0.016 0.507 93 N 0.057 0.034 0.021 0.024 0.030 0.466 0.022 0.346 94 F 0.268 0.043 0.050 0.037 0.047 0.113 0.036 0.406 95 I 0.072 0.055 0.042 0.026 0.051 0.222 0.006 0.527 96 L 0.063 0.057 0.058 0.057 0.135 0.167 0.010 0.453 97 K 0.067 0.081 0.033 0.055 0.093 0.157 0.010 0.504 98 H 0.116 0.064 0.034 0.042 0.074 0.127 0.018 0.526 99 D 0.120 0.113 0.044 0.047 0.057 0.130 0.018 0.471 100 R 0.079 0.108 0.075 0.051 0.070 0.140 0.023 0.454 101 A 0.028 0.057 0.042 0.024 0.038 0.236 0.012 0.563 102 F 0.142 0.081 0.076 0.044 0.061 0.204 0.027 0.365 103 L 0.071 0.232 0.231 0.073 0.086 0.095 0.010 0.203 104 L 0.025 0.235 0.188 0.115 0.233 0.064 0.010 0.129 105 S 0.071 0.207 0.118 0.111 0.335 0.062 0.008 0.089 106 M 0.067 0.278 0.052 0.157 0.234 0.040 0.017 0.154 107 A 0.145 0.235 0.077 0.132 0.184 0.034 0.036 0.156 108 N 0.210 0.083 0.039 0.107 0.109 0.069 0.087 0.296 109 R 0.180 0.056 0.098 0.080 0.108 0.051 0.056 0.372 110 G 0.084 0.024 0.041 0.043 0.080 0.231 0.022 0.474 111 K 0.012 0.005 0.009 0.008 0.008 0.036 0.003 0.919 112 H 0.023 0.032 0.044 0.041 0.056 0.128 0.012 0.665 113 T 0.164 0.012 0.037 0.019 0.025 0.171 0.021 0.551 114 N 0.045 0.018 0.047 0.029 0.026 0.292 0.017 0.526 115 G 0.133 0.025 0.040 0.040 0.046 0.194 0.039 0.482 116 S 0.149 0.011 0.050 0.024 0.038 0.440 0.013 0.276 117 Q 0.101 0.013 0.046 0.088 0.164 0.304 0.007 0.278 118 F 0.056 0.026 0.041 0.168 0.343 0.161 0.004 0.201 119 F 0.027 0.015 0.066 0.276 0.484 0.058 0.004 0.069 120 I 0.019 0.038 0.030 0.346 0.436 0.029 0.003 0.099 121 T 0.008 0.037 0.048 0.316 0.506 0.012 0.005 0.067 122 T 0.027 0.027 0.049 0.208 0.390 0.038 0.019 0.242 123 K 0.049 0.011 0.048 0.163 0.294 0.157 0.014 0.263 124 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 125 A 0.023 0.006 0.024 0.074 0.149 0.181 0.005 0.539 126 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 127 H 0.054 0.006 0.027 0.063 0.125 0.106 0.007 0.612 128 L 0.283 0.011 0.061 0.072 0.074 0.136 0.012 0.351 129 D 0.084 0.019 0.066 0.073 0.089 0.154 0.016 0.500 130 G 0.104 0.013 0.087 0.070 0.076 0.103 0.030 0.517 131 V 0.205 0.003 0.050 0.026 0.048 0.419 0.009 0.241 132 H 0.023 0.004 0.100 0.139 0.109 0.092 0.007 0.526 133 V 0.014 0.004 0.123 0.267 0.387 0.059 0.005 0.141 134 V 0.005 0.002 0.180 0.213 0.254 0.038 0.002 0.306 135 F 0.003 0.002 0.108 0.217 0.379 0.039 0.001 0.251 136 G 0.007 0.003 0.101 0.266 0.423 0.035 0.002 0.163 137 L 0.016 0.003 0.168 0.164 0.251 0.053 0.004 0.343 138 V 0.011 0.008 0.134 0.170 0.249 0.068 0.003 0.355 139 I 0.018 0.033 0.135 0.207 0.329 0.060 0.004 0.214 140 S 0.008 0.044 0.043 0.070 0.116 0.088 0.004 0.627 141 G 0.045 0.052 0.023 0.024 0.055 0.080 0.018 0.703 142 F 0.205 0.096 0.029 0.021 0.027 0.085 0.017 0.522 143 E 0.029 0.088 0.014 0.014 0.017 0.208 0.008 0.622 144 V 0.042 0.309 0.007 0.012 0.027 0.096 0.005 0.501 145 I 0.014 0.840 0.008 0.008 0.021 0.015 0.002 0.092 146 E 0.006 0.890 0.003 0.004 0.008 0.017 0.003 0.069 147 Q 0.009 0.957 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.025 148 I 0.032 0.926 0.002 0.002 0.003 0.002 0.008 0.025 149 E 0.049 0.880 0.004 0.005 0.006 0.005 0.017 0.035 150 N 0.148 0.612 0.010 0.007 0.007 0.007 0.059 0.150 151 L 0.421 0.231 0.056 0.013 0.014 0.021 0.070 0.172 152 K 0.070 0.181 0.060 0.030 0.019 0.091 0.027 0.522 153 T 0.027 0.063 0.080 0.029 0.034 0.059 0.010 0.698 154 D 0.029 0.077 0.052 0.033 0.045 0.101 0.007 0.655 155 A 0.045 0.034 0.031 0.013 0.019 0.159 0.010 0.690 156 A 0.058 0.030 0.013 0.009 0.014 0.517 0.023 0.336 157 S 0.458 0.089 0.015 0.013 0.011 0.050 0.093 0.273 158 R 0.428 0.026 0.061 0.043 0.036 0.160 0.017 0.230 159 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 160 Y 0.013 0.002 0.029 0.104 0.503 0.078 0.002 0.268 161 A 0.040 0.001 0.021 0.061 0.072 0.055 0.004 0.746 162 D 0.021 0.002 0.028 0.052 0.071 0.048 0.004 0.774 163 V 0.161 0.003 0.179 0.123 0.143 0.070 0.005 0.317 164 R 0.014 0.001 0.474 0.186 0.153 0.037 0.002 0.133 165 V 0.003 0.001 0.264 0.132 0.227 0.025 0.001 0.347 166 I 0.002 0.001 0.615 0.129 0.184 0.014 0.001 0.055 167 D 0.003 0.003 0.249 0.115 0.171 0.074 0.002 0.382 168 C 0.012 0.002 0.352 0.057 0.179 0.066 0.005 0.328 169 G 0.030 0.005 0.182 0.090 0.122 0.199 0.007 0.364 170 V 0.047 0.006 0.108 0.056 0.104 0.143 0.009 0.527 171 L 0.034 0.026 0.113 0.108 0.188 0.106 0.007 0.419 172 A 0.032 0.026 0.050 0.068 0.143 0.085 0.008 0.588