# TARGET T0346 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 88.9705 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 2 P 0.079 0.019 0.020 0.028 0.015 0.033 0.806 3 Q 0.230 0.022 0.051 0.039 0.179 0.102 0.377 4 C 0.371 0.016 0.046 0.023 0.101 0.057 0.387 5 H 0.569 0.012 0.012 0.030 0.061 0.031 0.285 6 F 0.681 0.007 0.006 0.019 0.056 0.017 0.213 7 D 0.728 0.005 0.006 0.023 0.041 0.017 0.181 8 I 0.719 0.009 0.014 0.029 0.044 0.027 0.158 9 E 0.803 0.010 0.008 0.023 0.018 0.029 0.109 10 I 0.748 0.033 0.012 0.013 0.032 0.039 0.123 11 N 0.566 0.012 0.008 0.006 0.072 0.133 0.203 12 R 0.346 0.013 0.009 0.002 0.287 0.134 0.209 13 E 0.263 0.025 0.008 0.001 0.241 0.018 0.444 14 P 0.210 0.010 0.020 0.001 0.121 0.120 0.518 15 V 0.146 0.013 0.055 0.003 0.192 0.315 0.277 16 G 0.368 0.004 0.026 0.003 0.195 0.199 0.205 17 R 0.614 0.004 0.005 0.002 0.079 0.029 0.267 18 I 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 19 M 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 20 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 21 Q 0.964 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.026 22 L 0.787 0.010 0.002 0.008 0.029 0.005 0.159 23 F 0.206 0.005 0.024 0.028 0.141 0.040 0.556 24 S 0.040 0.005 0.262 0.119 0.186 0.220 0.168 25 D 0.012 0.002 0.255 0.146 0.151 0.355 0.079 26 I 0.009 0.008 0.176 0.337 0.206 0.194 0.070 27 C 0.016 0.007 0.006 0.174 0.537 0.020 0.239 28 P 0.013 0.006 0.017 0.646 0.037 0.064 0.218 29 K 0.014 0.003 0.018 0.893 0.019 0.037 0.017 30 T 0.018 0.002 0.020 0.918 0.008 0.016 0.018 31 C 0.015 0.001 0.012 0.948 0.004 0.008 0.011 32 K 0.007 0.001 0.008 0.960 0.004 0.017 0.004 33 N 0.006 0.001 0.006 0.941 0.003 0.038 0.006 34 F 0.006 0.001 0.007 0.942 0.003 0.027 0.013 35 L 0.009 0.001 0.012 0.941 0.009 0.018 0.010 36 C 0.011 0.001 0.012 0.938 0.004 0.026 0.009 37 L 0.008 0.001 0.012 0.913 0.007 0.041 0.019 38 C 0.018 0.010 0.013 0.709 0.046 0.103 0.102 39 S 0.022 0.013 0.011 0.334 0.098 0.336 0.185 40 G 0.025 0.008 0.014 0.085 0.235 0.229 0.403 41 E 0.032 0.012 0.056 0.089 0.203 0.320 0.287 42 K 0.031 0.010 0.074 0.047 0.183 0.453 0.202 43 G 0.042 0.025 0.070 0.030 0.259 0.336 0.238 44 L 0.092 0.075 0.044 0.043 0.206 0.203 0.337 45 G 0.118 0.058 0.039 0.027 0.220 0.161 0.377 46 K 0.094 0.020 0.105 0.042 0.135 0.267 0.337 47 T 0.111 0.032 0.110 0.034 0.147 0.353 0.213 48 T 0.056 0.016 0.076 0.017 0.171 0.526 0.138 49 G 0.047 0.007 0.028 0.003 0.269 0.501 0.145 50 K 0.179 0.020 0.016 0.005 0.227 0.046 0.507 51 K 0.567 0.030 0.015 0.010 0.081 0.018 0.280 52 L 0.760 0.032 0.017 0.010 0.046 0.014 0.121 53 C 0.692 0.018 0.015 0.019 0.029 0.039 0.188 54 Y 0.656 0.026 0.026 0.023 0.049 0.077 0.145 55 K 0.097 0.004 0.013 0.019 0.068 0.748 0.053 56 G 0.037 0.001 0.007 0.003 0.132 0.766 0.055 57 S 0.333 0.024 0.005 0.010 0.090 0.024 0.515 58 T 0.775 0.045 0.003 0.010 0.024 0.012 0.130 59 F 0.817 0.010 0.010 0.020 0.021 0.010 0.113 60 H 0.782 0.005 0.019 0.039 0.031 0.011 0.113 61 R 0.734 0.007 0.043 0.058 0.052 0.024 0.082 62 V 0.768 0.023 0.021 0.040 0.029 0.021 0.098 63 V 0.638 0.013 0.027 0.040 0.047 0.017 0.217 64 K 0.251 0.004 0.080 0.070 0.106 0.375 0.114 65 N 0.265 0.005 0.070 0.049 0.103 0.431 0.077 66 F 0.630 0.024 0.046 0.034 0.052 0.085 0.129 67 M 0.810 0.029 0.011 0.016 0.033 0.028 0.073 68 I 0.818 0.016 0.010 0.011 0.027 0.025 0.093 69 Q 0.653 0.035 0.009 0.010 0.061 0.058 0.175 70 G 0.251 0.020 0.009 0.006 0.197 0.104 0.412 71 G 0.159 0.025 0.008 0.004 0.320 0.087 0.397 72 D 0.165 0.091 0.007 0.004 0.126 0.050 0.558 73 F 0.090 0.044 0.020 0.006 0.205 0.131 0.505 74 S 0.071 0.050 0.023 0.008 0.171 0.223 0.454 75 E 0.039 0.026 0.030 0.012 0.270 0.433 0.190 76 G 0.040 0.027 0.017 0.007 0.316 0.340 0.252 77 N 0.064 0.054 0.016 0.005 0.305 0.156 0.400 78 G 0.084 0.069 0.015 0.004 0.276 0.214 0.339 79 K 0.093 0.086 0.017 0.005 0.237 0.217 0.346 80 G 0.078 0.044 0.017 0.006 0.320 0.250 0.286 81 G 0.096 0.024 0.023 0.013 0.242 0.140 0.461 82 E 0.193 0.084 0.044 0.026 0.163 0.083 0.407 83 S 0.237 0.067 0.053 0.028 0.116 0.090 0.410 84 I 0.256 0.066 0.081 0.035 0.129 0.181 0.252 85 Y 0.162 0.041 0.051 0.030 0.127 0.408 0.180 86 G 0.069 0.012 0.037 0.017 0.266 0.387 0.212 87 G 0.075 0.016 0.017 0.010 0.293 0.088 0.500 88 Y 0.165 0.115 0.020 0.014 0.135 0.076 0.475 89 F 0.153 0.062 0.044 0.038 0.110 0.059 0.534 90 K 0.127 0.037 0.076 0.068 0.118 0.141 0.432 91 D 0.095 0.021 0.122 0.075 0.163 0.147 0.376 92 E 0.107 0.019 0.181 0.150 0.104 0.212 0.227 93 N 0.105 0.011 0.173 0.118 0.138 0.217 0.237 94 F 0.151 0.014 0.101 0.109 0.142 0.129 0.355 95 I 0.194 0.042 0.094 0.154 0.084 0.106 0.327 96 L 0.210 0.055 0.064 0.130 0.106 0.092 0.345 97 K 0.124 0.020 0.090 0.133 0.081 0.239 0.314 98 H 0.067 0.014 0.051 0.099 0.119 0.356 0.295 99 D 0.050 0.009 0.028 0.065 0.299 0.158 0.392 100 R 0.056 0.006 0.014 0.091 0.531 0.072 0.231 101 A 0.121 0.015 0.021 0.171 0.174 0.227 0.271 102 F 0.460 0.023 0.017 0.094 0.089 0.094 0.223 103 L 0.754 0.019 0.003 0.063 0.035 0.008 0.118 104 L 0.843 0.008 0.005 0.066 0.013 0.007 0.058 105 S 0.681 0.007 0.013 0.166 0.028 0.022 0.082 106 M 0.549 0.006 0.033 0.237 0.028 0.036 0.112 107 A 0.565 0.012 0.033 0.187 0.052 0.043 0.110 108 N 0.309 0.026 0.051 0.134 0.068 0.142 0.270 109 R 0.095 0.026 0.028 0.085 0.329 0.217 0.221 110 G 0.034 0.010 0.004 0.004 0.490 0.029 0.429 111 K 0.014 0.011 0.025 0.004 0.206 0.572 0.168 112 H 0.021 0.020 0.026 0.002 0.246 0.433 0.252 113 T 0.063 0.063 0.024 0.002 0.311 0.151 0.386 114 N 0.078 0.047 0.019 0.002 0.283 0.239 0.331 115 G 0.081 0.018 0.042 0.003 0.307 0.324 0.225 116 S 0.242 0.020 0.032 0.002 0.167 0.066 0.472 117 Q 0.599 0.021 0.018 0.003 0.142 0.022 0.194 118 F 0.925 0.004 0.004 0.002 0.011 0.007 0.047 119 F 0.970 0.005 0.001 0.003 0.002 0.002 0.018 120 I 0.974 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 121 T 0.924 0.007 0.001 0.001 0.005 0.003 0.059 122 T 0.642 0.018 0.001 0.001 0.060 0.009 0.269 123 K 0.166 0.007 0.004 0.002 0.510 0.074 0.237 124 P 0.128 0.072 0.008 0.003 0.281 0.090 0.419 125 A 0.040 0.021 0.067 0.014 0.105 0.021 0.732 126 P 0.018 0.007 0.323 0.044 0.145 0.247 0.217 127 H 0.016 0.008 0.392 0.034 0.092 0.311 0.146 128 L 0.102 0.034 0.134 0.026 0.313 0.136 0.256 129 D 0.045 0.010 0.045 0.011 0.219 0.420 0.249 130 G 0.089 0.005 0.023 0.005 0.323 0.430 0.126 131 V 0.300 0.014 0.012 0.008 0.171 0.046 0.448 132 H 0.746 0.031 0.004 0.003 0.059 0.014 0.143 133 V 0.814 0.006 0.003 0.003 0.022 0.007 0.145 134 V 0.905 0.006 0.001 0.002 0.018 0.004 0.063 135 F 0.826 0.004 0.004 0.009 0.020 0.012 0.126 136 G 0.757 0.002 0.005 0.011 0.076 0.038 0.110 137 L 0.885 0.006 0.004 0.017 0.021 0.013 0.053 138 V 0.881 0.018 0.002 0.020 0.014 0.013 0.053 139 I 0.579 0.019 0.008 0.052 0.079 0.064 0.200 140 S 0.233 0.017 0.010 0.062 0.235 0.249 0.194 141 G 0.037 0.004 0.043 0.293 0.122 0.299 0.203 142 F 0.013 0.003 0.042 0.775 0.049 0.043 0.076 143 E 0.010 0.003 0.028 0.868 0.019 0.026 0.045 144 V 0.004 0.001 0.014 0.953 0.003 0.012 0.013 145 I 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.003 0.004 146 E 0.001 0.001 0.009 0.983 0.001 0.005 0.001 147 Q 0.001 0.001 0.006 0.977 0.001 0.015 0.001 148 I 0.003 0.002 0.025 0.911 0.003 0.051 0.005 149 E 0.003 0.002 0.041 0.695 0.008 0.238 0.012 150 N 0.003 0.001 0.055 0.388 0.033 0.495 0.024 151 L 0.015 0.005 0.012 0.051 0.490 0.093 0.335 152 K 0.044 0.022 0.011 0.012 0.153 0.080 0.678 153 T 0.107 0.109 0.020 0.011 0.168 0.039 0.545 154 D 0.103 0.038 0.030 0.009 0.132 0.080 0.608 155 A 0.038 0.010 0.122 0.019 0.157 0.531 0.123 156 A 0.018 0.005 0.054 0.008 0.128 0.690 0.096 157 S 0.033 0.008 0.039 0.006 0.404 0.274 0.236 158 R 0.120 0.058 0.004 0.002 0.266 0.012 0.537 159 P 0.241 0.094 0.005 0.002 0.058 0.023 0.578 160 Y 0.369 0.036 0.009 0.003 0.108 0.040 0.435 161 A 0.440 0.009 0.013 0.004 0.192 0.057 0.285 162 D 0.439 0.004 0.009 0.004 0.071 0.033 0.441 163 V 0.660 0.007 0.002 0.002 0.020 0.002 0.306 164 R 0.906 0.008 0.001 0.002 0.004 0.001 0.078 165 V 0.950 0.005 0.001 0.002 0.005 0.001 0.037 166 I 0.891 0.002 0.002 0.005 0.017 0.007 0.076 167 D 0.830 0.002 0.004 0.009 0.033 0.022 0.101 168 C 0.717 0.004 0.010 0.017 0.031 0.017 0.205 169 G 0.767 0.004 0.014 0.018 0.044 0.027 0.125 170 V 0.728 0.012 0.016 0.011 0.048 0.035 0.151 171 L 0.341 0.022 0.003 0.004 0.004 0.008 0.618 172 A 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993