# TARGET T0346 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 88.9705 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.205 0.197 0.076 0.008 0.431 0.003 0.011 0.013 0.005 0.007 0.045 2 P 0.144 0.133 0.022 0.002 0.261 0.003 0.009 0.094 0.207 0.079 0.046 3 Q 0.106 0.162 0.026 0.005 0.268 0.020 0.084 0.126 0.109 0.074 0.020 4 C 0.374 0.077 0.010 0.004 0.433 0.004 0.011 0.015 0.008 0.021 0.043 5 H 0.287 0.081 0.020 0.020 0.404 0.027 0.030 0.025 0.014 0.030 0.062 6 F 0.176 0.213 0.052 0.018 0.435 0.014 0.010 0.018 0.009 0.018 0.036 7 D 0.467 0.043 0.010 0.003 0.320 0.003 0.006 0.008 0.005 0.025 0.110 8 I 0.291 0.134 0.013 0.002 0.477 0.005 0.004 0.009 0.007 0.016 0.043 9 E 0.214 0.155 0.033 0.004 0.534 0.003 0.009 0.013 0.006 0.008 0.021 10 I 0.260 0.086 0.021 0.037 0.246 0.054 0.050 0.061 0.036 0.067 0.084 11 N 0.070 0.238 0.122 0.092 0.301 0.037 0.032 0.033 0.022 0.031 0.022 12 R 0.206 0.050 0.021 0.010 0.147 0.010 0.018 0.051 0.072 0.267 0.147 13 E 0.021 0.400 0.382 0.026 0.128 0.006 0.009 0.015 0.006 0.004 0.003 14 P 0.151 0.183 0.149 0.042 0.191 0.045 0.064 0.103 0.025 0.015 0.032 15 V 0.042 0.076 0.048 0.097 0.046 0.078 0.291 0.131 0.086 0.068 0.038 16 G 0.037 0.167 0.176 0.250 0.095 0.092 0.010 0.018 0.018 0.103 0.032 17 R 0.180 0.153 0.015 0.004 0.554 0.007 0.022 0.027 0.010 0.012 0.015 18 I 0.379 0.056 0.003 0.001 0.537 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 19 M 0.272 0.042 0.002 0.003 0.649 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.019 20 F 0.292 0.054 0.003 0.002 0.621 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.020 21 Q 0.232 0.094 0.004 0.001 0.579 0.001 0.003 0.006 0.001 0.008 0.070 22 L 0.260 0.188 0.035 0.008 0.307 0.014 0.018 0.024 0.011 0.038 0.097 23 F 0.224 0.134 0.070 0.023 0.254 0.006 0.008 0.040 0.039 0.063 0.139 24 S 0.014 0.044 0.012 0.013 0.025 0.036 0.045 0.323 0.450 0.030 0.008 25 D 0.006 0.008 0.005 0.007 0.007 0.027 0.205 0.443 0.204 0.074 0.012 26 I 0.015 0.033 0.018 0.007 0.018 0.007 0.055 0.206 0.218 0.408 0.016 27 C 0.052 0.100 0.057 0.013 0.075 0.006 0.009 0.471 0.147 0.041 0.029 28 P 0.002 0.032 0.011 0.004 0.011 0.010 0.025 0.806 0.093 0.004 0.002 29 K 0.003 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.012 0.916 0.051 0.003 0.001 30 T 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.922 0.054 0.011 0.001 31 C 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.884 0.093 0.007 0.001 32 K 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.017 0.930 0.036 0.003 0.001 33 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.938 0.039 0.014 0.001 34 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.892 0.080 0.020 0.001 35 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.911 0.076 0.001 0.001 36 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.956 0.029 0.001 0.001 37 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.033 0.894 0.058 0.007 0.001 38 C 0.005 0.006 0.002 0.001 0.004 0.006 0.075 0.827 0.049 0.021 0.003 39 S 0.002 0.748 0.118 0.017 0.030 0.007 0.010 0.029 0.009 0.027 0.003 40 G 0.053 0.025 0.055 0.051 0.021 0.020 0.008 0.034 0.027 0.434 0.272 41 E 0.072 0.149 0.099 0.038 0.165 0.028 0.043 0.210 0.101 0.063 0.031 42 K 0.034 0.113 0.067 0.090 0.064 0.073 0.193 0.197 0.091 0.052 0.026 43 G 0.024 0.036 0.067 0.278 0.023 0.096 0.041 0.107 0.064 0.219 0.045 44 L 0.061 0.166 0.071 0.047 0.136 0.071 0.106 0.122 0.083 0.097 0.041 45 G 0.061 0.105 0.128 0.095 0.097 0.036 0.013 0.063 0.059 0.249 0.093 46 K 0.073 0.209 0.157 0.024 0.154 0.021 0.051 0.168 0.073 0.048 0.021 47 T 0.076 0.094 0.081 0.042 0.090 0.038 0.071 0.197 0.105 0.153 0.051 48 T 0.023 0.302 0.157 0.120 0.084 0.063 0.109 0.069 0.031 0.028 0.014 49 G 0.028 0.024 0.054 0.091 0.020 0.028 0.010 0.024 0.050 0.539 0.132 50 K 0.059 0.359 0.178 0.020 0.222 0.010 0.023 0.046 0.033 0.032 0.018 51 K 0.199 0.200 0.047 0.006 0.346 0.007 0.017 0.041 0.040 0.038 0.058 52 L 0.185 0.183 0.042 0.013 0.309 0.022 0.035 0.052 0.059 0.051 0.050 53 C 0.227 0.153 0.064 0.019 0.291 0.017 0.025 0.046 0.028 0.061 0.069 54 Y 0.175 0.101 0.088 0.118 0.159 0.061 0.020 0.045 0.041 0.099 0.095 55 K 0.007 0.046 0.046 0.210 0.017 0.196 0.279 0.131 0.043 0.018 0.007 56 G 0.034 0.030 0.037 0.054 0.028 0.016 0.007 0.024 0.062 0.582 0.125 57 S 0.066 0.393 0.120 0.009 0.301 0.005 0.010 0.027 0.028 0.026 0.015 58 T 0.211 0.171 0.043 0.004 0.376 0.006 0.019 0.059 0.031 0.029 0.050 59 F 0.272 0.095 0.026 0.015 0.303 0.015 0.022 0.061 0.054 0.057 0.079 60 H 0.138 0.151 0.033 0.018 0.329 0.023 0.032 0.123 0.062 0.049 0.043 61 R 0.218 0.188 0.042 0.003 0.422 0.002 0.007 0.059 0.015 0.014 0.030 62 V 0.249 0.115 0.024 0.012 0.237 0.015 0.033 0.102 0.044 0.079 0.091 63 V 0.127 0.210 0.107 0.075 0.281 0.032 0.020 0.054 0.030 0.020 0.043 64 K 0.012 0.021 0.014 0.059 0.023 0.203 0.263 0.295 0.087 0.016 0.007 65 N 0.072 0.089 0.062 0.053 0.110 0.029 0.059 0.134 0.112 0.224 0.057 66 F 0.190 0.141 0.026 0.023 0.359 0.023 0.020 0.046 0.040 0.056 0.076 67 M 0.235 0.128 0.017 0.005 0.418 0.006 0.012 0.024 0.019 0.037 0.098 68 I 0.238 0.144 0.050 0.007 0.353 0.006 0.012 0.019 0.016 0.055 0.098 69 Q 0.149 0.131 0.092 0.055 0.229 0.060 0.098 0.054 0.030 0.062 0.040 70 G 0.053 0.096 0.123 0.134 0.076 0.054 0.068 0.074 0.078 0.184 0.060 71 G 0.025 0.088 0.146 0.191 0.060 0.076 0.031 0.059 0.073 0.201 0.051 72 D 0.137 0.125 0.053 0.011 0.334 0.009 0.029 0.062 0.064 0.112 0.064 73 F 0.069 0.198 0.121 0.015 0.162 0.012 0.027 0.141 0.131 0.079 0.043 74 S 0.056 0.140 0.116 0.026 0.120 0.037 0.099 0.195 0.093 0.093 0.026 75 E 0.029 0.183 0.180 0.076 0.061 0.048 0.118 0.119 0.071 0.090 0.026 76 G 0.020 0.062 0.121 0.181 0.037 0.092 0.044 0.059 0.059 0.253 0.073 77 N 0.062 0.268 0.176 0.055 0.156 0.031 0.055 0.048 0.042 0.065 0.042 78 G 0.044 0.043 0.077 0.063 0.044 0.034 0.038 0.112 0.131 0.313 0.101 79 K 0.040 0.273 0.118 0.063 0.126 0.055 0.119 0.079 0.044 0.063 0.022 80 G 0.031 0.069 0.135 0.187 0.035 0.037 0.026 0.022 0.040 0.307 0.111 81 G 0.056 0.120 0.220 0.150 0.089 0.043 0.017 0.028 0.042 0.154 0.081 82 E 0.060 0.342 0.116 0.018 0.241 0.015 0.026 0.064 0.059 0.037 0.021 83 S 0.159 0.258 0.121 0.010 0.268 0.009 0.024 0.043 0.024 0.027 0.057 84 I 0.143 0.082 0.035 0.030 0.128 0.083 0.123 0.136 0.097 0.085 0.059 85 Y 0.058 0.162 0.140 0.167 0.107 0.070 0.057 0.070 0.039 0.088 0.042 86 G 0.023 0.061 0.093 0.276 0.027 0.063 0.024 0.047 0.064 0.271 0.051 87 G 0.023 0.157 0.210 0.196 0.075 0.058 0.035 0.098 0.064 0.067 0.018 88 Y 0.121 0.177 0.054 0.012 0.202 0.015 0.039 0.167 0.081 0.073 0.060 89 F 0.120 0.195 0.096 0.022 0.193 0.017 0.030 0.119 0.068 0.077 0.064 90 K 0.062 0.164 0.084 0.035 0.120 0.064 0.078 0.199 0.098 0.064 0.033 91 D 0.096 0.100 0.078 0.019 0.113 0.013 0.028 0.208 0.140 0.145 0.059 92 E 0.034 0.066 0.030 0.012 0.050 0.019 0.049 0.328 0.244 0.142 0.027 93 N 0.070 0.174 0.054 0.023 0.154 0.015 0.040 0.210 0.124 0.101 0.036 94 F 0.089 0.072 0.025 0.010 0.114 0.011 0.023 0.230 0.185 0.170 0.071 95 I 0.083 0.110 0.033 0.008 0.138 0.013 0.041 0.240 0.145 0.151 0.037 96 L 0.166 0.178 0.071 0.013 0.269 0.009 0.019 0.135 0.058 0.045 0.037 97 K 0.120 0.133 0.083 0.033 0.155 0.041 0.072 0.161 0.069 0.077 0.054 98 H 0.083 0.132 0.043 0.042 0.118 0.037 0.089 0.187 0.092 0.120 0.056 99 D 0.086 0.097 0.072 0.033 0.092 0.020 0.020 0.091 0.116 0.291 0.082 100 R 0.018 0.174 0.114 0.020 0.077 0.017 0.037 0.329 0.154 0.055 0.006 101 A 0.139 0.100 0.031 0.008 0.177 0.009 0.058 0.254 0.106 0.071 0.047 102 F 0.073 0.294 0.098 0.043 0.243 0.022 0.018 0.125 0.029 0.032 0.022 103 L 0.295 0.081 0.007 0.002 0.496 0.003 0.008 0.071 0.008 0.005 0.025 104 L 0.346 0.056 0.007 0.009 0.420 0.015 0.012 0.076 0.013 0.012 0.034 105 S 0.188 0.108 0.011 0.012 0.483 0.015 0.033 0.105 0.012 0.008 0.026 106 M 0.231 0.099 0.029 0.015 0.344 0.013 0.028 0.127 0.025 0.041 0.049 107 A 0.112 0.209 0.046 0.018 0.203 0.037 0.085 0.147 0.042 0.049 0.051 108 N 0.183 0.167 0.077 0.025 0.203 0.024 0.047 0.064 0.025 0.091 0.092 109 R 0.054 0.235 0.116 0.105 0.102 0.075 0.067 0.044 0.040 0.105 0.057 110 G 0.026 0.071 0.167 0.388 0.036 0.093 0.020 0.025 0.037 0.094 0.042 111 K 0.067 0.112 0.041 0.040 0.134 0.070 0.141 0.138 0.125 0.086 0.047 112 H 0.106 0.107 0.073 0.030 0.128 0.018 0.040 0.082 0.111 0.197 0.107 113 T 0.067 0.140 0.066 0.050 0.114 0.058 0.091 0.137 0.137 0.106 0.036 114 N 0.059 0.189 0.146 0.064 0.127 0.050 0.089 0.089 0.081 0.074 0.033 115 G 0.106 0.059 0.024 0.018 0.096 0.016 0.032 0.063 0.110 0.327 0.151 116 S 0.216 0.145 0.022 0.005 0.394 0.003 0.008 0.026 0.036 0.094 0.050 117 Q 0.304 0.061 0.007 0.008 0.449 0.024 0.048 0.026 0.018 0.023 0.031 118 F 0.176 0.092 0.007 0.004 0.695 0.005 0.004 0.004 0.001 0.002 0.009 119 F 0.282 0.043 0.003 0.001 0.637 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.024 120 I 0.256 0.096 0.008 0.001 0.561 0.002 0.003 0.006 0.002 0.009 0.056 121 T 0.291 0.095 0.016 0.003 0.368 0.002 0.005 0.010 0.005 0.058 0.147 122 T 0.112 0.228 0.152 0.049 0.210 0.017 0.022 0.031 0.041 0.088 0.049 123 K 0.016 0.232 0.354 0.086 0.066 0.048 0.085 0.067 0.033 0.009 0.005 124 P 0.079 0.199 0.188 0.037 0.141 0.014 0.036 0.052 0.070 0.109 0.075 125 A 0.068 0.335 0.152 0.014 0.244 0.009 0.020 0.041 0.068 0.019 0.031 126 P 0.031 0.147 0.044 0.009 0.102 0.061 0.078 0.197 0.269 0.048 0.015 127 H 0.182 0.064 0.024 0.005 0.133 0.006 0.039 0.071 0.079 0.293 0.104 128 L 0.183 0.048 0.034 0.078 0.100 0.102 0.046 0.035 0.049 0.171 0.156 129 D 0.007 0.039 0.054 0.418 0.018 0.186 0.188 0.037 0.027 0.018 0.008 130 G 0.013 0.021 0.029 0.041 0.013 0.011 0.005 0.034 0.128 0.643 0.061 131 V 0.066 0.230 0.064 0.025 0.247 0.020 0.043 0.062 0.100 0.119 0.026 132 H 0.249 0.129 0.014 0.002 0.534 0.002 0.004 0.007 0.005 0.010 0.044 133 V 0.263 0.116 0.026 0.004 0.518 0.006 0.010 0.009 0.006 0.011 0.033 134 V 0.452 0.066 0.027 0.010 0.318 0.009 0.010 0.015 0.004 0.019 0.068 135 F 0.175 0.102 0.064 0.140 0.106 0.027 0.028 0.031 0.027 0.167 0.132 136 G 0.022 0.187 0.187 0.298 0.081 0.116 0.015 0.023 0.021 0.037 0.013 137 L 0.065 0.409 0.054 0.002 0.401 0.001 0.003 0.031 0.014 0.010 0.010 138 V 0.399 0.076 0.033 0.010 0.240 0.014 0.026 0.073 0.020 0.019 0.091 139 I 0.012 0.017 0.017 0.079 0.023 0.449 0.183 0.155 0.034 0.017 0.013 140 S 0.014 0.074 0.121 0.121 0.025 0.048 0.089 0.327 0.094 0.069 0.018 141 G 0.018 0.034 0.081 0.085 0.017 0.015 0.004 0.121 0.081 0.496 0.048 142 F 0.005 0.042 0.016 0.004 0.030 0.003 0.006 0.666 0.207 0.015 0.005 143 E 0.005 0.007 0.002 0.001 0.009 0.001 0.009 0.911 0.051 0.002 0.003 144 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.853 0.098 0.036 0.001 145 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.887 0.099 0.006 0.001 146 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.922 0.062 0.001 0.001 147 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.875 0.071 0.034 0.001 148 I 0.005 0.006 0.003 0.001 0.006 0.003 0.012 0.677 0.244 0.040 0.003 149 E 0.001 0.009 0.003 0.003 0.002 0.008 0.063 0.728 0.176 0.006 0.001 150 N 0.012 0.005 0.003 0.001 0.010 0.003 0.051 0.333 0.183 0.378 0.021 151 L 0.036 0.495 0.163 0.003 0.239 0.002 0.010 0.018 0.008 0.015 0.010 152 K 0.260 0.097 0.037 0.009 0.215 0.013 0.021 0.045 0.025 0.090 0.188 153 T 0.072 0.294 0.116 0.014 0.266 0.013 0.027 0.058 0.045 0.069 0.027 154 D 0.055 0.175 0.224 0.034 0.135 0.015 0.022 0.123 0.081 0.099 0.038 155 A 0.016 0.041 0.032 0.015 0.029 0.019 0.056 0.408 0.294 0.080 0.012 156 A 0.012 0.279 0.110 0.054 0.082 0.034 0.098 0.189 0.072 0.058 0.013 157 S 0.050 0.023 0.018 0.009 0.032 0.005 0.009 0.023 0.055 0.615 0.162 158 R 0.011 0.558 0.305 0.002 0.106 0.001 0.002 0.008 0.003 0.002 0.002 159 P 0.194 0.261 0.040 0.001 0.461 0.001 0.003 0.007 0.004 0.006 0.023 160 Y 0.201 0.088 0.091 0.039 0.169 0.051 0.085 0.054 0.089 0.070 0.064 161 A 0.019 0.386 0.231 0.056 0.151 0.049 0.031 0.047 0.015 0.007 0.007 162 D 0.438 0.038 0.007 0.003 0.207 0.002 0.005 0.006 0.007 0.081 0.206 163 V 0.171 0.275 0.021 0.001 0.505 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 164 R 0.069 0.312 0.020 0.001 0.591 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 165 V 0.735 0.007 0.002 0.001 0.150 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.097 166 I 0.007 0.041 0.019 0.105 0.040 0.514 0.213 0.039 0.013 0.004 0.004 167 D 0.374 0.114 0.030 0.002 0.328 0.001 0.002 0.006 0.004 0.030 0.110 168 C 0.231 0.133 0.023 0.035 0.210 0.022 0.013 0.046 0.066 0.111 0.111 169 G 0.021 0.212 0.185 0.217 0.138 0.069 0.016 0.058 0.051 0.027 0.006 170 V 0.391 0.063 0.014 0.004 0.237 0.005 0.039 0.078 0.027 0.030 0.110 171 L 0.045 0.137 0.081 0.131 0.100 0.098 0.136 0.104 0.046 0.087 0.034 172 A 0.163 0.194 0.091 0.038 0.243 0.030 0.029 0.072 0.042 0.038 0.061