# TARGET T0345 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.3513 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.138 0.153 0.047 0.020 0.041 0.049 0.070 0.013 0.016 0.124 0.328 2 I 0.223 0.129 0.007 0.019 0.032 0.046 0.080 0.020 0.004 0.080 0.360 3 A 0.125 0.050 0.006 0.022 0.020 0.036 0.080 0.005 0.003 0.041 0.613 4 K 0.033 0.010 0.007 0.039 0.027 0.061 0.119 0.003 0.002 0.041 0.657 5 S 0.026 0.011 0.001 0.029 0.074 0.153 0.110 0.007 0.001 0.059 0.528 6 F 0.049 0.007 0.003 0.044 0.037 0.063 0.117 0.002 0.001 0.071 0.605 7 Y 0.010 0.008 0.002 0.108 0.122 0.218 0.115 0.003 0.001 0.065 0.349 8 D 0.024 0.007 0.002 0.078 0.055 0.159 0.091 0.002 0.001 0.083 0.498 9 L 0.011 0.006 0.001 0.086 0.144 0.195 0.081 0.004 0.001 0.051 0.419 10 S 0.013 0.004 0.001 0.108 0.139 0.334 0.058 0.002 0.001 0.071 0.269 11 A 0.012 0.003 0.001 0.064 0.166 0.270 0.060 0.001 0.001 0.060 0.361 12 I 0.002 0.001 0.003 0.068 0.199 0.265 0.090 0.002 0.003 0.032 0.335 13 N 0.503 0.011 0.005 0.012 0.042 0.056 0.041 0.008 0.006 0.039 0.278 14 L 0.484 0.002 0.002 0.006 0.007 0.009 0.044 0.005 0.001 0.058 0.382 15 D 0.009 0.001 0.001 0.004 0.004 0.014 0.072 0.002 0.001 0.012 0.882 16 G 0.020 0.005 0.001 0.017 0.016 0.036 0.119 0.001 0.001 0.018 0.766 17 E 0.002 0.003 0.001 0.030 0.428 0.289 0.051 0.002 0.001 0.024 0.171 18 K 0.005 0.003 0.001 0.042 0.122 0.215 0.054 0.001 0.001 0.073 0.483 19 V 0.003 0.006 0.001 0.084 0.382 0.194 0.040 0.001 0.001 0.039 0.249 20 D 0.028 0.034 0.002 0.062 0.145 0.270 0.065 0.005 0.001 0.092 0.295 21 F 0.097 0.032 0.007 0.061 0.118 0.158 0.049 0.005 0.004 0.103 0.365 22 N 0.065 0.010 0.006 0.043 0.134 0.166 0.080 0.006 0.006 0.073 0.411 23 T 0.149 0.006 0.003 0.022 0.064 0.122 0.106 0.006 0.003 0.055 0.464 24 F 0.211 0.002 0.003 0.027 0.046 0.038 0.092 0.005 0.002 0.038 0.537 25 R 0.012 0.002 0.001 0.066 0.033 0.040 0.149 0.001 0.001 0.010 0.685 26 G 0.002 0.002 0.001 0.053 0.022 0.042 0.106 0.001 0.001 0.020 0.752 27 R 0.002 0.003 0.001 0.444 0.181 0.071 0.057 0.001 0.001 0.073 0.169 28 A 0.001 0.002 0.001 0.633 0.064 0.085 0.023 0.001 0.001 0.036 0.156 29 V 0.001 0.001 0.001 0.763 0.089 0.055 0.007 0.001 0.001 0.039 0.045 30 L 0.001 0.001 0.001 0.875 0.040 0.031 0.007 0.001 0.001 0.016 0.030 31 I 0.005 0.005 0.001 0.651 0.089 0.134 0.017 0.001 0.001 0.041 0.056 32 E 0.046 0.006 0.001 0.541 0.033 0.067 0.057 0.002 0.001 0.082 0.164 33 N 0.027 0.013 0.003 0.327 0.035 0.090 0.114 0.004 0.004 0.176 0.207 34 V 0.124 0.022 0.005 0.133 0.043 0.090 0.160 0.004 0.004 0.127 0.289 35 A 0.045 0.010 0.006 0.132 0.086 0.106 0.153 0.005 0.003 0.076 0.375 36 S 0.068 0.007 0.001 0.040 0.040 0.070 0.154 0.005 0.001 0.086 0.527 37 L 0.057 0.008 0.002 0.050 0.025 0.064 0.137 0.006 0.001 0.111 0.538 38 C 0.043 0.005 0.001 0.022 0.019 0.043 0.180 0.003 0.001 0.061 0.622 39 G 0.031 0.007 0.002 0.034 0.036 0.068 0.205 0.005 0.001 0.078 0.532 40 T 0.062 0.013 0.001 0.023 0.015 0.025 0.153 0.005 0.001 0.050 0.653 41 T 0.169 0.021 0.001 0.016 0.011 0.019 0.139 0.011 0.001 0.074 0.540 42 T 0.069 0.025 0.002 0.014 0.005 0.008 0.150 0.002 0.001 0.153 0.571 43 R 0.010 0.198 0.001 0.009 0.006 0.012 0.115 0.006 0.001 0.062 0.581 44 D 0.078 0.768 0.001 0.002 0.001 0.002 0.016 0.005 0.001 0.023 0.104 45 F 0.026 0.251 0.003 0.006 0.003 0.003 0.029 0.004 0.001 0.571 0.105 46 T 0.005 0.842 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.002 0.001 0.069 0.062 47 Q 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.012 48 L 0.015 0.918 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.022 0.030 49 N 0.020 0.808 0.006 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.004 0.064 0.076 50 E 0.113 0.465 0.080 0.003 0.001 0.002 0.031 0.048 0.030 0.131 0.096 51 L 0.302 0.182 0.067 0.006 0.002 0.004 0.046 0.069 0.053 0.095 0.174 52 Q 0.144 0.010 0.001 0.003 0.001 0.003 0.088 0.001 0.001 0.026 0.721 53 C 0.010 0.005 0.001 0.008 0.002 0.006 0.111 0.001 0.001 0.021 0.835 54 R 0.022 0.002 0.005 0.009 0.002 0.005 0.139 0.002 0.002 0.036 0.776 55 F 0.223 0.005 0.002 0.014 0.010 0.016 0.145 0.030 0.002 0.095 0.460 56 P 0.110 0.004 0.001 0.011 0.001 0.003 0.086 0.001 0.001 0.033 0.750 57 R 0.009 0.003 0.001 0.082 0.026 0.050 0.137 0.001 0.001 0.036 0.655 58 R 0.004 0.003 0.001 0.212 0.051 0.111 0.095 0.001 0.001 0.064 0.458 59 L 0.001 0.002 0.001 0.497 0.103 0.095 0.046 0.001 0.001 0.050 0.205 60 V 0.001 0.001 0.001 0.665 0.106 0.122 0.012 0.001 0.001 0.034 0.058 61 V 0.007 0.001 0.001 0.352 0.166 0.160 0.029 0.001 0.001 0.050 0.234 62 L 0.001 0.001 0.001 0.413 0.132 0.166 0.041 0.001 0.001 0.014 0.231 63 G 0.010 0.003 0.001 0.148 0.109 0.189 0.071 0.001 0.001 0.053 0.416 64 F 0.010 0.009 0.002 0.108 0.171 0.156 0.110 0.006 0.002 0.055 0.370 65 P 0.396 0.121 0.011 0.024 0.027 0.037 0.061 0.011 0.012 0.050 0.249 66 C 0.374 0.061 0.016 0.014 0.021 0.025 0.055 0.013 0.007 0.079 0.335 67 N 0.075 0.024 0.002 0.008 0.018 0.037 0.084 0.005 0.001 0.031 0.715 68 Q 0.119 0.042 0.008 0.020 0.012 0.031 0.083 0.006 0.002 0.053 0.624 69 F 0.100 0.025 0.001 0.013 0.038 0.039 0.096 0.008 0.001 0.050 0.629 70 G 0.033 0.012 0.001 0.008 0.044 0.075 0.090 0.002 0.001 0.025 0.710 71 H 0.006 0.013 0.003 0.019 0.046 0.075 0.134 0.003 0.001 0.022 0.676 72 Q 0.235 0.042 0.003 0.015 0.041 0.047 0.089 0.022 0.002 0.054 0.450 73 E 0.289 0.021 0.001 0.011 0.015 0.017 0.082 0.013 0.001 0.058 0.494 74 N 0.013 0.004 0.001 0.012 0.005 0.010 0.100 0.001 0.001 0.011 0.845 75 C 0.002 0.010 0.001 0.039 0.009 0.016 0.106 0.001 0.001 0.018 0.798 76 Q 0.008 0.502 0.001 0.010 0.014 0.007 0.055 0.007 0.001 0.016 0.380 77 N 0.083 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.004 0.016 78 E 0.038 0.238 0.003 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.637 0.068 79 E 0.008 0.105 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 0.001 0.802 0.059 80 I 0.063 0.785 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.026 0.001 0.052 0.058 81 L 0.047 0.717 0.012 0.003 0.001 0.002 0.013 0.012 0.005 0.039 0.149 82 N 0.057 0.568 0.005 0.003 0.001 0.004 0.041 0.003 0.004 0.036 0.277 83 S 0.106 0.538 0.011 0.004 0.001 0.005 0.037 0.025 0.005 0.060 0.209 84 L 0.188 0.324 0.021 0.006 0.002 0.006 0.066 0.054 0.009 0.112 0.212 85 K 0.153 0.059 0.002 0.029 0.005 0.014 0.117 0.002 0.001 0.065 0.553 86 Y 0.007 0.010 0.006 0.036 0.006 0.018 0.164 0.001 0.001 0.063 0.688 87 V 0.017 0.003 0.012 0.081 0.022 0.034 0.164 0.004 0.003 0.098 0.563 88 R 0.438 0.006 0.005 0.037 0.010 0.020 0.073 0.011 0.006 0.141 0.253 89 P 0.158 0.001 0.002 0.007 0.002 0.003 0.058 0.002 0.001 0.035 0.730 90 G 0.023 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.058 0.002 0.001 0.013 0.894 91 G 0.017 0.001 0.001 0.007 0.015 0.018 0.103 0.003 0.001 0.019 0.818 92 G 0.012 0.001 0.001 0.027 0.016 0.029 0.110 0.001 0.001 0.023 0.782 93 Y 0.007 0.001 0.001 0.028 0.081 0.070 0.068 0.002 0.001 0.027 0.717 94 Q 0.009 0.001 0.001 0.032 0.052 0.045 0.106 0.001 0.001 0.014 0.740 95 P 0.003 0.001 0.001 0.056 0.072 0.049 0.079 0.001 0.001 0.008 0.732 96 T 0.018 0.006 0.001 0.076 0.063 0.072 0.098 0.003 0.001 0.015 0.647 97 F 0.016 0.003 0.001 0.044 0.102 0.115 0.103 0.019 0.001 0.033 0.564 98 T 0.037 0.010 0.007 0.161 0.102 0.142 0.084 0.002 0.003 0.042 0.410 99 L 0.049 0.006 0.003 0.133 0.129 0.279 0.052 0.006 0.001 0.039 0.304 100 V 0.047 0.004 0.002 0.115 0.101 0.154 0.070 0.002 0.001 0.035 0.471 101 Q 0.004 0.001 0.001 0.175 0.169 0.299 0.053 0.001 0.001 0.020 0.277 102 K 0.004 0.001 0.001 0.080 0.134 0.224 0.068 0.001 0.001 0.037 0.451 103 C 0.003 0.001 0.001 0.120 0.293 0.161 0.057 0.001 0.001 0.023 0.342 104 E 0.024 0.001 0.001 0.114 0.111 0.122 0.087 0.001 0.001 0.045 0.494 105 V 0.013 0.001 0.001 0.028 0.050 0.045 0.103 0.004 0.001 0.025 0.731 106 N 0.033 0.002 0.001 0.031 0.017 0.023 0.131 0.006 0.001 0.029 0.726 107 G 0.105 0.019 0.001 0.035 0.007 0.017 0.130 0.010 0.001 0.052 0.623 108 Q 0.152 0.030 0.002 0.038 0.008 0.013 0.118 0.003 0.001 0.124 0.511 109 N 0.016 0.183 0.003 0.030 0.024 0.032 0.100 0.004 0.001 0.093 0.515 110 E 0.014 0.703 0.001 0.004 0.007 0.010 0.027 0.003 0.001 0.025 0.206 111 H 0.013 0.851 0.002 0.006 0.010 0.007 0.013 0.003 0.001 0.029 0.067 112 P 0.005 0.952 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.007 0.023 113 V 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 114 F 0.017 0.925 0.003 0.002 0.003 0.003 0.004 0.006 0.001 0.017 0.021 115 A 0.021 0.735 0.007 0.005 0.004 0.004 0.015 0.003 0.003 0.145 0.059 116 Y 0.062 0.216 0.136 0.012 0.005 0.007 0.061 0.018 0.046 0.282 0.155 117 L 0.331 0.058 0.054 0.022 0.006 0.011 0.063 0.039 0.020 0.191 0.206 118 K 0.112 0.006 0.004 0.018 0.005 0.015 0.082 0.002 0.003 0.055 0.698 119 D 0.009 0.001 0.001 0.014 0.004 0.011 0.072 0.001 0.001 0.015 0.873 120 K 0.025 0.002 0.001 0.010 0.005 0.009 0.086 0.001 0.001 0.023 0.839 121 L 0.026 0.001 0.001 0.006 0.016 0.017 0.139 0.010 0.001 0.045 0.741 122 P 0.024 0.002 0.001 0.009 0.002 0.004 0.100 0.002 0.001 0.013 0.843 123 Y 0.062 0.002 0.001 0.018 0.010 0.024 0.148 0.021 0.001 0.043 0.672 124 P 0.208 0.008 0.001 0.020 0.005 0.009 0.096 0.001 0.001 0.044 0.608 125 Y 0.005 0.003 0.001 0.025 0.011 0.031 0.153 0.001 0.001 0.021 0.748 126 D 0.032 0.016 0.002 0.018 0.009 0.012 0.109 0.002 0.001 0.026 0.773 127 D 0.315 0.094 0.002 0.013 0.018 0.016 0.101 0.019 0.001 0.108 0.312 128 P 0.122 0.092 0.003 0.009 0.004 0.008 0.111 0.005 0.001 0.065 0.581 129 F 0.140 0.040 0.005 0.013 0.011 0.025 0.104 0.008 0.001 0.058 0.594 130 S 0.083 0.045 0.001 0.014 0.025 0.056 0.134 0.012 0.001 0.078 0.553 131 L 0.099 0.018 0.001 0.015 0.020 0.039 0.098 0.001 0.001 0.050 0.660 132 M 0.007 0.017 0.003 0.026 0.065 0.079 0.156 0.001 0.001 0.026 0.620 133 T 0.017 0.023 0.002 0.007 0.026 0.033 0.110 0.004 0.002 0.013 0.763 134 D 0.710 0.118 0.002 0.003 0.006 0.005 0.022 0.032 0.001 0.032 0.071 135 P 0.253 0.136 0.003 0.007 0.003 0.006 0.066 0.008 0.001 0.043 0.474 136 K 0.055 0.125 0.007 0.022 0.015 0.062 0.097 0.005 0.002 0.023 0.587 137 L 0.065 0.046 0.003 0.035 0.115 0.168 0.089 0.008 0.001 0.046 0.424 138 I 0.073 0.012 0.001 0.031 0.127 0.103 0.086 0.003 0.001 0.044 0.521 139 I 0.013 0.014 0.001 0.041 0.125 0.134 0.105 0.001 0.001 0.018 0.548 140 W 0.017 0.025 0.001 0.016 0.048 0.076 0.095 0.005 0.001 0.015 0.701 141 S 0.147 0.080 0.004 0.017 0.082 0.085 0.101 0.039 0.003 0.091 0.350 142 P 0.151 0.030 0.012 0.015 0.023 0.038 0.072 0.005 0.005 0.066 0.583 143 V 0.079 0.022 0.006 0.025 0.026 0.054 0.080 0.004 0.002 0.049 0.653 144 R 0.298 0.033 0.002 0.014 0.026 0.027 0.066 0.007 0.001 0.050 0.476 145 R 0.073 0.027 0.002 0.022 0.011 0.016 0.112 0.005 0.001 0.027 0.702 146 S 0.018 0.011 0.001 0.019 0.047 0.055 0.105 0.006 0.001 0.025 0.713 147 D 0.030 0.018 0.001 0.074 0.056 0.078 0.131 0.003 0.001 0.050 0.557 148 V 0.023 0.013 0.003 0.104 0.084 0.094 0.109 0.003 0.001 0.059 0.509 149 A 0.070 0.007 0.004 0.130 0.091 0.102 0.096 0.003 0.002 0.081 0.414 150 W 0.026 0.003 0.001 0.136 0.039 0.060 0.111 0.003 0.001 0.044 0.577 151 N 0.078 0.010 0.002 0.197 0.036 0.058 0.133 0.005 0.001 0.062 0.419 152 F 0.028 0.005 0.002 0.158 0.028 0.058 0.150 0.006 0.001 0.050 0.515 153 E 0.018 0.005 0.001 0.088 0.067 0.092 0.114 0.004 0.001 0.057 0.555 154 K 0.010 0.008 0.001 0.213 0.116 0.228 0.076 0.003 0.001 0.046 0.300 155 F 0.007 0.002 0.001 0.196 0.084 0.193 0.074 0.001 0.001 0.060 0.383 156 L 0.003 0.003 0.002 0.226 0.259 0.285 0.049 0.001 0.001 0.041 0.131 157 I 0.013 0.001 0.008 0.179 0.075 0.165 0.079 0.002 0.007 0.040 0.432 158 G 0.764 0.006 0.002 0.016 0.012 0.022 0.024 0.020 0.002 0.050 0.081 159 P 0.297 0.002 0.002 0.008 0.001 0.004 0.062 0.001 0.001 0.034 0.587 160 E 0.002 0.001 0.001 0.013 0.018 0.071 0.107 0.001 0.001 0.009 0.777 161 G 0.004 0.002 0.001 0.015 0.158 0.234 0.091 0.001 0.001 0.037 0.458 162 E 0.003 0.001 0.001 0.024 0.478 0.200 0.041 0.001 0.001 0.040 0.213 163 P 0.003 0.003 0.001 0.039 0.208 0.374 0.036 0.001 0.001 0.027 0.309 164 F 0.007 0.002 0.001 0.026 0.292 0.414 0.020 0.001 0.001 0.040 0.197 165 R 0.010 0.002 0.001 0.071 0.233 0.322 0.034 0.001 0.001 0.071 0.254 166 R 0.012 0.001 0.002 0.059 0.214 0.293 0.051 0.002 0.001 0.067 0.300 167 Y 0.035 0.001 0.001 0.078 0.130 0.203 0.069 0.005 0.001 0.058 0.420 168 S 0.081 0.001 0.001 0.047 0.051 0.061 0.089 0.002 0.001 0.044 0.623 169 R 0.012 0.001 0.001 0.024 0.073 0.078 0.092 0.001 0.001 0.023 0.696 170 T 0.002 0.001 0.001 0.012 0.025 0.035 0.097 0.001 0.001 0.009 0.819 171 F 0.024 0.001 0.001 0.013 0.043 0.028 0.140 0.011 0.001 0.027 0.711 172 P 0.255 0.014 0.001 0.021 0.011 0.011 0.114 0.020 0.001 0.064 0.488 173 T 0.142 0.011 0.001 0.010 0.004 0.009 0.096 0.005 0.001 0.028 0.695 174 I 0.050 0.005 0.001 0.020 0.009 0.022 0.130 0.002 0.001 0.033 0.729 175 N 0.008 0.021 0.001 0.042 0.016 0.029 0.170 0.001 0.001 0.061 0.650 176 I 0.021 0.493 0.002 0.016 0.014 0.011 0.058 0.004 0.001 0.020 0.360 177 E 0.088 0.782 0.002 0.002 0.003 0.003 0.014 0.017 0.001 0.006 0.082 178 P 0.016 0.728 0.001 0.004 0.002 0.002 0.024 0.004 0.001 0.036 0.181 179 D 0.025 0.862 0.006 0.001 0.001 0.002 0.011 0.007 0.002 0.035 0.049 180 I 0.114 0.764 0.009 0.001 0.001 0.001 0.007 0.032 0.003 0.026 0.042 181 K 0.137 0.349 0.042 0.005 0.004 0.007 0.041 0.021 0.034 0.089 0.269 182 R 0.200 0.101 0.009 0.008 0.005 0.009 0.078 0.005 0.004 0.068 0.515 183 L 0.064 0.053 0.009 0.015 0.004 0.012 0.103 0.008 0.005 0.072 0.655 184 L 0.137 0.038 0.010 0.012 0.005 0.010 0.119 0.006 0.004 0.049 0.611 185 K 0.064 0.022 0.002 0.014 0.007 0.013 0.090 0.003 0.001 0.028 0.756