# TARGET T0345 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.3513 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.090 0.031 0.065 0.084 0.076 0.315 0.281 2 I 0.081 0.091 0.029 0.055 0.065 0.085 0.263 0.332 3 A 0.075 0.063 0.014 0.030 0.065 0.090 0.065 0.598 4 K 0.023 0.021 0.019 0.030 0.044 0.093 0.052 0.717 5 S 0.088 0.054 0.039 0.052 0.082 0.126 0.083 0.477 6 F 0.068 0.022 0.047 0.038 0.053 0.116 0.091 0.565 7 Y 0.028 0.016 0.059 0.062 0.079 0.120 0.068 0.567 8 D 0.044 0.015 0.046 0.042 0.094 0.095 0.085 0.579 9 L 0.020 0.009 0.059 0.104 0.121 0.096 0.063 0.527 10 S 0.025 0.008 0.104 0.165 0.230 0.078 0.045 0.346 11 A 0.021 0.004 0.050 0.128 0.167 0.086 0.052 0.491 12 I 0.013 0.002 0.084 0.128 0.134 0.092 0.037 0.509 13 N 0.309 0.004 0.024 0.028 0.044 0.077 0.052 0.462 14 L 0.371 0.004 0.011 0.019 0.016 0.068 0.043 0.468 15 D 0.047 0.002 0.009 0.010 0.040 0.088 0.010 0.794 16 G 0.015 0.001 0.011 0.018 0.073 0.070 0.016 0.795 17 E 0.005 0.002 0.029 0.306 0.285 0.077 0.016 0.280 18 K 0.003 0.001 0.020 0.083 0.148 0.058 0.020 0.667 19 V 0.009 0.002 0.032 0.308 0.153 0.056 0.048 0.392 20 D 0.081 0.020 0.038 0.137 0.121 0.059 0.095 0.448 21 F 0.225 0.044 0.015 0.081 0.087 0.055 0.097 0.397 22 N 0.026 0.012 0.036 0.114 0.175 0.071 0.072 0.494 23 T 0.174 0.006 0.018 0.033 0.083 0.100 0.077 0.510 24 F 0.384 0.005 0.015 0.040 0.039 0.081 0.080 0.356 25 R 0.011 0.002 0.023 0.020 0.079 0.169 0.015 0.681 26 G 0.002 0.001 0.043 0.020 0.135 0.135 0.024 0.641 27 R 0.001 0.001 0.176 0.351 0.251 0.062 0.049 0.109 28 A 0.001 0.001 0.505 0.163 0.174 0.019 0.057 0.081 29 V 0.001 0.002 0.568 0.166 0.185 0.006 0.044 0.028 30 L 0.001 0.003 0.734 0.101 0.121 0.005 0.021 0.015 31 I 0.005 0.011 0.621 0.129 0.151 0.016 0.033 0.032 32 E 0.011 0.019 0.493 0.100 0.144 0.046 0.100 0.086 33 N 0.046 0.074 0.297 0.057 0.096 0.102 0.157 0.170 34 V 0.120 0.071 0.179 0.029 0.064 0.128 0.118 0.292 35 A 0.129 0.039 0.088 0.046 0.085 0.120 0.134 0.359 36 S 0.114 0.015 0.033 0.030 0.051 0.104 0.111 0.542 37 L 0.035 0.007 0.018 0.034 0.060 0.144 0.134 0.568 38 C 0.026 0.008 0.014 0.017 0.037 0.160 0.068 0.671 39 G 0.036 0.014 0.017 0.041 0.059 0.203 0.029 0.601 40 T 0.026 0.024 0.012 0.015 0.025 0.089 0.030 0.779 41 T 0.343 0.235 0.010 0.011 0.014 0.066 0.070 0.250 42 T 0.088 0.120 0.023 0.017 0.015 0.120 0.158 0.458 43 R 0.042 0.355 0.009 0.005 0.007 0.069 0.104 0.410 44 D 0.112 0.732 0.004 0.001 0.002 0.021 0.050 0.078 45 F 0.033 0.433 0.009 0.006 0.007 0.045 0.300 0.166 46 T 0.014 0.772 0.005 0.001 0.003 0.014 0.131 0.060 47 Q 0.016 0.945 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.015 48 L 0.016 0.924 0.005 0.002 0.002 0.006 0.020 0.024 49 N 0.030 0.857 0.005 0.002 0.003 0.010 0.041 0.052 50 E 0.092 0.579 0.026 0.005 0.005 0.024 0.188 0.081 51 L 0.263 0.331 0.030 0.011 0.009 0.038 0.147 0.170 52 Q 0.160 0.056 0.016 0.009 0.008 0.052 0.086 0.612 53 C 0.016 0.016 0.014 0.005 0.009 0.098 0.048 0.794 54 R 0.020 0.006 0.038 0.009 0.009 0.136 0.071 0.712 55 F 0.327 0.011 0.009 0.007 0.006 0.085 0.049 0.507 56 P 0.167 0.011 0.012 0.003 0.004 0.094 0.047 0.663 57 R 0.015 0.008 0.096 0.011 0.041 0.212 0.025 0.591 58 R 0.005 0.004 0.236 0.030 0.134 0.104 0.089 0.399 59 L 0.002 0.001 0.320 0.147 0.157 0.059 0.069 0.245 60 V 0.003 0.001 0.616 0.154 0.146 0.017 0.032 0.032 61 V 0.005 0.001 0.348 0.160 0.183 0.038 0.052 0.214 62 L 0.002 0.001 0.677 0.087 0.137 0.022 0.019 0.055 63 G 0.007 0.003 0.247 0.107 0.258 0.079 0.067 0.231 64 F 0.035 0.007 0.211 0.115 0.111 0.144 0.060 0.317 65 P 0.242 0.047 0.069 0.044 0.067 0.112 0.105 0.314 66 C 0.091 0.041 0.041 0.012 0.025 0.161 0.072 0.557 67 N 0.091 0.053 0.042 0.018 0.034 0.149 0.051 0.562 68 Q 0.108 0.069 0.032 0.021 0.031 0.146 0.060 0.534 69 F 0.092 0.086 0.031 0.023 0.038 0.137 0.041 0.552 70 G 0.117 0.072 0.033 0.029 0.058 0.098 0.133 0.459 71 H 0.061 0.040 0.029 0.051 0.073 0.112 0.136 0.499 72 Q 0.118 0.029 0.024 0.040 0.050 0.103 0.057 0.579 73 E 0.111 0.027 0.017 0.032 0.043 0.129 0.061 0.580 74 N 0.034 0.038 0.008 0.007 0.017 0.130 0.019 0.747 75 C 0.026 0.099 0.006 0.012 0.015 0.119 0.016 0.707 76 Q 0.030 0.703 0.002 0.004 0.004 0.026 0.018 0.214 77 N 0.028 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.009 78 E 0.024 0.708 0.007 0.006 0.005 0.013 0.175 0.063 79 E 0.016 0.538 0.012 0.012 0.011 0.024 0.321 0.066 80 I 0.074 0.687 0.012 0.005 0.008 0.025 0.124 0.066 81 L 0.138 0.520 0.017 0.013 0.026 0.039 0.086 0.161 82 N 0.084 0.170 0.015 0.018 0.037 0.060 0.081 0.535 83 S 0.085 0.088 0.018 0.021 0.039 0.106 0.106 0.538 84 L 0.068 0.035 0.034 0.055 0.091 0.123 0.076 0.518 85 K 0.039 0.012 0.026 0.059 0.075 0.133 0.040 0.616 86 Y 0.005 0.003 0.047 0.040 0.052 0.108 0.034 0.711 87 V 0.033 0.004 0.076 0.069 0.064 0.140 0.052 0.562 88 R 0.354 0.003 0.046 0.033 0.025 0.086 0.084 0.369 89 P 0.142 0.002 0.014 0.007 0.010 0.093 0.024 0.707 90 G 0.073 0.002 0.013 0.004 0.011 0.076 0.021 0.799 91 G 0.045 0.002 0.016 0.014 0.034 0.146 0.026 0.717 92 G 0.007 0.001 0.030 0.029 0.066 0.100 0.046 0.720 93 Y 0.012 0.003 0.062 0.105 0.158 0.095 0.043 0.521 94 Q 0.019 0.004 0.081 0.141 0.139 0.078 0.090 0.448 95 P 0.010 0.013 0.093 0.136 0.136 0.075 0.046 0.491 96 T 0.025 0.039 0.124 0.050 0.102 0.089 0.052 0.518 97 F 0.067 0.092 0.112 0.164 0.114 0.065 0.094 0.292 98 T 0.054 0.156 0.151 0.089 0.155 0.056 0.089 0.248 99 L 0.084 0.061 0.088 0.081 0.210 0.059 0.163 0.255 100 V 0.081 0.019 0.069 0.149 0.152 0.073 0.157 0.299 101 Q 0.018 0.008 0.033 0.113 0.158 0.072 0.041 0.557 102 K 0.009 0.004 0.043 0.055 0.178 0.129 0.037 0.545 103 C 0.006 0.002 0.075 0.196 0.264 0.100 0.055 0.302 104 E 0.053 0.003 0.067 0.077 0.105 0.110 0.035 0.551 105 V 0.256 0.007 0.029 0.080 0.057 0.088 0.084 0.400 106 N 0.043 0.006 0.016 0.011 0.021 0.120 0.019 0.764 107 G 0.062 0.009 0.013 0.007 0.021 0.080 0.041 0.766 108 Q 0.075 0.026 0.021 0.034 0.027 0.149 0.075 0.593 109 N 0.032 0.082 0.021 0.028 0.038 0.138 0.051 0.611 110 E 0.053 0.252 0.018 0.020 0.035 0.081 0.039 0.503 111 H 0.089 0.520 0.019 0.030 0.040 0.045 0.057 0.201 112 P 0.024 0.701 0.016 0.026 0.036 0.025 0.040 0.131 113 V 0.017 0.806 0.015 0.013 0.031 0.016 0.044 0.057 114 F 0.028 0.818 0.027 0.018 0.019 0.009 0.046 0.036 115 A 0.036 0.596 0.058 0.052 0.047 0.025 0.083 0.104 116 Y 0.059 0.246 0.201 0.037 0.041 0.046 0.190 0.180 117 L 0.334 0.125 0.083 0.042 0.041 0.043 0.140 0.193 118 K 0.412 0.013 0.026 0.012 0.012 0.045 0.048 0.432 119 D 0.015 0.004 0.005 0.004 0.006 0.054 0.011 0.902 120 K 0.011 0.003 0.008 0.004 0.007 0.092 0.008 0.866 121 L 0.056 0.005 0.018 0.018 0.018 0.182 0.049 0.655 122 P 0.051 0.005 0.020 0.013 0.013 0.116 0.027 0.755 123 Y 0.160 0.009 0.026 0.013 0.021 0.103 0.030 0.637 124 P 0.115 0.011 0.025 0.013 0.015 0.143 0.037 0.640 125 Y 0.022 0.009 0.020 0.008 0.015 0.125 0.018 0.782 126 D 0.027 0.011 0.012 0.005 0.007 0.108 0.021 0.809 127 D 0.227 0.139 0.021 0.015 0.012 0.112 0.119 0.354 128 P 0.214 0.154 0.013 0.007 0.013 0.095 0.058 0.446 129 F 0.140 0.048 0.024 0.015 0.027 0.089 0.125 0.532 130 S 0.060 0.044 0.026 0.038 0.057 0.127 0.097 0.551 131 L 0.101 0.033 0.017 0.015 0.031 0.151 0.041 0.612 132 M 0.018 0.017 0.022 0.025 0.038 0.172 0.032 0.675 133 T 0.028 0.028 0.014 0.008 0.014 0.097 0.028 0.784 134 D 0.401 0.216 0.009 0.009 0.009 0.056 0.083 0.218 135 P 0.134 0.146 0.020 0.012 0.016 0.117 0.063 0.493 136 K 0.050 0.084 0.034 0.017 0.039 0.092 0.096 0.589 137 L 0.047 0.055 0.048 0.028 0.050 0.133 0.083 0.557 138 I 0.061 0.038 0.072 0.046 0.059 0.158 0.083 0.483 139 I 0.045 0.052 0.053 0.027 0.049 0.127 0.068 0.578 140 W 0.052 0.050 0.038 0.019 0.031 0.110 0.067 0.632 141 S 0.140 0.082 0.033 0.035 0.036 0.101 0.096 0.479 142 P 0.075 0.044 0.027 0.020 0.034 0.115 0.125 0.561 143 V 0.044 0.024 0.047 0.026 0.033 0.149 0.092 0.585 144 R 0.180 0.038 0.020 0.017 0.027 0.093 0.065 0.559 145 R 0.091 0.032 0.012 0.010 0.016 0.086 0.054 0.698 146 S 0.021 0.034 0.040 0.022 0.052 0.142 0.045 0.645 147 D 0.025 0.028 0.041 0.032 0.061 0.108 0.132 0.573 148 V 0.056 0.087 0.059 0.086 0.065 0.092 0.113 0.441 149 A 0.059 0.082 0.092 0.052 0.104 0.114 0.076 0.421 150 W 0.032 0.036 0.094 0.065 0.100 0.108 0.091 0.474 151 N 0.060 0.063 0.133 0.092 0.135 0.095 0.110 0.313 152 F 0.047 0.028 0.066 0.064 0.166 0.112 0.129 0.389 153 E 0.023 0.008 0.037 0.141 0.227 0.076 0.051 0.436 154 K 0.004 0.002 0.064 0.248 0.412 0.046 0.021 0.202 155 F 0.005 0.003 0.095 0.157 0.317 0.088 0.019 0.315 156 L 0.001 0.001 0.083 0.367 0.440 0.022 0.017 0.069 157 I 0.008 0.001 0.084 0.171 0.195 0.055 0.028 0.458 158 G 0.904 0.002 0.006 0.015 0.013 0.009 0.033 0.018 159 P 0.297 0.002 0.006 0.014 0.014 0.093 0.016 0.559 160 E 0.006 0.001 0.003 0.001 0.011 0.068 0.002 0.909 161 G 0.010 0.004 0.014 0.010 0.043 0.116 0.018 0.784 162 E 0.019 0.011 0.039 0.396 0.173 0.092 0.052 0.218 163 P 0.042 0.029 0.069 0.126 0.164 0.049 0.056 0.465 164 F 0.052 0.015 0.116 0.173 0.194 0.047 0.081 0.321 165 R 0.028 0.009 0.100 0.243 0.256 0.038 0.064 0.260 166 R 0.011 0.005 0.049 0.090 0.144 0.053 0.067 0.582 167 Y 0.057 0.007 0.069 0.138 0.196 0.078 0.066 0.390 168 S 0.214 0.006 0.022 0.079 0.092 0.073 0.047 0.466 169 R 0.016 0.003 0.014 0.024 0.051 0.104 0.018 0.770 170 T 0.010 0.004 0.016 0.021 0.060 0.111 0.021 0.758 171 F 0.032 0.005 0.023 0.061 0.043 0.127 0.050 0.659 172 P 0.124 0.027 0.023 0.031 0.025 0.087 0.086 0.596 173 T 0.250 0.080 0.017 0.013 0.021 0.067 0.077 0.475 174 I 0.048 0.040 0.017 0.012 0.016 0.118 0.034 0.715 175 N 0.020 0.138 0.019 0.015 0.017 0.084 0.065 0.641 176 I 0.042 0.725 0.004 0.003 0.004 0.029 0.024 0.169 177 E 0.054 0.863 0.005 0.003 0.003 0.010 0.027 0.035 178 P 0.016 0.840 0.007 0.004 0.004 0.014 0.032 0.083 179 D 0.017 0.937 0.004 0.001 0.001 0.003 0.024 0.014 180 I 0.030 0.923 0.005 0.001 0.001 0.003 0.024 0.012 181 K 0.090 0.656 0.037 0.006 0.006 0.017 0.079 0.110 182 R 0.222 0.230 0.032 0.008 0.007 0.045 0.155 0.300 183 L 0.189 0.064 0.038 0.007 0.008 0.083 0.201 0.410 184 L 0.051 0.023 0.011 0.005 0.008 0.077 0.064 0.760 185 K 0.031 0.013 0.005 0.003 0.005 0.066 0.027 0.850