# TARGET T0345 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.3513 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.105 0.111 0.075 0.118 0.100 0.105 0.120 0.087 0.084 0.056 0.039 2 I 0.087 0.060 0.051 0.087 0.081 0.095 0.138 0.115 0.117 0.096 0.073 3 A 0.126 0.078 0.075 0.139 0.136 0.126 0.144 0.076 0.052 0.030 0.017 4 K 0.082 0.124 0.172 0.219 0.157 0.103 0.069 0.034 0.023 0.012 0.005 5 S 0.090 0.111 0.067 0.164 0.147 0.123 0.117 0.069 0.054 0.035 0.022 6 F 0.017 0.016 0.015 0.047 0.059 0.077 0.135 0.158 0.185 0.170 0.122 7 Y 0.023 0.032 0.034 0.079 0.119 0.158 0.229 0.138 0.098 0.057 0.033 8 D 0.064 0.107 0.104 0.285 0.176 0.103 0.080 0.037 0.023 0.013 0.009 9 L 0.007 0.004 0.005 0.012 0.019 0.035 0.099 0.143 0.230 0.254 0.193 10 S 0.089 0.232 0.146 0.287 0.144 0.053 0.030 0.010 0.006 0.002 0.002 11 A 0.009 0.008 0.008 0.018 0.022 0.034 0.110 0.142 0.222 0.231 0.196 12 I 0.063 0.116 0.089 0.232 0.206 0.143 0.095 0.030 0.015 0.007 0.005 13 N 0.114 0.212 0.091 0.226 0.150 0.084 0.072 0.026 0.016 0.006 0.004 14 L 0.023 0.018 0.013 0.033 0.054 0.089 0.157 0.140 0.163 0.159 0.152 15 D 0.284 0.431 0.079 0.134 0.048 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 16 G 0.426 0.108 0.030 0.096 0.095 0.077 0.078 0.039 0.028 0.015 0.008 17 E 0.299 0.271 0.087 0.186 0.089 0.039 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 18 K 0.104 0.179 0.089 0.266 0.178 0.101 0.057 0.015 0.008 0.003 0.002 19 V 0.012 0.010 0.007 0.026 0.057 0.125 0.222 0.194 0.171 0.112 0.065 20 D 0.232 0.438 0.101 0.154 0.050 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 21 F 0.004 0.004 0.003 0.014 0.024 0.044 0.127 0.156 0.218 0.220 0.187 22 N 0.213 0.221 0.072 0.203 0.131 0.078 0.047 0.015 0.009 0.005 0.004 23 T 0.118 0.192 0.116 0.314 0.133 0.069 0.038 0.011 0.005 0.002 0.001 24 F 0.009 0.007 0.006 0.019 0.033 0.072 0.168 0.156 0.184 0.171 0.174 25 R 0.062 0.119 0.076 0.259 0.197 0.128 0.097 0.031 0.019 0.008 0.004 26 G 0.448 0.158 0.068 0.127 0.071 0.043 0.041 0.018 0.013 0.008 0.005 27 R 0.009 0.036 0.040 0.183 0.192 0.175 0.191 0.086 0.048 0.027 0.012 28 A 0.001 0.005 0.006 0.031 0.059 0.130 0.237 0.186 0.156 0.112 0.078 29 V 0.001 0.001 0.002 0.009 0.016 0.032 0.141 0.220 0.240 0.190 0.147 30 L 0.001 0.001 0.002 0.008 0.011 0.021 0.090 0.192 0.238 0.249 0.187 31 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.040 0.118 0.276 0.299 0.254 32 E 0.003 0.005 0.007 0.039 0.048 0.079 0.184 0.201 0.214 0.135 0.086 33 N 0.001 0.001 0.002 0.006 0.008 0.018 0.090 0.188 0.276 0.261 0.148 34 V 0.002 0.005 0.006 0.023 0.029 0.044 0.136 0.214 0.252 0.178 0.111 35 A 0.003 0.005 0.005 0.012 0.016 0.028 0.091 0.147 0.220 0.224 0.249 36 S 0.012 0.016 0.014 0.065 0.089 0.102 0.171 0.192 0.173 0.106 0.060 37 L 0.039 0.069 0.025 0.137 0.165 0.169 0.174 0.111 0.069 0.030 0.013 38 C 0.017 0.023 0.014 0.048 0.056 0.072 0.133 0.162 0.185 0.168 0.123 39 G 0.191 0.105 0.034 0.119 0.110 0.099 0.115 0.079 0.068 0.047 0.033 40 T 0.102 0.129 0.037 0.126 0.134 0.127 0.147 0.080 0.060 0.036 0.022 41 T 0.037 0.043 0.016 0.056 0.060 0.068 0.120 0.134 0.164 0.160 0.142 42 T 0.332 0.182 0.068 0.146 0.106 0.069 0.049 0.022 0.013 0.008 0.006 43 R 0.171 0.181 0.081 0.161 0.129 0.093 0.083 0.042 0.031 0.020 0.010 44 D 0.068 0.093 0.031 0.082 0.082 0.108 0.167 0.119 0.114 0.086 0.050 45 F 0.214 0.098 0.096 0.183 0.135 0.099 0.087 0.036 0.029 0.015 0.008 46 T 0.298 0.156 0.195 0.142 0.073 0.047 0.043 0.019 0.014 0.008 0.006 47 Q 0.005 0.015 0.019 0.052 0.057 0.125 0.254 0.179 0.151 0.094 0.048 48 L 0.007 0.010 0.039 0.067 0.090 0.153 0.232 0.150 0.133 0.081 0.037 49 N 0.043 0.054 0.536 0.188 0.082 0.044 0.032 0.011 0.006 0.003 0.001 50 E 0.005 0.019 0.160 0.165 0.160 0.166 0.168 0.076 0.047 0.022 0.009 51 L 0.001 0.001 0.007 0.008 0.012 0.028 0.116 0.154 0.246 0.258 0.168 52 Q 0.008 0.024 0.165 0.231 0.226 0.173 0.118 0.033 0.016 0.005 0.002 53 C 0.013 0.048 0.430 0.191 0.121 0.088 0.062 0.023 0.014 0.007 0.003 54 R 0.013 0.026 0.029 0.078 0.110 0.174 0.262 0.131 0.095 0.055 0.026 55 F 0.025 0.071 0.032 0.119 0.107 0.163 0.236 0.125 0.074 0.032 0.016 56 P 0.300 0.192 0.169 0.168 0.095 0.038 0.019 0.008 0.005 0.003 0.003 57 R 0.104 0.168 0.106 0.256 0.152 0.098 0.077 0.025 0.009 0.003 0.001 58 R 0.108 0.160 0.068 0.273 0.218 0.114 0.045 0.009 0.004 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.086 0.244 0.320 0.329 60 V 0.001 0.003 0.005 0.054 0.149 0.289 0.315 0.114 0.043 0.016 0.012 61 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.108 0.242 0.297 0.324 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.081 0.178 0.237 0.252 0.238 63 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.029 0.084 0.208 0.283 0.383 64 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.054 0.137 0.260 0.277 0.250 65 P 0.002 0.005 0.004 0.019 0.032 0.058 0.185 0.262 0.226 0.129 0.079 66 C 0.004 0.005 0.004 0.016 0.022 0.038 0.098 0.166 0.205 0.239 0.204 67 N 0.007 0.010 0.006 0.043 0.058 0.088 0.151 0.190 0.206 0.134 0.107 68 Q 0.004 0.007 0.005 0.027 0.045 0.076 0.150 0.199 0.218 0.166 0.103 69 F 0.006 0.008 0.005 0.017 0.025 0.037 0.103 0.159 0.224 0.214 0.202 70 G 0.041 0.030 0.016 0.085 0.112 0.132 0.196 0.145 0.125 0.074 0.044 71 H 0.122 0.120 0.048 0.182 0.172 0.139 0.110 0.050 0.030 0.017 0.009 72 Q 0.008 0.017 0.010 0.045 0.073 0.079 0.158 0.171 0.201 0.145 0.092 73 E 0.185 0.101 0.041 0.094 0.092 0.098 0.137 0.088 0.071 0.056 0.037 74 N 0.199 0.103 0.037 0.143 0.130 0.103 0.145 0.065 0.043 0.021 0.009 75 C 0.082 0.053 0.019 0.058 0.084 0.115 0.185 0.157 0.119 0.086 0.042 76 Q 0.124 0.652 0.078 0.100 0.027 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 77 N 0.108 0.088 0.039 0.177 0.218 0.189 0.114 0.038 0.019 0.007 0.002 78 E 0.883 0.073 0.018 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 E 0.015 0.054 0.112 0.370 0.212 0.122 0.084 0.020 0.007 0.002 0.001 80 I 0.005 0.003 0.007 0.008 0.011 0.024 0.111 0.189 0.242 0.251 0.149 81 L 0.002 0.006 0.068 0.180 0.244 0.262 0.149 0.053 0.024 0.010 0.003 82 N 0.008 0.044 0.587 0.203 0.080 0.041 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 83 S 0.002 0.007 0.011 0.046 0.078 0.171 0.325 0.172 0.106 0.060 0.022 84 L 0.002 0.003 0.006 0.008 0.012 0.025 0.110 0.183 0.260 0.245 0.145 85 K 0.015 0.054 0.086 0.205 0.225 0.163 0.135 0.063 0.032 0.015 0.007 86 Y 0.021 0.063 0.122 0.161 0.160 0.145 0.144 0.084 0.057 0.032 0.012 87 V 0.009 0.019 0.013 0.050 0.067 0.082 0.170 0.176 0.171 0.142 0.101 88 R 0.063 0.089 0.045 0.145 0.149 0.143 0.159 0.095 0.062 0.031 0.018 89 P 0.132 0.122 0.064 0.173 0.133 0.114 0.115 0.066 0.041 0.026 0.014 90 G 0.404 0.163 0.056 0.134 0.077 0.051 0.047 0.027 0.020 0.014 0.007 91 G 0.299 0.144 0.048 0.123 0.095 0.080 0.081 0.047 0.038 0.026 0.019 92 G 0.353 0.227 0.075 0.152 0.077 0.045 0.033 0.016 0.011 0.006 0.004 93 Y 0.050 0.036 0.013 0.063 0.080 0.118 0.170 0.140 0.136 0.108 0.085 94 Q 0.116 0.231 0.080 0.242 0.169 0.083 0.048 0.017 0.009 0.004 0.002 95 P 0.010 0.009 0.005 0.021 0.031 0.048 0.105 0.141 0.214 0.228 0.187 96 T 0.059 0.138 0.071 0.280 0.212 0.117 0.076 0.025 0.013 0.006 0.004 97 F 0.002 0.004 0.003 0.013 0.025 0.050 0.148 0.195 0.239 0.189 0.134 98 T 0.089 0.163 0.115 0.276 0.157 0.086 0.058 0.025 0.016 0.009 0.007 99 L 0.003 0.004 0.002 0.013 0.023 0.039 0.142 0.181 0.218 0.216 0.159 100 V 0.005 0.009 0.011 0.052 0.076 0.097 0.163 0.160 0.181 0.138 0.107 101 Q 0.027 0.061 0.046 0.202 0.184 0.150 0.171 0.078 0.048 0.022 0.012 102 K 0.021 0.064 0.064 0.222 0.177 0.157 0.141 0.076 0.041 0.025 0.012 103 C 0.005 0.006 0.004 0.015 0.027 0.044 0.127 0.174 0.233 0.218 0.146 104 E 0.153 0.232 0.097 0.301 0.134 0.050 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 105 V 0.002 0.005 0.004 0.013 0.020 0.034 0.105 0.152 0.242 0.250 0.172 106 N 0.054 0.146 0.056 0.228 0.181 0.128 0.111 0.050 0.029 0.011 0.006 107 G 0.185 0.132 0.037 0.104 0.091 0.103 0.139 0.081 0.061 0.040 0.028 108 Q 0.335 0.228 0.086 0.170 0.085 0.045 0.027 0.011 0.007 0.004 0.002 109 N 0.294 0.145 0.052 0.162 0.116 0.085 0.066 0.034 0.025 0.014 0.007 110 E 0.051 0.130 0.038 0.149 0.141 0.122 0.152 0.091 0.067 0.037 0.022 111 H 0.001 0.007 0.006 0.044 0.098 0.192 0.284 0.169 0.112 0.061 0.026 112 P 0.035 0.086 0.060 0.170 0.176 0.173 0.153 0.068 0.041 0.025 0.014 113 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.022 0.097 0.177 0.273 0.260 0.151 114 F 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 0.024 0.086 0.147 0.245 0.257 0.218 115 A 0.003 0.010 0.034 0.157 0.149 0.147 0.184 0.123 0.111 0.056 0.026 116 Y 0.001 0.004 0.018 0.080 0.146 0.238 0.272 0.142 0.071 0.023 0.006 117 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.067 0.158 0.250 0.315 0.189 118 K 0.003 0.012 0.016 0.107 0.180 0.175 0.256 0.143 0.078 0.023 0.006 119 D 0.047 0.102 0.258 0.255 0.143 0.091 0.059 0.026 0.012 0.005 0.002 120 K 0.080 0.117 0.048 0.197 0.182 0.147 0.138 0.055 0.023 0.009 0.003 121 L 0.082 0.073 0.019 0.067 0.068 0.109 0.187 0.161 0.121 0.077 0.036 122 P 0.349 0.229 0.064 0.122 0.083 0.051 0.043 0.025 0.017 0.011 0.006 123 Y 0.119 0.089 0.026 0.084 0.098 0.104 0.166 0.120 0.097 0.066 0.030 124 P 0.217 0.161 0.044 0.133 0.106 0.080 0.097 0.062 0.048 0.034 0.019 125 Y 0.097 0.058 0.026 0.111 0.111 0.129 0.160 0.109 0.092 0.066 0.040 126 D 0.312 0.146 0.072 0.121 0.087 0.072 0.067 0.045 0.036 0.026 0.016 127 D 0.146 0.123 0.051 0.129 0.114 0.104 0.121 0.083 0.060 0.045 0.026 128 P 0.312 0.173 0.053 0.106 0.082 0.067 0.074 0.048 0.039 0.029 0.016 129 F 0.138 0.089 0.051 0.128 0.120 0.108 0.126 0.083 0.074 0.052 0.031 130 S 0.138 0.137 0.085 0.176 0.115 0.078 0.093 0.059 0.050 0.039 0.030 131 L 0.035 0.048 0.042 0.128 0.115 0.127 0.178 0.120 0.098 0.069 0.041 132 M 0.036 0.031 0.035 0.084 0.090 0.109 0.170 0.147 0.133 0.103 0.062 133 T 0.120 0.121 0.101 0.147 0.121 0.101 0.107 0.068 0.057 0.037 0.022 134 D 0.159 0.183 0.072 0.166 0.113 0.088 0.089 0.050 0.039 0.027 0.014 135 P 0.259 0.084 0.038 0.088 0.083 0.085 0.103 0.076 0.078 0.066 0.041 136 K 0.279 0.175 0.080 0.159 0.101 0.064 0.060 0.032 0.025 0.015 0.008 137 L 0.034 0.036 0.034 0.105 0.104 0.114 0.175 0.140 0.123 0.084 0.052 138 I 0.027 0.034 0.031 0.088 0.091 0.122 0.183 0.151 0.130 0.089 0.054 139 I 0.042 0.046 0.062 0.110 0.101 0.109 0.163 0.135 0.111 0.078 0.044 140 W 0.020 0.020 0.024 0.055 0.069 0.090 0.157 0.156 0.172 0.139 0.098 141 S 0.111 0.138 0.065 0.128 0.103 0.092 0.117 0.082 0.081 0.054 0.028 142 P 0.175 0.075 0.043 0.118 0.105 0.110 0.139 0.083 0.073 0.051 0.028 143 V 0.063 0.049 0.024 0.068 0.078 0.079 0.139 0.132 0.150 0.131 0.087 144 R 0.048 0.169 0.087 0.211 0.138 0.114 0.103 0.055 0.039 0.023 0.014 145 R 0.038 0.044 0.032 0.116 0.168 0.184 0.190 0.108 0.067 0.033 0.020 146 S 0.435 0.193 0.088 0.125 0.066 0.040 0.029 0.012 0.007 0.003 0.002 147 D 0.055 0.088 0.049 0.244 0.221 0.166 0.117 0.035 0.017 0.006 0.002 148 V 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.034 0.086 0.200 0.304 0.355 149 A 0.010 0.046 0.071 0.326 0.264 0.165 0.081 0.023 0.009 0.004 0.002 150 W 0.001 0.009 0.032 0.062 0.082 0.133 0.260 0.175 0.137 0.074 0.034 151 N 0.002 0.007 0.008 0.064 0.097 0.159 0.255 0.160 0.110 0.082 0.054 152 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.062 0.161 0.291 0.305 0.167 153 E 0.006 0.028 0.044 0.296 0.276 0.168 0.098 0.044 0.025 0.010 0.005 154 K 0.001 0.003 0.006 0.013 0.018 0.047 0.155 0.214 0.255 0.207 0.084 155 F 0.001 0.004 0.007 0.045 0.081 0.106 0.211 0.229 0.178 0.095 0.043 156 L 0.002 0.004 0.005 0.009 0.014 0.026 0.119 0.165 0.252 0.253 0.150 157 I 0.003 0.008 0.008 0.062 0.086 0.084 0.160 0.195 0.202 0.127 0.065 158 G 0.014 0.043 0.016 0.089 0.113 0.140 0.230 0.173 0.116 0.048 0.019 159 P 0.192 0.136 0.057 0.192 0.157 0.106 0.082 0.045 0.020 0.011 0.004 160 E 0.401 0.311 0.050 0.140 0.058 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 161 G 0.085 0.057 0.015 0.078 0.096 0.111 0.158 0.136 0.129 0.086 0.048 162 E 0.298 0.389 0.079 0.156 0.053 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 163 P 0.010 0.020 0.011 0.046 0.062 0.090 0.188 0.174 0.192 0.128 0.080 164 F 0.024 0.024 0.021 0.086 0.121 0.165 0.203 0.141 0.112 0.064 0.040 165 R 0.055 0.098 0.096 0.254 0.194 0.126 0.096 0.040 0.025 0.011 0.005 166 R 0.027 0.058 0.083 0.160 0.146 0.151 0.155 0.096 0.069 0.037 0.018 167 Y 0.018 0.021 0.018 0.046 0.066 0.090 0.170 0.163 0.166 0.140 0.102 168 S 0.102 0.151 0.070 0.139 0.126 0.093 0.136 0.073 0.057 0.033 0.020 169 R 0.360 0.159 0.106 0.162 0.098 0.055 0.035 0.013 0.007 0.004 0.002 170 T 0.278 0.167 0.056 0.152 0.111 0.076 0.078 0.036 0.024 0.014 0.008 171 F 0.041 0.038 0.018 0.053 0.078 0.103 0.184 0.159 0.155 0.110 0.062 172 P 0.364 0.313 0.066 0.109 0.065 0.037 0.025 0.010 0.006 0.004 0.002 173 T 0.225 0.093 0.053 0.128 0.111 0.115 0.129 0.066 0.045 0.025 0.012 174 I 0.279 0.110 0.046 0.108 0.105 0.091 0.124 0.064 0.041 0.021 0.011 175 N 0.179 0.376 0.125 0.191 0.079 0.029 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 176 I 0.010 0.030 0.017 0.045 0.057 0.112 0.180 0.176 0.153 0.138 0.081 177 E 0.111 0.154 0.092 0.182 0.205 0.136 0.088 0.021 0.008 0.002 0.001 178 P 0.407 0.199 0.238 0.120 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 179 D 0.043 0.068 0.088 0.277 0.219 0.162 0.101 0.026 0.010 0.004 0.002 180 I 0.002 0.002 0.021 0.007 0.009 0.019 0.115 0.170 0.259 0.235 0.161 181 K 0.002 0.008 0.182 0.310 0.245 0.158 0.072 0.016 0.006 0.002 0.001 182 R 0.006 0.025 0.769 0.128 0.044 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 183 L 0.001 0.002 0.020 0.018 0.037 0.135 0.409 0.193 0.110 0.054 0.020 184 L 0.003 0.005 0.037 0.018 0.021 0.037 0.170 0.193 0.217 0.194 0.105 185 K 0.022 0.111 0.505 0.194 0.109 0.035 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001