# TARGET T0345 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.3513 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.134 0.114 0.009 0.021 0.041 0.049 0.061 0.006 0.001 0.005 0.561 2 I 0.083 0.127 0.010 0.029 0.059 0.086 0.091 0.005 0.001 0.006 0.504 3 A 0.073 0.113 0.007 0.033 0.065 0.126 0.099 0.006 0.001 0.006 0.471 4 K 0.090 0.110 0.006 0.028 0.062 0.095 0.095 0.007 0.001 0.007 0.500 5 S 0.177 0.126 0.007 0.017 0.039 0.048 0.131 0.007 0.001 0.009 0.439 6 F 0.180 0.136 0.015 0.034 0.062 0.077 0.112 0.010 0.001 0.016 0.357 7 Y 0.075 0.126 0.014 0.041 0.086 0.103 0.181 0.006 0.001 0.013 0.355 8 D 0.078 0.080 0.009 0.031 0.049 0.101 0.159 0.010 0.001 0.015 0.467 9 L 0.180 0.100 0.031 0.079 0.120 0.172 0.054 0.007 0.001 0.016 0.240 10 S 0.046 0.050 0.011 0.078 0.189 0.184 0.165 0.005 0.001 0.008 0.265 11 A 0.024 0.018 0.014 0.046 0.166 0.214 0.043 0.002 0.001 0.005 0.468 12 I 0.012 0.013 0.002 0.132 0.255 0.428 0.061 0.001 0.001 0.003 0.093 13 N 0.041 0.022 0.003 0.075 0.160 0.189 0.139 0.004 0.001 0.010 0.357 14 L 0.043 0.034 0.007 0.153 0.180 0.217 0.106 0.003 0.001 0.012 0.244 15 D 0.025 0.015 0.002 0.042 0.045 0.075 0.422 0.003 0.001 0.016 0.354 16 G 0.211 0.012 0.009 0.052 0.028 0.032 0.160 0.005 0.001 0.077 0.414 17 E 0.161 0.014 0.025 0.028 0.023 0.027 0.513 0.003 0.001 0.045 0.161 18 K 0.057 0.010 0.026 0.029 0.017 0.029 0.242 0.002 0.001 0.016 0.572 19 V 0.025 0.014 0.012 0.140 0.104 0.181 0.137 0.001 0.001 0.008 0.378 20 D 0.021 0.009 0.001 0.033 0.071 0.088 0.332 0.001 0.001 0.005 0.439 21 F 0.013 0.007 0.002 0.018 0.031 0.039 0.030 0.001 0.001 0.002 0.858 22 N 0.012 0.014 0.001 0.041 0.109 0.184 0.364 0.001 0.001 0.010 0.265 23 T 0.182 0.026 0.001 0.032 0.045 0.063 0.336 0.007 0.001 0.059 0.249 24 F 0.345 0.224 0.005 0.055 0.050 0.044 0.073 0.014 0.001 0.017 0.173 25 R 0.097 0.079 0.005 0.048 0.060 0.055 0.238 0.038 0.001 0.029 0.350 26 G 0.174 0.010 0.019 0.039 0.032 0.041 0.128 0.034 0.001 0.029 0.495 27 R 0.120 0.001 0.149 0.193 0.083 0.059 0.068 0.004 0.001 0.013 0.309 28 A 0.003 0.001 0.041 0.182 0.046 0.034 0.057 0.001 0.001 0.002 0.634 29 V 0.001 0.001 0.002 0.661 0.118 0.126 0.016 0.001 0.001 0.001 0.077 30 L 0.001 0.001 0.001 0.864 0.047 0.072 0.009 0.001 0.001 0.001 0.007 31 I 0.001 0.001 0.001 0.899 0.030 0.052 0.004 0.001 0.001 0.001 0.014 32 E 0.001 0.001 0.001 0.919 0.025 0.046 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 33 N 0.001 0.001 0.001 0.704 0.047 0.102 0.035 0.001 0.001 0.001 0.110 34 V 0.003 0.001 0.001 0.358 0.108 0.178 0.063 0.001 0.001 0.005 0.284 35 A 0.007 0.004 0.001 0.130 0.150 0.309 0.113 0.001 0.001 0.009 0.277 36 S 0.054 0.020 0.001 0.042 0.114 0.197 0.136 0.002 0.001 0.018 0.416 37 L 0.149 0.051 0.005 0.015 0.060 0.072 0.055 0.004 0.001 0.007 0.581 38 C 0.183 0.066 0.009 0.018 0.068 0.100 0.079 0.007 0.001 0.010 0.461 39 G 0.077 0.020 0.016 0.015 0.047 0.077 0.079 0.004 0.001 0.008 0.656 40 T 0.034 0.012 0.021 0.024 0.042 0.071 0.062 0.002 0.001 0.004 0.728 41 T 0.053 0.011 0.004 0.037 0.039 0.075 0.140 0.002 0.001 0.005 0.634 42 T 0.050 0.008 0.004 0.021 0.015 0.025 0.050 0.001 0.001 0.004 0.823 43 R 0.045 0.015 0.003 0.027 0.025 0.050 0.188 0.001 0.001 0.007 0.639 44 D 0.152 0.029 0.005 0.033 0.018 0.044 0.211 0.001 0.001 0.012 0.494 45 F 0.036 0.063 0.002 0.028 0.011 0.016 0.084 0.001 0.001 0.003 0.755 46 T 0.034 0.072 0.002 0.007 0.007 0.011 0.225 0.001 0.001 0.006 0.635 47 Q 0.090 0.223 0.003 0.008 0.008 0.018 0.214 0.003 0.001 0.007 0.426 48 L 0.044 0.612 0.001 0.008 0.007 0.014 0.083 0.004 0.001 0.004 0.221 49 N 0.028 0.696 0.002 0.001 0.001 0.002 0.044 0.001 0.001 0.001 0.224 50 E 0.022 0.882 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.083 51 L 0.036 0.915 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.035 52 Q 0.064 0.868 0.005 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.001 0.001 0.046 53 C 0.103 0.804 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 0.058 54 R 0.214 0.476 0.006 0.004 0.006 0.003 0.002 0.110 0.001 0.001 0.179 55 F 0.241 0.289 0.032 0.010 0.013 0.014 0.017 0.039 0.001 0.002 0.343 56 P 0.010 0.011 0.011 0.006 0.003 0.005 0.008 0.006 0.001 0.001 0.940 57 R 0.088 0.010 0.005 0.048 0.022 0.034 0.137 0.009 0.001 0.006 0.642 58 R 0.512 0.002 0.007 0.036 0.011 0.012 0.073 0.003 0.001 0.013 0.331 59 L 0.049 0.001 0.078 0.321 0.073 0.062 0.050 0.001 0.001 0.004 0.361 60 V 0.001 0.001 0.001 0.681 0.133 0.106 0.040 0.001 0.001 0.001 0.039 61 V 0.001 0.001 0.001 0.544 0.064 0.108 0.014 0.001 0.001 0.001 0.268 62 L 0.001 0.001 0.001 0.746 0.099 0.140 0.007 0.001 0.001 0.001 0.008 63 G 0.001 0.001 0.001 0.448 0.042 0.090 0.034 0.001 0.001 0.002 0.382 64 F 0.002 0.001 0.001 0.592 0.096 0.143 0.031 0.001 0.001 0.002 0.134 65 P 0.001 0.001 0.001 0.036 0.010 0.025 0.020 0.001 0.001 0.001 0.909 66 C 0.005 0.001 0.001 0.113 0.055 0.184 0.161 0.001 0.001 0.005 0.477 67 N 0.033 0.004 0.001 0.034 0.034 0.056 0.082 0.001 0.001 0.006 0.750 68 Q 0.113 0.047 0.001 0.010 0.017 0.016 0.116 0.001 0.001 0.006 0.673 69 F 0.246 0.125 0.003 0.013 0.024 0.042 0.179 0.002 0.001 0.015 0.353 70 G 0.199 0.206 0.004 0.011 0.024 0.037 0.108 0.005 0.001 0.009 0.396 71 H 0.177 0.184 0.014 0.005 0.013 0.029 0.085 0.006 0.001 0.009 0.478 72 Q 0.221 0.148 0.026 0.010 0.027 0.045 0.037 0.010 0.001 0.005 0.472 73 E 0.083 0.070 0.012 0.012 0.022 0.025 0.049 0.006 0.001 0.002 0.719 74 N 0.049 0.030 0.009 0.010 0.008 0.020 0.040 0.004 0.001 0.002 0.828 75 C 0.170 0.051 0.015 0.043 0.022 0.054 0.116 0.008 0.001 0.009 0.512 76 Q 0.205 0.028 0.006 0.008 0.005 0.008 0.274 0.004 0.001 0.007 0.455 77 N 0.070 0.049 0.005 0.012 0.002 0.003 0.156 0.002 0.001 0.004 0.697 78 E 0.007 0.063 0.001 0.003 0.001 0.001 0.136 0.001 0.001 0.002 0.786 79 E 0.006 0.044 0.001 0.001 0.001 0.002 0.845 0.001 0.001 0.009 0.092 80 I 0.046 0.742 0.001 0.003 0.003 0.009 0.104 0.004 0.001 0.003 0.085 81 L 0.011 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 82 N 0.017 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.031 83 S 0.060 0.892 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.031 84 L 0.068 0.874 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.028 85 K 0.066 0.718 0.014 0.007 0.009 0.017 0.005 0.061 0.001 0.001 0.103 86 Y 0.173 0.314 0.022 0.015 0.024 0.042 0.015 0.090 0.001 0.001 0.304 87 V 0.267 0.231 0.046 0.043 0.024 0.030 0.020 0.034 0.001 0.001 0.303 88 R 0.080 0.045 0.032 0.059 0.099 0.116 0.062 0.011 0.001 0.002 0.494 89 P 0.001 0.001 0.003 0.006 0.004 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.975 90 G 0.012 0.002 0.001 0.057 0.045 0.119 0.141 0.001 0.001 0.003 0.620 91 G 0.257 0.003 0.001 0.017 0.009 0.016 0.064 0.001 0.001 0.013 0.618 92 G 0.116 0.006 0.001 0.022 0.017 0.015 0.086 0.001 0.001 0.005 0.731 93 Y 0.239 0.005 0.010 0.054 0.023 0.046 0.115 0.001 0.001 0.017 0.491 94 Q 0.062 0.004 0.003 0.069 0.081 0.086 0.194 0.001 0.001 0.003 0.497 95 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.977 96 T 0.004 0.001 0.001 0.043 0.099 0.274 0.127 0.001 0.001 0.002 0.451 97 F 0.082 0.002 0.001 0.035 0.043 0.105 0.055 0.001 0.001 0.009 0.668 98 T 0.038 0.015 0.001 0.070 0.120 0.185 0.076 0.001 0.001 0.003 0.492 99 L 0.052 0.016 0.002 0.083 0.092 0.148 0.071 0.001 0.001 0.006 0.530 100 V 0.057 0.040 0.002 0.120 0.138 0.319 0.066 0.002 0.001 0.008 0.250 101 Q 0.040 0.038 0.003 0.060 0.212 0.345 0.056 0.003 0.001 0.006 0.238 102 K 0.068 0.033 0.006 0.038 0.109 0.185 0.039 0.005 0.001 0.006 0.512 103 C 0.044 0.014 0.010 0.063 0.292 0.312 0.033 0.003 0.001 0.004 0.224 104 E 0.017 0.008 0.006 0.080 0.207 0.253 0.074 0.002 0.001 0.003 0.350 105 V 0.010 0.005 0.005 0.074 0.184 0.303 0.053 0.001 0.001 0.003 0.363 106 N 0.010 0.005 0.001 0.067 0.118 0.225 0.177 0.001 0.001 0.004 0.392 107 G 0.059 0.004 0.002 0.027 0.024 0.031 0.138 0.001 0.001 0.012 0.702 108 Q 0.115 0.008 0.008 0.030 0.012 0.019 0.262 0.001 0.001 0.018 0.527 109 N 0.032 0.005 0.003 0.024 0.015 0.018 0.212 0.001 0.001 0.007 0.683 110 E 0.104 0.019 0.004 0.024 0.014 0.044 0.181 0.001 0.001 0.014 0.595 111 H 0.116 0.058 0.003 0.043 0.034 0.099 0.174 0.002 0.001 0.008 0.463 112 P 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.973 113 V 0.035 0.131 0.001 0.012 0.032 0.092 0.173 0.001 0.001 0.005 0.518 114 F 0.064 0.501 0.001 0.016 0.018 0.058 0.075 0.003 0.001 0.003 0.261 115 A 0.025 0.845 0.001 0.004 0.009 0.007 0.011 0.002 0.001 0.001 0.096 116 Y 0.043 0.878 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.059 117 L 0.041 0.886 0.002 0.003 0.005 0.009 0.005 0.004 0.001 0.001 0.045 118 K 0.054 0.817 0.005 0.004 0.005 0.010 0.007 0.014 0.001 0.001 0.083 119 D 0.132 0.671 0.010 0.003 0.003 0.007 0.010 0.021 0.001 0.001 0.142 120 K 0.335 0.264 0.007 0.012 0.008 0.005 0.008 0.190 0.001 0.001 0.170 121 L 0.501 0.069 0.070 0.014 0.005 0.008 0.027 0.036 0.001 0.003 0.266 122 P 0.005 0.001 0.038 0.006 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.937 123 Y 0.029 0.001 0.006 0.052 0.010 0.024 0.100 0.001 0.001 0.001 0.776 124 P 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.979 125 Y 0.026 0.001 0.001 0.056 0.006 0.014 0.115 0.001 0.001 0.003 0.778 126 D 0.092 0.001 0.001 0.053 0.006 0.013 0.259 0.001 0.001 0.008 0.567 127 D 0.206 0.005 0.001 0.049 0.004 0.006 0.161 0.001 0.001 0.008 0.561 128 P 0.028 0.003 0.001 0.011 0.002 0.003 0.084 0.001 0.001 0.004 0.862 129 F 0.087 0.009 0.001 0.026 0.016 0.028 0.420 0.001 0.001 0.032 0.379 130 S 0.228 0.041 0.002 0.035 0.032 0.042 0.280 0.003 0.001 0.017 0.320 131 L 0.152 0.113 0.005 0.026 0.030 0.029 0.063 0.005 0.001 0.005 0.573 132 M 0.184 0.128 0.010 0.038 0.046 0.085 0.114 0.006 0.001 0.012 0.376 133 T 0.158 0.061 0.008 0.033 0.044 0.071 0.162 0.016 0.001 0.012 0.434 134 D 0.180 0.046 0.015 0.024 0.018 0.025 0.176 0.008 0.001 0.008 0.499 135 P 0.006 0.004 0.005 0.005 0.002 0.003 0.026 0.001 0.001 0.001 0.947 136 K 0.020 0.005 0.001 0.011 0.011 0.020 0.556 0.001 0.001 0.023 0.353 137 L 0.387 0.036 0.005 0.024 0.015 0.025 0.231 0.003 0.001 0.031 0.241 138 I 0.170 0.322 0.003 0.053 0.036 0.035 0.062 0.006 0.001 0.004 0.309 139 I 0.138 0.243 0.006 0.056 0.051 0.091 0.062 0.006 0.001 0.007 0.341 140 W 0.119 0.156 0.011 0.076 0.058 0.132 0.043 0.018 0.001 0.005 0.382 141 S 0.129 0.081 0.016 0.064 0.070 0.089 0.095 0.014 0.001 0.003 0.440 142 P 0.004 0.002 0.003 0.005 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.976 143 V 0.024 0.006 0.002 0.044 0.030 0.071 0.276 0.002 0.001 0.007 0.538 144 R 0.368 0.018 0.004 0.028 0.015 0.029 0.118 0.003 0.001 0.015 0.401 145 R 0.176 0.161 0.004 0.064 0.026 0.053 0.052 0.004 0.001 0.006 0.454 146 S 0.092 0.059 0.004 0.029 0.024 0.033 0.078 0.002 0.001 0.005 0.675 147 D 0.144 0.048 0.003 0.028 0.021 0.031 0.106 0.004 0.001 0.008 0.607 148 V 0.179 0.080 0.017 0.033 0.050 0.064 0.123 0.006 0.001 0.010 0.438 149 A 0.091 0.118 0.009 0.064 0.079 0.131 0.200 0.005 0.001 0.009 0.295 150 W 0.089 0.115 0.006 0.070 0.122 0.185 0.082 0.007 0.001 0.008 0.316 151 N 0.143 0.105 0.005 0.033 0.101 0.103 0.128 0.005 0.001 0.005 0.371 152 F 0.027 0.022 0.008 0.018 0.025 0.043 0.038 0.002 0.001 0.004 0.813 153 E 0.040 0.019 0.009 0.056 0.108 0.208 0.176 0.003 0.001 0.021 0.360 154 K 0.168 0.018 0.011 0.077 0.091 0.106 0.189 0.004 0.001 0.025 0.310 155 F 0.157 0.048 0.008 0.137 0.124 0.183 0.062 0.005 0.001 0.007 0.268 156 L 0.025 0.013 0.003 0.136 0.350 0.337 0.030 0.002 0.001 0.002 0.101 157 I 0.012 0.011 0.003 0.110 0.186 0.295 0.052 0.003 0.001 0.002 0.325 158 G 0.015 0.004 0.001 0.108 0.368 0.354 0.048 0.002 0.001 0.002 0.098 159 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.012 0.021 0.001 0.001 0.001 0.948 160 E 0.004 0.001 0.001 0.016 0.020 0.062 0.449 0.001 0.001 0.012 0.436 161 G 0.759 0.001 0.002 0.009 0.002 0.004 0.048 0.001 0.001 0.096 0.078 162 E 0.306 0.012 0.011 0.040 0.022 0.013 0.235 0.001 0.001 0.015 0.345 163 P 0.004 0.001 0.005 0.027 0.021 0.029 0.065 0.001 0.001 0.001 0.848 164 F 0.007 0.002 0.001 0.131 0.127 0.442 0.072 0.001 0.001 0.002 0.217 165 R 0.017 0.009 0.001 0.066 0.174 0.377 0.057 0.001 0.001 0.002 0.296 166 R 0.020 0.018 0.001 0.029 0.182 0.314 0.035 0.001 0.001 0.002 0.400 167 Y 0.064 0.029 0.002 0.079 0.140 0.274 0.059 0.002 0.001 0.006 0.346 168 S 0.048 0.019 0.003 0.094 0.115 0.205 0.099 0.003 0.001 0.007 0.405 169 R 0.014 0.005 0.004 0.028 0.029 0.055 0.042 0.002 0.001 0.003 0.819 170 T 0.084 0.008 0.004 0.031 0.028 0.056 0.108 0.004 0.001 0.007 0.670 171 F 0.242 0.009 0.014 0.040 0.023 0.039 0.069 0.002 0.001 0.010 0.552 172 P 0.016 0.003 0.003 0.012 0.011 0.014 0.062 0.001 0.001 0.001 0.878 173 T 0.009 0.002 0.001 0.016 0.008 0.016 0.029 0.001 0.001 0.001 0.918 174 I 0.037 0.015 0.001 0.046 0.013 0.035 0.193 0.001 0.001 0.003 0.657 175 N 0.178 0.026 0.001 0.014 0.006 0.009 0.126 0.001 0.001 0.004 0.636 176 I 0.471 0.123 0.010 0.019 0.004 0.013 0.050 0.001 0.001 0.004 0.307 177 E 0.107 0.110 0.004 0.030 0.004 0.030 0.131 0.002 0.001 0.004 0.578 178 P 0.005 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.968 179 D 0.018 0.089 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.002 0.001 0.001 0.865 180 I 0.060 0.768 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.128 181 K 0.005 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.049 182 R 0.016 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 183 L 0.023 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 184 L 0.038 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 185 K 0.034 0.880 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.049