# TARGET T0345 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.3513 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.047 0.028 0.060 0.054 0.087 0.096 0.009 0.620 2 I 0.072 0.068 0.103 0.106 0.190 0.121 0.010 0.330 3 A 0.064 0.099 0.114 0.137 0.251 0.080 0.010 0.245 4 K 0.066 0.106 0.089 0.131 0.157 0.074 0.021 0.355 5 S 0.162 0.054 0.093 0.071 0.109 0.111 0.036 0.365 6 F 0.175 0.056 0.091 0.089 0.149 0.065 0.019 0.354 7 Y 0.050 0.029 0.092 0.117 0.164 0.127 0.018 0.404 8 D 0.056 0.017 0.048 0.078 0.146 0.152 0.026 0.478 9 L 0.182 0.028 0.092 0.104 0.164 0.078 0.019 0.334 10 S 0.050 0.011 0.087 0.148 0.175 0.243 0.012 0.274 11 A 0.024 0.005 0.041 0.096 0.144 0.050 0.003 0.638 12 I 0.028 0.008 0.088 0.260 0.323 0.073 0.004 0.217 13 N 0.018 0.008 0.050 0.219 0.320 0.060 0.006 0.319 14 L 0.034 0.012 0.094 0.134 0.236 0.073 0.008 0.409 15 D 0.017 0.003 0.017 0.027 0.054 0.623 0.012 0.248 16 G 0.304 0.009 0.024 0.035 0.028 0.081 0.073 0.446 17 E 0.267 0.003 0.048 0.018 0.034 0.537 0.007 0.085 18 K 0.002 0.001 0.005 0.012 0.012 0.019 0.001 0.948 19 V 0.020 0.004 0.060 0.191 0.485 0.076 0.002 0.162 20 D 0.002 0.001 0.006 0.036 0.055 0.031 0.001 0.869 21 F 0.014 0.006 0.015 0.094 0.472 0.033 0.001 0.365 22 N 0.040 0.011 0.008 0.060 0.150 0.359 0.004 0.367 23 T 0.244 0.024 0.007 0.048 0.075 0.228 0.022 0.351 24 F 0.210 0.200 0.028 0.106 0.091 0.087 0.020 0.256 25 R 0.099 0.076 0.050 0.146 0.187 0.126 0.045 0.272 26 G 0.092 0.030 0.074 0.211 0.140 0.050 0.112 0.292 27 R 0.359 0.002 0.132 0.123 0.181 0.101 0.016 0.086 28 A 0.003 0.001 0.189 0.188 0.146 0.034 0.001 0.438 29 V 0.001 0.001 0.336 0.241 0.400 0.008 0.001 0.014 30 L 0.001 0.001 0.711 0.147 0.099 0.004 0.001 0.039 31 I 0.001 0.001 0.786 0.103 0.099 0.002 0.001 0.010 32 E 0.001 0.001 0.732 0.079 0.147 0.006 0.001 0.037 33 N 0.001 0.001 0.593 0.107 0.213 0.023 0.001 0.062 34 V 0.002 0.001 0.271 0.075 0.217 0.080 0.001 0.353 35 A 0.008 0.010 0.278 0.128 0.279 0.105 0.003 0.189 36 S 0.053 0.032 0.072 0.092 0.183 0.233 0.018 0.317 37 L 0.181 0.069 0.051 0.064 0.096 0.086 0.032 0.422 38 C 0.124 0.117 0.055 0.049 0.058 0.110 0.031 0.456 39 G 0.246 0.058 0.051 0.045 0.042 0.090 0.066 0.403 40 T 0.138 0.058 0.090 0.027 0.035 0.128 0.018 0.506 41 T 0.081 0.051 0.047 0.029 0.069 0.162 0.013 0.546 42 T 0.044 0.037 0.029 0.014 0.024 0.122 0.006 0.724 43 R 0.022 0.021 0.008 0.003 0.007 0.683 0.004 0.250 44 D 0.116 0.089 0.012 0.004 0.010 0.393 0.009 0.368 45 F 0.037 0.357 0.007 0.004 0.008 0.075 0.004 0.507 46 T 0.016 0.302 0.005 0.003 0.006 0.195 0.005 0.470 47 Q 0.074 0.638 0.003 0.002 0.007 0.092 0.007 0.177 48 L 0.020 0.929 0.001 0.001 0.003 0.007 0.002 0.036 49 N 0.012 0.911 0.001 0.001 0.002 0.008 0.003 0.062 50 E 0.015 0.943 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.033 51 L 0.014 0.961 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.016 52 Q 0.017 0.939 0.002 0.003 0.003 0.004 0.007 0.025 53 C 0.036 0.889 0.006 0.005 0.003 0.003 0.014 0.044 54 R 0.126 0.712 0.016 0.010 0.011 0.008 0.045 0.071 55 F 0.132 0.352 0.046 0.045 0.042 0.025 0.038 0.320 56 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 57 R 0.026 0.021 0.031 0.040 0.029 0.075 0.017 0.761 58 R 0.443 0.006 0.058 0.020 0.013 0.054 0.047 0.359 59 L 0.141 0.004 0.495 0.058 0.065 0.062 0.008 0.167 60 V 0.003 0.001 0.855 0.086 0.041 0.005 0.001 0.009 61 V 0.002 0.001 0.611 0.061 0.091 0.016 0.001 0.218 62 L 0.001 0.001 0.928 0.025 0.041 0.001 0.001 0.004 63 G 0.001 0.001 0.624 0.054 0.087 0.034 0.001 0.198 64 F 0.001 0.001 0.897 0.019 0.032 0.009 0.001 0.040 65 P 0.001 0.001 0.026 0.005 0.006 0.027 0.001 0.936 66 C 0.006 0.002 0.144 0.032 0.173 0.113 0.002 0.527 67 N 0.021 0.014 0.051 0.045 0.067 0.162 0.008 0.633 68 Q 0.234 0.020 0.034 0.033 0.067 0.225 0.024 0.363 69 F 0.171 0.055 0.021 0.043 0.043 0.125 0.016 0.526 70 G 0.209 0.100 0.031 0.066 0.077 0.097 0.035 0.386 71 H 0.201 0.102 0.043 0.048 0.060 0.122 0.025 0.399 72 Q 0.166 0.089 0.032 0.058 0.121 0.131 0.024 0.378 73 E 0.137 0.118 0.044 0.075 0.095 0.127 0.011 0.393 74 N 0.009 0.033 0.012 0.020 0.025 0.038 0.005 0.858 75 C 0.096 0.050 0.029 0.049 0.057 0.056 0.021 0.641 76 Q 0.098 0.015 0.017 0.008 0.015 0.383 0.011 0.454 77 N 0.068 0.019 0.007 0.006 0.019 0.177 0.008 0.697 78 E 0.031 0.052 0.007 0.005 0.011 0.115 0.003 0.777 79 E 0.018 0.059 0.003 0.003 0.006 0.392 0.003 0.517 80 I 0.053 0.474 0.004 0.005 0.015 0.088 0.004 0.357 81 L 0.008 0.917 0.001 0.003 0.009 0.007 0.001 0.054 82 N 0.009 0.922 0.001 0.005 0.006 0.005 0.004 0.048 83 S 0.067 0.836 0.005 0.007 0.007 0.005 0.022 0.051 84 L 0.060 0.842 0.009 0.015 0.017 0.006 0.013 0.037 85 K 0.066 0.620 0.034 0.078 0.056 0.025 0.027 0.094 86 Y 0.065 0.330 0.082 0.070 0.069 0.032 0.029 0.323 87 V 0.113 0.260 0.089 0.085 0.114 0.034 0.036 0.269 88 R 0.034 0.125 0.136 0.149 0.112 0.050 0.012 0.384 89 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 90 G 0.036 0.018 0.031 0.047 0.089 0.168 0.017 0.594 91 G 0.434 0.009 0.014 0.014 0.009 0.046 0.040 0.434 92 G 0.138 0.010 0.052 0.021 0.023 0.102 0.021 0.632 93 Y 0.113 0.010 0.092 0.042 0.069 0.111 0.013 0.550 94 Q 0.030 0.004 0.051 0.045 0.052 0.076 0.004 0.739 95 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.990 96 T 0.015 0.003 0.069 0.072 0.164 0.128 0.004 0.546 97 F 0.090 0.014 0.089 0.115 0.169 0.058 0.006 0.459 98 T 0.017 0.010 0.040 0.107 0.132 0.085 0.004 0.606 99 L 0.043 0.008 0.027 0.054 0.146 0.127 0.004 0.591 100 V 0.135 0.045 0.064 0.120 0.262 0.161 0.008 0.205 101 Q 0.097 0.058 0.065 0.239 0.202 0.147 0.024 0.168 102 K 0.064 0.041 0.039 0.084 0.125 0.044 0.012 0.591 103 C 0.064 0.037 0.107 0.243 0.308 0.054 0.009 0.176 104 E 0.017 0.024 0.056 0.214 0.267 0.052 0.006 0.364 105 V 0.013 0.033 0.092 0.211 0.317 0.035 0.007 0.292 106 N 0.023 0.033 0.091 0.146 0.182 0.086 0.011 0.427 107 G 0.118 0.019 0.044 0.071 0.086 0.072 0.028 0.561 108 Q 0.108 0.008 0.034 0.016 0.030 0.314 0.009 0.481 109 N 0.029 0.008 0.009 0.011 0.017 0.147 0.010 0.769 110 E 0.157 0.029 0.015 0.011 0.020 0.147 0.024 0.597 111 H 0.105 0.013 0.011 0.013 0.017 0.351 0.006 0.484 112 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 113 V 0.013 0.106 0.015 0.069 0.200 0.200 0.002 0.395 114 F 0.084 0.327 0.019 0.044 0.116 0.083 0.008 0.319 115 A 0.027 0.707 0.007 0.034 0.054 0.025 0.003 0.142 116 Y 0.028 0.835 0.006 0.015 0.022 0.009 0.003 0.082 117 L 0.049 0.815 0.007 0.013 0.024 0.011 0.010 0.072 118 K 0.039 0.824 0.007 0.013 0.020 0.009 0.010 0.079 119 D 0.068 0.700 0.008 0.011 0.016 0.012 0.037 0.149 120 K 0.379 0.286 0.013 0.007 0.008 0.020 0.127 0.160 121 L 0.327 0.211 0.052 0.034 0.026 0.040 0.064 0.246 122 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 123 Y 0.031 0.008 0.056 0.045 0.067 0.079 0.007 0.707 124 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.992 125 Y 0.046 0.005 0.052 0.027 0.059 0.091 0.004 0.717 126 D 0.118 0.006 0.045 0.015 0.021 0.103 0.008 0.685 127 D 0.134 0.007 0.027 0.017 0.029 0.156 0.005 0.624 128 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.998 129 F 0.019 0.005 0.014 0.013 0.034 0.479 0.005 0.432 130 S 0.318 0.021 0.016 0.013 0.017 0.273 0.013 0.330 131 L 0.189 0.092 0.019 0.018 0.036 0.100 0.007 0.540 132 M 0.199 0.107 0.055 0.049 0.099 0.160 0.011 0.319 133 T 0.133 0.078 0.039 0.031 0.052 0.146 0.032 0.490 134 D 0.175 0.072 0.024 0.039 0.069 0.107 0.016 0.497 135 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 136 K 0.015 0.008 0.012 0.017 0.035 0.649 0.008 0.257 137 L 0.490 0.034 0.026 0.014 0.019 0.174 0.018 0.226 138 I 0.176 0.204 0.070 0.066 0.067 0.083 0.008 0.326 139 I 0.058 0.070 0.106 0.065 0.114 0.094 0.010 0.483 140 W 0.070 0.078 0.113 0.066 0.138 0.068 0.019 0.447 141 S 0.086 0.038 0.053 0.110 0.164 0.135 0.014 0.400 142 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 143 V 0.027 0.013 0.039 0.060 0.122 0.248 0.009 0.483 144 R 0.203 0.024 0.028 0.026 0.028 0.168 0.017 0.507 145 R 0.117 0.075 0.048 0.033 0.073 0.070 0.008 0.576 146 S 0.066 0.046 0.042 0.026 0.039 0.138 0.009 0.633 147 D 0.110 0.019 0.019 0.010 0.014 0.093 0.014 0.719 148 V 0.104 0.045 0.047 0.028 0.037 0.101 0.012 0.627 149 A 0.046 0.081 0.099 0.084 0.129 0.175 0.013 0.373 150 W 0.046 0.098 0.077 0.082 0.118 0.108 0.013 0.458 151 N 0.099 0.080 0.071 0.077 0.110 0.165 0.023 0.374 152 F 0.115 0.077 0.152 0.098 0.104 0.095 0.019 0.340 153 E 0.069 0.041 0.123 0.124 0.237 0.204 0.018 0.185 154 K 0.059 0.027 0.072 0.111 0.172 0.114 0.012 0.434 155 F 0.026 0.052 0.164 0.267 0.237 0.050 0.009 0.197 156 L 0.020 0.024 0.126 0.293 0.315 0.044 0.008 0.171 157 I 0.017 0.015 0.110 0.256 0.395 0.021 0.007 0.179 158 G 0.011 0.009 0.062 0.207 0.402 0.051 0.005 0.253 159 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 160 E 0.011 0.002 0.009 0.021 0.044 0.351 0.015 0.548 161 G 0.504 0.005 0.011 0.014 0.008 0.027 0.127 0.306 162 E 0.409 0.002 0.129 0.038 0.038 0.179 0.005 0.201 163 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 164 F 0.006 0.001 0.091 0.119 0.675 0.037 0.001 0.072 165 R 0.032 0.004 0.060 0.176 0.191 0.063 0.003 0.471 166 R 0.034 0.012 0.088 0.165 0.311 0.040 0.004 0.346 167 Y 0.097 0.018 0.089 0.125 0.265 0.085 0.005 0.316 168 S 0.045 0.023 0.047 0.112 0.148 0.099 0.010 0.516 169 R 0.024 0.009 0.021 0.029 0.058 0.051 0.010 0.797 170 T 0.140 0.013 0.019 0.022 0.045 0.145 0.032 0.584 171 F 0.225 0.016 0.032 0.030 0.032 0.096 0.020 0.550 172 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.007 0.001 0.984 173 T 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.010 0.001 0.975 174 I 0.096 0.022 0.026 0.032 0.074 0.125 0.005 0.620 175 N 0.162 0.029 0.015 0.022 0.031 0.132 0.011 0.600 176 I 0.336 0.087 0.027 0.018 0.028 0.085 0.014 0.405 177 E 0.131 0.086 0.031 0.017 0.039 0.213 0.006 0.478 178 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 179 D 0.010 0.107 0.003 0.005 0.014 0.184 0.003 0.675 180 I 0.159 0.399 0.006 0.003 0.008 0.033 0.012 0.381 181 K 0.019 0.863 0.003 0.002 0.005 0.012 0.002 0.094 182 R 0.025 0.913 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.049 183 L 0.049 0.903 0.003 0.001 0.001 0.002 0.008 0.034 184 L 0.047 0.894 0.005 0.002 0.003 0.003 0.013 0.034 185 K 0.102 0.681 0.021 0.006 0.007 0.012 0.035 0.135