# TARGET T0345 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 547 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.991 2 I 0.186 0.073 0.019 0.031 0.008 0.032 0.651 3 A 0.226 0.016 0.071 0.014 0.131 0.147 0.395 4 K 0.316 0.012 0.063 0.009 0.191 0.133 0.275 5 S 0.305 0.043 0.026 0.004 0.119 0.026 0.476 6 F 0.265 0.018 0.101 0.009 0.171 0.094 0.342 7 Y 0.242 0.016 0.126 0.010 0.180 0.191 0.235 8 D 0.412 0.006 0.043 0.002 0.176 0.102 0.259 9 L 0.604 0.008 0.004 0.002 0.037 0.009 0.337 10 S 0.825 0.032 0.001 0.001 0.014 0.002 0.127 11 A 0.835 0.005 0.001 0.001 0.020 0.003 0.135 12 I 0.839 0.039 0.003 0.001 0.026 0.005 0.086 13 N 0.358 0.027 0.009 0.003 0.021 0.014 0.568 14 L 0.116 0.003 0.024 0.002 0.085 0.643 0.127 15 D 0.010 0.002 0.012 0.002 0.056 0.908 0.011 16 G 0.016 0.001 0.008 0.001 0.360 0.520 0.093 17 E 0.219 0.018 0.003 0.001 0.173 0.020 0.567 18 K 0.666 0.110 0.001 0.001 0.021 0.002 0.200 19 V 0.680 0.025 0.001 0.001 0.035 0.002 0.258 20 D 0.614 0.015 0.001 0.001 0.013 0.001 0.355 21 F 0.039 0.002 0.408 0.396 0.020 0.076 0.059 22 N 0.005 0.001 0.552 0.250 0.025 0.162 0.006 23 T 0.003 0.001 0.553 0.222 0.018 0.194 0.009 24 F 0.027 0.020 0.258 0.368 0.032 0.146 0.150 25 R 0.031 0.010 0.047 0.106 0.051 0.673 0.082 26 G 0.024 0.002 0.014 0.013 0.085 0.803 0.059 27 R 0.212 0.011 0.004 0.009 0.223 0.027 0.516 28 A 0.544 0.006 0.001 0.001 0.038 0.003 0.408 29 V 0.910 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.053 30 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 31 I 0.991 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 32 E 0.978 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.015 33 N 0.788 0.002 0.010 0.016 0.023 0.014 0.147 34 V 0.254 0.009 0.072 0.035 0.129 0.060 0.440 35 A 0.069 0.004 0.220 0.044 0.141 0.109 0.412 36 S 0.020 0.020 0.431 0.056 0.119 0.230 0.124 37 L 0.025 0.033 0.323 0.069 0.189 0.233 0.129 38 C 0.012 0.010 0.137 0.063 0.316 0.145 0.317 39 G 0.010 0.017 0.089 0.068 0.213 0.285 0.318 40 T 0.008 0.017 0.080 0.084 0.146 0.236 0.428 41 T 0.005 0.011 0.043 0.106 0.158 0.041 0.636 42 T 0.003 0.005 0.152 0.310 0.071 0.270 0.190 43 R 0.002 0.003 0.094 0.352 0.081 0.242 0.226 44 D 0.002 0.004 0.038 0.372 0.042 0.041 0.500 45 F 0.001 0.001 0.042 0.874 0.009 0.053 0.020 46 T 0.001 0.002 0.038 0.875 0.013 0.052 0.020 47 Q 0.001 0.001 0.017 0.960 0.007 0.009 0.006 48 L 0.002 0.001 0.003 0.982 0.002 0.005 0.005 49 N 0.001 0.001 0.004 0.978 0.002 0.010 0.004 50 E 0.001 0.001 0.004 0.980 0.002 0.011 0.002 51 L 0.001 0.001 0.006 0.976 0.002 0.011 0.003 52 Q 0.001 0.001 0.007 0.952 0.002 0.035 0.003 53 C 0.001 0.001 0.008 0.874 0.005 0.105 0.008 54 R 0.006 0.004 0.018 0.682 0.078 0.120 0.092 55 F 0.009 0.009 0.086 0.446 0.060 0.281 0.108 56 P 0.009 0.004 0.100 0.201 0.125 0.479 0.083 57 R 0.018 0.004 0.038 0.074 0.245 0.526 0.097 58 R 0.085 0.002 0.005 0.005 0.230 0.309 0.364 59 L 0.447 0.008 0.001 0.001 0.051 0.005 0.488 60 V 0.933 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.057 61 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 62 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 63 G 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 64 F 0.923 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.067 65 P 0.729 0.008 0.001 0.001 0.017 0.002 0.242 66 C 0.260 0.021 0.022 0.010 0.150 0.085 0.452 67 N 0.089 0.023 0.052 0.016 0.370 0.145 0.306 68 Q 0.029 0.010 0.116 0.032 0.256 0.300 0.257 69 F 0.012 0.019 0.112 0.056 0.242 0.314 0.244 70 G 0.011 0.010 0.093 0.047 0.251 0.377 0.211 71 H 0.014 0.009 0.071 0.033 0.207 0.280 0.386 72 Q 0.016 0.081 0.055 0.048 0.334 0.107 0.359 73 E 0.014 0.034 0.022 0.031 0.231 0.049 0.620 74 N 0.008 0.010 0.031 0.040 0.156 0.276 0.478 75 C 0.005 0.019 0.028 0.051 0.229 0.203 0.466 76 Q 0.003 0.009 0.008 0.080 0.217 0.026 0.657 77 N 0.001 0.001 0.019 0.863 0.024 0.041 0.052 78 E 0.001 0.001 0.016 0.937 0.008 0.025 0.012 79 E 0.001 0.001 0.012 0.958 0.005 0.014 0.008 80 I 0.001 0.001 0.004 0.983 0.002 0.006 0.003 81 L 0.004 0.001 0.004 0.976 0.002 0.009 0.005 82 N 0.003 0.001 0.005 0.961 0.003 0.023 0.004 83 S 0.008 0.002 0.009 0.917 0.007 0.045 0.012 84 L 0.011 0.002 0.016 0.882 0.015 0.043 0.031 85 K 0.012 0.001 0.020 0.846 0.025 0.082 0.014 86 Y 0.013 0.003 0.017 0.752 0.044 0.136 0.036 87 V 0.036 0.023 0.020 0.571 0.079 0.115 0.155 88 R 0.031 0.025 0.012 0.061 0.140 0.065 0.665 89 P 0.019 0.009 0.059 0.075 0.135 0.517 0.185 90 G 0.011 0.004 0.060 0.031 0.095 0.595 0.203 91 G 0.004 0.004 0.022 0.008 0.068 0.029 0.864 92 G 0.034 0.028 0.040 0.016 0.089 0.110 0.683 93 Y 0.065 0.026 0.039 0.019 0.299 0.163 0.389 94 Q 0.109 0.020 0.030 0.021 0.146 0.172 0.501 95 P 0.111 0.025 0.010 0.014 0.120 0.032 0.689 96 T 0.197 0.030 0.006 0.009 0.100 0.025 0.634 97 F 0.155 0.028 0.004 0.011 0.093 0.007 0.701 98 T 0.371 0.028 0.004 0.012 0.020 0.011 0.555 99 L 0.358 0.020 0.042 0.029 0.043 0.067 0.442 100 V 0.385 0.023 0.114 0.027 0.104 0.122 0.225 101 Q 0.368 0.007 0.100 0.027 0.160 0.067 0.272 102 K 0.489 0.015 0.045 0.021 0.128 0.034 0.268 103 C 0.594 0.044 0.008 0.010 0.056 0.009 0.279 104 E 0.645 0.056 0.006 0.005 0.039 0.014 0.234 105 V 0.490 0.034 0.008 0.008 0.068 0.037 0.354 106 N 0.084 0.013 0.014 0.011 0.262 0.322 0.294 107 G 0.009 0.006 0.056 0.038 0.298 0.433 0.159 108 Q 0.006 0.006 0.111 0.072 0.276 0.362 0.167 109 N 0.004 0.005 0.138 0.094 0.111 0.522 0.126 110 E 0.007 0.014 0.103 0.295 0.228 0.184 0.168 111 H 0.007 0.009 0.022 0.381 0.163 0.051 0.367 112 P 0.003 0.003 0.034 0.825 0.020 0.070 0.045 113 V 0.002 0.001 0.023 0.906 0.009 0.041 0.016 114 F 0.002 0.001 0.017 0.953 0.007 0.011 0.009 115 A 0.003 0.001 0.013 0.962 0.004 0.010 0.007 116 Y 0.001 0.001 0.015 0.946 0.002 0.031 0.003 117 L 0.002 0.002 0.015 0.935 0.006 0.033 0.008 118 K 0.002 0.002 0.029 0.880 0.008 0.068 0.011 119 D 0.004 0.001 0.033 0.753 0.028 0.153 0.028 120 K 0.004 0.004 0.035 0.677 0.060 0.149 0.072 121 L 0.011 0.016 0.020 0.180 0.222 0.136 0.415 122 P 0.011 0.009 0.042 0.049 0.169 0.264 0.455 123 Y 0.020 0.023 0.089 0.057 0.218 0.171 0.422 124 P 0.028 0.030 0.121 0.056 0.211 0.147 0.406 125 Y 0.039 0.017 0.079 0.053 0.198 0.296 0.317 126 D 0.025 0.022 0.058 0.039 0.279 0.194 0.384 127 D 0.016 0.028 0.035 0.040 0.285 0.062 0.533 128 P 0.014 0.011 0.111 0.208 0.141 0.302 0.213 129 F 0.016 0.010 0.151 0.174 0.133 0.378 0.138 130 S 0.026 0.028 0.163 0.190 0.157 0.214 0.223 131 L 0.051 0.068 0.094 0.255 0.108 0.188 0.237 132 M 0.076 0.034 0.064 0.207 0.131 0.255 0.232 133 T 0.073 0.031 0.042 0.125 0.183 0.290 0.255 134 D 0.057 0.025 0.021 0.083 0.198 0.065 0.551 135 P 0.045 0.016 0.143 0.306 0.097 0.170 0.224 136 K 0.044 0.011 0.217 0.218 0.094 0.303 0.113 137 L 0.054 0.011 0.258 0.186 0.114 0.236 0.141 138 I 0.124 0.025 0.126 0.199 0.114 0.171 0.241 139 I 0.178 0.040 0.079 0.147 0.121 0.188 0.248 140 W 0.175 0.048 0.060 0.108 0.160 0.127 0.321 141 S 0.149 0.024 0.047 0.083 0.208 0.084 0.406 142 P 0.177 0.027 0.060 0.075 0.144 0.209 0.309 143 V 0.164 0.032 0.044 0.065 0.128 0.156 0.411 144 R 0.130 0.024 0.040 0.037 0.138 0.133 0.499 145 R 0.100 0.013 0.097 0.049 0.216 0.248 0.277 146 S 0.090 0.013 0.093 0.034 0.225 0.282 0.262 147 D 0.122 0.013 0.049 0.020 0.226 0.094 0.475 148 V 0.365 0.074 0.022 0.016 0.062 0.039 0.421 149 A 0.380 0.042 0.024 0.011 0.085 0.050 0.407 150 W 0.391 0.044 0.029 0.013 0.158 0.068 0.298 151 N 0.313 0.030 0.020 0.006 0.121 0.067 0.444 152 F 0.337 0.009 0.020 0.009 0.156 0.054 0.415 153 E 0.547 0.003 0.011 0.003 0.282 0.026 0.128 154 K 0.888 0.008 0.007 0.002 0.012 0.010 0.073 155 F 0.964 0.004 0.002 0.001 0.003 0.004 0.022 156 L 0.958 0.005 0.001 0.001 0.008 0.003 0.025 157 I 0.884 0.047 0.001 0.001 0.014 0.003 0.050 158 G 0.162 0.007 0.001 0.001 0.020 0.006 0.804 159 P 0.016 0.002 0.006 0.001 0.108 0.813 0.054 160 E 0.007 0.005 0.005 0.001 0.136 0.830 0.017 161 G 0.043 0.002 0.001 0.001 0.724 0.044 0.186 162 E 0.215 0.025 0.001 0.002 0.077 0.005 0.676 163 P 0.769 0.097 0.001 0.002 0.007 0.001 0.123 164 F 0.872 0.010 0.004 0.003 0.010 0.002 0.098 165 R 0.913 0.004 0.007 0.003 0.012 0.002 0.059 166 R 0.855 0.009 0.010 0.008 0.020 0.005 0.093 167 Y 0.743 0.022 0.011 0.016 0.032 0.006 0.170 168 S 0.313 0.008 0.018 0.011 0.103 0.022 0.525 169 R 0.037 0.003 0.034 0.006 0.283 0.362 0.274 170 T 0.035 0.010 0.038 0.004 0.324 0.331 0.258 171 F 0.030 0.087 0.009 0.003 0.387 0.018 0.467 172 P 0.013 0.015 0.003 0.002 0.049 0.005 0.913 173 T 0.002 0.002 0.370 0.267 0.046 0.150 0.164 174 I 0.002 0.002 0.350 0.396 0.039 0.167 0.045 175 N 0.001 0.005 0.391 0.420 0.026 0.093 0.064 176 I 0.003 0.005 0.083 0.709 0.027 0.056 0.117 177 E 0.002 0.002 0.024 0.881 0.015 0.043 0.034 178 P 0.002 0.001 0.011 0.945 0.009 0.021 0.011 179 D 0.001 0.001 0.007 0.965 0.005 0.014 0.008 180 I 0.001 0.001 0.005 0.979 0.004 0.007 0.003 181 K 0.001 0.001 0.010 0.972 0.002 0.011 0.003 182 R 0.001 0.001 0.011 0.946 0.004 0.036 0.003 183 L 0.001 0.001 0.014 0.864 0.005 0.109 0.006 184 L 0.002 0.008 0.017 0.663 0.010 0.236 0.065 185 K 0.001 0.001 0.015 0.233 0.009 0.078 0.663