# TARGET T0345 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 547 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.719 0.196 0.062 0.019 0.004 0.001 0.001 2 I 0.532 0.220 0.115 0.089 0.037 0.007 0.001 3 A 0.451 0.223 0.135 0.108 0.062 0.019 0.002 4 K 0.524 0.240 0.118 0.069 0.032 0.015 0.003 5 S 0.356 0.236 0.160 0.136 0.074 0.031 0.005 6 F 0.304 0.167 0.144 0.147 0.135 0.084 0.017 7 Y 0.272 0.194 0.189 0.191 0.106 0.042 0.005 8 D 0.294 0.260 0.210 0.142 0.070 0.022 0.001 9 L 0.100 0.102 0.140 0.264 0.281 0.109 0.006 10 S 0.111 0.283 0.314 0.215 0.069 0.008 0.001 11 A 0.103 0.119 0.184 0.303 0.243 0.047 0.001 12 I 0.500 0.365 0.103 0.029 0.003 0.001 0.001 13 N 0.497 0.340 0.123 0.034 0.005 0.001 0.001 14 L 0.239 0.214 0.250 0.231 0.060 0.006 0.001 15 D 0.804 0.165 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 16 G 0.722 0.192 0.062 0.020 0.004 0.001 0.001 17 E 0.624 0.282 0.072 0.020 0.003 0.001 0.001 18 K 0.291 0.453 0.176 0.066 0.013 0.001 0.001 19 V 0.049 0.174 0.298 0.322 0.138 0.019 0.001 20 D 0.145 0.469 0.264 0.100 0.020 0.002 0.001 21 F 0.004 0.014 0.067 0.309 0.453 0.147 0.006 22 N 0.221 0.472 0.202 0.083 0.019 0.002 0.001 23 T 0.219 0.484 0.215 0.068 0.013 0.002 0.001 24 F 0.010 0.051 0.143 0.388 0.337 0.069 0.002 25 R 0.117 0.416 0.279 0.144 0.040 0.005 0.001 26 G 0.039 0.213 0.238 0.262 0.191 0.056 0.002 27 R 0.002 0.042 0.204 0.423 0.255 0.071 0.003 28 A 0.001 0.003 0.011 0.066 0.296 0.547 0.077 29 V 0.001 0.001 0.003 0.017 0.106 0.508 0.366 30 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.239 0.731 31 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.171 0.805 32 E 0.001 0.002 0.007 0.021 0.054 0.256 0.659 33 N 0.001 0.004 0.011 0.039 0.127 0.445 0.374 34 V 0.001 0.010 0.029 0.086 0.237 0.445 0.193 35 A 0.005 0.025 0.066 0.177 0.368 0.296 0.063 36 S 0.040 0.126 0.250 0.280 0.195 0.100 0.010 37 L 0.178 0.344 0.249 0.165 0.055 0.008 0.001 38 C 0.104 0.204 0.258 0.254 0.142 0.035 0.003 39 G 0.327 0.337 0.198 0.101 0.030 0.007 0.001 40 T 0.144 0.213 0.218 0.243 0.147 0.033 0.002 41 T 0.143 0.233 0.258 0.221 0.108 0.035 0.002 42 T 0.320 0.340 0.182 0.104 0.042 0.010 0.001 43 R 0.299 0.378 0.178 0.097 0.038 0.009 0.001 44 D 0.069 0.197 0.333 0.283 0.102 0.016 0.001 45 F 0.480 0.411 0.092 0.014 0.002 0.001 0.001 46 T 0.076 0.337 0.332 0.192 0.055 0.007 0.001 47 Q 0.012 0.042 0.128 0.335 0.383 0.097 0.002 48 L 0.162 0.529 0.251 0.051 0.006 0.001 0.001 49 N 0.275 0.556 0.147 0.021 0.002 0.001 0.001 50 E 0.011 0.033 0.113 0.328 0.434 0.081 0.001 51 L 0.018 0.056 0.232 0.443 0.219 0.031 0.001 52 Q 0.477 0.461 0.054 0.007 0.001 0.001 0.001 53 C 0.094 0.393 0.376 0.120 0.016 0.001 0.001 54 R 0.018 0.053 0.149 0.393 0.328 0.058 0.001 55 F 0.279 0.406 0.225 0.076 0.014 0.001 0.001 56 P 0.675 0.256 0.047 0.017 0.003 0.001 0.001 57 R 0.239 0.420 0.237 0.089 0.014 0.001 0.001 58 R 0.080 0.448 0.304 0.135 0.030 0.003 0.001 59 L 0.001 0.004 0.022 0.137 0.442 0.371 0.023 60 V 0.001 0.016 0.079 0.288 0.391 0.210 0.015 61 V 0.001 0.001 0.002 0.011 0.083 0.545 0.359 62 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.319 0.644 63 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.029 0.221 0.741 64 F 0.001 0.001 0.002 0.008 0.034 0.211 0.745 65 P 0.002 0.009 0.020 0.060 0.151 0.368 0.391 66 C 0.004 0.016 0.037 0.090 0.207 0.362 0.284 67 N 0.024 0.060 0.096 0.154 0.230 0.286 0.150 68 Q 0.062 0.097 0.139 0.205 0.222 0.210 0.065 69 F 0.046 0.059 0.088 0.169 0.273 0.284 0.080 70 G 0.113 0.157 0.195 0.226 0.182 0.107 0.020 71 H 0.188 0.249 0.206 0.171 0.116 0.056 0.013 72 Q 0.141 0.201 0.244 0.205 0.128 0.064 0.016 73 E 0.122 0.155 0.172 0.232 0.207 0.101 0.011 74 N 0.340 0.263 0.179 0.128 0.065 0.024 0.003 75 C 0.413 0.282 0.163 0.089 0.038 0.013 0.002 76 Q 0.426 0.301 0.151 0.087 0.027 0.007 0.001 77 N 0.314 0.308 0.222 0.111 0.037 0.008 0.001 78 E 0.605 0.308 0.071 0.013 0.002 0.001 0.001 79 E 0.062 0.267 0.313 0.240 0.095 0.021 0.002 80 I 0.006 0.020 0.074 0.265 0.448 0.180 0.007 81 L 0.035 0.302 0.434 0.187 0.037 0.005 0.001 82 N 0.097 0.373 0.316 0.167 0.041 0.006 0.001 83 S 0.014 0.038 0.073 0.218 0.416 0.230 0.011 84 L 0.010 0.022 0.076 0.281 0.434 0.173 0.005 85 K 0.147 0.489 0.247 0.094 0.020 0.003 0.001 86 Y 0.129 0.322 0.334 0.164 0.042 0.008 0.001 87 V 0.086 0.123 0.136 0.264 0.280 0.107 0.004 88 R 0.215 0.318 0.235 0.147 0.065 0.019 0.001 89 P 0.592 0.232 0.103 0.058 0.013 0.002 0.001 90 G 0.546 0.340 0.087 0.021 0.004 0.001 0.001 91 G 0.386 0.322 0.180 0.086 0.023 0.003 0.001 92 G 0.358 0.378 0.176 0.071 0.015 0.002 0.001 93 Y 0.062 0.132 0.205 0.326 0.227 0.047 0.001 94 Q 0.112 0.357 0.334 0.160 0.033 0.003 0.001 95 P 0.016 0.061 0.125 0.318 0.382 0.095 0.003 96 T 0.065 0.370 0.350 0.170 0.038 0.006 0.001 97 F 0.012 0.048 0.113 0.315 0.370 0.131 0.011 98 T 0.136 0.441 0.256 0.111 0.040 0.014 0.002 99 L 0.013 0.060 0.140 0.300 0.315 0.161 0.012 100 V 0.015 0.045 0.108 0.238 0.328 0.238 0.027 101 Q 0.084 0.248 0.216 0.198 0.152 0.090 0.012 102 K 0.030 0.134 0.294 0.321 0.161 0.053 0.007 103 C 0.013 0.043 0.084 0.222 0.368 0.242 0.027 104 E 0.056 0.245 0.298 0.225 0.128 0.045 0.003 105 V 0.058 0.093 0.147 0.304 0.283 0.108 0.007 106 N 0.395 0.365 0.163 0.061 0.014 0.003 0.001 107 G 0.326 0.257 0.200 0.146 0.060 0.011 0.001 108 Q 0.661 0.238 0.068 0.025 0.007 0.002 0.001 109 N 0.454 0.280 0.154 0.076 0.027 0.008 0.001 110 E 0.076 0.115 0.163 0.251 0.241 0.133 0.021 111 H 0.052 0.180 0.272 0.259 0.169 0.061 0.006 112 P 0.023 0.084 0.161 0.297 0.270 0.144 0.020 113 V 0.012 0.026 0.035 0.097 0.257 0.476 0.097 114 F 0.004 0.011 0.035 0.139 0.322 0.397 0.091 115 A 0.022 0.131 0.243 0.280 0.201 0.110 0.014 116 Y 0.006 0.035 0.127 0.341 0.329 0.152 0.011 117 L 0.001 0.005 0.012 0.066 0.293 0.540 0.083 118 K 0.012 0.083 0.210 0.318 0.254 0.110 0.014 119 D 0.098 0.307 0.267 0.200 0.095 0.029 0.004 120 K 0.106 0.263 0.291 0.207 0.098 0.030 0.004 121 L 0.140 0.196 0.232 0.231 0.143 0.053 0.005 122 P 0.326 0.277 0.183 0.120 0.064 0.027 0.004 123 Y 0.254 0.206 0.186 0.163 0.120 0.061 0.010 124 P 0.204 0.185 0.192 0.195 0.140 0.074 0.010 125 Y 0.209 0.173 0.153 0.173 0.169 0.102 0.020 126 D 0.304 0.263 0.192 0.142 0.067 0.026 0.006 127 D 0.396 0.252 0.168 0.111 0.050 0.017 0.004 128 P 0.353 0.264 0.166 0.117 0.066 0.028 0.006 129 F 0.254 0.235 0.204 0.168 0.097 0.037 0.005 130 S 0.261 0.250 0.207 0.159 0.083 0.034 0.006 131 L 0.166 0.171 0.174 0.195 0.167 0.111 0.016 132 M 0.141 0.152 0.159 0.190 0.186 0.145 0.028 133 T 0.221 0.237 0.211 0.165 0.100 0.055 0.011 134 D 0.281 0.227 0.190 0.157 0.093 0.045 0.008 135 P 0.243 0.168 0.158 0.175 0.153 0.086 0.017 136 K 0.313 0.235 0.170 0.138 0.090 0.045 0.009 137 L 0.261 0.245 0.197 0.158 0.091 0.043 0.006 138 I 0.231 0.189 0.161 0.190 0.146 0.073 0.010 139 I 0.227 0.214 0.166 0.159 0.131 0.086 0.016 140 W 0.175 0.148 0.167 0.222 0.178 0.093 0.017 141 S 0.274 0.252 0.188 0.148 0.090 0.042 0.007 142 P 0.260 0.224 0.183 0.173 0.104 0.049 0.008 143 V 0.236 0.182 0.156 0.194 0.162 0.062 0.007 144 R 0.249 0.298 0.215 0.149 0.067 0.019 0.002 145 R 0.154 0.229 0.250 0.231 0.109 0.026 0.002 146 S 0.266 0.344 0.196 0.127 0.053 0.014 0.001 147 D 0.097 0.237 0.282 0.225 0.117 0.038 0.004 148 V 0.009 0.024 0.051 0.178 0.382 0.314 0.042 149 A 0.006 0.036 0.108 0.241 0.333 0.233 0.043 150 W 0.003 0.008 0.019 0.057 0.178 0.459 0.276 151 N 0.001 0.005 0.013 0.046 0.137 0.413 0.385 152 F 0.001 0.003 0.009 0.034 0.110 0.374 0.468 153 E 0.002 0.010 0.020 0.053 0.131 0.343 0.441 154 K 0.004 0.013 0.035 0.103 0.238 0.406 0.201 155 F 0.001 0.005 0.016 0.047 0.127 0.408 0.395 156 L 0.004 0.012 0.027 0.071 0.171 0.480 0.236 157 I 0.011 0.027 0.056 0.159 0.365 0.349 0.034 158 G 0.046 0.187 0.289 0.299 0.148 0.029 0.002 159 P 0.285 0.288 0.250 0.137 0.033 0.007 0.001 160 E 0.686 0.244 0.046 0.016 0.005 0.002 0.001 161 G 0.467 0.259 0.161 0.086 0.024 0.003 0.001 162 E 0.381 0.370 0.169 0.061 0.015 0.003 0.001 163 P 0.097 0.191 0.228 0.270 0.170 0.043 0.002 164 F 0.066 0.115 0.215 0.306 0.227 0.068 0.003 165 R 0.194 0.338 0.239 0.152 0.063 0.014 0.001 166 R 0.137 0.246 0.262 0.224 0.101 0.028 0.002 167 Y 0.070 0.108 0.150 0.272 0.277 0.115 0.008 168 S 0.242 0.315 0.228 0.145 0.056 0.013 0.001 169 R 0.383 0.299 0.166 0.104 0.038 0.009 0.001 170 T 0.498 0.280 0.130 0.065 0.021 0.005 0.001 171 F 0.271 0.252 0.209 0.172 0.081 0.015 0.001 172 P 0.418 0.387 0.138 0.048 0.009 0.001 0.001 173 T 0.190 0.249 0.256 0.217 0.076 0.011 0.001 174 I 0.737 0.214 0.040 0.008 0.001 0.001 0.001 175 N 0.393 0.408 0.151 0.041 0.006 0.001 0.001 176 I 0.098 0.106 0.170 0.326 0.252 0.047 0.001 177 E 0.159 0.355 0.300 0.146 0.035 0.004 0.001 178 P 0.516 0.386 0.082 0.013 0.002 0.001 0.001 179 D 0.105 0.209 0.352 0.252 0.074 0.008 0.001 180 I 0.051 0.063 0.109 0.307 0.380 0.088 0.002 181 K 0.253 0.452 0.234 0.054 0.006 0.001 0.001 182 R 0.673 0.282 0.039 0.005 0.001 0.001 0.001 183 L 0.203 0.203 0.293 0.238 0.058 0.005 0.001 184 L 0.374 0.194 0.179 0.181 0.067 0.005 0.001 185 K 0.795 0.173 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001