# TARGET T0345 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6718 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.006 0.026 0.308 0.127 0.470 2 I 0.068 0.016 0.022 0.233 0.151 0.509 3 A 0.055 0.013 0.020 0.128 0.208 0.576 4 K 0.065 0.008 0.036 0.091 0.289 0.510 5 S 0.139 0.013 0.053 0.073 0.288 0.435 6 F 0.254 0.017 0.092 0.053 0.302 0.283 7 Y 0.381 0.014 0.052 0.038 0.263 0.251 8 D 0.439 0.011 0.032 0.028 0.236 0.254 9 L 0.566 0.012 0.011 0.015 0.140 0.257 10 S 0.682 0.010 0.006 0.007 0.074 0.220 11 A 0.792 0.014 0.012 0.007 0.058 0.117 12 I 0.745 0.016 0.011 0.009 0.065 0.154 13 N 0.671 0.021 0.010 0.007 0.204 0.088 14 L 0.166 0.006 0.031 0.016 0.734 0.046 15 D 0.073 0.007 0.015 0.009 0.840 0.056 16 G 0.016 0.001 0.010 0.001 0.931 0.040 17 E 0.148 0.007 0.005 0.001 0.493 0.346 18 K 0.615 0.062 0.003 0.001 0.045 0.275 19 V 0.705 0.060 0.003 0.001 0.034 0.196 20 D 0.641 0.020 0.006 0.002 0.048 0.283 21 F 0.033 0.002 0.794 0.072 0.067 0.031 22 N 0.034 0.001 0.812 0.040 0.090 0.023 23 T 0.037 0.003 0.812 0.045 0.088 0.014 24 F 0.077 0.044 0.210 0.064 0.574 0.032 25 R 0.038 0.008 0.029 0.036 0.838 0.051 26 G 0.010 0.001 0.008 0.012 0.869 0.099 27 R 0.530 0.015 0.002 0.005 0.363 0.085 28 A 0.903 0.004 0.001 0.004 0.015 0.074 29 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 30 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 I 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 32 E 0.959 0.001 0.001 0.016 0.008 0.016 33 N 0.705 0.002 0.004 0.066 0.080 0.143 34 V 0.382 0.015 0.029 0.099 0.198 0.277 35 A 0.167 0.016 0.120 0.155 0.320 0.222 36 S 0.142 0.015 0.164 0.154 0.395 0.131 37 L 0.125 0.010 0.104 0.144 0.480 0.135 38 C 0.092 0.019 0.069 0.087 0.541 0.190 39 G 0.090 0.013 0.041 0.037 0.544 0.276 40 T 0.070 0.030 0.045 0.034 0.503 0.318 41 T 0.040 0.049 0.025 0.031 0.451 0.404 42 T 0.021 0.016 0.043 0.067 0.561 0.291 43 R 0.009 0.006 0.156 0.138 0.481 0.210 44 D 0.013 0.008 0.068 0.123 0.466 0.321 45 F 0.002 0.001 0.097 0.768 0.098 0.033 46 T 0.001 0.001 0.030 0.911 0.037 0.020 47 Q 0.001 0.001 0.016 0.957 0.019 0.006 48 L 0.001 0.001 0.014 0.973 0.008 0.004 49 N 0.001 0.001 0.010 0.979 0.007 0.003 50 E 0.001 0.001 0.017 0.963 0.013 0.005 51 L 0.001 0.001 0.015 0.955 0.015 0.014 52 Q 0.002 0.001 0.024 0.926 0.030 0.017 53 C 0.003 0.003 0.015 0.873 0.066 0.040 54 R 0.005 0.005 0.014 0.765 0.102 0.108 55 F 0.007 0.004 0.010 0.085 0.410 0.484 56 P 0.005 0.003 0.032 0.013 0.796 0.153 57 R 0.015 0.002 0.039 0.004 0.839 0.101 58 R 0.065 0.003 0.024 0.004 0.722 0.183 59 L 0.752 0.007 0.002 0.001 0.132 0.107 60 V 0.956 0.001 0.001 0.001 0.006 0.037 61 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 62 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 63 G 0.947 0.002 0.001 0.001 0.010 0.040 64 F 0.638 0.007 0.003 0.002 0.068 0.283 65 P 0.245 0.012 0.012 0.003 0.219 0.508 66 C 0.101 0.024 0.091 0.014 0.372 0.398 67 N 0.049 0.034 0.165 0.030 0.510 0.213 68 Q 0.023 0.024 0.271 0.076 0.480 0.126 69 F 0.010 0.010 0.180 0.064 0.652 0.084 70 G 0.007 0.003 0.167 0.054 0.673 0.096 71 H 0.008 0.007 0.128 0.043 0.630 0.184 72 Q 0.040 0.092 0.073 0.032 0.547 0.216 73 E 0.058 0.055 0.037 0.029 0.468 0.353 74 N 0.029 0.021 0.037 0.063 0.475 0.375 75 C 0.026 0.017 0.017 0.047 0.357 0.536 76 Q 0.022 0.016 0.010 0.156 0.203 0.593 77 N 0.002 0.001 0.015 0.849 0.057 0.077 78 E 0.001 0.001 0.009 0.974 0.012 0.004 79 E 0.002 0.001 0.013 0.966 0.015 0.004 80 I 0.008 0.001 0.015 0.937 0.027 0.012 81 L 0.019 0.001 0.021 0.887 0.048 0.023 82 N 0.030 0.001 0.020 0.839 0.069 0.041 83 S 0.059 0.002 0.011 0.812 0.052 0.063 84 L 0.096 0.002 0.012 0.806 0.041 0.042 85 K 0.195 0.003 0.011 0.675 0.054 0.063 86 Y 0.345 0.007 0.011 0.459 0.066 0.112 87 V 0.299 0.023 0.007 0.238 0.118 0.316 88 R 0.233 0.017 0.015 0.060 0.295 0.381 89 P 0.123 0.014 0.029 0.024 0.488 0.322 90 G 0.061 0.026 0.055 0.018 0.651 0.189 91 G 0.047 0.013 0.041 0.010 0.703 0.186 92 G 0.047 0.007 0.015 0.006 0.510 0.415 93 Y 0.174 0.054 0.007 0.007 0.314 0.443 94 Q 0.249 0.021 0.003 0.003 0.193 0.531 95 P 0.510 0.022 0.005 0.004 0.101 0.357 96 T 0.596 0.023 0.006 0.003 0.072 0.300 97 F 0.763 0.014 0.012 0.002 0.056 0.153 98 T 0.735 0.010 0.011 0.002 0.070 0.172 99 L 0.777 0.011 0.022 0.003 0.074 0.114 100 V 0.791 0.005 0.010 0.003 0.082 0.109 101 Q 0.845 0.004 0.007 0.004 0.053 0.087 102 K 0.877 0.003 0.006 0.008 0.039 0.067 103 C 0.895 0.004 0.004 0.011 0.036 0.050 104 E 0.919 0.006 0.003 0.009 0.046 0.017 105 V 0.760 0.013 0.006 0.021 0.135 0.066 106 N 0.262 0.016 0.011 0.036 0.463 0.212 107 G 0.085 0.009 0.004 0.004 0.837 0.061 108 Q 0.024 0.008 0.097 0.049 0.715 0.108 109 N 0.015 0.005 0.133 0.063 0.693 0.091 110 E 0.049 0.021 0.143 0.168 0.502 0.117 111 H 0.040 0.015 0.012 0.240 0.109 0.583 112 P 0.025 0.011 0.014 0.790 0.055 0.104 113 V 0.006 0.001 0.016 0.954 0.015 0.009 114 F 0.008 0.001 0.022 0.946 0.018 0.005 115 A 0.005 0.001 0.032 0.942 0.017 0.003 116 Y 0.003 0.001 0.017 0.964 0.012 0.004 117 L 0.002 0.001 0.011 0.961 0.013 0.012 118 K 0.002 0.001 0.023 0.930 0.026 0.018 119 D 0.003 0.002 0.023 0.863 0.057 0.053 120 K 0.008 0.009 0.036 0.449 0.203 0.295 121 L 0.009 0.009 0.011 0.037 0.328 0.606 122 P 0.011 0.010 0.012 0.009 0.349 0.609 123 Y 0.024 0.025 0.016 0.005 0.377 0.552 124 P 0.032 0.045 0.022 0.008 0.549 0.344 125 Y 0.031 0.038 0.039 0.019 0.512 0.360 126 D 0.027 0.024 0.029 0.021 0.570 0.330 127 D 0.027 0.016 0.040 0.033 0.609 0.276 128 P 0.034 0.019 0.093 0.087 0.492 0.274 129 F 0.087 0.043 0.139 0.116 0.398 0.217 130 S 0.130 0.045 0.135 0.120 0.358 0.211 131 L 0.167 0.036 0.114 0.135 0.323 0.225 132 M 0.156 0.033 0.057 0.110 0.332 0.312 133 T 0.134 0.034 0.036 0.091 0.301 0.403 134 D 0.058 0.013 0.024 0.038 0.427 0.439 135 P 0.030 0.006 0.205 0.158 0.419 0.181 136 K 0.079 0.009 0.271 0.157 0.347 0.136 137 L 0.198 0.020 0.251 0.204 0.240 0.087 138 I 0.390 0.027 0.070 0.196 0.161 0.156 139 I 0.453 0.033 0.029 0.152 0.148 0.185 140 W 0.325 0.029 0.027 0.151 0.223 0.243 141 S 0.159 0.009 0.028 0.068 0.374 0.362 142 P 0.094 0.009 0.062 0.064 0.404 0.368 143 V 0.161 0.056 0.064 0.066 0.286 0.367 144 R 0.155 0.046 0.049 0.065 0.425 0.260 145 R 0.051 0.010 0.155 0.190 0.417 0.177 146 S 0.045 0.006 0.113 0.194 0.411 0.231 147 D 0.072 0.012 0.100 0.261 0.349 0.207 148 V 0.084 0.010 0.030 0.409 0.186 0.280 149 A 0.224 0.029 0.021 0.276 0.163 0.287 150 W 0.336 0.018 0.021 0.337 0.133 0.155 151 N 0.464 0.020 0.020 0.173 0.135 0.188 152 F 0.588 0.005 0.027 0.116 0.151 0.113 153 E 0.615 0.005 0.030 0.152 0.093 0.105 154 K 0.652 0.006 0.032 0.169 0.066 0.075 155 F 0.746 0.005 0.018 0.097 0.054 0.080 156 L 0.809 0.005 0.013 0.053 0.035 0.086 157 I 0.673 0.059 0.005 0.036 0.035 0.191 158 G 0.125 0.015 0.003 0.003 0.843 0.012 159 P 0.004 0.001 0.014 0.001 0.977 0.005 160 E 0.001 0.001 0.021 0.001 0.974 0.003 161 G 0.036 0.016 0.018 0.001 0.924 0.005 162 E 0.303 0.033 0.004 0.003 0.096 0.562 163 P 0.749 0.072 0.005 0.003 0.036 0.134 164 F 0.755 0.013 0.022 0.008 0.059 0.142 165 R 0.770 0.008 0.024 0.009 0.066 0.124 166 R 0.729 0.009 0.037 0.011 0.082 0.133 167 Y 0.523 0.049 0.027 0.026 0.137 0.238 168 S 0.224 0.017 0.028 0.011 0.584 0.136 169 R 0.081 0.007 0.042 0.013 0.693 0.163 170 T 0.040 0.015 0.042 0.023 0.658 0.222 171 F 0.102 0.077 0.018 0.010 0.495 0.298 172 P 0.064 0.040 0.010 0.008 0.238 0.639 173 T 0.018 0.012 0.477 0.061 0.275 0.158 174 I 0.013 0.003 0.516 0.104 0.222 0.141 175 N 0.012 0.007 0.518 0.098 0.232 0.133 176 I 0.001 0.002 0.187 0.623 0.091 0.096 177 E 0.002 0.001 0.020 0.869 0.042 0.067 178 P 0.001 0.001 0.019 0.946 0.022 0.011 179 D 0.001 0.001 0.014 0.961 0.015 0.009 180 I 0.001 0.001 0.020 0.968 0.009 0.003 181 K 0.001 0.001 0.027 0.963 0.008 0.002 182 R 0.001 0.001 0.013 0.968 0.012 0.008 183 L 0.001 0.001 0.011 0.923 0.018 0.046 184 L 0.001 0.002 0.004 0.863 0.021 0.110 185 K 0.001 0.001 0.001 0.031 0.020 0.949