# TARGET T0345 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6718 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.116 0.092 0.017 0.018 0.046 0.054 0.080 0.008 0.006 0.063 0.500 2 I 0.121 0.093 0.004 0.015 0.034 0.049 0.091 0.011 0.002 0.054 0.527 3 A 0.146 0.081 0.005 0.019 0.021 0.030 0.085 0.007 0.002 0.047 0.556 4 K 0.051 0.016 0.007 0.027 0.030 0.059 0.124 0.005 0.003 0.052 0.627 5 S 0.032 0.015 0.001 0.026 0.081 0.158 0.103 0.007 0.001 0.056 0.519 6 F 0.041 0.008 0.003 0.047 0.045 0.079 0.107 0.002 0.001 0.065 0.602 7 Y 0.008 0.010 0.002 0.087 0.164 0.240 0.106 0.003 0.001 0.057 0.322 8 D 0.024 0.008 0.002 0.067 0.080 0.191 0.091 0.003 0.001 0.076 0.457 9 L 0.013 0.007 0.001 0.064 0.155 0.203 0.076 0.004 0.001 0.046 0.431 10 S 0.014 0.006 0.001 0.085 0.151 0.375 0.053 0.002 0.001 0.070 0.244 11 A 0.014 0.004 0.002 0.050 0.166 0.278 0.056 0.001 0.001 0.056 0.373 12 I 0.002 0.001 0.003 0.059 0.230 0.291 0.079 0.002 0.002 0.032 0.298 13 N 0.404 0.011 0.006 0.012 0.054 0.072 0.044 0.007 0.006 0.040 0.343 14 L 0.489 0.001 0.002 0.006 0.009 0.011 0.042 0.006 0.001 0.056 0.377 15 D 0.011 0.001 0.001 0.003 0.004 0.012 0.069 0.002 0.001 0.013 0.883 16 G 0.019 0.004 0.001 0.014 0.012 0.027 0.113 0.001 0.001 0.015 0.795 17 E 0.001 0.002 0.001 0.029 0.420 0.292 0.053 0.002 0.001 0.022 0.178 18 K 0.005 0.003 0.001 0.042 0.119 0.211 0.055 0.001 0.001 0.074 0.489 19 V 0.003 0.005 0.001 0.092 0.393 0.186 0.039 0.001 0.001 0.039 0.242 20 D 0.023 0.036 0.002 0.068 0.153 0.292 0.061 0.004 0.001 0.079 0.281 21 F 0.073 0.030 0.007 0.062 0.136 0.180 0.045 0.005 0.003 0.107 0.352 22 N 0.049 0.009 0.007 0.044 0.143 0.181 0.075 0.005 0.006 0.077 0.404 23 T 0.184 0.007 0.003 0.019 0.067 0.114 0.091 0.007 0.003 0.060 0.445 24 F 0.260 0.002 0.003 0.023 0.038 0.034 0.083 0.005 0.002 0.044 0.505 25 R 0.015 0.002 0.001 0.045 0.019 0.027 0.137 0.001 0.001 0.011 0.743 26 G 0.003 0.002 0.001 0.042 0.018 0.030 0.107 0.001 0.001 0.017 0.778 27 R 0.003 0.004 0.001 0.352 0.153 0.058 0.085 0.001 0.001 0.070 0.273 28 A 0.001 0.003 0.001 0.603 0.064 0.080 0.030 0.001 0.001 0.045 0.174 29 V 0.001 0.001 0.001 0.778 0.067 0.046 0.010 0.001 0.001 0.039 0.059 30 L 0.001 0.001 0.001 0.896 0.032 0.023 0.007 0.001 0.001 0.014 0.028 31 I 0.004 0.004 0.001 0.757 0.055 0.083 0.015 0.001 0.001 0.033 0.047 32 E 0.056 0.005 0.001 0.584 0.026 0.048 0.052 0.003 0.001 0.070 0.153 33 N 0.028 0.012 0.003 0.348 0.029 0.080 0.116 0.005 0.003 0.138 0.238 34 V 0.116 0.021 0.004 0.123 0.034 0.087 0.162 0.004 0.004 0.104 0.341 35 A 0.045 0.009 0.008 0.130 0.086 0.112 0.148 0.005 0.004 0.070 0.383 36 S 0.068 0.006 0.002 0.038 0.042 0.071 0.146 0.005 0.001 0.076 0.544 37 L 0.086 0.009 0.002 0.043 0.026 0.055 0.121 0.007 0.001 0.111 0.541 38 C 0.036 0.004 0.001 0.019 0.016 0.033 0.176 0.002 0.001 0.049 0.664 39 G 0.025 0.007 0.001 0.025 0.036 0.069 0.205 0.004 0.001 0.058 0.569 40 T 0.042 0.015 0.001 0.019 0.016 0.022 0.144 0.003 0.001 0.051 0.684 41 T 0.133 0.064 0.001 0.014 0.012 0.023 0.131 0.027 0.001 0.077 0.518 42 T 0.120 0.050 0.002 0.011 0.002 0.005 0.088 0.002 0.001 0.371 0.347 43 R 0.008 0.157 0.004 0.013 0.007 0.012 0.097 0.005 0.001 0.260 0.437 44 D 0.064 0.769 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.008 0.001 0.028 0.111 45 F 0.030 0.317 0.007 0.006 0.003 0.002 0.020 0.007 0.001 0.477 0.129 46 T 0.010 0.836 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.004 0.001 0.047 0.082 47 Q 0.007 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.003 0.024 48 L 0.018 0.901 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.002 0.014 0.031 49 N 0.051 0.795 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 0.002 0.042 0.088 50 E 0.044 0.334 0.124 0.004 0.001 0.002 0.048 0.021 0.052 0.207 0.164 51 L 0.335 0.155 0.037 0.006 0.001 0.003 0.073 0.071 0.016 0.126 0.177 52 Q 0.150 0.015 0.003 0.008 0.002 0.005 0.089 0.003 0.003 0.071 0.650 53 C 0.015 0.003 0.001 0.008 0.003 0.005 0.118 0.001 0.001 0.022 0.824 54 R 0.017 0.002 0.004 0.018 0.002 0.007 0.123 0.002 0.002 0.044 0.780 55 F 0.227 0.002 0.001 0.010 0.010 0.013 0.158 0.030 0.001 0.104 0.444 56 P 0.093 0.003 0.001 0.022 0.001 0.003 0.097 0.001 0.001 0.027 0.751 57 R 0.006 0.001 0.001 0.054 0.012 0.025 0.121 0.001 0.001 0.023 0.755 58 R 0.004 0.002 0.001 0.309 0.056 0.086 0.092 0.001 0.001 0.052 0.398 59 L 0.001 0.001 0.001 0.601 0.067 0.069 0.039 0.001 0.001 0.038 0.182 60 V 0.001 0.001 0.001 0.717 0.101 0.093 0.009 0.001 0.001 0.032 0.046 61 V 0.006 0.001 0.001 0.513 0.105 0.098 0.028 0.001 0.001 0.039 0.210 62 L 0.001 0.001 0.001 0.505 0.099 0.125 0.040 0.001 0.001 0.013 0.215 63 G 0.011 0.002 0.001 0.218 0.069 0.134 0.075 0.001 0.001 0.048 0.442 64 F 0.013 0.009 0.002 0.130 0.135 0.137 0.122 0.005 0.003 0.058 0.386 65 P 0.365 0.118 0.009 0.025 0.024 0.033 0.068 0.011 0.010 0.046 0.291 66 C 0.380 0.066 0.012 0.013 0.021 0.024 0.058 0.015 0.005 0.069 0.337 67 N 0.069 0.028 0.002 0.009 0.021 0.041 0.092 0.006 0.001 0.031 0.700 68 Q 0.109 0.043 0.008 0.021 0.015 0.041 0.087 0.007 0.002 0.054 0.613 69 F 0.108 0.025 0.001 0.015 0.049 0.047 0.095 0.008 0.001 0.053 0.597 70 G 0.030 0.012 0.001 0.009 0.050 0.085 0.091 0.001 0.001 0.024 0.697 71 H 0.005 0.012 0.004 0.021 0.046 0.078 0.135 0.003 0.002 0.022 0.674 72 Q 0.236 0.046 0.003 0.015 0.043 0.050 0.088 0.025 0.002 0.058 0.433 73 E 0.324 0.025 0.001 0.010 0.015 0.017 0.079 0.014 0.001 0.067 0.450 74 N 0.013 0.003 0.001 0.011 0.005 0.010 0.095 0.001 0.001 0.012 0.850 75 C 0.001 0.007 0.001 0.039 0.009 0.016 0.107 0.001 0.001 0.021 0.799 76 Q 0.007 0.463 0.001 0.010 0.015 0.007 0.061 0.007 0.001 0.018 0.410 77 N 0.100 0.870 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.004 0.014 78 E 0.033 0.213 0.003 0.002 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.665 0.072 79 E 0.013 0.110 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.003 0.001 0.771 0.075 80 I 0.089 0.712 0.005 0.001 0.001 0.001 0.011 0.027 0.001 0.082 0.072 81 L 0.069 0.585 0.026 0.004 0.001 0.003 0.023 0.017 0.012 0.059 0.202 82 N 0.093 0.443 0.003 0.004 0.002 0.006 0.051 0.004 0.002 0.033 0.360 83 S 0.077 0.367 0.011 0.008 0.002 0.010 0.063 0.020 0.005 0.098 0.340 84 L 0.152 0.180 0.019 0.018 0.005 0.012 0.117 0.032 0.006 0.159 0.302 85 K 0.094 0.041 0.002 0.036 0.007 0.022 0.123 0.002 0.001 0.101 0.571 86 Y 0.006 0.006 0.002 0.042 0.009 0.021 0.159 0.001 0.001 0.059 0.693 87 V 0.043 0.005 0.013 0.096 0.024 0.043 0.161 0.005 0.005 0.167 0.439 88 R 0.175 0.002 0.010 0.048 0.013 0.026 0.100 0.009 0.006 0.155 0.456 89 P 0.166 0.001 0.001 0.006 0.003 0.006 0.060 0.004 0.001 0.032 0.721 90 G 0.068 0.001 0.001 0.005 0.002 0.005 0.064 0.002 0.001 0.023 0.832 91 G 0.011 0.001 0.001 0.005 0.005 0.008 0.090 0.002 0.001 0.016 0.863 92 G 0.007 0.001 0.001 0.018 0.022 0.036 0.124 0.002 0.001 0.018 0.772 93 Y 0.008 0.001 0.001 0.033 0.055 0.047 0.060 0.001 0.001 0.024 0.771 94 Q 0.007 0.001 0.001 0.053 0.077 0.061 0.087 0.001 0.001 0.019 0.693 95 P 0.002 0.001 0.001 0.036 0.051 0.032 0.061 0.001 0.001 0.005 0.812 96 T 0.015 0.002 0.001 0.081 0.071 0.056 0.095 0.004 0.001 0.012 0.662 97 F 0.018 0.001 0.001 0.045 0.057 0.066 0.108 0.021 0.001 0.025 0.656 98 T 0.042 0.006 0.006 0.196 0.058 0.095 0.087 0.002 0.003 0.037 0.468 99 L 0.049 0.005 0.002 0.139 0.094 0.247 0.064 0.006 0.001 0.034 0.359 100 V 0.043 0.004 0.002 0.108 0.109 0.153 0.072 0.001 0.001 0.033 0.475 101 Q 0.004 0.001 0.001 0.173 0.181 0.305 0.052 0.001 0.001 0.021 0.263 102 K 0.004 0.001 0.001 0.082 0.136 0.227 0.067 0.001 0.001 0.041 0.440 103 C 0.003 0.001 0.001 0.135 0.290 0.161 0.055 0.001 0.001 0.024 0.330 104 E 0.024 0.001 0.001 0.130 0.118 0.131 0.085 0.001 0.001 0.049 0.460 105 V 0.013 0.001 0.001 0.032 0.052 0.046 0.102 0.004 0.001 0.026 0.724 106 N 0.032 0.002 0.001 0.034 0.019 0.026 0.134 0.006 0.001 0.031 0.716 107 G 0.097 0.021 0.001 0.037 0.007 0.017 0.134 0.009 0.001 0.057 0.622 108 Q 0.122 0.032 0.002 0.040 0.008 0.013 0.119 0.003 0.001 0.173 0.487 109 N 0.014 0.212 0.003 0.026 0.020 0.026 0.093 0.004 0.001 0.133 0.467 110 E 0.012 0.786 0.001 0.003 0.005 0.006 0.018 0.003 0.001 0.023 0.144 111 H 0.010 0.890 0.001 0.004 0.005 0.004 0.009 0.003 0.001 0.025 0.048 112 P 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.017 113 V 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 114 F 0.015 0.937 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.001 0.016 0.017 115 A 0.017 0.738 0.007 0.003 0.002 0.003 0.014 0.003 0.003 0.156 0.053 116 Y 0.060 0.210 0.153 0.009 0.003 0.004 0.059 0.017 0.050 0.292 0.142 117 L 0.339 0.056 0.060 0.018 0.004 0.007 0.058 0.045 0.022 0.201 0.188 118 K 0.119 0.005 0.003 0.015 0.003 0.011 0.079 0.002 0.003 0.053 0.705 119 D 0.010 0.001 0.001 0.012 0.003 0.010 0.067 0.001 0.001 0.015 0.882 120 K 0.021 0.001 0.001 0.008 0.003 0.007 0.082 0.001 0.001 0.020 0.856 121 L 0.024 0.001 0.001 0.005 0.016 0.017 0.132 0.011 0.001 0.042 0.752 122 P 0.024 0.001 0.001 0.009 0.002 0.004 0.098 0.001 0.001 0.012 0.849 123 Y 0.052 0.001 0.001 0.016 0.010 0.025 0.142 0.020 0.001 0.038 0.695 124 P 0.206 0.007 0.001 0.019 0.005 0.008 0.094 0.001 0.001 0.041 0.618 125 Y 0.006 0.002 0.001 0.024 0.011 0.030 0.146 0.001 0.001 0.021 0.757 126 D 0.038 0.018 0.002 0.020 0.009 0.011 0.108 0.002 0.001 0.027 0.766 127 D 0.284 0.074 0.002 0.016 0.023 0.020 0.114 0.021 0.001 0.105 0.341 128 P 0.098 0.080 0.002 0.012 0.006 0.012 0.124 0.005 0.001 0.063 0.597 129 F 0.108 0.034 0.005 0.021 0.019 0.042 0.116 0.007 0.001 0.068 0.580 130 S 0.072 0.045 0.001 0.022 0.036 0.077 0.136 0.011 0.001 0.091 0.508 131 L 0.089 0.016 0.001 0.023 0.028 0.059 0.105 0.001 0.001 0.057 0.620 132 M 0.007 0.013 0.003 0.037 0.083 0.110 0.149 0.001 0.001 0.031 0.563 133 T 0.019 0.017 0.003 0.010 0.032 0.045 0.111 0.004 0.002 0.016 0.740 134 D 0.709 0.078 0.002 0.004 0.009 0.008 0.027 0.035 0.001 0.040 0.087 135 P 0.221 0.079 0.003 0.008 0.003 0.007 0.079 0.007 0.001 0.045 0.545 136 K 0.042 0.077 0.005 0.027 0.018 0.073 0.107 0.005 0.001 0.025 0.619 137 L 0.056 0.034 0.002 0.044 0.107 0.167 0.095 0.007 0.001 0.046 0.442 138 I 0.056 0.009 0.001 0.037 0.135 0.104 0.084 0.002 0.001 0.040 0.532 139 I 0.009 0.011 0.001 0.046 0.124 0.137 0.106 0.001 0.001 0.019 0.545 140 W 0.015 0.026 0.001 0.016 0.043 0.060 0.095 0.005 0.001 0.014 0.723 141 S 0.206 0.150 0.005 0.015 0.054 0.053 0.090 0.047 0.004 0.080 0.296 142 P 0.171 0.050 0.015 0.012 0.014 0.022 0.066 0.006 0.006 0.065 0.574 143 V 0.105 0.041 0.008 0.019 0.021 0.045 0.077 0.005 0.003 0.055 0.621 144 R 0.326 0.049 0.003 0.012 0.022 0.024 0.061 0.008 0.001 0.053 0.442 145 R 0.079 0.046 0.003 0.024 0.012 0.019 0.108 0.005 0.001 0.028 0.675 146 S 0.019 0.020 0.001 0.020 0.051 0.060 0.100 0.006 0.001 0.025 0.698 147 D 0.030 0.024 0.002 0.061 0.069 0.088 0.127 0.004 0.001 0.055 0.539 148 V 0.021 0.027 0.003 0.104 0.087 0.105 0.109 0.004 0.001 0.062 0.478 149 A 0.089 0.012 0.005 0.121 0.098 0.118 0.088 0.004 0.002 0.104 0.358 150 W 0.033 0.008 0.002 0.154 0.054 0.078 0.103 0.004 0.001 0.050 0.514 151 N 0.082 0.018 0.003 0.190 0.046 0.083 0.122 0.005 0.002 0.059 0.392 152 F 0.034 0.009 0.003 0.177 0.045 0.090 0.131 0.008 0.001 0.054 0.448 153 E 0.026 0.006 0.001 0.076 0.070 0.098 0.110 0.005 0.001 0.059 0.549 154 K 0.014 0.009 0.001 0.195 0.127 0.228 0.078 0.004 0.001 0.043 0.301 155 F 0.008 0.002 0.001 0.173 0.075 0.183 0.081 0.001 0.001 0.055 0.421 156 L 0.003 0.003 0.002 0.180 0.277 0.297 0.053 0.001 0.001 0.039 0.145 157 I 0.015 0.002 0.009 0.153 0.067 0.151 0.084 0.002 0.008 0.038 0.472 158 G 0.766 0.007 0.002 0.014 0.011 0.019 0.023 0.022 0.002 0.050 0.083 159 P 0.293 0.002 0.002 0.008 0.001 0.004 0.061 0.001 0.001 0.036 0.590 160 E 0.002 0.001 0.001 0.015 0.016 0.069 0.108 0.001 0.001 0.010 0.778 161 G 0.004 0.002 0.001 0.016 0.152 0.224 0.091 0.001 0.001 0.039 0.471 162 E 0.003 0.001 0.001 0.023 0.462 0.189 0.043 0.001 0.001 0.040 0.237 163 P 0.003 0.003 0.001 0.040 0.203 0.368 0.039 0.001 0.001 0.029 0.313 164 F 0.008 0.002 0.001 0.027 0.280 0.399 0.023 0.001 0.001 0.043 0.217 165 R 0.009 0.002 0.001 0.074 0.229 0.324 0.035 0.001 0.001 0.067 0.257 166 R 0.012 0.001 0.002 0.059 0.203 0.293 0.052 0.001 0.001 0.066 0.309 167 Y 0.035 0.001 0.001 0.078 0.123 0.196 0.071 0.005 0.001 0.058 0.430 168 S 0.089 0.001 0.001 0.044 0.045 0.056 0.089 0.002 0.001 0.045 0.628 169 R 0.013 0.001 0.001 0.022 0.067 0.072 0.092 0.001 0.001 0.023 0.710 170 T 0.002 0.001 0.001 0.010 0.023 0.033 0.095 0.001 0.001 0.009 0.826 171 F 0.022 0.001 0.001 0.013 0.044 0.030 0.135 0.010 0.001 0.026 0.720 172 P 0.269 0.014 0.001 0.019 0.011 0.010 0.108 0.020 0.001 0.058 0.489 173 T 0.166 0.015 0.001 0.009 0.004 0.008 0.091 0.006 0.001 0.026 0.676 174 I 0.056 0.005 0.001 0.018 0.010 0.021 0.132 0.002 0.001 0.030 0.725 175 N 0.009 0.027 0.001 0.044 0.017 0.029 0.166 0.001 0.001 0.051 0.656 176 I 0.016 0.456 0.002 0.017 0.016 0.013 0.061 0.005 0.001 0.023 0.392 177 E 0.072 0.817 0.001 0.002 0.003 0.002 0.012 0.015 0.001 0.008 0.066 178 P 0.018 0.782 0.002 0.004 0.001 0.002 0.018 0.004 0.001 0.040 0.129 179 D 0.016 0.891 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.002 0.028 0.041 180 I 0.084 0.825 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 0.001 0.014 0.034 181 K 0.085 0.528 0.022 0.005 0.003 0.005 0.030 0.017 0.016 0.095 0.196 182 R 0.137 0.175 0.020 0.008 0.004 0.007 0.079 0.005 0.009 0.108 0.449 183 L 0.102 0.105 0.017 0.013 0.004 0.010 0.102 0.014 0.008 0.103 0.522 184 L 0.198 0.055 0.013 0.010 0.004 0.008 0.106 0.010 0.006 0.060 0.529 185 K 0.077 0.028 0.003 0.013 0.004 0.009 0.089 0.003 0.002 0.025 0.748