# TARGET T0345 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6718 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.038 0.023 0.041 0.051 0.103 0.166 0.523 2 I 0.078 0.050 0.020 0.031 0.039 0.105 0.152 0.526 3 A 0.095 0.050 0.010 0.017 0.034 0.103 0.054 0.638 4 K 0.033 0.024 0.019 0.021 0.033 0.095 0.051 0.725 5 S 0.087 0.061 0.043 0.043 0.083 0.125 0.073 0.484 6 F 0.047 0.023 0.055 0.038 0.061 0.114 0.090 0.572 7 Y 0.025 0.021 0.085 0.089 0.108 0.114 0.069 0.490 8 D 0.049 0.022 0.050 0.050 0.115 0.089 0.086 0.539 9 L 0.021 0.012 0.056 0.109 0.130 0.092 0.063 0.516 10 S 0.027 0.012 0.086 0.183 0.254 0.073 0.045 0.321 11 A 0.026 0.006 0.042 0.126 0.172 0.084 0.056 0.488 12 I 0.013 0.003 0.076 0.148 0.147 0.088 0.040 0.486 13 N 0.298 0.004 0.020 0.029 0.046 0.073 0.049 0.481 14 L 0.373 0.004 0.010 0.018 0.015 0.065 0.044 0.472 15 D 0.047 0.003 0.009 0.011 0.038 0.089 0.010 0.795 16 G 0.016 0.001 0.010 0.016 0.062 0.069 0.017 0.808 17 E 0.005 0.003 0.032 0.271 0.262 0.083 0.018 0.327 18 K 0.004 0.001 0.023 0.079 0.145 0.059 0.022 0.668 19 V 0.009 0.003 0.034 0.294 0.145 0.058 0.049 0.407 20 D 0.072 0.022 0.042 0.141 0.125 0.058 0.096 0.445 21 F 0.211 0.044 0.016 0.087 0.092 0.055 0.093 0.402 22 N 0.025 0.011 0.039 0.118 0.175 0.070 0.076 0.486 23 T 0.190 0.006 0.016 0.033 0.077 0.096 0.065 0.517 24 F 0.446 0.005 0.012 0.035 0.036 0.069 0.065 0.331 25 R 0.012 0.002 0.017 0.017 0.070 0.152 0.012 0.718 26 G 0.002 0.001 0.038 0.020 0.148 0.129 0.023 0.638 27 R 0.001 0.001 0.114 0.367 0.269 0.063 0.046 0.138 28 A 0.001 0.001 0.393 0.209 0.235 0.021 0.047 0.092 29 V 0.001 0.002 0.429 0.212 0.275 0.006 0.042 0.032 30 L 0.001 0.004 0.601 0.164 0.186 0.004 0.023 0.017 31 I 0.005 0.015 0.534 0.180 0.194 0.012 0.030 0.030 32 E 0.011 0.022 0.441 0.151 0.182 0.033 0.091 0.069 33 N 0.054 0.104 0.240 0.077 0.116 0.091 0.135 0.183 34 V 0.149 0.081 0.159 0.031 0.064 0.113 0.105 0.298 35 A 0.101 0.042 0.071 0.049 0.089 0.118 0.143 0.388 36 S 0.136 0.015 0.024 0.025 0.045 0.087 0.104 0.563 37 L 0.049 0.008 0.014 0.038 0.058 0.139 0.122 0.570 38 C 0.016 0.009 0.015 0.017 0.044 0.151 0.060 0.689 39 G 0.030 0.021 0.018 0.036 0.073 0.198 0.024 0.599 40 T 0.016 0.022 0.020 0.030 0.033 0.095 0.037 0.748 41 T 0.211 0.457 0.011 0.013 0.016 0.044 0.089 0.159 42 T 0.200 0.216 0.017 0.009 0.011 0.067 0.211 0.270 43 R 0.029 0.240 0.024 0.017 0.013 0.077 0.209 0.393 44 D 0.049 0.813 0.003 0.001 0.002 0.014 0.031 0.086 45 F 0.072 0.641 0.010 0.005 0.007 0.030 0.119 0.117 46 T 0.016 0.799 0.009 0.007 0.008 0.021 0.038 0.103 47 Q 0.024 0.869 0.003 0.001 0.002 0.010 0.034 0.057 48 L 0.016 0.902 0.008 0.002 0.002 0.008 0.037 0.025 49 N 0.028 0.895 0.005 0.002 0.003 0.006 0.030 0.031 50 E 0.103 0.606 0.031 0.005 0.005 0.021 0.112 0.116 51 L 0.221 0.324 0.046 0.013 0.014 0.044 0.160 0.178 52 Q 0.260 0.040 0.022 0.012 0.009 0.041 0.170 0.446 53 C 0.023 0.014 0.007 0.007 0.009 0.073 0.043 0.825 54 R 0.007 0.002 0.018 0.005 0.008 0.113 0.031 0.815 55 F 0.194 0.004 0.011 0.009 0.008 0.129 0.048 0.595 56 P 0.276 0.006 0.012 0.003 0.004 0.082 0.054 0.563 57 R 0.015 0.004 0.070 0.007 0.024 0.210 0.019 0.651 58 R 0.002 0.002 0.319 0.021 0.107 0.113 0.075 0.361 59 L 0.001 0.001 0.407 0.131 0.133 0.050 0.083 0.193 60 V 0.001 0.001 0.754 0.094 0.079 0.012 0.031 0.027 61 V 0.003 0.001 0.509 0.127 0.133 0.026 0.053 0.147 62 L 0.002 0.001 0.762 0.062 0.091 0.016 0.019 0.047 63 G 0.008 0.002 0.343 0.085 0.195 0.080 0.069 0.219 64 F 0.034 0.006 0.226 0.087 0.089 0.164 0.060 0.333 65 P 0.230 0.039 0.056 0.030 0.047 0.129 0.099 0.369 66 C 0.100 0.037 0.034 0.009 0.020 0.171 0.068 0.561 67 N 0.082 0.047 0.038 0.017 0.035 0.158 0.060 0.563 68 Q 0.092 0.055 0.032 0.023 0.034 0.147 0.060 0.557 69 F 0.090 0.067 0.034 0.029 0.046 0.140 0.043 0.550 70 G 0.101 0.058 0.033 0.032 0.064 0.104 0.121 0.488 71 H 0.056 0.034 0.030 0.056 0.084 0.111 0.135 0.494 72 Q 0.102 0.023 0.023 0.041 0.050 0.104 0.051 0.605 73 E 0.129 0.026 0.018 0.035 0.046 0.125 0.065 0.555 74 N 0.035 0.033 0.007 0.007 0.017 0.134 0.018 0.748 75 C 0.021 0.072 0.006 0.011 0.015 0.124 0.014 0.738 76 Q 0.033 0.669 0.002 0.004 0.004 0.027 0.019 0.243 77 N 0.034 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.008 78 E 0.026 0.739 0.006 0.005 0.005 0.012 0.144 0.063 79 E 0.023 0.596 0.012 0.012 0.011 0.027 0.236 0.083 80 I 0.091 0.635 0.013 0.005 0.009 0.030 0.142 0.075 81 L 0.130 0.502 0.018 0.013 0.026 0.043 0.086 0.182 82 N 0.096 0.191 0.012 0.016 0.036 0.056 0.066 0.525 83 S 0.068 0.072 0.020 0.021 0.042 0.110 0.121 0.546 84 L 0.065 0.029 0.034 0.071 0.126 0.125 0.088 0.462 85 K 0.048 0.007 0.022 0.075 0.087 0.117 0.040 0.604 86 Y 0.004 0.002 0.037 0.053 0.071 0.106 0.026 0.701 87 V 0.019 0.002 0.062 0.082 0.102 0.136 0.045 0.553 88 R 0.251 0.002 0.039 0.061 0.041 0.099 0.072 0.436 89 P 0.153 0.002 0.011 0.009 0.011 0.081 0.025 0.709 90 G 0.127 0.001 0.009 0.004 0.009 0.071 0.022 0.756 91 G 0.068 0.002 0.015 0.014 0.037 0.151 0.025 0.688 92 G 0.005 0.001 0.019 0.018 0.049 0.079 0.029 0.799 93 Y 0.009 0.002 0.072 0.155 0.225 0.093 0.039 0.405 94 Q 0.011 0.002 0.078 0.157 0.165 0.063 0.074 0.449 95 P 0.006 0.007 0.109 0.208 0.170 0.057 0.041 0.401 96 T 0.020 0.023 0.157 0.060 0.116 0.074 0.047 0.502 97 F 0.075 0.062 0.114 0.181 0.118 0.062 0.089 0.299 98 T 0.053 0.114 0.158 0.093 0.149 0.058 0.083 0.291 99 L 0.083 0.050 0.079 0.074 0.206 0.066 0.159 0.282 100 V 0.081 0.015 0.062 0.135 0.144 0.078 0.159 0.326 101 Q 0.018 0.006 0.030 0.121 0.162 0.072 0.041 0.549 102 K 0.008 0.003 0.041 0.053 0.181 0.122 0.035 0.558 103 C 0.005 0.002 0.074 0.205 0.291 0.094 0.049 0.280 104 E 0.041 0.002 0.075 0.090 0.125 0.103 0.033 0.531 105 V 0.209 0.006 0.032 0.096 0.066 0.089 0.084 0.418 106 N 0.045 0.006 0.019 0.014 0.025 0.119 0.022 0.750 107 G 0.067 0.009 0.014 0.008 0.023 0.083 0.045 0.751 108 Q 0.067 0.024 0.021 0.032 0.025 0.148 0.074 0.608 109 N 0.033 0.105 0.018 0.025 0.033 0.134 0.049 0.602 110 E 0.054 0.351 0.013 0.015 0.026 0.070 0.034 0.438 111 H 0.070 0.655 0.012 0.020 0.026 0.032 0.042 0.143 112 P 0.019 0.792 0.011 0.017 0.024 0.017 0.035 0.085 113 V 0.014 0.870 0.010 0.008 0.019 0.010 0.037 0.033 114 F 0.021 0.876 0.018 0.011 0.012 0.006 0.035 0.022 115 A 0.029 0.668 0.047 0.039 0.035 0.019 0.076 0.086 116 Y 0.059 0.281 0.194 0.032 0.034 0.040 0.202 0.157 117 L 0.369 0.139 0.075 0.035 0.032 0.038 0.141 0.172 118 K 0.442 0.013 0.023 0.010 0.010 0.040 0.045 0.418 119 D 0.015 0.004 0.003 0.003 0.005 0.049 0.010 0.911 120 K 0.011 0.002 0.007 0.003 0.006 0.085 0.008 0.879 121 L 0.056 0.005 0.015 0.017 0.016 0.177 0.041 0.672 122 P 0.048 0.005 0.017 0.012 0.012 0.108 0.026 0.772 123 Y 0.150 0.009 0.024 0.014 0.020 0.106 0.029 0.650 124 P 0.108 0.010 0.024 0.014 0.016 0.136 0.038 0.654 125 Y 0.024 0.008 0.017 0.008 0.013 0.115 0.019 0.796 126 D 0.038 0.011 0.013 0.006 0.009 0.111 0.026 0.786 127 D 0.197 0.095 0.020 0.017 0.015 0.120 0.104 0.432 128 P 0.164 0.094 0.016 0.010 0.019 0.109 0.056 0.531 129 F 0.094 0.032 0.027 0.022 0.043 0.099 0.121 0.563 130 S 0.047 0.027 0.034 0.054 0.087 0.129 0.094 0.529 131 L 0.071 0.021 0.026 0.027 0.053 0.148 0.045 0.608 132 M 0.013 0.012 0.034 0.039 0.063 0.167 0.033 0.637 133 T 0.027 0.020 0.024 0.014 0.025 0.105 0.032 0.753 134 D 0.396 0.145 0.014 0.016 0.017 0.068 0.089 0.255 135 P 0.118 0.099 0.022 0.015 0.021 0.118 0.061 0.546 136 K 0.043 0.064 0.039 0.021 0.051 0.101 0.085 0.597 137 L 0.043 0.043 0.052 0.035 0.062 0.128 0.083 0.554 138 I 0.057 0.036 0.072 0.054 0.064 0.150 0.082 0.484 139 I 0.043 0.053 0.055 0.031 0.055 0.125 0.065 0.574 140 W 0.053 0.058 0.036 0.020 0.031 0.106 0.067 0.629 141 S 0.158 0.114 0.031 0.032 0.032 0.089 0.105 0.438 142 P 0.083 0.065 0.027 0.019 0.031 0.110 0.129 0.536 143 V 0.050 0.036 0.047 0.024 0.029 0.144 0.095 0.575 144 R 0.219 0.057 0.018 0.014 0.022 0.086 0.062 0.521 145 R 0.113 0.051 0.011 0.008 0.012 0.085 0.053 0.667 146 S 0.021 0.053 0.032 0.016 0.037 0.135 0.046 0.659 147 D 0.022 0.049 0.040 0.026 0.048 0.111 0.169 0.535 148 V 0.044 0.180 0.057 0.071 0.057 0.087 0.138 0.367 149 A 0.064 0.180 0.094 0.045 0.091 0.109 0.090 0.327 150 W 0.041 0.090 0.097 0.073 0.098 0.097 0.120 0.384 151 N 0.063 0.144 0.129 0.077 0.136 0.082 0.115 0.253 152 F 0.054 0.059 0.067 0.061 0.186 0.091 0.142 0.340 153 E 0.037 0.014 0.034 0.175 0.227 0.078 0.055 0.381 154 K 0.006 0.003 0.049 0.231 0.362 0.059 0.023 0.265 155 F 0.007 0.004 0.067 0.150 0.318 0.103 0.018 0.333 156 L 0.001 0.001 0.061 0.336 0.474 0.027 0.019 0.080 157 I 0.008 0.001 0.061 0.170 0.196 0.059 0.029 0.476 158 G 0.905 0.002 0.005 0.018 0.015 0.008 0.031 0.018 159 P 0.301 0.002 0.005 0.014 0.014 0.088 0.015 0.560 160 E 0.005 0.001 0.003 0.001 0.012 0.070 0.002 0.906 161 G 0.010 0.003 0.014 0.010 0.044 0.112 0.017 0.790 162 E 0.018 0.008 0.037 0.391 0.171 0.093 0.049 0.234 163 P 0.034 0.019 0.067 0.123 0.161 0.050 0.051 0.495 164 F 0.043 0.011 0.110 0.176 0.195 0.049 0.072 0.344 165 R 0.027 0.007 0.105 0.240 0.245 0.040 0.063 0.272 166 R 0.011 0.004 0.050 0.084 0.134 0.055 0.068 0.595 167 Y 0.062 0.007 0.067 0.130 0.186 0.081 0.067 0.400 168 S 0.207 0.006 0.022 0.074 0.086 0.074 0.048 0.483 169 R 0.016 0.003 0.016 0.025 0.055 0.107 0.019 0.758 170 T 0.011 0.005 0.019 0.021 0.061 0.113 0.023 0.748 171 F 0.029 0.006 0.029 0.068 0.045 0.133 0.054 0.636 172 P 0.115 0.029 0.025 0.029 0.023 0.087 0.082 0.610 173 T 0.327 0.087 0.017 0.011 0.017 0.059 0.093 0.390 174 I 0.055 0.049 0.018 0.011 0.013 0.117 0.042 0.695 175 N 0.018 0.152 0.018 0.010 0.013 0.079 0.055 0.653 176 I 0.038 0.732 0.004 0.003 0.003 0.028 0.028 0.164 177 E 0.057 0.861 0.006 0.002 0.002 0.009 0.034 0.029 178 P 0.019 0.864 0.006 0.002 0.002 0.011 0.032 0.064 179 D 0.018 0.941 0.003 0.001 0.001 0.003 0.019 0.014 180 I 0.026 0.927 0.004 0.001 0.001 0.003 0.026 0.012 181 K 0.069 0.754 0.022 0.002 0.002 0.012 0.057 0.081 182 R 0.164 0.282 0.040 0.005 0.005 0.040 0.207 0.258 183 L 0.171 0.100 0.047 0.006 0.005 0.074 0.273 0.324 184 L 0.096 0.039 0.015 0.004 0.005 0.070 0.087 0.683 185 K 0.035 0.017 0.006 0.002 0.003 0.064 0.027 0.846