# TARGET T0345 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6718 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.371 0.150 0.078 0.115 0.073 0.057 0.055 0.034 0.032 0.021 0.013 2 I 0.235 0.132 0.052 0.105 0.093 0.094 0.107 0.065 0.057 0.037 0.025 3 A 0.162 0.106 0.048 0.111 0.102 0.105 0.128 0.084 0.073 0.048 0.033 4 K 0.224 0.178 0.097 0.188 0.130 0.080 0.053 0.022 0.015 0.008 0.004 5 S 0.122 0.162 0.105 0.200 0.138 0.096 0.077 0.038 0.030 0.019 0.013 6 F 0.038 0.029 0.022 0.069 0.063 0.072 0.122 0.130 0.168 0.158 0.128 7 Y 0.035 0.044 0.035 0.089 0.115 0.145 0.215 0.132 0.105 0.058 0.029 8 D 0.068 0.159 0.148 0.307 0.153 0.074 0.050 0.019 0.013 0.006 0.004 9 L 0.006 0.005 0.005 0.015 0.022 0.044 0.124 0.146 0.218 0.230 0.186 10 S 0.116 0.242 0.132 0.268 0.130 0.054 0.033 0.012 0.007 0.003 0.002 11 A 0.011 0.013 0.009 0.021 0.024 0.041 0.120 0.144 0.228 0.210 0.178 12 I 0.048 0.098 0.094 0.219 0.195 0.143 0.111 0.039 0.027 0.015 0.011 13 N 0.133 0.211 0.087 0.262 0.148 0.076 0.052 0.016 0.010 0.004 0.002 14 L 0.020 0.014 0.011 0.032 0.050 0.085 0.174 0.155 0.177 0.150 0.131 15 D 0.312 0.379 0.074 0.139 0.053 0.022 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 16 G 0.350 0.118 0.030 0.104 0.093 0.084 0.088 0.046 0.039 0.028 0.021 17 E 0.304 0.298 0.086 0.173 0.081 0.033 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 18 K 0.092 0.151 0.086 0.266 0.190 0.116 0.062 0.019 0.010 0.004 0.003 19 V 0.007 0.010 0.006 0.031 0.058 0.114 0.250 0.190 0.169 0.106 0.060 20 D 0.098 0.335 0.115 0.258 0.120 0.046 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 21 F 0.004 0.004 0.003 0.012 0.020 0.034 0.109 0.137 0.215 0.228 0.234 22 N 0.199 0.165 0.067 0.210 0.158 0.103 0.061 0.017 0.011 0.005 0.004 23 T 0.098 0.189 0.121 0.374 0.130 0.050 0.026 0.007 0.003 0.001 0.001 24 F 0.007 0.006 0.005 0.015 0.021 0.046 0.138 0.146 0.206 0.201 0.209 25 R 0.049 0.129 0.116 0.258 0.156 0.119 0.101 0.034 0.022 0.010 0.006 26 G 0.346 0.194 0.108 0.139 0.071 0.047 0.045 0.017 0.016 0.011 0.007 27 R 0.013 0.053 0.065 0.219 0.236 0.183 0.142 0.048 0.025 0.010 0.005 28 A 0.002 0.004 0.004 0.019 0.040 0.084 0.195 0.186 0.202 0.157 0.106 29 V 0.001 0.004 0.005 0.025 0.039 0.074 0.200 0.186 0.193 0.147 0.126 30 L 0.001 0.003 0.004 0.010 0.010 0.019 0.100 0.170 0.254 0.242 0.188 31 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.008 0.038 0.095 0.219 0.293 0.334 32 E 0.003 0.005 0.008 0.023 0.033 0.050 0.134 0.163 0.225 0.199 0.157 33 N 0.003 0.005 0.006 0.024 0.030 0.053 0.150 0.195 0.245 0.189 0.101 34 V 0.004 0.011 0.012 0.035 0.040 0.065 0.160 0.175 0.204 0.165 0.128 35 A 0.013 0.018 0.014 0.030 0.036 0.051 0.117 0.141 0.188 0.191 0.201 36 S 0.031 0.047 0.027 0.091 0.100 0.114 0.173 0.137 0.132 0.093 0.055 37 L 0.043 0.066 0.048 0.154 0.160 0.149 0.155 0.083 0.073 0.044 0.024 38 C 0.030 0.031 0.017 0.052 0.060 0.077 0.130 0.121 0.168 0.163 0.150 39 G 0.189 0.100 0.047 0.112 0.102 0.101 0.128 0.074 0.070 0.046 0.032 40 T 0.072 0.084 0.035 0.103 0.115 0.135 0.172 0.103 0.091 0.056 0.034 41 T 0.031 0.062 0.029 0.062 0.063 0.067 0.117 0.101 0.140 0.150 0.179 42 T 0.225 0.226 0.100 0.218 0.122 0.061 0.032 0.008 0.004 0.002 0.001 43 R 0.459 0.159 0.076 0.135 0.076 0.043 0.032 0.012 0.006 0.002 0.001 44 D 0.062 0.189 0.137 0.190 0.135 0.117 0.098 0.035 0.021 0.010 0.006 45 F 0.002 0.003 0.008 0.020 0.057 0.142 0.308 0.187 0.146 0.078 0.049 46 T 0.430 0.154 0.255 0.119 0.028 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 47 Q 0.002 0.025 0.111 0.266 0.261 0.201 0.104 0.021 0.008 0.002 0.001 48 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.049 0.098 0.226 0.289 0.325 49 N 0.004 0.007 0.075 0.211 0.241 0.234 0.172 0.036 0.014 0.005 0.001 50 E 0.003 0.028 0.709 0.156 0.065 0.028 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.013 0.009 0.017 0.052 0.253 0.184 0.207 0.162 0.103 52 Q 0.001 0.001 0.009 0.009 0.016 0.048 0.249 0.226 0.236 0.149 0.056 53 C 0.004 0.032 0.550 0.233 0.113 0.044 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 54 R 0.028 0.096 0.377 0.196 0.145 0.095 0.047 0.009 0.004 0.002 0.001 55 F 0.003 0.007 0.006 0.021 0.035 0.098 0.305 0.206 0.170 0.098 0.051 56 P 0.359 0.260 0.137 0.129 0.058 0.027 0.018 0.005 0.003 0.002 0.002 57 R 0.269 0.187 0.179 0.179 0.088 0.052 0.034 0.008 0.003 0.001 0.001 58 R 0.191 0.192 0.097 0.253 0.168 0.070 0.022 0.004 0.002 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.086 0.238 0.293 0.354 60 V 0.001 0.009 0.013 0.080 0.164 0.273 0.296 0.097 0.043 0.016 0.008 61 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.117 0.241 0.306 0.297 62 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.016 0.087 0.158 0.238 0.251 0.240 63 G 0.002 0.003 0.003 0.007 0.009 0.015 0.055 0.100 0.207 0.267 0.332 64 F 0.001 0.002 0.001 0.010 0.015 0.029 0.100 0.149 0.249 0.251 0.193 65 P 0.007 0.024 0.015 0.067 0.081 0.100 0.174 0.178 0.164 0.107 0.083 66 C 0.014 0.019 0.009 0.036 0.054 0.075 0.141 0.157 0.189 0.173 0.134 67 N 0.043 0.053 0.029 0.133 0.140 0.142 0.169 0.102 0.092 0.059 0.038 68 Q 0.030 0.033 0.018 0.088 0.112 0.134 0.184 0.133 0.130 0.089 0.049 69 F 0.017 0.016 0.010 0.027 0.032 0.045 0.095 0.120 0.199 0.210 0.228 70 G 0.078 0.071 0.031 0.098 0.107 0.126 0.165 0.107 0.105 0.071 0.041 71 H 0.190 0.129 0.063 0.145 0.123 0.114 0.104 0.054 0.040 0.025 0.014 72 Q 0.059 0.085 0.042 0.130 0.127 0.117 0.137 0.090 0.093 0.065 0.054 73 E 0.134 0.078 0.040 0.089 0.102 0.112 0.141 0.089 0.091 0.070 0.054 74 N 0.244 0.141 0.052 0.165 0.108 0.085 0.089 0.049 0.036 0.020 0.011 75 C 0.070 0.036 0.018 0.050 0.081 0.113 0.207 0.161 0.134 0.085 0.045 76 Q 0.105 0.612 0.090 0.132 0.035 0.013 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 77 N 0.100 0.117 0.045 0.170 0.213 0.167 0.111 0.042 0.022 0.010 0.004 78 E 0.819 0.106 0.032 0.028 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 E 0.020 0.078 0.116 0.401 0.206 0.106 0.056 0.013 0.004 0.001 0.001 80 I 0.003 0.002 0.006 0.009 0.013 0.030 0.127 0.176 0.241 0.218 0.175 81 L 0.002 0.010 0.061 0.162 0.239 0.269 0.174 0.051 0.023 0.008 0.002 82 N 0.010 0.046 0.687 0.159 0.053 0.024 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 83 S 0.002 0.007 0.021 0.057 0.094 0.175 0.325 0.153 0.100 0.048 0.017 84 L 0.001 0.002 0.005 0.006 0.007 0.019 0.092 0.150 0.245 0.272 0.202 85 K 0.008 0.050 0.168 0.279 0.240 0.128 0.081 0.026 0.013 0.005 0.002 86 Y 0.014 0.051 0.151 0.155 0.161 0.172 0.152 0.069 0.047 0.022 0.008 87 V 0.016 0.039 0.033 0.106 0.113 0.119 0.181 0.127 0.121 0.089 0.055 88 R 0.031 0.041 0.020 0.089 0.131 0.162 0.230 0.134 0.094 0.050 0.019 89 P 0.179 0.152 0.088 0.191 0.126 0.097 0.082 0.039 0.027 0.014 0.007 90 G 0.500 0.153 0.061 0.122 0.065 0.039 0.029 0.013 0.009 0.006 0.003 91 G 0.424 0.217 0.048 0.123 0.072 0.045 0.032 0.015 0.011 0.007 0.004 92 G 0.421 0.216 0.060 0.137 0.072 0.042 0.026 0.011 0.008 0.004 0.002 93 Y 0.049 0.034 0.019 0.060 0.076 0.109 0.186 0.149 0.144 0.102 0.071 94 Q 0.089 0.256 0.111 0.273 0.160 0.067 0.029 0.008 0.004 0.002 0.001 95 P 0.014 0.011 0.008 0.026 0.040 0.057 0.132 0.149 0.216 0.197 0.150 96 T 0.079 0.139 0.075 0.266 0.209 0.114 0.073 0.024 0.012 0.005 0.003 97 F 0.003 0.005 0.004 0.019 0.031 0.053 0.155 0.184 0.235 0.192 0.120 98 T 0.168 0.258 0.095 0.255 0.119 0.051 0.029 0.011 0.007 0.003 0.003 99 L 0.017 0.018 0.011 0.052 0.069 0.094 0.202 0.175 0.173 0.118 0.071 100 V 0.016 0.021 0.015 0.055 0.073 0.095 0.155 0.138 0.175 0.141 0.117 101 Q 0.055 0.109 0.099 0.301 0.179 0.105 0.082 0.033 0.020 0.010 0.007 102 K 0.027 0.058 0.059 0.166 0.160 0.152 0.170 0.090 0.059 0.035 0.022 103 C 0.018 0.020 0.020 0.042 0.053 0.076 0.159 0.154 0.189 0.155 0.115 104 E 0.134 0.244 0.119 0.326 0.118 0.038 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 105 V 0.002 0.004 0.003 0.010 0.016 0.032 0.101 0.145 0.251 0.244 0.191 106 N 0.127 0.291 0.105 0.239 0.118 0.062 0.038 0.011 0.006 0.002 0.001 107 G 0.200 0.120 0.034 0.109 0.097 0.099 0.140 0.080 0.060 0.038 0.023 108 Q 0.390 0.269 0.080 0.137 0.066 0.030 0.016 0.005 0.004 0.002 0.001 109 N 0.149 0.165 0.054 0.181 0.144 0.115 0.094 0.042 0.030 0.016 0.009 110 E 0.031 0.055 0.025 0.094 0.125 0.148 0.188 0.122 0.103 0.067 0.042 111 H 0.006 0.013 0.010 0.045 0.091 0.157 0.271 0.184 0.133 0.063 0.026 112 P 0.166 0.152 0.130 0.204 0.129 0.089 0.073 0.026 0.017 0.010 0.005 113 V 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.027 0.112 0.170 0.276 0.248 0.144 114 F 0.001 0.001 0.003 0.010 0.015 0.026 0.081 0.127 0.244 0.258 0.235 115 A 0.003 0.011 0.083 0.221 0.210 0.151 0.142 0.081 0.057 0.031 0.010 116 Y 0.001 0.006 0.045 0.080 0.152 0.236 0.276 0.127 0.058 0.016 0.004 117 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 0.024 0.109 0.179 0.275 0.255 0.141 118 K 0.003 0.014 0.028 0.115 0.191 0.206 0.253 0.111 0.058 0.017 0.003 119 D 0.092 0.156 0.309 0.220 0.101 0.057 0.037 0.014 0.009 0.004 0.002 120 K 0.133 0.138 0.097 0.173 0.137 0.122 0.120 0.044 0.023 0.010 0.003 121 L 0.076 0.053 0.023 0.052 0.058 0.095 0.193 0.152 0.143 0.103 0.052 122 P 0.422 0.228 0.082 0.105 0.057 0.034 0.030 0.016 0.013 0.008 0.004 123 Y 0.121 0.071 0.030 0.086 0.090 0.114 0.168 0.121 0.104 0.065 0.029 124 P 0.197 0.122 0.035 0.111 0.097 0.093 0.109 0.077 0.074 0.051 0.033 125 Y 0.114 0.069 0.033 0.110 0.109 0.109 0.142 0.099 0.094 0.070 0.050 126 D 0.329 0.161 0.069 0.116 0.091 0.073 0.063 0.037 0.031 0.019 0.010 127 D 0.280 0.183 0.060 0.132 0.094 0.075 0.071 0.042 0.032 0.020 0.010 128 P 0.279 0.146 0.050 0.110 0.090 0.081 0.087 0.056 0.049 0.033 0.019 129 F 0.101 0.079 0.045 0.111 0.107 0.108 0.145 0.100 0.097 0.066 0.041 130 S 0.135 0.137 0.081 0.187 0.129 0.090 0.093 0.055 0.046 0.029 0.018 131 L 0.052 0.051 0.042 0.112 0.118 0.126 0.163 0.114 0.107 0.074 0.041 132 M 0.044 0.039 0.039 0.091 0.103 0.112 0.163 0.128 0.126 0.092 0.062 133 T 0.091 0.099 0.075 0.141 0.128 0.117 0.131 0.078 0.069 0.045 0.025 134 D 0.114 0.154 0.066 0.164 0.131 0.106 0.107 0.062 0.050 0.030 0.016 135 P 0.233 0.081 0.036 0.089 0.083 0.084 0.107 0.082 0.087 0.070 0.047 136 K 0.225 0.150 0.075 0.161 0.113 0.080 0.083 0.044 0.036 0.021 0.012 137 L 0.043 0.042 0.035 0.097 0.097 0.114 0.166 0.136 0.132 0.089 0.050 138 I 0.027 0.025 0.027 0.065 0.080 0.103 0.174 0.145 0.155 0.120 0.078 139 I 0.031 0.048 0.061 0.107 0.112 0.118 0.160 0.123 0.117 0.075 0.046 140 W 0.026 0.026 0.035 0.064 0.075 0.097 0.166 0.137 0.159 0.128 0.088 141 S 0.115 0.162 0.070 0.148 0.113 0.096 0.112 0.069 0.060 0.035 0.020 142 P 0.298 0.120 0.052 0.126 0.092 0.077 0.088 0.052 0.046 0.031 0.017 143 V 0.148 0.081 0.033 0.088 0.087 0.082 0.118 0.095 0.115 0.087 0.066 144 R 0.079 0.133 0.071 0.185 0.141 0.118 0.112 0.059 0.049 0.030 0.021 145 R 0.052 0.054 0.036 0.125 0.168 0.172 0.172 0.096 0.066 0.038 0.022 146 S 0.321 0.175 0.114 0.148 0.085 0.057 0.050 0.022 0.015 0.008 0.006 147 D 0.138 0.131 0.066 0.233 0.185 0.120 0.081 0.025 0.013 0.006 0.003 148 V 0.007 0.004 0.003 0.010 0.011 0.017 0.060 0.099 0.225 0.267 0.296 149 A 0.019 0.078 0.079 0.285 0.233 0.153 0.093 0.030 0.017 0.008 0.005 150 W 0.005 0.012 0.024 0.051 0.068 0.095 0.187 0.175 0.180 0.132 0.071 151 N 0.015 0.024 0.021 0.111 0.123 0.141 0.219 0.135 0.105 0.063 0.042 152 F 0.004 0.003 0.002 0.009 0.012 0.020 0.081 0.158 0.265 0.264 0.181 153 E 0.008 0.033 0.044 0.216 0.242 0.183 0.142 0.061 0.043 0.018 0.008 154 K 0.002 0.010 0.014 0.040 0.052 0.090 0.186 0.181 0.196 0.153 0.077 155 F 0.002 0.004 0.006 0.028 0.034 0.046 0.140 0.182 0.234 0.196 0.129 156 L 0.005 0.011 0.012 0.027 0.035 0.054 0.140 0.168 0.211 0.189 0.148 157 I 0.003 0.010 0.012 0.049 0.069 0.075 0.151 0.159 0.203 0.167 0.103 158 G 0.026 0.071 0.035 0.191 0.182 0.184 0.174 0.073 0.041 0.017 0.007 159 P 0.205 0.138 0.065 0.204 0.157 0.101 0.075 0.029 0.015 0.007 0.004 160 E 0.505 0.262 0.060 0.113 0.039 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 161 G 0.057 0.046 0.016 0.076 0.098 0.129 0.184 0.127 0.124 0.088 0.055 162 E 0.259 0.426 0.091 0.159 0.045 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 163 P 0.016 0.025 0.015 0.049 0.067 0.100 0.193 0.165 0.175 0.121 0.073 164 F 0.028 0.037 0.028 0.097 0.128 0.146 0.180 0.115 0.110 0.074 0.057 165 R 0.091 0.116 0.087 0.264 0.179 0.107 0.085 0.033 0.022 0.011 0.006 166 R 0.027 0.058 0.060 0.152 0.165 0.164 0.170 0.092 0.063 0.033 0.015 167 Y 0.013 0.012 0.011 0.031 0.042 0.070 0.158 0.160 0.199 0.170 0.134 168 S 0.073 0.128 0.059 0.152 0.139 0.122 0.141 0.075 0.060 0.034 0.019 169 R 0.344 0.149 0.097 0.155 0.094 0.062 0.049 0.022 0.016 0.009 0.005 170 T 0.268 0.127 0.049 0.128 0.105 0.090 0.099 0.054 0.041 0.024 0.016 171 F 0.027 0.027 0.013 0.050 0.074 0.116 0.206 0.168 0.160 0.103 0.056 172 P 0.265 0.425 0.083 0.129 0.053 0.024 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 173 T 0.061 0.035 0.022 0.063 0.088 0.121 0.194 0.145 0.132 0.087 0.052 174 I 0.333 0.171 0.062 0.131 0.098 0.070 0.072 0.030 0.019 0.008 0.004 175 N 0.109 0.318 0.110 0.284 0.116 0.041 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 176 I 0.005 0.011 0.009 0.023 0.033 0.059 0.148 0.158 0.205 0.193 0.155 177 E 0.077 0.136 0.092 0.200 0.217 0.163 0.086 0.018 0.007 0.002 0.001 178 P 0.419 0.180 0.281 0.094 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 179 D 0.037 0.040 0.071 0.152 0.172 0.217 0.215 0.059 0.025 0.009 0.003 180 I 0.002 0.002 0.017 0.009 0.011 0.027 0.134 0.163 0.237 0.228 0.171 181 K 0.004 0.018 0.260 0.320 0.219 0.117 0.047 0.009 0.004 0.002 0.001 182 R 0.018 0.050 0.774 0.099 0.035 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 183 L 0.005 0.007 0.031 0.029 0.055 0.149 0.369 0.162 0.112 0.056 0.024 184 L 0.008 0.016 0.061 0.027 0.024 0.047 0.184 0.157 0.191 0.168 0.116 185 K 0.043 0.126 0.585 0.156 0.058 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001