# TARGET T0345 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6718 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.099 0.094 0.038 0.010 0.133 0.015 0.070 0.359 0.097 0.051 0.034 2 I 0.081 0.100 0.038 0.023 0.110 0.030 0.060 0.296 0.116 0.104 0.042 3 A 0.142 0.126 0.036 0.017 0.204 0.018 0.037 0.161 0.108 0.097 0.054 4 K 0.053 0.109 0.042 0.035 0.091 0.049 0.099 0.275 0.157 0.066 0.023 5 S 0.133 0.196 0.071 0.011 0.276 0.007 0.036 0.124 0.051 0.060 0.036 6 F 0.183 0.114 0.020 0.012 0.237 0.020 0.032 0.151 0.100 0.076 0.055 7 Y 0.089 0.205 0.054 0.024 0.279 0.037 0.043 0.143 0.049 0.040 0.035 8 D 0.420 0.031 0.007 0.001 0.307 0.001 0.004 0.010 0.009 0.089 0.121 9 L 0.280 0.190 0.030 0.002 0.399 0.001 0.003 0.016 0.018 0.022 0.039 10 S 0.189 0.205 0.037 0.004 0.441 0.006 0.012 0.018 0.013 0.033 0.041 11 A 0.233 0.187 0.043 0.006 0.441 0.006 0.008 0.017 0.011 0.019 0.031 12 I 0.057 0.353 0.025 0.006 0.477 0.015 0.013 0.024 0.010 0.008 0.010 13 N 0.259 0.173 0.214 0.002 0.250 0.001 0.003 0.024 0.009 0.010 0.056 14 L 0.038 0.017 0.018 0.119 0.020 0.204 0.113 0.280 0.123 0.042 0.029 15 D 0.001 0.304 0.266 0.362 0.015 0.023 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 16 G 0.012 0.009 0.017 0.031 0.003 0.005 0.002 0.007 0.027 0.679 0.209 17 E 0.018 0.487 0.150 0.013 0.185 0.008 0.015 0.046 0.043 0.029 0.007 18 K 0.408 0.069 0.011 0.001 0.368 0.001 0.004 0.012 0.012 0.029 0.085 19 V 0.049 0.434 0.228 0.021 0.213 0.010 0.012 0.008 0.004 0.008 0.014 20 D 0.167 0.384 0.123 0.001 0.291 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.026 21 F 0.007 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.278 0.655 0.033 0.007 22 N 0.004 0.012 0.004 0.002 0.010 0.008 0.027 0.604 0.300 0.025 0.003 23 T 0.024 0.011 0.003 0.002 0.019 0.004 0.041 0.595 0.196 0.100 0.006 24 F 0.048 0.017 0.038 0.039 0.036 0.066 0.098 0.305 0.128 0.190 0.036 25 R 0.006 0.042 0.035 0.172 0.012 0.108 0.268 0.244 0.056 0.045 0.012 26 G 0.008 0.010 0.029 0.048 0.006 0.012 0.003 0.018 0.047 0.764 0.056 27 R 0.007 0.651 0.162 0.004 0.126 0.002 0.003 0.026 0.012 0.007 0.001 28 A 0.432 0.041 0.002 0.001 0.476 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.043 29 V 0.152 0.100 0.018 0.010 0.679 0.010 0.013 0.005 0.002 0.002 0.011 30 L 0.225 0.105 0.005 0.001 0.648 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 31 I 0.448 0.031 0.003 0.003 0.437 0.004 0.003 0.007 0.001 0.004 0.060 32 E 0.129 0.132 0.016 0.022 0.395 0.056 0.075 0.114 0.015 0.019 0.027 33 N 0.290 0.106 0.021 0.006 0.393 0.004 0.009 0.050 0.009 0.026 0.087 34 V 0.087 0.164 0.037 0.017 0.163 0.012 0.019 0.195 0.110 0.134 0.063 35 A 0.069 0.141 0.044 0.022 0.154 0.023 0.052 0.270 0.123 0.069 0.034 36 S 0.029 0.130 0.131 0.031 0.043 0.034 0.118 0.314 0.125 0.022 0.023 37 L 0.042 0.049 0.037 0.029 0.051 0.041 0.152 0.320 0.116 0.124 0.038 38 C 0.015 0.626 0.156 0.029 0.120 0.008 0.007 0.011 0.007 0.014 0.007 39 G 0.053 0.036 0.066 0.096 0.031 0.067 0.042 0.075 0.071 0.255 0.208 40 T 0.095 0.131 0.072 0.023 0.140 0.021 0.073 0.130 0.087 0.151 0.076 41 T 0.035 0.302 0.156 0.035 0.131 0.012 0.016 0.144 0.081 0.065 0.022 42 T 0.027 0.061 0.027 0.013 0.049 0.023 0.035 0.366 0.255 0.118 0.026 43 R 0.012 0.060 0.044 0.013 0.032 0.017 0.069 0.569 0.130 0.044 0.010 44 D 0.028 0.092 0.045 0.007 0.042 0.004 0.013 0.458 0.083 0.194 0.034 45 F 0.006 0.008 0.002 0.001 0.011 0.001 0.002 0.732 0.205 0.026 0.006 46 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.898 0.084 0.002 0.001 47 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.895 0.054 0.043 0.002 48 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.898 0.083 0.014 0.001 49 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.923 0.071 0.001 0.001 50 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.940 0.045 0.009 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.823 0.137 0.029 0.001 52 Q 0.005 0.006 0.001 0.001 0.006 0.002 0.011 0.696 0.236 0.033 0.003 53 C 0.007 0.014 0.005 0.003 0.011 0.007 0.095 0.684 0.134 0.038 0.003 54 R 0.016 0.019 0.016 0.013 0.028 0.062 0.325 0.186 0.103 0.212 0.020 55 F 0.285 0.171 0.080 0.007 0.260 0.002 0.012 0.031 0.019 0.030 0.102 56 P 0.015 0.052 0.027 0.028 0.030 0.035 0.047 0.379 0.321 0.058 0.008 57 R 0.003 0.020 0.007 0.006 0.009 0.013 0.054 0.364 0.325 0.194 0.005 58 R 0.089 0.093 0.031 0.014 0.139 0.009 0.027 0.134 0.160 0.240 0.065 59 L 0.154 0.157 0.009 0.001 0.656 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.015 60 V 0.092 0.193 0.013 0.001 0.690 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 61 V 0.620 0.015 0.003 0.001 0.286 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 62 L 0.056 0.040 0.015 0.086 0.124 0.170 0.330 0.072 0.029 0.041 0.038 63 G 0.277 0.120 0.078 0.012 0.320 0.004 0.005 0.006 0.007 0.055 0.116 64 F 0.078 0.346 0.149 0.040 0.261 0.011 0.015 0.032 0.016 0.021 0.031 65 P 0.135 0.283 0.088 0.015 0.290 0.009 0.015 0.029 0.029 0.047 0.061 66 C 0.044 0.164 0.056 0.028 0.128 0.031 0.042 0.137 0.274 0.071 0.026 67 N 0.036 0.053 0.058 0.029 0.048 0.023 0.056 0.281 0.255 0.120 0.042 68 Q 0.069 0.058 0.035 0.018 0.073 0.031 0.139 0.331 0.126 0.088 0.034 69 F 0.035 0.207 0.115 0.077 0.089 0.051 0.067 0.137 0.095 0.103 0.024 70 G 0.056 0.082 0.072 0.087 0.065 0.076 0.051 0.115 0.112 0.191 0.093 71 H 0.072 0.094 0.054 0.024 0.107 0.020 0.035 0.124 0.126 0.270 0.073 72 Q 0.090 0.147 0.086 0.026 0.145 0.021 0.051 0.160 0.120 0.106 0.048 73 E 0.052 0.205 0.123 0.044 0.125 0.052 0.103 0.138 0.076 0.053 0.028 74 N 0.096 0.160 0.116 0.038 0.133 0.028 0.046 0.115 0.061 0.128 0.080 75 C 0.052 0.136 0.078 0.042 0.098 0.035 0.029 0.131 0.085 0.250 0.064 76 Q 0.027 0.398 0.261 0.024 0.091 0.009 0.010 0.088 0.021 0.057 0.015 77 N 0.029 0.024 0.013 0.004 0.046 0.002 0.003 0.655 0.159 0.042 0.023 78 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.841 0.140 0.008 0.001 79 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.922 0.054 0.013 0.001 80 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.900 0.078 0.015 0.001 81 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.880 0.097 0.007 0.001 82 N 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.003 0.031 0.865 0.074 0.013 0.001 83 S 0.003 0.008 0.005 0.002 0.006 0.006 0.038 0.775 0.096 0.058 0.002 84 L 0.064 0.017 0.002 0.001 0.045 0.002 0.007 0.502 0.196 0.131 0.034 85 K 0.023 0.039 0.006 0.005 0.049 0.023 0.087 0.533 0.194 0.034 0.007 86 Y 0.087 0.109 0.026 0.003 0.205 0.004 0.047 0.312 0.083 0.093 0.030 87 V 0.112 0.201 0.067 0.013 0.315 0.016 0.050 0.108 0.045 0.043 0.028 88 R 0.090 0.278 0.232 0.022 0.214 0.007 0.017 0.087 0.025 0.012 0.017 89 P 0.020 0.050 0.046 0.035 0.025 0.060 0.138 0.388 0.176 0.047 0.015 90 G 0.014 0.163 0.127 0.150 0.042 0.075 0.087 0.087 0.080 0.156 0.020 91 G 0.027 0.086 0.117 0.171 0.039 0.072 0.042 0.041 0.064 0.282 0.061 92 G 0.035 0.062 0.052 0.093 0.041 0.056 0.050 0.088 0.122 0.333 0.067 93 Y 0.193 0.114 0.043 0.009 0.214 0.009 0.014 0.034 0.071 0.162 0.139 94 Q 0.059 0.326 0.186 0.022 0.251 0.013 0.016 0.035 0.032 0.043 0.017 95 P 0.255 0.181 0.047 0.003 0.379 0.002 0.004 0.023 0.020 0.025 0.062 96 T 0.231 0.113 0.046 0.012 0.294 0.012 0.032 0.032 0.034 0.097 0.095 97 F 0.127 0.312 0.124 0.005 0.377 0.001 0.002 0.012 0.009 0.008 0.022 98 T 0.088 0.404 0.088 0.003 0.352 0.004 0.009 0.018 0.010 0.011 0.013 99 L 0.374 0.119 0.029 0.005 0.297 0.005 0.015 0.031 0.019 0.030 0.075 100 V 0.172 0.138 0.050 0.066 0.220 0.070 0.047 0.046 0.046 0.063 0.082 101 Q 0.045 0.382 0.159 0.037 0.242 0.022 0.025 0.039 0.023 0.017 0.009 102 K 0.397 0.055 0.013 0.005 0.275 0.007 0.016 0.035 0.025 0.057 0.117 103 C 0.096 0.368 0.072 0.010 0.400 0.007 0.004 0.010 0.006 0.007 0.020 104 E 0.311 0.103 0.017 0.001 0.484 0.001 0.004 0.010 0.005 0.017 0.048 105 V 0.357 0.068 0.026 0.034 0.184 0.045 0.035 0.056 0.028 0.046 0.121 106 N 0.012 0.039 0.066 0.314 0.021 0.111 0.089 0.068 0.061 0.192 0.026 107 G 0.009 0.066 0.236 0.519 0.023 0.037 0.006 0.026 0.019 0.050 0.009 108 Q 0.020 0.045 0.025 0.019 0.037 0.046 0.093 0.342 0.271 0.084 0.018 109 N 0.048 0.054 0.027 0.018 0.078 0.014 0.064 0.243 0.135 0.217 0.100 110 E 0.040 0.055 0.035 0.010 0.055 0.010 0.027 0.094 0.148 0.491 0.034 111 H 0.016 0.215 0.205 0.014 0.060 0.004 0.016 0.417 0.042 0.005 0.006 112 P 0.005 0.026 0.007 0.001 0.015 0.001 0.006 0.729 0.198 0.011 0.003 113 V 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.909 0.068 0.006 0.001 114 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.896 0.085 0.011 0.001 115 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.931 0.053 0.002 0.001 116 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.921 0.045 0.017 0.001 117 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.782 0.176 0.027 0.002 118 K 0.004 0.016 0.003 0.002 0.006 0.007 0.036 0.660 0.242 0.022 0.002 119 D 0.005 0.013 0.006 0.004 0.011 0.010 0.165 0.616 0.138 0.029 0.003 120 K 0.034 0.019 0.015 0.006 0.034 0.021 0.118 0.129 0.134 0.440 0.049 121 L 0.106 0.376 0.125 0.003 0.323 0.001 0.007 0.026 0.008 0.007 0.017 122 P 0.043 0.140 0.084 0.036 0.094 0.052 0.108 0.173 0.123 0.118 0.028 123 Y 0.056 0.247 0.277 0.047 0.161 0.014 0.032 0.063 0.036 0.038 0.029 124 P 0.074 0.195 0.093 0.028 0.177 0.039 0.059 0.134 0.080 0.077 0.046 125 Y 0.083 0.114 0.054 0.034 0.164 0.039 0.091 0.106 0.085 0.160 0.071 126 D 0.043 0.067 0.083 0.073 0.060 0.042 0.037 0.075 0.099 0.351 0.071 127 D 0.091 0.205 0.161 0.026 0.224 0.010 0.021 0.096 0.056 0.069 0.040 128 P 0.057 0.127 0.037 0.011 0.096 0.017 0.041 0.247 0.214 0.122 0.032 129 F 0.075 0.139 0.066 0.019 0.139 0.020 0.049 0.170 0.144 0.131 0.048 130 S 0.110 0.131 0.063 0.017 0.187 0.018 0.053 0.200 0.101 0.075 0.045 131 L 0.111 0.107 0.040 0.014 0.153 0.019 0.044 0.208 0.138 0.114 0.053 132 M 0.124 0.132 0.044 0.018 0.188 0.026 0.061 0.187 0.082 0.090 0.048 133 T 0.080 0.158 0.108 0.043 0.145 0.034 0.049 0.101 0.061 0.162 0.059 134 D 0.190 0.199 0.107 0.013 0.345 0.004 0.009 0.037 0.016 0.025 0.056 135 P 0.040 0.094 0.025 0.007 0.075 0.009 0.019 0.333 0.307 0.072 0.018 136 K 0.044 0.078 0.026 0.009 0.083 0.021 0.073 0.344 0.194 0.107 0.020 137 L 0.120 0.081 0.023 0.010 0.160 0.011 0.039 0.290 0.119 0.104 0.043 138 I 0.148 0.111 0.024 0.009 0.236 0.022 0.046 0.219 0.087 0.051 0.046 139 I 0.154 0.138 0.031 0.009 0.286 0.011 0.037 0.201 0.051 0.048 0.035 140 W 0.165 0.111 0.048 0.028 0.197 0.027 0.033 0.106 0.059 0.140 0.086 141 S 0.106 0.234 0.129 0.037 0.287 0.014 0.024 0.073 0.031 0.029 0.035 142 P 0.062 0.114 0.041 0.012 0.112 0.012 0.032 0.246 0.230 0.105 0.032 143 V 0.069 0.162 0.055 0.015 0.140 0.021 0.074 0.219 0.139 0.083 0.022 144 R 0.132 0.145 0.059 0.021 0.157 0.020 0.047 0.169 0.083 0.099 0.068 145 R 0.115 0.110 0.035 0.040 0.141 0.042 0.054 0.176 0.139 0.081 0.068 146 S 0.016 0.056 0.041 0.064 0.038 0.103 0.113 0.240 0.201 0.109 0.018 147 D 0.173 0.100 0.030 0.005 0.205 0.003 0.012 0.092 0.084 0.220 0.077 148 V 0.348 0.092 0.012 0.002 0.308 0.002 0.003 0.032 0.037 0.055 0.110 149 A 0.076 0.101 0.055 0.048 0.176 0.061 0.091 0.183 0.106 0.073 0.030 150 W 0.234 0.136 0.053 0.017 0.288 0.018 0.031 0.065 0.040 0.046 0.072 151 N 0.299 0.073 0.023 0.007 0.342 0.005 0.008 0.011 0.013 0.108 0.110 152 F 0.330 0.124 0.017 0.003 0.327 0.002 0.003 0.013 0.021 0.068 0.092 153 E 0.164 0.115 0.019 0.018 0.432 0.032 0.081 0.050 0.029 0.031 0.028 154 K 0.328 0.090 0.014 0.005 0.477 0.008 0.011 0.016 0.012 0.013 0.027 155 F 0.157 0.129 0.010 0.005 0.650 0.007 0.004 0.012 0.003 0.004 0.019 156 L 0.323 0.089 0.011 0.001 0.491 0.001 0.001 0.007 0.001 0.012 0.062 157 I 0.083 0.396 0.071 0.016 0.350 0.007 0.008 0.013 0.005 0.025 0.027 158 G 0.013 0.159 0.724 0.033 0.051 0.003 0.002 0.007 0.003 0.002 0.002 159 P 0.002 0.004 0.013 0.014 0.002 0.043 0.191 0.633 0.093 0.006 0.001 160 E 0.002 0.558 0.203 0.094 0.025 0.012 0.046 0.014 0.007 0.032 0.006 161 G 0.072 0.025 0.029 0.016 0.027 0.006 0.001 0.003 0.010 0.404 0.407 162 E 0.003 0.685 0.216 0.001 0.077 0.001 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 163 P 0.609 0.047 0.007 0.001 0.248 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.076 164 F 0.083 0.140 0.070 0.128 0.192 0.157 0.089 0.041 0.040 0.033 0.028 165 R 0.209 0.199 0.040 0.004 0.462 0.004 0.010 0.020 0.008 0.012 0.032 166 R 0.320 0.127 0.034 0.010 0.362 0.011 0.016 0.031 0.007 0.019 0.064 167 Y 0.156 0.211 0.088 0.032 0.280 0.011 0.013 0.030 0.026 0.085 0.068 168 S 0.099 0.295 0.117 0.039 0.266 0.016 0.017 0.045 0.045 0.030 0.031 169 R 0.041 0.149 0.039 0.010 0.139 0.012 0.040 0.224 0.240 0.085 0.021 170 T 0.142 0.083 0.037 0.007 0.179 0.012 0.081 0.092 0.102 0.194 0.072 171 F 0.035 0.498 0.257 0.009 0.148 0.002 0.010 0.024 0.008 0.004 0.006 172 P 0.037 0.500 0.208 0.010 0.136 0.006 0.011 0.040 0.022 0.016 0.014 173 T 0.051 0.077 0.019 0.005 0.076 0.007 0.014 0.343 0.330 0.055 0.022 174 I 0.006 0.022 0.014 0.008 0.015 0.088 0.135 0.398 0.233 0.069 0.013 175 N 0.095 0.081 0.021 0.003 0.150 0.001 0.021 0.317 0.117 0.127 0.067 176 I 0.025 0.040 0.013 0.002 0.030 0.001 0.004 0.286 0.346 0.237 0.014 177 E 0.002 0.025 0.010 0.001 0.011 0.001 0.002 0.803 0.142 0.003 0.001 178 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.939 0.048 0.001 0.001 179 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.938 0.034 0.017 0.001 180 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.844 0.128 0.024 0.001 181 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.882 0.110 0.001 0.001 182 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.905 0.058 0.013 0.001 183 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.061 0.762 0.139 0.030 0.001 184 L 0.019 0.029 0.005 0.002 0.023 0.002 0.009 0.588 0.197 0.107 0.018 185 K 0.005 0.025 0.020 0.017 0.010 0.035 0.078 0.534 0.198 0.071 0.006