# TARGET T0345 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58.3006 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.086 0.015 0.056 0.145 0.238 0.461 2 I 0.111 0.022 0.047 0.160 0.219 0.441 3 A 0.095 0.020 0.052 0.127 0.255 0.452 4 K 0.110 0.019 0.068 0.069 0.312 0.422 5 S 0.163 0.014 0.095 0.049 0.305 0.374 6 F 0.179 0.018 0.255 0.045 0.309 0.194 7 Y 0.285 0.010 0.122 0.024 0.337 0.223 8 D 0.394 0.007 0.048 0.012 0.287 0.253 9 L 0.625 0.012 0.010 0.007 0.115 0.232 10 S 0.780 0.011 0.003 0.003 0.055 0.147 11 A 0.907 0.010 0.005 0.002 0.028 0.048 12 I 0.890 0.014 0.004 0.004 0.032 0.055 13 N 0.678 0.016 0.008 0.006 0.216 0.076 14 L 0.166 0.007 0.028 0.008 0.752 0.039 15 D 0.090 0.009 0.021 0.006 0.790 0.083 16 G 0.022 0.003 0.012 0.002 0.917 0.045 17 E 0.082 0.004 0.002 0.001 0.384 0.528 18 K 0.630 0.048 0.001 0.001 0.037 0.283 19 V 0.740 0.062 0.001 0.001 0.030 0.167 20 D 0.663 0.028 0.003 0.001 0.049 0.257 21 F 0.074 0.002 0.710 0.044 0.124 0.046 22 N 0.060 0.001 0.763 0.023 0.127 0.027 23 T 0.053 0.002 0.768 0.024 0.135 0.018 24 F 0.180 0.042 0.150 0.038 0.499 0.090 25 R 0.159 0.032 0.029 0.047 0.567 0.167 26 G 0.076 0.005 0.009 0.022 0.568 0.320 27 R 0.583 0.011 0.001 0.014 0.192 0.198 28 A 0.926 0.003 0.001 0.011 0.013 0.046 29 V 0.989 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 30 L 0.975 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 31 I 0.952 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 32 E 0.928 0.001 0.001 0.062 0.004 0.005 33 N 0.766 0.002 0.001 0.102 0.037 0.093 34 V 0.388 0.013 0.023 0.161 0.151 0.264 35 A 0.197 0.015 0.187 0.162 0.254 0.183 36 S 0.111 0.017 0.341 0.102 0.308 0.122 37 L 0.089 0.018 0.202 0.096 0.454 0.142 38 C 0.076 0.014 0.115 0.082 0.540 0.174 39 G 0.060 0.011 0.070 0.054 0.550 0.255 40 T 0.060 0.031 0.070 0.068 0.494 0.277 41 T 0.041 0.049 0.033 0.062 0.452 0.363 42 T 0.014 0.011 0.028 0.073 0.699 0.175 43 R 0.006 0.006 0.093 0.317 0.479 0.098 44 D 0.010 0.010 0.088 0.383 0.360 0.149 45 F 0.005 0.005 0.145 0.689 0.130 0.025 46 T 0.007 0.003 0.057 0.786 0.078 0.068 47 Q 0.006 0.004 0.049 0.891 0.031 0.019 48 L 0.009 0.003 0.026 0.914 0.025 0.023 49 N 0.006 0.001 0.020 0.939 0.019 0.016 50 E 0.003 0.001 0.023 0.952 0.015 0.007 51 L 0.001 0.001 0.012 0.968 0.011 0.006 52 Q 0.001 0.001 0.022 0.932 0.026 0.018 53 C 0.003 0.002 0.021 0.872 0.055 0.048 54 R 0.008 0.005 0.020 0.745 0.100 0.122 55 F 0.008 0.009 0.008 0.085 0.341 0.548 56 P 0.003 0.003 0.010 0.005 0.917 0.062 57 R 0.003 0.001 0.021 0.004 0.944 0.028 58 R 0.011 0.001 0.016 0.003 0.922 0.047 59 L 0.628 0.020 0.006 0.002 0.294 0.051 60 V 0.949 0.004 0.001 0.001 0.008 0.038 61 V 0.991 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 62 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 63 G 0.937 0.001 0.001 0.001 0.014 0.047 64 F 0.666 0.007 0.003 0.002 0.078 0.244 65 P 0.320 0.017 0.016 0.005 0.210 0.431 66 C 0.106 0.033 0.106 0.024 0.374 0.356 67 N 0.030 0.011 0.220 0.041 0.506 0.191 68 Q 0.009 0.006 0.453 0.092 0.383 0.057 69 F 0.012 0.013 0.282 0.128 0.490 0.075 70 G 0.015 0.010 0.294 0.141 0.448 0.092 71 H 0.021 0.013 0.158 0.113 0.455 0.241 72 Q 0.037 0.051 0.111 0.103 0.438 0.259 73 E 0.034 0.038 0.050 0.063 0.465 0.351 74 N 0.013 0.016 0.025 0.059 0.486 0.401 75 C 0.008 0.013 0.012 0.041 0.392 0.534 76 Q 0.009 0.013 0.004 0.127 0.172 0.675 77 N 0.002 0.002 0.004 0.845 0.038 0.109 78 E 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.003 79 E 0.002 0.001 0.007 0.973 0.011 0.006 80 I 0.007 0.001 0.010 0.959 0.015 0.008 81 L 0.026 0.002 0.017 0.901 0.033 0.021 82 N 0.030 0.002 0.019 0.846 0.057 0.046 83 S 0.045 0.003 0.023 0.775 0.063 0.090 84 L 0.075 0.003 0.029 0.750 0.064 0.078 85 K 0.158 0.006 0.042 0.587 0.087 0.120 86 Y 0.290 0.014 0.047 0.321 0.116 0.212 87 V 0.377 0.037 0.020 0.142 0.153 0.271 88 R 0.335 0.043 0.018 0.034 0.318 0.252 89 P 0.154 0.030 0.014 0.013 0.680 0.109 90 G 0.053 0.011 0.016 0.007 0.794 0.118 91 G 0.024 0.008 0.016 0.008 0.785 0.158 92 G 0.054 0.018 0.008 0.004 0.505 0.412 93 Y 0.162 0.047 0.004 0.008 0.181 0.597 94 Q 0.266 0.039 0.004 0.005 0.183 0.503 95 P 0.328 0.011 0.008 0.006 0.184 0.463 96 T 0.513 0.018 0.009 0.005 0.114 0.341 97 F 0.689 0.011 0.012 0.005 0.095 0.189 98 T 0.721 0.011 0.009 0.007 0.075 0.178 99 L 0.798 0.006 0.014 0.005 0.057 0.119 100 V 0.834 0.005 0.011 0.005 0.048 0.096 101 Q 0.842 0.006 0.011 0.007 0.046 0.088 102 K 0.816 0.008 0.010 0.011 0.050 0.105 103 C 0.821 0.006 0.008 0.010 0.051 0.104 104 E 0.859 0.010 0.007 0.010 0.067 0.048 105 V 0.666 0.023 0.008 0.017 0.194 0.091 106 N 0.241 0.028 0.009 0.026 0.471 0.225 107 G 0.044 0.006 0.007 0.007 0.851 0.086 108 Q 0.016 0.009 0.119 0.070 0.710 0.076 109 N 0.020 0.012 0.149 0.101 0.571 0.148 110 E 0.045 0.036 0.123 0.262 0.391 0.142 111 H 0.027 0.013 0.009 0.480 0.092 0.379 112 P 0.011 0.003 0.013 0.914 0.027 0.032 113 V 0.003 0.001 0.006 0.978 0.007 0.004 114 F 0.004 0.001 0.006 0.981 0.006 0.003 115 A 0.002 0.001 0.009 0.979 0.007 0.002 116 Y 0.001 0.001 0.007 0.981 0.007 0.004 117 L 0.001 0.001 0.006 0.970 0.011 0.011 118 K 0.002 0.001 0.014 0.942 0.021 0.020 119 D 0.002 0.001 0.012 0.897 0.035 0.052 120 K 0.005 0.007 0.025 0.519 0.134 0.311 121 L 0.008 0.015 0.007 0.022 0.207 0.741 122 P 0.020 0.017 0.016 0.014 0.291 0.642 123 Y 0.034 0.021 0.024 0.007 0.357 0.558 124 P 0.049 0.042 0.033 0.010 0.513 0.353 125 Y 0.038 0.050 0.034 0.013 0.473 0.392 126 D 0.022 0.024 0.012 0.011 0.510 0.421 127 D 0.033 0.017 0.026 0.040 0.542 0.342 128 P 0.065 0.023 0.080 0.143 0.412 0.278 129 F 0.098 0.037 0.153 0.195 0.345 0.171 130 S 0.133 0.030 0.158 0.185 0.317 0.177 131 L 0.186 0.038 0.097 0.183 0.293 0.204 132 M 0.186 0.037 0.038 0.115 0.352 0.272 133 T 0.131 0.033 0.019 0.076 0.354 0.387 134 D 0.054 0.014 0.015 0.031 0.517 0.369 135 P 0.026 0.008 0.172 0.093 0.515 0.186 136 K 0.070 0.013 0.239 0.081 0.443 0.154 137 L 0.163 0.017 0.262 0.123 0.336 0.100 138 I 0.338 0.034 0.074 0.125 0.219 0.210 139 I 0.458 0.038 0.028 0.073 0.200 0.203 140 W 0.355 0.032 0.017 0.086 0.237 0.274 141 S 0.165 0.011 0.015 0.052 0.337 0.420 142 P 0.127 0.009 0.056 0.093 0.399 0.316 143 V 0.178 0.062 0.066 0.098 0.317 0.279 144 R 0.170 0.061 0.048 0.085 0.434 0.202 145 R 0.091 0.020 0.058 0.102 0.471 0.258 146 S 0.053 0.008 0.048 0.082 0.499 0.310 147 D 0.052 0.010 0.064 0.122 0.403 0.349 148 V 0.100 0.017 0.022 0.122 0.245 0.494 149 A 0.194 0.031 0.017 0.099 0.161 0.498 150 W 0.348 0.033 0.016 0.234 0.125 0.244 151 N 0.452 0.031 0.013 0.161 0.117 0.226 152 F 0.461 0.011 0.052 0.223 0.144 0.109 153 E 0.461 0.008 0.064 0.204 0.149 0.115 154 K 0.396 0.005 0.140 0.247 0.132 0.080 155 F 0.526 0.007 0.078 0.161 0.092 0.137 156 L 0.612 0.010 0.027 0.075 0.082 0.192 157 I 0.418 0.075 0.011 0.041 0.073 0.382 158 G 0.083 0.025 0.003 0.002 0.860 0.027 159 P 0.005 0.001 0.017 0.001 0.974 0.003 160 E 0.001 0.001 0.018 0.001 0.978 0.002 161 G 0.045 0.008 0.013 0.001 0.929 0.005 162 E 0.524 0.026 0.002 0.001 0.140 0.307 163 P 0.853 0.051 0.002 0.002 0.021 0.071 164 F 0.888 0.010 0.006 0.004 0.031 0.062 165 R 0.887 0.003 0.007 0.004 0.030 0.069 166 R 0.797 0.004 0.016 0.006 0.062 0.115 167 Y 0.578 0.028 0.018 0.011 0.129 0.236 168 S 0.267 0.016 0.018 0.010 0.424 0.266 169 R 0.104 0.008 0.025 0.013 0.570 0.280 170 T 0.090 0.030 0.023 0.014 0.492 0.352 171 F 0.126 0.080 0.016 0.012 0.358 0.407 172 P 0.059 0.043 0.016 0.013 0.285 0.586 173 T 0.007 0.007 0.548 0.083 0.315 0.041 174 I 0.010 0.005 0.478 0.070 0.388 0.049 175 N 0.006 0.003 0.403 0.091 0.429 0.068 176 I 0.016 0.018 0.050 0.471 0.255 0.190 177 E 0.019 0.020 0.012 0.659 0.060 0.231 178 P 0.004 0.003 0.013 0.919 0.038 0.023 179 D 0.001 0.001 0.016 0.962 0.013 0.007 180 I 0.001 0.001 0.009 0.984 0.004 0.002 181 K 0.001 0.001 0.015 0.973 0.008 0.003 182 R 0.001 0.001 0.010 0.957 0.016 0.016 183 L 0.001 0.001 0.007 0.925 0.025 0.041 184 L 0.001 0.002 0.005 0.716 0.057 0.219 185 K 0.001 0.001 0.002 0.072 0.067 0.858