# TARGET T0345 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58.3006 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.065 0.048 0.026 0.035 0.040 0.098 0.195 0.492 2 I 0.107 0.053 0.020 0.024 0.028 0.094 0.171 0.504 3 A 0.128 0.046 0.008 0.011 0.022 0.087 0.050 0.648 4 K 0.029 0.017 0.013 0.012 0.018 0.088 0.038 0.785 5 S 0.080 0.044 0.035 0.029 0.056 0.135 0.062 0.559 6 F 0.054 0.018 0.045 0.026 0.040 0.120 0.079 0.619 7 Y 0.027 0.018 0.077 0.063 0.078 0.124 0.064 0.549 8 D 0.043 0.018 0.053 0.039 0.096 0.092 0.081 0.577 9 L 0.019 0.010 0.065 0.107 0.126 0.093 0.061 0.520 10 S 0.024 0.010 0.109 0.184 0.244 0.071 0.043 0.316 11 A 0.023 0.005 0.049 0.139 0.177 0.082 0.058 0.467 12 I 0.014 0.003 0.087 0.138 0.137 0.087 0.042 0.493 13 N 0.353 0.004 0.020 0.027 0.041 0.067 0.048 0.441 14 L 0.393 0.003 0.008 0.016 0.013 0.060 0.040 0.467 15 D 0.041 0.002 0.008 0.010 0.036 0.089 0.008 0.806 16 G 0.013 0.001 0.009 0.016 0.067 0.069 0.015 0.809 17 E 0.005 0.002 0.029 0.296 0.270 0.077 0.016 0.305 18 K 0.003 0.001 0.022 0.086 0.151 0.058 0.020 0.659 19 V 0.008 0.002 0.033 0.297 0.147 0.055 0.044 0.413 20 D 0.077 0.020 0.044 0.145 0.124 0.056 0.097 0.436 21 F 0.224 0.044 0.016 0.088 0.090 0.053 0.096 0.388 22 N 0.024 0.011 0.038 0.112 0.172 0.072 0.073 0.499 23 T 0.186 0.005 0.017 0.033 0.078 0.098 0.068 0.514 24 F 0.452 0.005 0.012 0.035 0.035 0.070 0.067 0.324 25 R 0.011 0.002 0.018 0.017 0.072 0.156 0.013 0.711 26 G 0.002 0.001 0.039 0.020 0.151 0.131 0.023 0.632 27 R 0.001 0.001 0.123 0.375 0.267 0.062 0.046 0.125 28 A 0.001 0.001 0.406 0.207 0.222 0.021 0.050 0.092 29 V 0.001 0.002 0.462 0.200 0.258 0.006 0.042 0.030 30 L 0.001 0.003 0.626 0.153 0.175 0.005 0.022 0.017 31 I 0.005 0.012 0.551 0.172 0.187 0.012 0.030 0.031 32 E 0.011 0.018 0.441 0.140 0.182 0.037 0.091 0.079 33 N 0.050 0.077 0.253 0.076 0.119 0.097 0.139 0.189 34 V 0.133 0.066 0.156 0.032 0.068 0.122 0.109 0.313 35 A 0.102 0.036 0.075 0.050 0.091 0.120 0.137 0.390 36 S 0.116 0.014 0.028 0.030 0.052 0.094 0.103 0.564 37 L 0.041 0.008 0.016 0.039 0.061 0.140 0.116 0.579 38 C 0.019 0.010 0.015 0.018 0.042 0.152 0.065 0.680 39 G 0.037 0.023 0.018 0.035 0.065 0.199 0.028 0.595 40 T 0.018 0.022 0.017 0.023 0.026 0.093 0.037 0.764 41 T 0.220 0.427 0.010 0.012 0.015 0.046 0.097 0.172 42 T 0.218 0.221 0.016 0.009 0.011 0.067 0.179 0.279 43 R 0.030 0.236 0.025 0.018 0.014 0.081 0.166 0.430 44 D 0.050 0.780 0.004 0.001 0.003 0.017 0.031 0.114 45 F 0.078 0.609 0.011 0.006 0.007 0.033 0.133 0.125 46 T 0.016 0.806 0.009 0.006 0.007 0.020 0.037 0.100 47 Q 0.025 0.873 0.003 0.001 0.002 0.009 0.033 0.055 48 L 0.016 0.901 0.008 0.002 0.002 0.008 0.038 0.025 49 N 0.028 0.896 0.005 0.002 0.002 0.006 0.029 0.031 50 E 0.108 0.606 0.029 0.005 0.005 0.021 0.107 0.118 51 L 0.210 0.327 0.043 0.012 0.014 0.046 0.162 0.185 52 Q 0.252 0.041 0.022 0.012 0.010 0.042 0.168 0.454 53 C 0.023 0.014 0.007 0.007 0.010 0.075 0.045 0.818 54 R 0.008 0.002 0.020 0.006 0.008 0.112 0.034 0.811 55 F 0.222 0.004 0.011 0.009 0.008 0.123 0.049 0.574 56 P 0.283 0.005 0.011 0.003 0.004 0.076 0.051 0.567 57 R 0.013 0.003 0.068 0.006 0.023 0.215 0.017 0.656 58 R 0.002 0.001 0.321 0.020 0.104 0.113 0.070 0.368 59 L 0.001 0.001 0.414 0.135 0.130 0.049 0.080 0.191 60 V 0.001 0.001 0.781 0.084 0.070 0.010 0.029 0.024 61 V 0.003 0.001 0.533 0.128 0.126 0.023 0.051 0.136 62 L 0.001 0.001 0.798 0.055 0.076 0.013 0.017 0.039 63 G 0.007 0.002 0.380 0.081 0.184 0.074 0.068 0.203 64 F 0.032 0.006 0.252 0.087 0.088 0.157 0.058 0.320 65 P 0.234 0.044 0.062 0.030 0.048 0.127 0.101 0.353 66 C 0.101 0.041 0.039 0.010 0.022 0.170 0.073 0.544 67 N 0.086 0.051 0.038 0.018 0.036 0.154 0.057 0.560 68 Q 0.099 0.059 0.032 0.023 0.034 0.144 0.062 0.547 69 F 0.091 0.070 0.031 0.027 0.044 0.140 0.042 0.556 70 G 0.105 0.056 0.031 0.031 0.061 0.101 0.122 0.493 71 H 0.056 0.033 0.027 0.054 0.080 0.113 0.130 0.507 72 Q 0.102 0.023 0.022 0.039 0.049 0.102 0.051 0.612 73 E 0.122 0.025 0.017 0.037 0.047 0.127 0.062 0.564 74 N 0.034 0.032 0.007 0.008 0.017 0.131 0.018 0.753 75 C 0.023 0.072 0.006 0.011 0.014 0.122 0.014 0.738 76 Q 0.035 0.642 0.002 0.004 0.004 0.030 0.021 0.263 77 N 0.035 0.943 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.009 78 E 0.028 0.742 0.006 0.005 0.004 0.013 0.138 0.064 79 E 0.021 0.614 0.011 0.012 0.011 0.026 0.221 0.083 80 I 0.075 0.671 0.011 0.005 0.008 0.028 0.131 0.071 81 L 0.110 0.557 0.017 0.012 0.023 0.040 0.082 0.157 82 N 0.108 0.239 0.013 0.017 0.038 0.054 0.067 0.464 83 S 0.082 0.087 0.019 0.020 0.040 0.101 0.129 0.521 84 L 0.064 0.037 0.035 0.069 0.124 0.128 0.087 0.456 85 K 0.050 0.009 0.021 0.069 0.085 0.115 0.040 0.611 86 Y 0.004 0.002 0.038 0.057 0.071 0.111 0.029 0.688 87 V 0.022 0.002 0.062 0.077 0.096 0.136 0.046 0.560 88 R 0.364 0.002 0.031 0.049 0.034 0.087 0.069 0.364 89 P 0.139 0.001 0.009 0.007 0.010 0.080 0.020 0.734 90 G 0.088 0.001 0.008 0.004 0.009 0.069 0.017 0.805 91 G 0.062 0.002 0.014 0.014 0.038 0.150 0.025 0.694 92 G 0.005 0.001 0.021 0.023 0.053 0.083 0.032 0.782 93 Y 0.010 0.002 0.071 0.152 0.215 0.089 0.038 0.423 94 Q 0.012 0.002 0.075 0.155 0.161 0.063 0.074 0.458 95 P 0.006 0.007 0.111 0.198 0.166 0.059 0.040 0.413 96 T 0.020 0.022 0.155 0.060 0.119 0.074 0.048 0.501 97 F 0.070 0.057 0.117 0.183 0.119 0.063 0.092 0.299 98 T 0.054 0.102 0.168 0.093 0.148 0.060 0.084 0.291 99 L 0.088 0.047 0.081 0.073 0.199 0.068 0.158 0.286 100 V 0.075 0.014 0.065 0.125 0.137 0.081 0.152 0.351 101 Q 0.018 0.006 0.034 0.115 0.160 0.076 0.042 0.549 102 K 0.008 0.003 0.044 0.053 0.173 0.124 0.037 0.558 103 C 0.005 0.002 0.083 0.197 0.279 0.098 0.051 0.285 104 E 0.042 0.002 0.085 0.087 0.123 0.104 0.035 0.522 105 V 0.203 0.006 0.035 0.098 0.067 0.091 0.087 0.412 106 N 0.043 0.006 0.022 0.015 0.027 0.121 0.023 0.743 107 G 0.065 0.009 0.016 0.009 0.025 0.087 0.044 0.744 108 Q 0.070 0.023 0.023 0.033 0.026 0.148 0.074 0.603 109 N 0.036 0.104 0.019 0.024 0.033 0.136 0.049 0.598 110 E 0.058 0.309 0.014 0.015 0.026 0.076 0.035 0.468 111 H 0.079 0.614 0.013 0.022 0.028 0.036 0.045 0.162 112 P 0.023 0.768 0.011 0.017 0.025 0.019 0.036 0.101 113 V 0.017 0.845 0.011 0.010 0.022 0.013 0.040 0.043 114 F 0.024 0.859 0.018 0.013 0.014 0.007 0.037 0.027 115 A 0.033 0.638 0.047 0.040 0.039 0.022 0.079 0.101 116 Y 0.060 0.274 0.180 0.036 0.039 0.043 0.201 0.166 117 L 0.344 0.140 0.071 0.039 0.036 0.040 0.142 0.187 118 K 0.402 0.014 0.025 0.011 0.012 0.043 0.048 0.446 119 D 0.018 0.005 0.004 0.004 0.006 0.054 0.012 0.897 120 K 0.012 0.003 0.007 0.003 0.006 0.084 0.008 0.877 121 L 0.060 0.005 0.014 0.016 0.016 0.170 0.040 0.679 122 P 0.047 0.006 0.016 0.012 0.013 0.108 0.027 0.771 123 Y 0.142 0.009 0.023 0.013 0.018 0.106 0.028 0.661 124 P 0.113 0.011 0.024 0.014 0.016 0.135 0.039 0.649 125 Y 0.026 0.008 0.016 0.007 0.012 0.112 0.019 0.799 126 D 0.045 0.013 0.014 0.006 0.009 0.112 0.032 0.769 127 D 0.174 0.097 0.020 0.015 0.014 0.121 0.113 0.446 128 P 0.148 0.096 0.019 0.010 0.021 0.118 0.062 0.525 129 F 0.089 0.032 0.031 0.024 0.049 0.101 0.129 0.544 130 S 0.043 0.025 0.040 0.053 0.091 0.129 0.105 0.514 131 L 0.070 0.022 0.032 0.029 0.057 0.152 0.052 0.586 132 M 0.014 0.013 0.040 0.040 0.063 0.165 0.034 0.631 133 T 0.025 0.021 0.027 0.014 0.024 0.106 0.031 0.752 134 D 0.383 0.156 0.016 0.014 0.015 0.070 0.087 0.258 135 P 0.132 0.106 0.024 0.014 0.019 0.116 0.067 0.521 136 K 0.045 0.066 0.040 0.019 0.045 0.099 0.090 0.597 137 L 0.050 0.048 0.053 0.030 0.056 0.127 0.086 0.551 138 I 0.056 0.037 0.072 0.050 0.061 0.156 0.080 0.489 139 I 0.037 0.057 0.058 0.028 0.053 0.124 0.062 0.582 140 W 0.052 0.068 0.039 0.021 0.033 0.107 0.069 0.610 141 S 0.164 0.122 0.033 0.033 0.032 0.088 0.115 0.413 142 P 0.093 0.072 0.027 0.019 0.031 0.108 0.137 0.513 143 V 0.052 0.037 0.046 0.022 0.027 0.142 0.095 0.578 144 R 0.215 0.057 0.017 0.014 0.021 0.086 0.061 0.528 145 R 0.115 0.051 0.011 0.007 0.012 0.082 0.053 0.670 146 S 0.021 0.052 0.031 0.016 0.037 0.138 0.047 0.659 147 D 0.022 0.046 0.040 0.026 0.047 0.112 0.163 0.544 148 V 0.045 0.167 0.057 0.070 0.056 0.090 0.135 0.380 149 A 0.063 0.164 0.099 0.044 0.090 0.112 0.089 0.339 150 W 0.042 0.085 0.100 0.071 0.096 0.099 0.119 0.390 151 N 0.063 0.135 0.133 0.076 0.132 0.084 0.114 0.264 152 F 0.053 0.055 0.067 0.061 0.185 0.093 0.140 0.345 153 E 0.036 0.013 0.034 0.170 0.224 0.079 0.054 0.389 154 K 0.006 0.003 0.050 0.233 0.368 0.058 0.023 0.258 155 F 0.007 0.004 0.069 0.149 0.317 0.103 0.017 0.334 156 L 0.001 0.001 0.064 0.340 0.469 0.027 0.019 0.079 157 I 0.008 0.001 0.063 0.169 0.192 0.058 0.028 0.480 158 G 0.912 0.002 0.005 0.016 0.013 0.007 0.029 0.016 159 P 0.299 0.002 0.005 0.014 0.014 0.089 0.015 0.562 160 E 0.005 0.001 0.003 0.001 0.011 0.068 0.002 0.909 161 G 0.010 0.003 0.013 0.010 0.042 0.112 0.017 0.792 162 E 0.018 0.009 0.038 0.401 0.164 0.093 0.049 0.228 163 P 0.038 0.022 0.067 0.115 0.150 0.050 0.052 0.505 164 F 0.054 0.012 0.113 0.165 0.179 0.050 0.075 0.352 165 R 0.033 0.008 0.101 0.227 0.232 0.043 0.065 0.291 166 R 0.011 0.004 0.044 0.071 0.118 0.055 0.064 0.633 167 Y 0.062 0.007 0.065 0.123 0.180 0.085 0.065 0.413 168 S 0.215 0.006 0.021 0.073 0.084 0.076 0.048 0.478 169 R 0.015 0.003 0.015 0.024 0.052 0.107 0.018 0.767 170 T 0.010 0.005 0.018 0.020 0.058 0.113 0.022 0.754 171 F 0.032 0.006 0.028 0.068 0.044 0.132 0.057 0.632 172 P 0.116 0.032 0.025 0.028 0.023 0.085 0.084 0.607 173 T 0.332 0.096 0.017 0.010 0.017 0.057 0.094 0.378 174 I 0.058 0.055 0.017 0.011 0.013 0.115 0.044 0.687 175 N 0.018 0.156 0.018 0.010 0.013 0.079 0.057 0.649 176 I 0.037 0.745 0.004 0.002 0.003 0.027 0.027 0.155 177 E 0.058 0.863 0.005 0.002 0.002 0.009 0.034 0.027 178 P 0.019 0.869 0.005 0.002 0.002 0.011 0.030 0.062 179 D 0.018 0.942 0.003 0.001 0.001 0.003 0.019 0.014 180 I 0.026 0.927 0.004 0.001 0.001 0.003 0.026 0.012 181 K 0.069 0.757 0.021 0.002 0.002 0.012 0.056 0.081 182 R 0.164 0.284 0.039 0.005 0.004 0.040 0.204 0.260 183 L 0.162 0.101 0.047 0.006 0.006 0.076 0.277 0.326 184 L 0.094 0.040 0.015 0.004 0.005 0.071 0.089 0.682 185 K 0.036 0.018 0.006 0.002 0.004 0.066 0.028 0.840