# TARGET T0345 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58.3006 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.103 0.098 0.035 0.012 0.154 0.017 0.059 0.313 0.103 0.068 0.038 2 I 0.094 0.110 0.044 0.023 0.135 0.026 0.048 0.242 0.107 0.122 0.048 3 A 0.152 0.129 0.049 0.020 0.221 0.016 0.030 0.139 0.103 0.083 0.058 4 K 0.061 0.121 0.036 0.022 0.113 0.055 0.099 0.246 0.155 0.065 0.026 5 S 0.129 0.184 0.055 0.011 0.272 0.006 0.038 0.111 0.065 0.085 0.043 6 F 0.247 0.078 0.015 0.007 0.246 0.017 0.036 0.101 0.101 0.084 0.069 7 Y 0.057 0.304 0.076 0.044 0.256 0.037 0.038 0.092 0.041 0.033 0.022 8 D 0.480 0.030 0.007 0.001 0.299 0.001 0.004 0.010 0.010 0.053 0.106 9 L 0.254 0.171 0.025 0.003 0.456 0.002 0.004 0.014 0.021 0.018 0.031 10 S 0.255 0.132 0.016 0.002 0.497 0.003 0.008 0.015 0.008 0.016 0.048 11 A 0.356 0.095 0.022 0.001 0.429 0.001 0.004 0.007 0.007 0.020 0.058 12 I 0.047 0.284 0.039 0.008 0.421 0.036 0.039 0.064 0.026 0.022 0.013 13 N 0.281 0.165 0.251 0.002 0.205 0.001 0.003 0.021 0.010 0.011 0.052 14 L 0.047 0.020 0.017 0.094 0.030 0.197 0.089 0.280 0.129 0.059 0.038 15 D 0.001 0.251 0.229 0.438 0.011 0.031 0.025 0.008 0.003 0.002 0.001 16 G 0.008 0.005 0.013 0.024 0.003 0.003 0.001 0.003 0.011 0.644 0.284 17 E 0.018 0.527 0.101 0.005 0.217 0.003 0.010 0.039 0.040 0.034 0.007 18 K 0.377 0.071 0.017 0.001 0.378 0.001 0.005 0.010 0.016 0.031 0.093 19 V 0.043 0.465 0.213 0.017 0.210 0.007 0.013 0.007 0.005 0.007 0.013 20 D 0.141 0.402 0.131 0.001 0.302 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.018 21 F 0.010 0.009 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.195 0.713 0.046 0.011 22 N 0.003 0.011 0.004 0.002 0.008 0.008 0.021 0.635 0.293 0.014 0.001 23 T 0.019 0.009 0.003 0.002 0.016 0.001 0.023 0.568 0.222 0.133 0.005 24 F 0.095 0.012 0.030 0.036 0.038 0.053 0.043 0.222 0.151 0.257 0.062 25 R 0.001 0.013 0.015 0.218 0.002 0.155 0.362 0.183 0.032 0.016 0.004 26 G 0.005 0.010 0.028 0.036 0.004 0.009 0.002 0.009 0.037 0.807 0.053 27 R 0.010 0.651 0.116 0.003 0.166 0.001 0.004 0.023 0.017 0.009 0.001 28 A 0.455 0.023 0.001 0.001 0.494 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 29 V 0.108 0.180 0.011 0.006 0.671 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.005 30 L 0.263 0.033 0.001 0.001 0.691 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 31 I 0.381 0.028 0.002 0.005 0.529 0.009 0.004 0.003 0.001 0.002 0.036 32 E 0.243 0.077 0.006 0.008 0.537 0.009 0.014 0.011 0.003 0.012 0.079 33 N 0.238 0.143 0.047 0.024 0.350 0.019 0.017 0.038 0.011 0.029 0.085 34 V 0.167 0.153 0.029 0.012 0.185 0.007 0.011 0.048 0.042 0.180 0.167 35 A 0.113 0.176 0.053 0.047 0.191 0.041 0.031 0.072 0.083 0.101 0.092 36 S 0.027 0.122 0.078 0.038 0.050 0.058 0.183 0.247 0.148 0.029 0.020 37 L 0.073 0.053 0.033 0.016 0.066 0.022 0.093 0.220 0.169 0.202 0.053 38 C 0.040 0.516 0.130 0.027 0.176 0.009 0.012 0.015 0.016 0.040 0.019 39 G 0.026 0.056 0.153 0.209 0.030 0.088 0.038 0.061 0.058 0.169 0.111 40 T 0.132 0.144 0.052 0.020 0.195 0.013 0.047 0.109 0.074 0.112 0.102 41 T 0.034 0.351 0.149 0.027 0.139 0.013 0.019 0.107 0.071 0.069 0.022 42 T 0.032 0.077 0.029 0.008 0.071 0.011 0.025 0.301 0.280 0.122 0.044 43 R 0.009 0.047 0.042 0.006 0.020 0.015 0.076 0.483 0.250 0.046 0.007 44 D 0.043 0.092 0.045 0.006 0.056 0.003 0.015 0.282 0.111 0.287 0.063 45 F 0.007 0.020 0.004 0.001 0.014 0.001 0.002 0.627 0.285 0.032 0.008 46 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.853 0.119 0.003 0.001 47 Q 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.863 0.070 0.057 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.896 0.086 0.014 0.001 49 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.913 0.077 0.001 0.001 50 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.910 0.070 0.010 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.810 0.142 0.028 0.001 52 Q 0.005 0.010 0.002 0.001 0.008 0.004 0.017 0.618 0.290 0.042 0.003 53 C 0.005 0.015 0.006 0.005 0.010 0.010 0.120 0.645 0.129 0.051 0.004 54 R 0.015 0.014 0.012 0.013 0.025 0.077 0.273 0.128 0.098 0.320 0.024 55 F 0.371 0.097 0.064 0.007 0.277 0.002 0.009 0.019 0.015 0.022 0.115 56 P 0.020 0.068 0.045 0.032 0.053 0.049 0.081 0.312 0.278 0.052 0.011 57 R 0.008 0.060 0.012 0.008 0.029 0.021 0.128 0.261 0.250 0.212 0.011 58 R 0.205 0.062 0.013 0.014 0.199 0.013 0.027 0.026 0.051 0.256 0.135 59 L 0.089 0.121 0.005 0.001 0.778 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 60 V 0.112 0.089 0.003 0.001 0.786 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 61 V 0.526 0.014 0.002 0.001 0.370 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.083 62 L 0.124 0.058 0.013 0.040 0.339 0.123 0.181 0.022 0.010 0.028 0.061 63 G 0.363 0.088 0.031 0.002 0.354 0.001 0.001 0.002 0.003 0.020 0.135 64 F 0.064 0.302 0.231 0.060 0.223 0.011 0.007 0.018 0.014 0.033 0.036 65 P 0.079 0.393 0.124 0.024 0.260 0.010 0.015 0.028 0.019 0.024 0.024 66 C 0.033 0.083 0.023 0.017 0.060 0.042 0.058 0.174 0.390 0.084 0.036 67 N 0.062 0.046 0.040 0.025 0.072 0.021 0.038 0.134 0.155 0.332 0.076 68 Q 0.088 0.120 0.049 0.015 0.117 0.018 0.070 0.228 0.137 0.132 0.026 69 F 0.045 0.117 0.078 0.074 0.061 0.053 0.066 0.154 0.136 0.168 0.048 70 G 0.029 0.069 0.073 0.131 0.049 0.107 0.098 0.121 0.123 0.148 0.052 71 H 0.074 0.103 0.068 0.025 0.130 0.019 0.034 0.140 0.122 0.220 0.064 72 Q 0.106 0.158 0.083 0.016 0.165 0.016 0.037 0.149 0.101 0.121 0.048 73 E 0.051 0.159 0.119 0.054 0.111 0.073 0.127 0.162 0.070 0.048 0.026 74 N 0.088 0.127 0.123 0.053 0.110 0.044 0.050 0.111 0.059 0.152 0.084 75 C 0.037 0.176 0.123 0.041 0.096 0.035 0.027 0.107 0.063 0.248 0.047 76 Q 0.041 0.315 0.187 0.022 0.099 0.016 0.023 0.121 0.038 0.113 0.023 77 N 0.041 0.062 0.047 0.008 0.075 0.003 0.005 0.518 0.129 0.083 0.029 78 E 0.001 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.003 0.866 0.108 0.008 0.001 79 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.933 0.042 0.012 0.001 80 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.926 0.053 0.014 0.001 81 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.006 0.916 0.058 0.007 0.001 82 N 0.003 0.005 0.003 0.002 0.005 0.005 0.042 0.869 0.050 0.013 0.002 83 S 0.005 0.007 0.006 0.003 0.009 0.006 0.032 0.790 0.080 0.058 0.003 84 L 0.090 0.026 0.005 0.002 0.067 0.002 0.009 0.498 0.162 0.106 0.033 85 K 0.031 0.049 0.010 0.007 0.062 0.026 0.079 0.506 0.177 0.041 0.011 86 Y 0.086 0.078 0.029 0.007 0.165 0.007 0.062 0.347 0.081 0.102 0.035 87 V 0.078 0.200 0.092 0.023 0.248 0.030 0.069 0.110 0.051 0.067 0.031 88 R 0.078 0.263 0.282 0.039 0.186 0.014 0.021 0.069 0.021 0.012 0.015 89 P 0.027 0.079 0.073 0.025 0.042 0.055 0.138 0.325 0.162 0.058 0.017 90 G 0.018 0.189 0.118 0.140 0.051 0.071 0.081 0.068 0.057 0.182 0.027 91 G 0.033 0.099 0.120 0.175 0.049 0.055 0.033 0.025 0.046 0.274 0.091 92 G 0.025 0.055 0.065 0.148 0.039 0.083 0.037 0.066 0.100 0.324 0.059 93 Y 0.136 0.142 0.061 0.016 0.210 0.009 0.020 0.046 0.081 0.189 0.089 94 Q 0.052 0.363 0.242 0.015 0.224 0.009 0.013 0.030 0.020 0.022 0.012 95 P 0.182 0.268 0.060 0.002 0.415 0.002 0.006 0.018 0.010 0.009 0.028 96 T 0.258 0.093 0.044 0.012 0.285 0.017 0.041 0.044 0.042 0.067 0.098 97 F 0.124 0.322 0.108 0.007 0.369 0.003 0.004 0.020 0.013 0.010 0.019 98 T 0.121 0.305 0.047 0.004 0.416 0.006 0.014 0.040 0.016 0.012 0.018 99 L 0.374 0.102 0.019 0.005 0.334 0.004 0.012 0.021 0.015 0.042 0.073 100 V 0.223 0.121 0.038 0.037 0.282 0.039 0.030 0.029 0.030 0.072 0.098 101 Q 0.075 0.323 0.133 0.034 0.315 0.021 0.027 0.030 0.015 0.015 0.013 102 K 0.411 0.039 0.011 0.004 0.248 0.008 0.018 0.018 0.025 0.072 0.146 103 C 0.121 0.312 0.053 0.010 0.448 0.009 0.007 0.007 0.005 0.007 0.020 104 E 0.368 0.092 0.019 0.001 0.417 0.001 0.004 0.006 0.004 0.013 0.075 105 V 0.260 0.091 0.027 0.059 0.215 0.091 0.056 0.053 0.027 0.036 0.086 106 N 0.012 0.036 0.035 0.415 0.019 0.199 0.112 0.056 0.046 0.054 0.015 107 G 0.011 0.057 0.183 0.384 0.025 0.051 0.013 0.048 0.061 0.151 0.016 108 Q 0.017 0.062 0.041 0.027 0.042 0.068 0.126 0.258 0.234 0.106 0.019 109 N 0.052 0.102 0.082 0.040 0.074 0.024 0.058 0.136 0.092 0.244 0.096 110 E 0.053 0.157 0.087 0.022 0.094 0.016 0.028 0.109 0.117 0.275 0.041 111 H 0.024 0.303 0.192 0.007 0.093 0.004 0.008 0.314 0.038 0.009 0.009 112 P 0.005 0.019 0.005 0.001 0.015 0.001 0.004 0.831 0.110 0.007 0.003 113 V 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.917 0.053 0.010 0.001 114 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.928 0.056 0.009 0.001 115 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.948 0.041 0.001 0.001 116 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.922 0.045 0.016 0.001 117 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.822 0.130 0.026 0.002 118 K 0.006 0.017 0.003 0.002 0.010 0.005 0.027 0.680 0.225 0.021 0.003 119 D 0.010 0.035 0.011 0.005 0.032 0.009 0.134 0.575 0.129 0.052 0.007 120 K 0.072 0.048 0.026 0.008 0.082 0.020 0.091 0.145 0.115 0.336 0.057 121 L 0.120 0.317 0.155 0.010 0.298 0.004 0.012 0.040 0.013 0.010 0.021 122 P 0.042 0.161 0.092 0.035 0.095 0.055 0.114 0.155 0.127 0.100 0.024 123 Y 0.034 0.270 0.323 0.044 0.120 0.015 0.034 0.060 0.037 0.041 0.022 124 P 0.075 0.198 0.083 0.019 0.192 0.035 0.055 0.151 0.086 0.065 0.042 125 Y 0.077 0.184 0.067 0.019 0.241 0.023 0.063 0.098 0.082 0.106 0.041 126 D 0.077 0.064 0.069 0.048 0.088 0.042 0.038 0.064 0.079 0.333 0.099 127 D 0.117 0.242 0.188 0.012 0.315 0.003 0.011 0.042 0.020 0.023 0.027 128 P 0.059 0.120 0.032 0.008 0.095 0.016 0.045 0.248 0.242 0.104 0.031 129 F 0.054 0.117 0.058 0.025 0.101 0.026 0.068 0.166 0.187 0.159 0.040 130 S 0.086 0.115 0.063 0.019 0.147 0.024 0.060 0.227 0.132 0.092 0.037 131 L 0.103 0.112 0.037 0.012 0.172 0.019 0.041 0.190 0.139 0.128 0.047 132 M 0.103 0.155 0.055 0.017 0.210 0.022 0.045 0.178 0.081 0.093 0.041 133 T 0.071 0.150 0.119 0.042 0.154 0.040 0.063 0.089 0.061 0.158 0.052 134 D 0.243 0.156 0.084 0.006 0.408 0.002 0.006 0.022 0.010 0.013 0.051 135 P 0.037 0.059 0.017 0.003 0.068 0.005 0.015 0.306 0.402 0.070 0.019 136 K 0.029 0.072 0.024 0.007 0.067 0.018 0.099 0.354 0.217 0.101 0.013 137 L 0.157 0.088 0.022 0.008 0.179 0.008 0.039 0.214 0.111 0.123 0.051 138 I 0.122 0.123 0.036 0.012 0.236 0.022 0.038 0.187 0.101 0.079 0.046 139 I 0.136 0.166 0.046 0.012 0.281 0.013 0.032 0.162 0.057 0.057 0.038 140 W 0.142 0.124 0.066 0.029 0.197 0.027 0.037 0.094 0.066 0.143 0.074 141 S 0.101 0.245 0.164 0.033 0.274 0.013 0.028 0.072 0.025 0.018 0.028 142 P 0.073 0.139 0.057 0.011 0.129 0.016 0.033 0.201 0.188 0.112 0.041 143 V 0.068 0.201 0.074 0.020 0.149 0.024 0.073 0.158 0.115 0.091 0.026 144 R 0.152 0.167 0.077 0.022 0.168 0.019 0.032 0.103 0.068 0.118 0.074 145 R 0.079 0.097 0.027 0.040 0.137 0.040 0.054 0.221 0.181 0.073 0.051 146 S 0.025 0.049 0.027 0.031 0.043 0.051 0.075 0.230 0.233 0.200 0.037 147 D 0.140 0.131 0.034 0.005 0.230 0.004 0.017 0.110 0.113 0.175 0.040 148 V 0.408 0.062 0.007 0.001 0.337 0.002 0.002 0.028 0.025 0.033 0.095 149 A 0.092 0.175 0.054 0.027 0.280 0.035 0.055 0.114 0.080 0.056 0.032 150 W 0.226 0.134 0.042 0.016 0.299 0.027 0.050 0.080 0.034 0.033 0.060 151 N 0.258 0.102 0.030 0.011 0.306 0.004 0.009 0.013 0.017 0.146 0.107 152 F 0.368 0.087 0.019 0.002 0.314 0.002 0.002 0.010 0.019 0.067 0.110 153 E 0.054 0.094 0.032 0.032 0.207 0.098 0.239 0.131 0.073 0.030 0.011 154 K 0.428 0.045 0.010 0.004 0.395 0.004 0.013 0.013 0.014 0.019 0.054 155 F 0.172 0.151 0.017 0.005 0.608 0.007 0.004 0.006 0.002 0.005 0.024 156 L 0.216 0.084 0.005 0.001 0.647 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.037 157 I 0.094 0.392 0.054 0.005 0.374 0.006 0.005 0.009 0.003 0.023 0.034 158 G 0.035 0.153 0.652 0.039 0.094 0.003 0.003 0.010 0.004 0.003 0.005 159 P 0.002 0.006 0.016 0.022 0.002 0.066 0.151 0.618 0.108 0.008 0.002 160 E 0.001 0.627 0.217 0.084 0.015 0.006 0.026 0.012 0.003 0.007 0.003 161 G 0.021 0.012 0.019 0.018 0.008 0.006 0.001 0.002 0.008 0.630 0.275 162 E 0.003 0.758 0.141 0.001 0.091 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 163 P 0.554 0.053 0.006 0.001 0.331 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.049 164 F 0.100 0.151 0.047 0.082 0.295 0.124 0.129 0.024 0.020 0.013 0.016 165 R 0.167 0.198 0.040 0.006 0.516 0.007 0.007 0.015 0.007 0.008 0.029 166 R 0.242 0.176 0.033 0.007 0.417 0.008 0.011 0.025 0.007 0.020 0.053 167 Y 0.133 0.163 0.053 0.022 0.245 0.013 0.019 0.026 0.022 0.176 0.128 168 S 0.093 0.321 0.160 0.020 0.306 0.005 0.007 0.022 0.022 0.017 0.028 169 R 0.039 0.139 0.034 0.006 0.145 0.013 0.048 0.248 0.244 0.065 0.020 170 T 0.122 0.062 0.036 0.005 0.126 0.007 0.054 0.053 0.104 0.321 0.110 171 F 0.027 0.468 0.320 0.009 0.118 0.003 0.018 0.018 0.009 0.005 0.006 172 P 0.018 0.586 0.261 0.004 0.100 0.002 0.003 0.011 0.005 0.003 0.007 173 T 0.061 0.053 0.008 0.003 0.073 0.006 0.014 0.245 0.458 0.037 0.041 174 I 0.002 0.007 0.005 0.005 0.005 0.104 0.133 0.386 0.282 0.060 0.010 175 N 0.046 0.058 0.013 0.001 0.063 0.001 0.009 0.227 0.149 0.406 0.028 176 I 0.066 0.036 0.010 0.001 0.030 0.001 0.003 0.283 0.232 0.305 0.033 177 E 0.001 0.029 0.011 0.002 0.008 0.001 0.003 0.845 0.096 0.002 0.001 178 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.969 0.025 0.001 0.001 179 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.024 0.012 0.001 180 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.913 0.076 0.011 0.001 181 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.908 0.087 0.001 0.001 182 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.949 0.038 0.004 0.001 183 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.869 0.080 0.013 0.001 184 L 0.003 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.716 0.207 0.052 0.004 185 K 0.002 0.009 0.004 0.003 0.004 0.014 0.067 0.649 0.205 0.040 0.003