# TARGET T0344 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.006 0.867 0.004 0.003 0.014 0.001 0.001 0.017 0.035 0.007 0.016 0.026 2 R 0.011 0.027 0.579 0.012 0.002 0.020 0.020 0.009 0.175 0.032 0.005 0.047 0.062 3 I 0.018 0.014 0.117 0.008 0.001 0.023 0.061 0.055 0.476 0.009 0.003 0.030 0.186 4 V 0.041 0.002 0.040 0.517 0.001 0.013 0.077 0.116 0.101 0.011 0.002 0.048 0.031 5 A 0.061 0.006 0.094 0.010 0.001 0.012 0.257 0.157 0.108 0.015 0.003 0.128 0.147 6 A 0.039 0.004 0.140 0.006 0.004 0.012 0.138 0.272 0.132 0.044 0.006 0.080 0.122 7 D 0.013 0.013 0.285 0.018 0.011 0.012 0.031 0.173 0.163 0.069 0.031 0.076 0.107 8 T 0.006 0.006 0.321 0.063 0.037 0.020 0.007 0.021 0.107 0.148 0.166 0.017 0.082 9 G 0.008 0.012 0.244 0.116 0.053 0.019 0.003 0.004 0.033 0.265 0.191 0.032 0.020 10 G 0.016 0.015 0.330 0.064 0.059 0.021 0.006 0.001 0.045 0.263 0.093 0.031 0.056 11 A 0.039 0.015 0.409 0.009 0.030 0.028 0.013 0.008 0.086 0.158 0.041 0.067 0.097 12 V 0.110 0.031 0.180 0.004 0.015 0.030 0.118 0.103 0.111 0.042 0.027 0.087 0.143 13 L 0.175 0.032 0.123 0.007 0.011 0.053 0.123 0.061 0.102 0.056 0.013 0.100 0.143 14 D 0.077 0.025 0.335 0.028 0.023 0.057 0.040 0.019 0.076 0.046 0.026 0.107 0.140 15 E 0.016 0.012 0.197 0.017 0.136 0.095 0.010 0.003 0.022 0.095 0.312 0.024 0.060 16 T 0.009 0.009 0.099 0.012 0.105 0.058 0.001 0.001 0.003 0.109 0.568 0.007 0.018 17 F 0.006 0.011 0.210 0.005 0.062 0.054 0.001 0.001 0.002 0.227 0.388 0.016 0.020 18 E 0.002 0.004 0.367 0.003 0.018 0.080 0.001 0.001 0.001 0.371 0.110 0.027 0.017 19 P 0.003 0.019 0.340 0.005 0.025 0.236 0.001 0.001 0.003 0.165 0.126 0.007 0.071 20 I 0.014 0.019 0.316 0.012 0.026 0.363 0.003 0.001 0.009 0.108 0.065 0.037 0.027 21 G 0.030 0.012 0.275 0.004 0.026 0.305 0.008 0.001 0.017 0.181 0.052 0.042 0.049 22 L 0.069 0.022 0.114 0.007 0.042 0.359 0.045 0.005 0.056 0.044 0.028 0.012 0.196 23 I 0.118 0.006 0.046 0.033 0.037 0.568 0.036 0.014 0.029 0.014 0.010 0.058 0.032 24 A 0.268 0.004 0.032 0.030 0.050 0.429 0.029 0.005 0.022 0.020 0.019 0.024 0.068 25 T 0.295 0.003 0.031 0.015 0.060 0.313 0.035 0.009 0.047 0.016 0.030 0.066 0.079 26 V 0.219 0.002 0.034 0.235 0.017 0.257 0.044 0.016 0.030 0.019 0.017 0.011 0.100 27 A 0.194 0.002 0.041 0.033 0.016 0.403 0.072 0.018 0.040 0.012 0.020 0.113 0.036 28 V 0.325 0.002 0.023 0.009 0.007 0.344 0.083 0.026 0.032 0.008 0.018 0.017 0.106 29 L 0.291 0.008 0.036 0.006 0.007 0.341 0.067 0.030 0.022 0.014 0.045 0.078 0.053 30 V 0.130 0.015 0.084 0.013 0.007 0.328 0.044 0.020 0.030 0.042 0.177 0.014 0.098 31 E 0.034 0.019 0.317 0.008 0.011 0.125 0.008 0.003 0.016 0.205 0.142 0.069 0.043 32 K 0.003 0.012 0.441 0.004 0.012 0.024 0.001 0.001 0.005 0.335 0.088 0.030 0.046 33 P 0.002 0.014 0.412 0.009 0.044 0.022 0.001 0.001 0.003 0.161 0.262 0.005 0.066 34 Y 0.009 0.033 0.335 0.006 0.055 0.030 0.001 0.001 0.005 0.232 0.215 0.048 0.030 35 R 0.010 0.030 0.382 0.006 0.057 0.044 0.001 0.001 0.004 0.244 0.114 0.033 0.074 36 S 0.008 0.022 0.440 0.007 0.053 0.054 0.001 0.001 0.004 0.228 0.061 0.028 0.093 37 A 0.012 0.014 0.290 0.012 0.086 0.175 0.001 0.001 0.003 0.181 0.127 0.022 0.076 38 K 0.034 0.020 0.209 0.036 0.088 0.139 0.003 0.001 0.005 0.220 0.124 0.071 0.051 39 E 0.085 0.013 0.171 0.028 0.061 0.122 0.008 0.001 0.017 0.110 0.035 0.061 0.287 40 V 0.232 0.008 0.143 0.051 0.027 0.114 0.019 0.003 0.020 0.053 0.023 0.158 0.150 41 M 0.328 0.010 0.070 0.014 0.012 0.071 0.058 0.009 0.042 0.016 0.008 0.121 0.241 42 V 0.294 0.010 0.079 0.013 0.017 0.083 0.055 0.016 0.025 0.013 0.008 0.161 0.227 43 K 0.267 0.018 0.098 0.040 0.022 0.116 0.046 0.009 0.025 0.035 0.034 0.113 0.176 44 Y 0.101 0.023 0.207 0.026 0.020 0.092 0.027 0.004 0.025 0.078 0.110 0.070 0.217 45 A 0.019 0.017 0.343 0.012 0.020 0.043 0.005 0.001 0.008 0.273 0.160 0.046 0.055 46 N 0.001 0.017 0.510 0.012 0.016 0.012 0.001 0.001 0.007 0.328 0.052 0.022 0.021 47 P 0.001 0.013 0.269 0.007 0.120 0.021 0.001 0.001 0.005 0.156 0.362 0.007 0.037 48 Y 0.009 0.044 0.193 0.005 0.129 0.023 0.004 0.002 0.011 0.167 0.368 0.024 0.022 49 D 0.008 0.067 0.409 0.002 0.103 0.029 0.002 0.001 0.012 0.211 0.091 0.018 0.047 50 Y 0.005 0.027 0.259 0.004 0.098 0.083 0.002 0.001 0.007 0.280 0.198 0.012 0.025 51 D 0.001 0.015 0.314 0.004 0.081 0.095 0.001 0.001 0.003 0.201 0.264 0.007 0.014 52 L 0.001 0.016 0.222 0.001 0.112 0.131 0.001 0.001 0.001 0.197 0.301 0.005 0.012 53 T 0.002 0.012 0.187 0.003 0.071 0.155 0.001 0.001 0.001 0.214 0.339 0.004 0.011 54 G 0.002 0.011 0.167 0.002 0.062 0.318 0.001 0.001 0.001 0.214 0.205 0.007 0.010 55 R 0.004 0.011 0.160 0.003 0.047 0.558 0.001 0.001 0.002 0.112 0.075 0.003 0.023 56 Q 0.011 0.008 0.106 0.003 0.047 0.668 0.001 0.001 0.004 0.054 0.053 0.030 0.014 57 A 0.008 0.005 0.062 0.003 0.026 0.772 0.001 0.001 0.002 0.052 0.038 0.004 0.027 58 I 0.006 0.002 0.018 0.001 0.026 0.903 0.001 0.001 0.001 0.012 0.020 0.003 0.006 59 R 0.006 0.001 0.007 0.001 0.017 0.949 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.002 60 D 0.003 0.001 0.005 0.001 0.014 0.958 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.001 0.002 61 E 0.003 0.001 0.003 0.001 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 62 V 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 63 L 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 L 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 66 I 0.005 0.001 0.002 0.001 0.008 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 67 E 0.004 0.001 0.011 0.001 0.017 0.928 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.006 0.004 68 L 0.003 0.003 0.017 0.003 0.026 0.836 0.001 0.001 0.001 0.008 0.085 0.001 0.016 69 A 0.001 0.002 0.011 0.002 0.137 0.777 0.001 0.001 0.001 0.006 0.058 0.002 0.003 70 R 0.003 0.001 0.011 0.002 0.179 0.647 0.001 0.001 0.001 0.017 0.129 0.006 0.005 71 K 0.002 0.005 0.043 0.004 0.209 0.443 0.002 0.001 0.001 0.041 0.214 0.006 0.031 72 V 0.003 0.026 0.210 0.006 0.041 0.239 0.003 0.001 0.003 0.233 0.131 0.027 0.078 73 K 0.001 0.009 0.699 0.013 0.018 0.032 0.001 0.001 0.001 0.126 0.063 0.018 0.021 74 P 0.001 0.005 0.376 0.025 0.061 0.033 0.001 0.001 0.003 0.185 0.299 0.003 0.010 75 D 0.002 0.003 0.154 0.084 0.090 0.039 0.002 0.002 0.016 0.260 0.326 0.010 0.012 76 V 0.025 0.027 0.226 0.005 0.043 0.046 0.049 0.076 0.235 0.094 0.075 0.055 0.044 77 I 0.054 0.041 0.088 0.023 0.011 0.034 0.256 0.143 0.192 0.020 0.020 0.016 0.103 78 H 0.050 0.012 0.123 0.007 0.003 0.014 0.105 0.193 0.244 0.030 0.006 0.153 0.060 79 L 0.021 0.017 0.208 0.012 0.007 0.023 0.040 0.196 0.213 0.068 0.020 0.030 0.146 80 D 0.007 0.027 0.395 0.015 0.026 0.020 0.011 0.015 0.107 0.221 0.063 0.041 0.051 81 S 0.004 0.020 0.405 0.027 0.066 0.026 0.002 0.001 0.036 0.175 0.187 0.011 0.040 82 T 0.005 0.045 0.323 0.013 0.091 0.042 0.001 0.001 0.013 0.184 0.232 0.019 0.032 83 L 0.004 0.024 0.200 0.013 0.081 0.034 0.001 0.001 0.004 0.246 0.355 0.014 0.024 84 G 0.004 0.003 0.181 0.013 0.049 0.027 0.001 0.001 0.001 0.314 0.380 0.013 0.014 85 G 0.037 0.009 0.375 0.006 0.032 0.043 0.004 0.001 0.005 0.221 0.146 0.027 0.094 86 I 0.224 0.018 0.219 0.007 0.013 0.028 0.044 0.001 0.016 0.042 0.026 0.097 0.264 87 E 0.250 0.009 0.074 0.002 0.002 0.010 0.057 0.001 0.018 0.016 0.003 0.458 0.099 88 L 0.127 0.009 0.086 0.016 0.004 0.014 0.030 0.001 0.017 0.008 0.004 0.030 0.654 89 R 0.097 0.007 0.127 0.112 0.007 0.023 0.014 0.001 0.019 0.028 0.007 0.483 0.075 90 K 0.129 0.015 0.119 0.024 0.022 0.028 0.011 0.001 0.008 0.029 0.010 0.044 0.559 91 L 0.043 0.023 0.220 0.027 0.064 0.042 0.009 0.001 0.011 0.081 0.038 0.176 0.264 92 D 0.007 0.012 0.341 0.022 0.042 0.040 0.002 0.001 0.005 0.251 0.124 0.026 0.128 93 E 0.001 0.006 0.386 0.004 0.007 0.068 0.001 0.001 0.002 0.399 0.052 0.055 0.020 94 P 0.002 0.014 0.528 0.003 0.011 0.105 0.001 0.001 0.002 0.096 0.103 0.017 0.120 95 T 0.024 0.044 0.277 0.005 0.023 0.276 0.002 0.001 0.006 0.179 0.053 0.055 0.054 96 I 0.010 0.005 0.076 0.002 0.115 0.668 0.001 0.001 0.003 0.052 0.040 0.006 0.021 97 D 0.010 0.005 0.063 0.003 0.158 0.631 0.002 0.002 0.010 0.027 0.066 0.010 0.014 98 A 0.005 0.004 0.026 0.001 0.127 0.713 0.001 0.001 0.004 0.011 0.097 0.003 0.009 99 L 0.004 0.007 0.042 0.003 0.090 0.562 0.001 0.001 0.005 0.053 0.220 0.005 0.007 100 G 0.006 0.007 0.095 0.006 0.061 0.359 0.001 0.001 0.004 0.078 0.362 0.012 0.009 101 I 0.009 0.021 0.325 0.001 0.026 0.218 0.002 0.001 0.007 0.169 0.164 0.007 0.050 102 S 0.002 0.018 0.600 0.002 0.028 0.079 0.002 0.001 0.011 0.110 0.108 0.009 0.031 103 D 0.003 0.007 0.154 0.002 0.130 0.289 0.002 0.001 0.010 0.113 0.252 0.020 0.018 104 K 0.001 0.002 0.049 0.007 0.094 0.278 0.001 0.001 0.002 0.069 0.487 0.003 0.008 105 G 0.001 0.004 0.149 0.008 0.056 0.139 0.001 0.001 0.007 0.103 0.517 0.005 0.012 106 K 0.006 0.029 0.537 0.002 0.004 0.079 0.006 0.001 0.032 0.078 0.008 0.092 0.127 107 E 0.003 0.074 0.349 0.003 0.004 0.099 0.005 0.001 0.055 0.020 0.008 0.022 0.357 108 V 0.005 0.028 0.209 0.064 0.019 0.436 0.006 0.001 0.024 0.051 0.047 0.070 0.040 109 W 0.002 0.007 0.091 0.005 0.059 0.681 0.002 0.001 0.004 0.041 0.059 0.007 0.041 110 K 0.001 0.001 0.047 0.004 0.255 0.552 0.001 0.001 0.002 0.037 0.085 0.005 0.010 111 E 0.001 0.003 0.057 0.001 0.207 0.599 0.001 0.001 0.002 0.023 0.093 0.004 0.008 112 L 0.003 0.028 0.063 0.001 0.136 0.589 0.001 0.001 0.003 0.049 0.106 0.003 0.017 113 S 0.001 0.007 0.093 0.001 0.098 0.611 0.001 0.001 0.001 0.059 0.120 0.004 0.004 114 K 0.001 0.002 0.046 0.001 0.123 0.322 0.001 0.001 0.001 0.084 0.419 0.001 0.002 115 D 0.001 0.005 0.087 0.001 0.144 0.146 0.001 0.001 0.001 0.093 0.519 0.001 0.003 116 L 0.001 0.018 0.260 0.001 0.092 0.309 0.001 0.001 0.004 0.168 0.138 0.001 0.009 117 Q 0.001 0.002 0.153 0.001 0.036 0.675 0.001 0.001 0.001 0.094 0.035 0.003 0.001 118 P 0.001 0.001 0.012 0.001 0.034 0.900 0.001 0.001 0.001 0.010 0.043 0.001 0.001 119 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.030 0.923 0.001 0.001 0.001 0.010 0.028 0.001 0.001 120 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.040 0.937 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 121 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.035 0.927 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 122 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.051 0.898 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.001 0.002 123 F 0.001 0.002 0.019 0.001 0.038 0.876 0.001 0.001 0.002 0.015 0.037 0.001 0.006 124 W 0.005 0.003 0.034 0.002 0.056 0.766 0.002 0.001 0.002 0.021 0.088 0.011 0.009 125 E 0.004 0.005 0.027 0.001 0.041 0.817 0.001 0.001 0.002 0.022 0.065 0.005 0.008 126 E 0.004 0.008 0.092 0.003 0.055 0.539 0.001 0.001 0.002 0.062 0.191 0.009 0.034 127 T 0.001 0.001 0.082 0.005 0.021 0.173 0.001 0.001 0.002 0.135 0.571 0.005 0.004 128 N 0.001 0.001 0.099 0.012 0.009 0.032 0.001 0.001 0.003 0.223 0.610 0.002 0.007 129 I 0.010 0.008 0.608 0.002 0.005 0.036 0.013 0.003 0.111 0.083 0.021 0.030 0.070 130 E 0.033 0.014 0.225 0.007 0.001 0.013 0.059 0.020 0.353 0.024 0.003 0.186 0.062 131 I 0.041 0.010 0.061 0.006 0.002 0.014 0.104 0.111 0.342 0.004 0.002 0.021 0.281 132 V 0.057 0.002 0.044 0.541 0.001 0.008 0.061 0.060 0.100 0.007 0.002 0.087 0.028 133 A 0.101 0.006 0.099 0.018 0.004 0.015 0.129 0.057 0.145 0.029 0.008 0.138 0.252 134 I 0.086 0.010 0.144 0.047 0.015 0.028 0.098 0.042 0.116 0.061 0.016 0.060 0.277 135 G 0.064 0.011 0.300 0.025 0.024 0.024 0.030 0.008 0.047 0.077 0.050 0.205 0.137 136 K 0.050 0.010 0.211 0.036 0.051 0.046 0.012 0.002 0.014 0.137 0.171 0.032 0.228 137 S 0.047 0.010 0.181 0.043 0.054 0.070 0.004 0.001 0.009 0.166 0.230 0.114 0.072 138 S 0.047 0.009 0.209 0.043 0.027 0.033 0.005 0.001 0.007 0.223 0.194 0.048 0.154 139 V 0.038 0.009 0.354 0.015 0.013 0.068 0.004 0.001 0.015 0.191 0.057 0.161 0.076 140 P 0.076 0.012 0.218 0.013 0.008 0.087 0.012 0.001 0.019 0.040 0.013 0.038 0.463 141 V 0.245 0.014 0.132 0.054 0.006 0.130 0.038 0.002 0.041 0.020 0.009 0.189 0.120 142 R 0.334 0.007 0.045 0.016 0.003 0.080 0.080 0.005 0.040 0.014 0.005 0.179 0.192 143 I 0.241 0.004 0.035 0.020 0.011 0.195 0.096 0.012 0.036 0.007 0.006 0.020 0.316 144 A 0.327 0.001 0.029 0.090 0.008 0.146 0.082 0.008 0.026 0.009 0.003 0.221 0.050 145 E 0.257 0.004 0.024 0.011 0.017 0.212 0.104 0.007 0.024 0.009 0.010 0.059 0.260 146 I 0.192 0.003 0.038 0.026 0.029 0.381 0.051 0.008 0.022 0.023 0.033 0.046 0.149 147 Y 0.119 0.007 0.053 0.022 0.024 0.511 0.030 0.005 0.015 0.030 0.046 0.075 0.063 148 A 0.034 0.006 0.083 0.016 0.025 0.616 0.007 0.001 0.008 0.045 0.090 0.018 0.049 149 G 0.013 0.004 0.122 0.017 0.033 0.502 0.003 0.001 0.008 0.117 0.132 0.020 0.029 150 I 0.016 0.012 0.055 0.006 0.059 0.634 0.006 0.001 0.010 0.047 0.116 0.006 0.032 151 Y 0.022 0.006 0.051 0.003 0.032 0.749 0.005 0.001 0.007 0.033 0.070 0.012 0.009 152 S 0.024 0.005 0.047 0.001 0.018 0.797 0.004 0.002 0.008 0.028 0.036 0.011 0.019 153 A 0.021 0.002 0.023 0.001 0.013 0.879 0.002 0.002 0.006 0.015 0.012 0.004 0.020 154 K 0.015 0.001 0.013 0.004 0.024 0.910 0.001 0.001 0.002 0.006 0.014 0.004 0.004 155 W 0.015 0.002 0.010 0.001 0.033 0.888 0.001 0.001 0.002 0.008 0.030 0.004 0.006 156 G 0.015 0.004 0.019 0.001 0.043 0.813 0.001 0.001 0.002 0.012 0.065 0.004 0.020 157 I 0.008 0.002 0.014 0.003 0.061 0.817 0.001 0.001 0.001 0.008 0.076 0.003 0.006 158 E 0.006 0.001 0.016 0.007 0.061 0.780 0.001 0.001 0.001 0.018 0.100 0.008 0.003 159 N 0.006 0.002 0.027 0.004 0.064 0.740 0.001 0.001 0.001 0.018 0.105 0.006 0.026 160 V 0.033 0.016 0.070 0.002 0.040 0.628 0.003 0.001 0.001 0.037 0.048 0.046 0.076 161 E 0.030 0.015 0.100 0.014 0.034 0.520 0.010 0.001 0.002 0.030 0.082 0.044 0.118 162 K 0.029 0.013 0.097 0.008 0.029 0.407 0.008 0.001 0.003 0.043 0.208 0.053 0.101 163 E 0.003 0.011 0.073 0.012 0.019 0.044 0.001 0.001 0.001 0.092 0.725 0.007 0.012 164 G 0.001 0.001 0.102 0.016 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.236 0.626 0.006 0.003 165 H 0.036 0.004 0.316 0.015 0.006 0.008 0.038 0.014 0.034 0.299 0.087 0.041 0.102 166 L 0.119 0.019 0.062 0.001 0.001 0.003 0.212 0.262 0.180 0.007 0.002 0.059 0.074 167 I 0.231 0.008 0.021 0.008 0.001 0.003 0.335 0.227 0.079 0.003 0.001 0.038 0.045 168 I 0.225 0.005 0.050 0.007 0.001 0.004 0.268 0.238 0.090 0.006 0.008 0.035 0.063 169 G 0.118 0.010 0.224 0.025 0.003 0.007 0.077 0.127 0.114 0.087 0.038 0.057 0.112 170 L 0.015 0.011 0.526 0.014 0.010 0.010 0.002 0.002 0.023 0.256 0.022 0.070 0.041 171 P 0.006 0.011 0.384 0.019 0.087 0.023 0.001 0.001 0.014 0.198 0.151 0.006 0.100 172 R 0.018 0.026 0.269 0.017 0.150 0.032 0.002 0.001 0.020 0.223 0.173 0.046 0.024 173 Y 0.026 0.042 0.287 0.006 0.162 0.038 0.008 0.001 0.024 0.139 0.105 0.031 0.132 174 M 0.020 0.027 0.367 0.004 0.066 0.038 0.009 0.001 0.021 0.165 0.124 0.091 0.068 175 E 0.006 0.035 0.708 0.001 0.013 0.018 0.003 0.001 0.025 0.031 0.048 0.035 0.078 176 V 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011