# TARGET T0344 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.158 0.278 0.052 0.010 0.420 0.003 0.005 0.014 0.010 0.019 0.031 2 R 0.115 0.277 0.054 0.009 0.469 0.011 0.011 0.016 0.008 0.011 0.019 3 I 0.495 0.028 0.004 0.001 0.375 0.001 0.003 0.014 0.006 0.006 0.065 4 V 0.122 0.122 0.034 0.053 0.322 0.094 0.117 0.078 0.017 0.016 0.025 5 A 0.128 0.222 0.040 0.006 0.520 0.004 0.006 0.020 0.008 0.013 0.032 6 A 0.193 0.054 0.016 0.020 0.201 0.027 0.038 0.089 0.084 0.149 0.128 7 D 0.097 0.089 0.117 0.132 0.122 0.064 0.097 0.079 0.045 0.117 0.041 8 T 0.033 0.259 0.133 0.085 0.080 0.033 0.057 0.154 0.071 0.070 0.025 9 G 0.024 0.048 0.055 0.150 0.031 0.069 0.037 0.063 0.066 0.369 0.088 10 G 0.027 0.162 0.241 0.187 0.065 0.039 0.028 0.067 0.060 0.094 0.030 11 A 0.077 0.285 0.139 0.015 0.159 0.013 0.041 0.151 0.061 0.034 0.024 12 V 0.112 0.309 0.131 0.010 0.221 0.009 0.027 0.099 0.026 0.020 0.035 13 L 0.091 0.292 0.085 0.015 0.232 0.024 0.014 0.088 0.043 0.065 0.051 14 D 0.028 0.211 0.254 0.074 0.085 0.030 0.035 0.156 0.092 0.021 0.012 15 E 0.003 0.009 0.016 0.011 0.005 0.010 0.039 0.468 0.386 0.049 0.004 16 T 0.007 0.051 0.011 0.002 0.022 0.005 0.070 0.438 0.283 0.105 0.006 17 F 0.071 0.061 0.015 0.005 0.083 0.007 0.013 0.088 0.132 0.376 0.149 18 E 0.031 0.300 0.131 0.015 0.116 0.018 0.069 0.232 0.061 0.018 0.008 19 P 0.070 0.040 0.016 0.003 0.070 0.005 0.036 0.501 0.173 0.057 0.028 20 I 0.022 0.079 0.019 0.009 0.077 0.007 0.031 0.499 0.214 0.032 0.012 21 G 0.016 0.034 0.022 0.010 0.046 0.008 0.033 0.646 0.138 0.041 0.007 22 L 0.060 0.024 0.007 0.002 0.099 0.003 0.047 0.612 0.104 0.029 0.013 23 I 0.073 0.024 0.006 0.010 0.094 0.019 0.065 0.561 0.105 0.023 0.020 24 A 0.050 0.098 0.029 0.012 0.168 0.016 0.049 0.476 0.067 0.023 0.012 25 T 0.102 0.072 0.010 0.003 0.250 0.008 0.037 0.407 0.060 0.031 0.020 26 V 0.151 0.050 0.008 0.011 0.244 0.021 0.041 0.354 0.071 0.021 0.028 27 A 0.112 0.065 0.013 0.010 0.297 0.017 0.055 0.317 0.065 0.022 0.028 28 V 0.112 0.102 0.013 0.003 0.332 0.007 0.066 0.257 0.061 0.019 0.027 29 L 0.213 0.058 0.011 0.008 0.216 0.016 0.057 0.177 0.079 0.100 0.066 30 V 0.083 0.183 0.080 0.028 0.229 0.027 0.068 0.157 0.057 0.056 0.031 31 E 0.061 0.198 0.138 0.046 0.105 0.047 0.057 0.120 0.087 0.104 0.038 32 K 0.045 0.223 0.247 0.053 0.133 0.025 0.035 0.131 0.061 0.027 0.020 33 P 0.045 0.073 0.032 0.014 0.071 0.033 0.071 0.358 0.215 0.065 0.022 34 Y 0.040 0.066 0.024 0.013 0.072 0.019 0.050 0.358 0.220 0.120 0.020 35 R 0.067 0.092 0.037 0.019 0.101 0.026 0.065 0.294 0.126 0.144 0.031 36 S 0.072 0.269 0.114 0.024 0.129 0.012 0.031 0.114 0.062 0.133 0.040 37 A 0.104 0.082 0.018 0.008 0.140 0.007 0.011 0.251 0.219 0.100 0.060 38 K 0.016 0.037 0.026 0.024 0.031 0.051 0.131 0.461 0.172 0.044 0.007 39 E 0.243 0.039 0.009 0.009 0.201 0.013 0.040 0.188 0.081 0.100 0.077 40 V 0.112 0.227 0.034 0.025 0.380 0.019 0.013 0.091 0.037 0.034 0.027 41 M 0.254 0.080 0.017 0.003 0.471 0.003 0.006 0.040 0.024 0.034 0.066 42 V 0.278 0.123 0.020 0.003 0.470 0.003 0.004 0.026 0.012 0.015 0.047 43 K 0.138 0.124 0.042 0.047 0.260 0.052 0.104 0.111 0.039 0.039 0.044 44 Y 0.170 0.165 0.076 0.019 0.345 0.007 0.015 0.060 0.033 0.062 0.050 45 A 0.097 0.182 0.060 0.050 0.210 0.051 0.063 0.079 0.065 0.096 0.049 46 N 0.134 0.206 0.125 0.024 0.372 0.008 0.013 0.030 0.022 0.027 0.040 47 P 0.030 0.039 0.020 0.017 0.046 0.021 0.089 0.339 0.319 0.062 0.017 48 Y 0.040 0.122 0.059 0.025 0.094 0.027 0.095 0.178 0.137 0.187 0.037 49 D 0.113 0.103 0.048 0.029 0.196 0.031 0.048 0.129 0.098 0.129 0.076 50 Y 0.089 0.156 0.055 0.019 0.147 0.019 0.030 0.135 0.163 0.140 0.049 51 D 0.144 0.103 0.064 0.018 0.200 0.017 0.038 0.185 0.097 0.080 0.053 52 L 0.046 0.028 0.020 0.016 0.042 0.020 0.033 0.322 0.193 0.242 0.038 53 T 0.010 0.123 0.078 0.041 0.029 0.028 0.100 0.442 0.093 0.048 0.009 54 G 0.010 0.021 0.046 0.079 0.012 0.032 0.014 0.578 0.092 0.098 0.018 55 R 0.015 0.010 0.004 0.002 0.020 0.005 0.014 0.796 0.116 0.012 0.006 56 Q 0.009 0.009 0.006 0.003 0.013 0.002 0.006 0.839 0.100 0.009 0.005 57 A 0.003 0.011 0.004 0.001 0.007 0.001 0.005 0.873 0.084 0.011 0.001 58 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.891 0.081 0.006 0.001 59 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.898 0.062 0.005 0.001 60 D 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.013 0.917 0.051 0.005 0.002 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.905 0.082 0.006 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.940 0.056 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.953 0.041 0.001 0.001 64 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.960 0.035 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.041 0.001 0.001 66 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.944 0.051 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.933 0.053 0.002 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.892 0.087 0.006 0.001 69 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.027 0.707 0.226 0.024 0.001 70 R 0.003 0.017 0.008 0.007 0.007 0.017 0.128 0.568 0.207 0.036 0.002 71 K 0.029 0.023 0.004 0.003 0.034 0.011 0.131 0.265 0.177 0.299 0.024 72 V 0.091 0.361 0.157 0.015 0.255 0.009 0.015 0.020 0.021 0.028 0.028 73 K 0.059 0.282 0.248 0.049 0.143 0.043 0.054 0.047 0.028 0.024 0.023 74 P 0.155 0.247 0.040 0.013 0.295 0.012 0.013 0.058 0.081 0.034 0.052 75 D 0.044 0.022 0.008 0.043 0.086 0.090 0.197 0.151 0.134 0.186 0.038 76 V 0.219 0.090 0.011 0.002 0.503 0.002 0.009 0.026 0.022 0.074 0.044 77 I 0.223 0.077 0.006 0.003 0.635 0.003 0.006 0.009 0.003 0.007 0.029 78 H 0.203 0.119 0.037 0.016 0.499 0.007 0.006 0.009 0.005 0.020 0.080 79 L 0.156 0.091 0.020 0.018 0.241 0.019 0.049 0.102 0.087 0.112 0.106 80 D 0.129 0.136 0.046 0.021 0.223 0.021 0.049 0.064 0.063 0.172 0.076 81 S 0.082 0.156 0.089 0.065 0.145 0.033 0.042 0.080 0.092 0.138 0.078 82 T 0.052 0.181 0.209 0.087 0.101 0.044 0.045 0.096 0.070 0.085 0.029 83 L 0.028 0.063 0.051 0.040 0.044 0.079 0.153 0.251 0.156 0.115 0.021 84 G 0.047 0.116 0.138 0.080 0.077 0.024 0.025 0.084 0.055 0.276 0.077 85 G 0.046 0.154 0.220 0.241 0.116 0.036 0.018 0.051 0.024 0.061 0.036 86 I 0.126 0.225 0.036 0.006 0.474 0.007 0.014 0.064 0.021 0.012 0.017 87 E 0.227 0.128 0.023 0.003 0.464 0.004 0.013 0.066 0.022 0.016 0.034 88 L 0.381 0.080 0.017 0.006 0.319 0.008 0.013 0.058 0.020 0.031 0.067 89 R 0.055 0.305 0.094 0.028 0.207 0.029 0.059 0.126 0.047 0.026 0.022 90 K 0.095 0.270 0.198 0.021 0.167 0.013 0.020 0.059 0.048 0.062 0.047 91 L 0.091 0.257 0.097 0.023 0.180 0.021 0.033 0.169 0.070 0.032 0.027 92 D 0.059 0.077 0.037 0.032 0.054 0.083 0.140 0.169 0.151 0.150 0.048 93 E 0.038 0.291 0.273 0.065 0.117 0.008 0.008 0.072 0.064 0.044 0.019 94 P 0.044 0.115 0.048 0.012 0.075 0.011 0.045 0.452 0.129 0.052 0.018 95 T 0.031 0.194 0.041 0.004 0.081 0.005 0.015 0.332 0.200 0.087 0.011 96 I 0.036 0.009 0.004 0.008 0.027 0.009 0.011 0.508 0.290 0.064 0.034 97 D 0.013 0.023 0.018 0.010 0.020 0.030 0.091 0.654 0.125 0.012 0.005 98 A 0.062 0.020 0.007 0.004 0.066 0.004 0.018 0.385 0.195 0.201 0.038 99 L 0.031 0.486 0.077 0.015 0.250 0.021 0.014 0.054 0.034 0.012 0.005 100 G 0.175 0.181 0.051 0.011 0.212 0.005 0.011 0.054 0.037 0.137 0.125 101 I 0.113 0.085 0.014 0.007 0.183 0.020 0.038 0.129 0.118 0.211 0.083 102 S 0.031 0.340 0.281 0.080 0.099 0.012 0.018 0.080 0.032 0.013 0.013 103 D 0.008 0.006 0.009 0.014 0.009 0.044 0.082 0.420 0.301 0.094 0.012 104 K 0.004 0.247 0.142 0.048 0.028 0.015 0.055 0.328 0.096 0.034 0.004 105 G 0.008 0.015 0.020 0.024 0.008 0.005 0.005 0.108 0.067 0.652 0.087 106 K 0.013 0.303 0.076 0.004 0.096 0.004 0.026 0.404 0.066 0.006 0.002 107 E 0.051 0.033 0.014 0.003 0.057 0.005 0.019 0.718 0.073 0.009 0.018 108 V 0.004 0.008 0.005 0.005 0.006 0.008 0.047 0.814 0.085 0.017 0.002 109 W 0.006 0.009 0.004 0.003 0.006 0.002 0.003 0.763 0.164 0.036 0.004 110 K 0.001 0.009 0.008 0.007 0.002 0.005 0.008 0.819 0.136 0.005 0.001 111 E 0.005 0.007 0.007 0.002 0.007 0.004 0.044 0.831 0.074 0.017 0.004 112 L 0.003 0.005 0.003 0.002 0.005 0.004 0.023 0.627 0.232 0.091 0.004 113 S 0.017 0.077 0.007 0.002 0.046 0.003 0.020 0.632 0.158 0.032 0.007 114 K 0.002 0.018 0.006 0.009 0.009 0.046 0.135 0.557 0.157 0.058 0.004 115 D 0.058 0.019 0.010 0.004 0.047 0.005 0.057 0.461 0.083 0.186 0.068 116 L 0.014 0.026 0.014 0.003 0.017 0.003 0.007 0.572 0.218 0.102 0.022 117 Q 0.003 0.027 0.009 0.002 0.011 0.004 0.010 0.840 0.089 0.004 0.002 118 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.894 0.082 0.006 0.001 119 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.913 0.066 0.014 0.001 120 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.887 0.096 0.009 0.001 121 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.906 0.068 0.003 0.001 122 K 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.027 0.890 0.053 0.015 0.001 123 F 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.871 0.093 0.015 0.003 124 W 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 0.859 0.109 0.010 0.001 125 E 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.008 0.080 0.801 0.096 0.005 0.001 126 E 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.022 0.242 0.571 0.099 0.054 0.001 127 T 0.006 0.766 0.132 0.001 0.088 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 128 N 0.094 0.005 0.008 0.050 0.017 0.013 0.013 0.026 0.019 0.388 0.366 129 I 0.061 0.507 0.030 0.001 0.393 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 130 E 0.159 0.072 0.004 0.002 0.748 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 131 I 0.487 0.011 0.001 0.001 0.488 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 132 V 0.205 0.072 0.004 0.008 0.593 0.041 0.028 0.012 0.002 0.006 0.028 133 A 0.321 0.063 0.012 0.003 0.506 0.002 0.002 0.008 0.003 0.006 0.075 134 I 0.164 0.023 0.009 0.023 0.093 0.025 0.025 0.036 0.058 0.337 0.208 135 G 0.024 0.321 0.332 0.156 0.087 0.009 0.012 0.013 0.009 0.026 0.013 136 K 0.037 0.242 0.193 0.044 0.081 0.036 0.056 0.149 0.103 0.041 0.019 137 S 0.071 0.148 0.093 0.030 0.135 0.039 0.088 0.165 0.120 0.065 0.044 138 S 0.094 0.071 0.044 0.024 0.125 0.062 0.116 0.129 0.111 0.179 0.044 139 V 0.040 0.429 0.224 0.012 0.169 0.005 0.011 0.054 0.025 0.025 0.009 140 P 0.154 0.145 0.047 0.011 0.216 0.013 0.026 0.249 0.060 0.032 0.047 141 V 0.072 0.164 0.029 0.006 0.282 0.011 0.031 0.289 0.075 0.025 0.017 142 R 0.119 0.090 0.025 0.005 0.264 0.005 0.018 0.364 0.063 0.019 0.029 143 I 0.173 0.027 0.008 0.009 0.142 0.009 0.022 0.454 0.089 0.025 0.044 144 A 0.066 0.055 0.009 0.010 0.177 0.012 0.054 0.463 0.121 0.019 0.014 145 E 0.074 0.080 0.018 0.004 0.186 0.007 0.055 0.452 0.105 0.008 0.010 146 I 0.102 0.024 0.008 0.011 0.078 0.033 0.116 0.478 0.089 0.037 0.024 147 Y 0.054 0.023 0.011 0.031 0.062 0.087 0.198 0.257 0.103 0.122 0.052 148 A 0.033 0.114 0.105 0.117 0.058 0.052 0.064 0.197 0.137 0.099 0.024 149 G 0.026 0.089 0.151 0.100 0.074 0.043 0.050 0.216 0.096 0.127 0.028 150 I 0.071 0.042 0.010 0.007 0.086 0.018 0.074 0.427 0.197 0.045 0.023 151 Y 0.049 0.063 0.012 0.007 0.119 0.011 0.070 0.450 0.133 0.062 0.024 152 S 0.066 0.070 0.013 0.007 0.124 0.007 0.025 0.483 0.131 0.056 0.018 153 A 0.078 0.038 0.015 0.009 0.119 0.010 0.020 0.488 0.153 0.049 0.021 154 K 0.035 0.020 0.008 0.007 0.051 0.014 0.067 0.627 0.133 0.019 0.019 155 W 0.064 0.053 0.019 0.007 0.093 0.006 0.024 0.569 0.110 0.036 0.021 156 G 0.028 0.102 0.033 0.008 0.051 0.010 0.024 0.577 0.115 0.043 0.010 157 I 0.030 0.010 0.003 0.002 0.036 0.005 0.013 0.608 0.251 0.033 0.010 158 E 0.008 0.014 0.007 0.008 0.011 0.017 0.057 0.732 0.132 0.010 0.004 159 N 0.029 0.022 0.010 0.002 0.045 0.008 0.035 0.533 0.129 0.169 0.019 160 V 0.058 0.108 0.007 0.003 0.205 0.006 0.014 0.424 0.117 0.041 0.018 161 E 0.051 0.039 0.029 0.021 0.028 0.027 0.069 0.466 0.195 0.046 0.028 162 K 0.011 0.022 0.064 0.057 0.016 0.099 0.176 0.398 0.113 0.036 0.008 163 E 0.004 0.632 0.165 0.111 0.028 0.012 0.012 0.016 0.009 0.008 0.002 164 G 0.006 0.003 0.002 0.022 0.003 0.006 0.007 0.017 0.025 0.754 0.156 165 H 0.036 0.433 0.095 0.013 0.274 0.006 0.015 0.046 0.027 0.044 0.011 166 L 0.194 0.127 0.014 0.002 0.621 0.001 0.002 0.007 0.004 0.004 0.024 167 I 0.366 0.076 0.026 0.011 0.364 0.011 0.015 0.016 0.008 0.018 0.089 168 I 0.109 0.100 0.035 0.053 0.166 0.063 0.145 0.080 0.066 0.113 0.070 169 G 0.066 0.185 0.256 0.112 0.152 0.019 0.015 0.020 0.024 0.096 0.055 170 L 0.095 0.261 0.212 0.054 0.191 0.021 0.020 0.037 0.035 0.040 0.035 171 P 0.058 0.177 0.104 0.046 0.134 0.052 0.083 0.128 0.114 0.073 0.033 172 R 0.074 0.090 0.060 0.027 0.122 0.027 0.088 0.197 0.162 0.113 0.041 173 Y 0.142 0.111 0.049 0.021 0.183 0.020 0.033 0.097 0.101 0.157 0.087 174 M 0.088 0.273 0.080 0.023 0.281 0.022 0.030 0.057 0.051 0.057 0.038 175 E 0.163 0.178 0.077 0.010 0.331 0.007 0.015 0.051 0.038 0.070 0.059 176 V 0.146 0.198 0.079 0.024 0.220 0.018 0.026 0.088 0.054 0.076 0.071