# TARGET T0344 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.13026 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.003 0.791 0.013 0.001 0.001 0.005 0.001 0.045 0.033 0.001 0.023 0.074 2 R 0.042 0.010 0.213 0.003 0.001 0.003 0.048 0.027 0.302 0.017 0.001 0.252 0.083 3 I 0.099 0.006 0.055 0.011 0.001 0.005 0.140 0.123 0.238 0.004 0.001 0.025 0.291 4 V 0.178 0.005 0.049 0.062 0.003 0.011 0.182 0.137 0.173 0.004 0.002 0.144 0.049 5 A 0.135 0.004 0.112 0.021 0.005 0.009 0.114 0.117 0.195 0.013 0.007 0.081 0.187 6 A 0.082 0.006 0.281 0.029 0.009 0.007 0.035 0.057 0.148 0.063 0.036 0.116 0.131 7 D 0.028 0.016 0.341 0.033 0.014 0.008 0.010 0.009 0.090 0.216 0.091 0.064 0.079 8 T 0.007 0.016 0.277 0.014 0.026 0.021 0.003 0.002 0.028 0.326 0.192 0.041 0.048 9 G 0.005 0.017 0.312 0.008 0.034 0.041 0.002 0.001 0.013 0.281 0.226 0.017 0.045 10 G 0.018 0.009 0.213 0.011 0.073 0.142 0.004 0.003 0.012 0.292 0.136 0.054 0.033 11 A 0.068 0.022 0.208 0.007 0.075 0.214 0.015 0.006 0.029 0.078 0.071 0.028 0.178 12 V 0.149 0.045 0.141 0.015 0.071 0.225 0.031 0.010 0.029 0.029 0.059 0.090 0.104 13 L 0.129 0.037 0.155 0.020 0.045 0.198 0.026 0.008 0.026 0.048 0.086 0.080 0.140 14 D 0.039 0.010 0.307 0.017 0.047 0.167 0.006 0.003 0.013 0.122 0.114 0.062 0.092 15 E 0.009 0.006 0.135 0.004 0.109 0.222 0.001 0.001 0.005 0.140 0.312 0.017 0.040 16 T 0.006 0.010 0.160 0.004 0.070 0.172 0.002 0.001 0.005 0.143 0.379 0.019 0.029 17 F 0.008 0.023 0.231 0.005 0.043 0.199 0.002 0.001 0.006 0.245 0.180 0.010 0.048 18 E 0.004 0.013 0.368 0.004 0.025 0.278 0.001 0.001 0.005 0.184 0.051 0.051 0.016 19 P 0.005 0.013 0.210 0.003 0.037 0.527 0.002 0.001 0.008 0.040 0.057 0.005 0.094 20 I 0.015 0.008 0.108 0.036 0.041 0.610 0.003 0.001 0.007 0.059 0.060 0.022 0.028 21 G 0.047 0.011 0.077 0.007 0.021 0.593 0.011 0.008 0.026 0.033 0.051 0.049 0.066 22 L 0.076 0.006 0.044 0.009 0.020 0.629 0.020 0.007 0.016 0.027 0.050 0.035 0.061 23 I 0.113 0.003 0.056 0.019 0.015 0.569 0.025 0.008 0.019 0.026 0.046 0.039 0.062 24 A 0.224 0.003 0.068 0.015 0.011 0.369 0.034 0.008 0.022 0.030 0.038 0.103 0.074 25 T 0.266 0.005 0.058 0.007 0.007 0.301 0.042 0.007 0.021 0.032 0.015 0.080 0.160 26 V 0.339 0.002 0.040 0.019 0.007 0.359 0.038 0.005 0.013 0.010 0.007 0.057 0.104 27 A 0.416 0.002 0.016 0.026 0.008 0.347 0.041 0.007 0.009 0.007 0.010 0.052 0.061 28 V 0.524 0.001 0.012 0.006 0.007 0.205 0.061 0.008 0.011 0.006 0.008 0.075 0.077 29 L 0.519 0.002 0.020 0.002 0.008 0.163 0.062 0.007 0.017 0.004 0.013 0.060 0.124 30 V 0.308 0.011 0.086 0.011 0.009 0.167 0.051 0.014 0.049 0.032 0.048 0.087 0.125 31 E 0.104 0.020 0.221 0.009 0.008 0.119 0.020 0.003 0.037 0.141 0.075 0.044 0.199 32 K 0.003 0.005 0.500 0.007 0.005 0.025 0.001 0.001 0.009 0.308 0.037 0.079 0.022 33 P 0.001 0.011 0.607 0.005 0.023 0.033 0.001 0.001 0.003 0.101 0.153 0.003 0.059 34 Y 0.003 0.018 0.384 0.005 0.055 0.087 0.001 0.001 0.006 0.158 0.223 0.041 0.018 35 R 0.006 0.020 0.350 0.002 0.046 0.115 0.002 0.001 0.006 0.225 0.145 0.028 0.055 36 S 0.007 0.020 0.439 0.005 0.044 0.146 0.002 0.001 0.004 0.127 0.126 0.022 0.057 37 A 0.011 0.012 0.255 0.011 0.092 0.270 0.002 0.001 0.003 0.108 0.160 0.026 0.050 38 K 0.023 0.006 0.154 0.037 0.121 0.241 0.004 0.001 0.004 0.155 0.151 0.052 0.049 39 E 0.065 0.008 0.147 0.028 0.066 0.204 0.013 0.002 0.030 0.062 0.054 0.085 0.236 40 V 0.152 0.008 0.170 0.048 0.018 0.161 0.026 0.007 0.044 0.044 0.019 0.151 0.152 41 M 0.223 0.015 0.069 0.010 0.006 0.094 0.063 0.022 0.070 0.014 0.008 0.157 0.249 42 V 0.293 0.006 0.072 0.016 0.009 0.097 0.074 0.026 0.054 0.014 0.010 0.128 0.202 43 K 0.259 0.009 0.072 0.013 0.008 0.104 0.064 0.024 0.055 0.024 0.020 0.210 0.139 44 Y 0.142 0.015 0.208 0.011 0.014 0.054 0.031 0.013 0.045 0.054 0.047 0.069 0.297 45 A 0.060 0.033 0.318 0.011 0.006 0.033 0.014 0.004 0.022 0.222 0.051 0.119 0.108 46 N 0.001 0.014 0.653 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.240 0.009 0.028 0.032 47 P 0.001 0.003 0.146 0.007 0.107 0.032 0.001 0.001 0.001 0.130 0.565 0.001 0.008 48 Y 0.004 0.013 0.090 0.002 0.109 0.038 0.001 0.001 0.003 0.157 0.542 0.028 0.010 49 D 0.012 0.029 0.232 0.011 0.134 0.062 0.002 0.001 0.007 0.228 0.216 0.012 0.055 50 Y 0.030 0.079 0.352 0.004 0.033 0.077 0.003 0.001 0.008 0.185 0.119 0.052 0.057 51 D 0.022 0.041 0.457 0.003 0.023 0.075 0.003 0.001 0.006 0.089 0.097 0.032 0.151 52 L 0.024 0.016 0.155 0.003 0.076 0.220 0.002 0.001 0.003 0.105 0.323 0.031 0.041 53 T 0.023 0.019 0.138 0.004 0.043 0.223 0.003 0.001 0.003 0.123 0.334 0.040 0.046 54 G 0.013 0.005 0.135 0.004 0.053 0.221 0.001 0.001 0.002 0.184 0.343 0.015 0.023 55 R 0.020 0.008 0.131 0.003 0.043 0.514 0.002 0.001 0.003 0.097 0.121 0.023 0.032 56 Q 0.032 0.013 0.105 0.005 0.044 0.550 0.006 0.001 0.005 0.062 0.065 0.041 0.072 57 A 0.031 0.013 0.118 0.006 0.033 0.608 0.007 0.001 0.007 0.028 0.048 0.024 0.077 58 I 0.027 0.008 0.088 0.009 0.024 0.708 0.006 0.002 0.007 0.021 0.039 0.025 0.037 59 R 0.008 0.003 0.055 0.003 0.007 0.847 0.002 0.002 0.003 0.020 0.020 0.010 0.020 60 D 0.002 0.001 0.028 0.001 0.003 0.932 0.001 0.001 0.001 0.013 0.011 0.005 0.004 61 E 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.003 62 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 63 L 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 L 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 65 A 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 66 I 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.002 67 E 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.003 0.003 68 L 0.004 0.001 0.007 0.001 0.004 0.945 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.002 0.003 69 A 0.002 0.001 0.021 0.001 0.011 0.894 0.001 0.001 0.001 0.012 0.053 0.001 0.004 70 R 0.002 0.002 0.034 0.001 0.044 0.737 0.001 0.001 0.001 0.031 0.139 0.004 0.005 71 K 0.001 0.002 0.077 0.001 0.052 0.566 0.001 0.001 0.002 0.054 0.232 0.003 0.009 72 V 0.002 0.011 0.269 0.002 0.028 0.271 0.001 0.001 0.006 0.205 0.188 0.004 0.014 73 K 0.001 0.011 0.653 0.005 0.008 0.027 0.001 0.001 0.011 0.222 0.040 0.015 0.007 74 P 0.001 0.005 0.524 0.013 0.034 0.036 0.001 0.001 0.021 0.174 0.172 0.002 0.018 75 D 0.003 0.006 0.194 0.030 0.047 0.031 0.003 0.014 0.065 0.455 0.108 0.034 0.010 76 V 0.035 0.014 0.116 0.010 0.019 0.026 0.051 0.141 0.371 0.041 0.025 0.018 0.134 77 I 0.060 0.015 0.049 0.009 0.004 0.016 0.113 0.335 0.287 0.010 0.007 0.067 0.028 78 H 0.060 0.007 0.087 0.012 0.002 0.010 0.079 0.294 0.324 0.009 0.006 0.035 0.076 79 L 0.045 0.011 0.198 0.021 0.008 0.018 0.036 0.177 0.282 0.036 0.027 0.055 0.085 80 D 0.021 0.016 0.318 0.041 0.029 0.043 0.010 0.013 0.089 0.183 0.103 0.067 0.065 81 S 0.015 0.013 0.217 0.024 0.053 0.058 0.005 0.003 0.027 0.255 0.219 0.029 0.083 82 T 0.020 0.026 0.182 0.015 0.105 0.075 0.005 0.003 0.013 0.201 0.273 0.022 0.060 83 L 0.033 0.026 0.136 0.007 0.105 0.113 0.006 0.004 0.011 0.163 0.254 0.077 0.065 84 G 0.018 0.006 0.113 0.025 0.052 0.065 0.002 0.001 0.004 0.146 0.521 0.017 0.029 85 G 0.128 0.010 0.209 0.026 0.024 0.054 0.012 0.002 0.011 0.119 0.246 0.067 0.092 86 I 0.254 0.016 0.176 0.004 0.007 0.046 0.033 0.003 0.017 0.028 0.016 0.144 0.256 87 E 0.200 0.024 0.125 0.005 0.007 0.060 0.042 0.005 0.035 0.012 0.007 0.237 0.242 88 L 0.151 0.009 0.136 0.033 0.030 0.104 0.032 0.003 0.018 0.030 0.014 0.062 0.379 89 R 0.124 0.008 0.155 0.070 0.047 0.087 0.019 0.002 0.035 0.074 0.035 0.233 0.110 90 K 0.025 0.021 0.345 0.008 0.043 0.049 0.008 0.001 0.020 0.051 0.051 0.032 0.347 91 L 0.006 0.020 0.507 0.006 0.023 0.060 0.002 0.001 0.007 0.121 0.150 0.047 0.051 92 D 0.001 0.016 0.659 0.002 0.006 0.040 0.001 0.001 0.004 0.185 0.060 0.005 0.021 93 E 0.001 0.002 0.139 0.001 0.039 0.462 0.001 0.001 0.001 0.240 0.110 0.004 0.002 94 P 0.001 0.007 0.141 0.001 0.046 0.574 0.001 0.001 0.002 0.045 0.165 0.002 0.016 95 T 0.005 0.033 0.100 0.012 0.080 0.568 0.001 0.001 0.006 0.086 0.083 0.011 0.014 96 I 0.008 0.009 0.044 0.002 0.101 0.735 0.001 0.001 0.005 0.018 0.042 0.006 0.028 97 D 0.021 0.008 0.062 0.072 0.141 0.532 0.004 0.002 0.007 0.025 0.082 0.025 0.020 98 A 0.035 0.012 0.086 0.008 0.141 0.469 0.004 0.003 0.008 0.028 0.105 0.013 0.089 99 L 0.029 0.009 0.125 0.060 0.049 0.232 0.003 0.002 0.005 0.085 0.332 0.030 0.038 100 G 0.023 0.020 0.293 0.026 0.020 0.055 0.003 0.001 0.007 0.081 0.344 0.074 0.051 101 I 0.055 0.058 0.389 0.012 0.010 0.025 0.008 0.001 0.009 0.070 0.021 0.042 0.303 102 S 0.031 0.016 0.446 0.010 0.020 0.030 0.004 0.001 0.013 0.084 0.103 0.110 0.133 103 D 0.011 0.006 0.101 0.001 0.065 0.108 0.002 0.001 0.004 0.130 0.491 0.022 0.056 104 K 0.001 0.004 0.090 0.002 0.022 0.102 0.001 0.001 0.001 0.116 0.640 0.015 0.006 105 G 0.001 0.001 0.272 0.001 0.011 0.072 0.001 0.001 0.001 0.324 0.298 0.003 0.015 106 K 0.008 0.006 0.144 0.001 0.014 0.546 0.001 0.001 0.002 0.120 0.123 0.022 0.011 107 E 0.042 0.046 0.099 0.001 0.024 0.439 0.009 0.002 0.005 0.038 0.058 0.015 0.222 108 V 0.052 0.016 0.099 0.011 0.038 0.584 0.009 0.001 0.004 0.026 0.045 0.085 0.030 109 W 0.028 0.007 0.079 0.003 0.055 0.700 0.003 0.001 0.002 0.016 0.032 0.007 0.067 110 K 0.014 0.004 0.059 0.006 0.075 0.725 0.002 0.001 0.001 0.032 0.037 0.034 0.012 111 E 0.009 0.008 0.080 0.002 0.091 0.641 0.001 0.001 0.001 0.024 0.085 0.005 0.052 112 L 0.006 0.005 0.108 0.001 0.066 0.603 0.001 0.001 0.001 0.068 0.122 0.008 0.011 113 S 0.001 0.011 0.267 0.001 0.053 0.445 0.001 0.001 0.001 0.081 0.126 0.003 0.010 114 K 0.001 0.003 0.077 0.001 0.117 0.415 0.001 0.001 0.001 0.092 0.291 0.002 0.002 115 D 0.001 0.003 0.088 0.001 0.087 0.310 0.001 0.001 0.001 0.057 0.452 0.001 0.002 116 L 0.001 0.007 0.212 0.001 0.069 0.457 0.001 0.001 0.002 0.098 0.150 0.001 0.004 117 Q 0.001 0.003 0.176 0.001 0.036 0.669 0.001 0.001 0.001 0.065 0.046 0.003 0.002 118 P 0.001 0.002 0.055 0.001 0.036 0.846 0.001 0.001 0.001 0.012 0.043 0.001 0.003 119 L 0.001 0.002 0.024 0.001 0.042 0.875 0.001 0.001 0.001 0.011 0.040 0.001 0.002 120 A 0.001 0.002 0.046 0.001 0.031 0.857 0.001 0.001 0.002 0.019 0.030 0.002 0.009 121 R 0.001 0.001 0.024 0.004 0.025 0.875 0.001 0.001 0.002 0.017 0.043 0.004 0.003 122 K 0.001 0.001 0.035 0.001 0.019 0.860 0.001 0.001 0.003 0.019 0.049 0.004 0.007 123 F 0.002 0.004 0.055 0.001 0.014 0.844 0.001 0.001 0.007 0.020 0.036 0.004 0.011 124 W 0.003 0.010 0.055 0.002 0.014 0.830 0.001 0.003 0.006 0.020 0.030 0.009 0.016 125 E 0.007 0.002 0.016 0.002 0.026 0.860 0.002 0.003 0.003 0.013 0.053 0.005 0.008 126 E 0.020 0.002 0.021 0.001 0.036 0.762 0.003 0.002 0.003 0.018 0.106 0.015 0.012 127 T 0.008 0.005 0.047 0.015 0.021 0.274 0.001 0.002 0.004 0.073 0.533 0.006 0.010 128 N 0.010 0.002 0.124 0.026 0.011 0.020 0.002 0.001 0.005 0.083 0.689 0.015 0.014 129 I 0.026 0.005 0.583 0.018 0.001 0.002 0.015 0.003 0.060 0.051 0.002 0.030 0.206 130 E 0.038 0.008 0.138 0.019 0.001 0.001 0.030 0.008 0.319 0.022 0.001 0.373 0.043 131 I 0.039 0.004 0.037 0.003 0.001 0.003 0.094 0.089 0.358 0.002 0.001 0.011 0.358 132 V 0.044 0.002 0.038 0.202 0.002 0.005 0.120 0.208 0.281 0.003 0.002 0.068 0.026 133 A 0.101 0.004 0.070 0.012 0.003 0.006 0.131 0.124 0.319 0.011 0.005 0.070 0.144 134 I 0.060 0.009 0.201 0.054 0.006 0.008 0.043 0.050 0.152 0.089 0.041 0.108 0.177 135 G 0.025 0.011 0.387 0.040 0.009 0.005 0.007 0.004 0.056 0.156 0.140 0.083 0.077 136 K 0.009 0.013 0.310 0.014 0.038 0.016 0.004 0.001 0.032 0.284 0.163 0.036 0.079 137 S 0.006 0.011 0.259 0.013 0.044 0.017 0.004 0.001 0.024 0.301 0.235 0.040 0.046 138 S 0.022 0.032 0.294 0.012 0.031 0.025 0.009 0.002 0.030 0.239 0.128 0.015 0.159 139 V 0.015 0.016 0.280 0.002 0.009 0.037 0.005 0.001 0.041 0.238 0.019 0.308 0.029 140 P 0.012 0.012 0.478 0.010 0.007 0.065 0.008 0.002 0.039 0.030 0.015 0.006 0.318 141 V 0.067 0.020 0.258 0.023 0.011 0.214 0.028 0.009 0.066 0.026 0.020 0.198 0.059 142 R 0.105 0.019 0.207 0.006 0.007 0.215 0.027 0.014 0.070 0.028 0.009 0.079 0.214 143 I 0.078 0.006 0.088 0.019 0.022 0.495 0.030 0.012 0.042 0.014 0.017 0.039 0.136 144 A 0.058 0.002 0.054 0.110 0.038 0.570 0.014 0.007 0.016 0.018 0.021 0.058 0.034 145 E 0.096 0.003 0.042 0.016 0.043 0.515 0.020 0.006 0.032 0.021 0.024 0.076 0.106 146 I 0.071 0.005 0.036 0.006 0.037 0.631 0.016 0.005 0.019 0.013 0.024 0.038 0.099 147 Y 0.058 0.005 0.043 0.025 0.022 0.652 0.012 0.007 0.022 0.021 0.043 0.050 0.041 148 A 0.036 0.003 0.046 0.010 0.025 0.622 0.006 0.003 0.009 0.049 0.120 0.024 0.048 149 G 0.046 0.002 0.071 0.006 0.029 0.552 0.005 0.002 0.007 0.069 0.137 0.032 0.041 150 I 0.080 0.005 0.072 0.004 0.016 0.625 0.010 0.006 0.011 0.033 0.050 0.026 0.063 151 Y 0.070 0.006 0.058 0.003 0.009 0.677 0.011 0.006 0.012 0.027 0.032 0.054 0.035 152 S 0.086 0.005 0.059 0.002 0.010 0.649 0.011 0.004 0.014 0.021 0.029 0.033 0.078 153 A 0.047 0.001 0.028 0.003 0.027 0.802 0.004 0.001 0.004 0.014 0.029 0.012 0.027 154 K 0.032 0.001 0.014 0.004 0.025 0.834 0.003 0.002 0.004 0.011 0.042 0.016 0.013 155 W 0.057 0.002 0.032 0.005 0.037 0.646 0.005 0.001 0.003 0.023 0.119 0.025 0.043 156 G 0.082 0.009 0.093 0.004 0.032 0.519 0.008 0.001 0.008 0.028 0.112 0.041 0.063 157 I 0.062 0.011 0.104 0.010 0.049 0.497 0.004 0.001 0.004 0.044 0.061 0.038 0.117 158 E 0.066 0.007 0.094 0.069 0.061 0.304 0.003 0.001 0.004 0.079 0.094 0.115 0.104 159 N 0.055 0.005 0.126 0.021 0.065 0.301 0.004 0.001 0.006 0.057 0.086 0.062 0.212 160 V 0.073 0.018 0.181 0.021 0.050 0.316 0.006 0.002 0.014 0.051 0.060 0.064 0.144 161 E 0.052 0.029 0.288 0.022 0.030 0.203 0.009 0.006 0.019 0.052 0.090 0.045 0.154 162 K 0.047 0.015 0.153 0.007 0.057 0.198 0.007 0.005 0.011 0.056 0.243 0.109 0.092 163 E 0.001 0.001 0.046 0.015 0.013 0.018 0.001 0.001 0.001 0.056 0.842 0.005 0.003 164 G 0.001 0.001 0.055 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.762 0.002 0.003 165 H 0.034 0.012 0.563 0.009 0.002 0.001 0.010 0.006 0.023 0.112 0.027 0.095 0.106 166 L 0.187 0.043 0.088 0.002 0.001 0.001 0.102 0.026 0.087 0.012 0.002 0.106 0.343 167 I 0.299 0.010 0.052 0.037 0.002 0.002 0.227 0.058 0.056 0.005 0.002 0.112 0.137 168 I 0.201 0.006 0.084 0.028 0.004 0.003 0.170 0.051 0.062 0.022 0.012 0.220 0.139 169 G 0.114 0.012 0.160 0.029 0.006 0.003 0.063 0.018 0.078 0.105 0.037 0.113 0.261 170 L 0.022 0.009 0.380 0.049 0.007 0.005 0.008 0.001 0.035 0.166 0.028 0.191 0.098 171 P 0.013 0.009 0.382 0.036 0.055 0.022 0.004 0.001 0.018 0.148 0.154 0.016 0.141 172 R 0.018 0.016 0.246 0.034 0.105 0.043 0.007 0.002 0.019 0.227 0.162 0.088 0.034 173 Y 0.029 0.021 0.269 0.023 0.125 0.051 0.012 0.002 0.025 0.125 0.104 0.012 0.200 174 M 0.036 0.019 0.321 0.012 0.042 0.042 0.013 0.002 0.044 0.124 0.048 0.243 0.055 175 E 0.028 0.030 0.476 0.004 0.010 0.021 0.007 0.001 0.030 0.028 0.020 0.042 0.302 176 V 0.006 0.012 0.814 0.008 0.006 0.011 0.002 0.001 0.011 0.018 0.006 0.037 0.069