# TARGET T0344 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.13026 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.229 0.129 0.075 0.124 0.091 0.081 0.089 0.059 0.059 0.039 0.027 2 R 0.098 0.129 0.067 0.199 0.174 0.129 0.106 0.045 0.028 0.016 0.009 3 I 0.024 0.025 0.017 0.043 0.053 0.076 0.137 0.135 0.178 0.166 0.146 4 V 0.033 0.058 0.047 0.120 0.111 0.107 0.149 0.107 0.108 0.080 0.078 5 A 0.035 0.035 0.030 0.063 0.066 0.081 0.137 0.129 0.154 0.144 0.126 6 A 0.057 0.064 0.059 0.128 0.094 0.086 0.118 0.090 0.108 0.101 0.094 7 D 0.090 0.079 0.065 0.123 0.120 0.114 0.135 0.086 0.077 0.060 0.049 8 T 0.108 0.120 0.101 0.147 0.085 0.073 0.095 0.070 0.080 0.066 0.056 9 G 0.143 0.141 0.059 0.137 0.109 0.095 0.113 0.064 0.060 0.047 0.032 10 G 0.146 0.095 0.055 0.122 0.095 0.098 0.111 0.069 0.079 0.067 0.063 11 A 0.085 0.074 0.055 0.086 0.076 0.079 0.128 0.097 0.108 0.101 0.110 12 V 0.059 0.063 0.053 0.102 0.087 0.093 0.137 0.101 0.115 0.098 0.091 13 L 0.023 0.040 0.035 0.068 0.063 0.072 0.129 0.114 0.161 0.150 0.144 14 D 0.055 0.075 0.077 0.183 0.176 0.148 0.123 0.061 0.050 0.030 0.021 15 E 0.326 0.138 0.120 0.135 0.088 0.062 0.055 0.027 0.023 0.015 0.012 16 T 0.180 0.131 0.084 0.132 0.088 0.086 0.117 0.062 0.056 0.037 0.026 17 F 0.072 0.060 0.051 0.077 0.061 0.079 0.143 0.105 0.132 0.118 0.101 18 E 0.222 0.273 0.158 0.169 0.090 0.043 0.025 0.008 0.005 0.003 0.003 19 P 0.072 0.072 0.065 0.111 0.124 0.150 0.190 0.093 0.066 0.037 0.019 20 I 0.109 0.058 0.044 0.096 0.083 0.101 0.183 0.103 0.101 0.072 0.051 21 G 0.169 0.101 0.081 0.120 0.106 0.119 0.142 0.060 0.047 0.032 0.023 22 L 0.050 0.062 0.115 0.103 0.078 0.094 0.159 0.097 0.106 0.082 0.053 23 I 0.048 0.065 0.147 0.092 0.045 0.051 0.122 0.096 0.128 0.120 0.086 24 A 0.047 0.063 0.166 0.095 0.062 0.073 0.138 0.096 0.109 0.092 0.059 25 T 0.033 0.078 0.233 0.127 0.070 0.067 0.127 0.080 0.083 0.063 0.039 26 V 0.026 0.047 0.206 0.081 0.033 0.032 0.096 0.092 0.143 0.142 0.103 27 A 0.026 0.046 0.181 0.094 0.065 0.080 0.150 0.097 0.105 0.094 0.062 28 V 0.021 0.045 0.227 0.091 0.055 0.063 0.131 0.098 0.115 0.092 0.062 29 L 0.018 0.045 0.127 0.088 0.060 0.066 0.151 0.118 0.139 0.110 0.078 30 V 0.025 0.047 0.076 0.069 0.061 0.080 0.158 0.125 0.150 0.123 0.086 31 E 0.080 0.116 0.134 0.189 0.145 0.119 0.116 0.048 0.031 0.015 0.007 32 K 0.174 0.150 0.111 0.155 0.120 0.099 0.095 0.044 0.030 0.015 0.007 33 P 0.191 0.197 0.100 0.159 0.109 0.083 0.070 0.033 0.029 0.018 0.011 34 Y 0.103 0.078 0.035 0.095 0.100 0.119 0.163 0.107 0.101 0.063 0.036 35 R 0.363 0.194 0.096 0.144 0.081 0.050 0.038 0.016 0.011 0.005 0.002 36 S 0.197 0.237 0.096 0.171 0.098 0.069 0.061 0.030 0.022 0.012 0.007 37 A 0.115 0.056 0.032 0.073 0.077 0.100 0.141 0.116 0.126 0.098 0.066 38 K 0.185 0.130 0.113 0.212 0.147 0.097 0.070 0.024 0.014 0.006 0.003 39 E 0.070 0.132 0.286 0.264 0.124 0.062 0.036 0.012 0.008 0.004 0.002 40 V 0.035 0.034 0.043 0.077 0.079 0.116 0.209 0.145 0.133 0.085 0.045 41 M 0.031 0.056 0.083 0.154 0.122 0.120 0.172 0.100 0.087 0.051 0.025 42 V 0.004 0.011 0.041 0.037 0.045 0.063 0.128 0.134 0.201 0.192 0.143 43 K 0.023 0.074 0.149 0.263 0.188 0.122 0.097 0.039 0.026 0.013 0.007 44 Y 0.022 0.029 0.020 0.058 0.061 0.088 0.202 0.178 0.170 0.112 0.059 45 A 0.061 0.047 0.039 0.089 0.088 0.101 0.150 0.121 0.134 0.102 0.068 46 N 0.146 0.186 0.085 0.182 0.132 0.093 0.084 0.038 0.029 0.016 0.009 47 P 0.142 0.106 0.055 0.125 0.098 0.096 0.114 0.084 0.086 0.059 0.034 48 Y 0.100 0.073 0.033 0.095 0.100 0.106 0.150 0.111 0.104 0.073 0.056 49 D 0.248 0.258 0.091 0.200 0.100 0.050 0.031 0.011 0.006 0.003 0.002 50 Y 0.025 0.028 0.019 0.061 0.081 0.105 0.170 0.144 0.164 0.125 0.078 51 D 0.103 0.186 0.099 0.246 0.154 0.089 0.062 0.026 0.018 0.010 0.007 52 L 0.016 0.013 0.011 0.027 0.037 0.058 0.139 0.147 0.208 0.186 0.156 53 T 0.134 0.237 0.113 0.220 0.125 0.069 0.056 0.021 0.013 0.006 0.005 54 G 0.198 0.136 0.046 0.133 0.110 0.098 0.113 0.060 0.051 0.034 0.020 55 R 0.067 0.071 0.048 0.132 0.153 0.155 0.156 0.077 0.065 0.044 0.032 56 Q 0.125 0.124 0.133 0.219 0.138 0.100 0.082 0.033 0.023 0.013 0.009 57 A 0.037 0.041 0.054 0.089 0.090 0.112 0.194 0.127 0.119 0.078 0.059 58 I 0.022 0.030 0.047 0.066 0.048 0.064 0.154 0.130 0.168 0.157 0.114 59 R 0.042 0.062 0.131 0.172 0.184 0.171 0.134 0.047 0.033 0.016 0.007 60 D 0.083 0.099 0.221 0.157 0.119 0.107 0.109 0.049 0.031 0.016 0.009 61 E 0.008 0.020 0.079 0.069 0.067 0.095 0.212 0.143 0.152 0.101 0.053 62 V 0.006 0.012 0.051 0.032 0.026 0.046 0.174 0.156 0.197 0.183 0.117 63 L 0.018 0.033 0.275 0.255 0.185 0.115 0.069 0.023 0.016 0.008 0.004 64 L 0.003 0.017 0.135 0.081 0.075 0.091 0.187 0.122 0.133 0.095 0.061 65 A 0.001 0.002 0.021 0.017 0.016 0.022 0.091 0.125 0.242 0.258 0.206 66 I 0.003 0.009 0.131 0.052 0.045 0.087 0.233 0.130 0.133 0.107 0.069 67 E 0.004 0.016 0.403 0.163 0.144 0.116 0.089 0.032 0.019 0.009 0.004 68 L 0.001 0.005 0.043 0.028 0.033 0.061 0.208 0.149 0.188 0.161 0.124 69 A 0.001 0.004 0.020 0.023 0.020 0.033 0.121 0.146 0.240 0.236 0.155 70 R 0.030 0.056 0.170 0.187 0.178 0.160 0.124 0.047 0.028 0.014 0.008 71 K 0.168 0.189 0.286 0.172 0.086 0.053 0.032 0.008 0.004 0.002 0.001 72 V 0.034 0.025 0.021 0.048 0.052 0.078 0.185 0.150 0.167 0.141 0.099 73 K 0.370 0.326 0.090 0.127 0.051 0.021 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 74 P 0.056 0.036 0.032 0.053 0.060 0.088 0.158 0.140 0.166 0.121 0.091 75 D 0.108 0.190 0.081 0.225 0.160 0.104 0.076 0.027 0.016 0.008 0.005 76 V 0.016 0.034 0.018 0.084 0.090 0.117 0.188 0.140 0.134 0.103 0.075 77 I 0.022 0.024 0.021 0.054 0.068 0.087 0.145 0.127 0.158 0.148 0.145 78 H 0.036 0.062 0.054 0.153 0.133 0.120 0.148 0.102 0.089 0.060 0.044 79 L 0.024 0.030 0.024 0.052 0.050 0.059 0.117 0.130 0.179 0.180 0.156 80 D 0.069 0.105 0.065 0.234 0.181 0.129 0.101 0.046 0.034 0.020 0.015 81 S 0.104 0.097 0.063 0.125 0.111 0.107 0.127 0.086 0.078 0.061 0.041 82 T 0.116 0.144 0.112 0.215 0.133 0.089 0.077 0.038 0.033 0.023 0.019 83 L 0.086 0.067 0.050 0.086 0.064 0.069 0.116 0.094 0.123 0.129 0.115 84 G 0.158 0.160 0.078 0.158 0.117 0.098 0.092 0.050 0.043 0.028 0.019 85 G 0.212 0.173 0.087 0.168 0.108 0.077 0.068 0.035 0.031 0.022 0.019 86 I 0.106 0.060 0.047 0.070 0.063 0.071 0.114 0.096 0.126 0.124 0.123 87 E 0.131 0.205 0.118 0.233 0.133 0.079 0.054 0.020 0.014 0.008 0.006 88 L 0.049 0.046 0.047 0.074 0.058 0.059 0.101 0.101 0.152 0.152 0.162 89 R 0.121 0.116 0.103 0.178 0.152 0.120 0.099 0.044 0.034 0.019 0.013 90 K 0.136 0.146 0.121 0.201 0.145 0.100 0.075 0.031 0.023 0.012 0.008 91 L 0.068 0.054 0.047 0.067 0.055 0.067 0.123 0.104 0.140 0.139 0.136 92 D 0.213 0.241 0.099 0.166 0.104 0.070 0.053 0.022 0.016 0.010 0.007 93 E 0.325 0.173 0.086 0.136 0.085 0.062 0.058 0.029 0.022 0.015 0.010 94 P 0.346 0.195 0.083 0.130 0.090 0.064 0.046 0.019 0.013 0.008 0.006 95 T 0.100 0.206 0.126 0.233 0.114 0.068 0.062 0.031 0.027 0.018 0.015 96 I 0.089 0.062 0.034 0.075 0.092 0.116 0.155 0.112 0.118 0.088 0.059 97 D 0.172 0.191 0.236 0.233 0.095 0.040 0.020 0.006 0.004 0.002 0.001 98 A 0.051 0.063 0.093 0.127 0.103 0.109 0.166 0.100 0.086 0.063 0.040 99 L 0.064 0.056 0.061 0.096 0.079 0.092 0.137 0.108 0.123 0.103 0.081 100 G 0.206 0.255 0.163 0.176 0.091 0.052 0.033 0.010 0.007 0.004 0.002 101 I 0.030 0.042 0.057 0.070 0.072 0.091 0.152 0.116 0.142 0.125 0.102 102 S 0.197 0.215 0.120 0.181 0.102 0.063 0.055 0.024 0.019 0.012 0.012 103 D 0.210 0.108 0.066 0.097 0.093 0.104 0.138 0.071 0.055 0.035 0.022 104 K 0.281 0.257 0.129 0.157 0.077 0.045 0.031 0.011 0.007 0.003 0.002 105 G 0.364 0.171 0.071 0.106 0.076 0.064 0.064 0.030 0.024 0.018 0.013 106 K 0.194 0.186 0.112 0.215 0.135 0.082 0.050 0.014 0.008 0.003 0.001 107 E 0.325 0.200 0.196 0.149 0.065 0.034 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 108 V 0.026 0.045 0.071 0.113 0.108 0.142 0.220 0.122 0.088 0.045 0.022 109 W 0.016 0.029 0.107 0.096 0.098 0.131 0.237 0.121 0.089 0.052 0.023 110 K 0.048 0.087 0.486 0.223 0.097 0.036 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 111 E 0.052 0.094 0.383 0.237 0.123 0.069 0.032 0.006 0.003 0.001 0.001 112 L 0.012 0.022 0.089 0.048 0.042 0.064 0.194 0.152 0.176 0.130 0.071 113 S 0.030 0.064 0.188 0.135 0.142 0.169 0.190 0.051 0.022 0.008 0.002 114 K 0.108 0.102 0.637 0.108 0.029 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 115 D 0.111 0.134 0.237 0.141 0.115 0.114 0.100 0.025 0.014 0.006 0.002 116 L 0.022 0.054 0.124 0.075 0.050 0.069 0.175 0.119 0.138 0.112 0.062 117 Q 0.072 0.129 0.253 0.171 0.148 0.117 0.078 0.019 0.009 0.003 0.001 118 P 0.170 0.114 0.529 0.118 0.038 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 119 L 0.043 0.036 0.126 0.083 0.088 0.126 0.237 0.114 0.085 0.044 0.018 120 A 0.014 0.021 0.068 0.048 0.046 0.086 0.238 0.157 0.150 0.109 0.063 121 R 0.015 0.042 0.422 0.288 0.142 0.057 0.022 0.006 0.003 0.002 0.001 122 K 0.040 0.087 0.440 0.156 0.113 0.084 0.051 0.015 0.009 0.004 0.001 123 F 0.020 0.048 0.089 0.087 0.065 0.074 0.172 0.130 0.147 0.103 0.063 124 W 0.031 0.036 0.043 0.054 0.074 0.127 0.237 0.149 0.128 0.084 0.038 125 E 0.080 0.131 0.343 0.221 0.115 0.054 0.032 0.011 0.007 0.004 0.002 126 E 0.108 0.112 0.205 0.172 0.130 0.107 0.095 0.033 0.022 0.011 0.006 127 T 0.061 0.096 0.067 0.118 0.078 0.094 0.169 0.113 0.107 0.066 0.032 128 N 0.168 0.206 0.104 0.197 0.144 0.092 0.054 0.017 0.011 0.005 0.002 129 I 0.027 0.019 0.024 0.024 0.024 0.033 0.084 0.115 0.209 0.215 0.226 130 E 0.044 0.074 0.074 0.186 0.167 0.155 0.162 0.066 0.040 0.020 0.013 131 I 0.012 0.023 0.029 0.048 0.030 0.040 0.108 0.126 0.190 0.207 0.187 132 V 0.017 0.028 0.054 0.076 0.076 0.089 0.149 0.125 0.147 0.129 0.110 133 A 0.022 0.034 0.070 0.072 0.062 0.073 0.128 0.111 0.153 0.140 0.136 134 I 0.022 0.036 0.041 0.071 0.067 0.075 0.151 0.128 0.154 0.141 0.115 135 G 0.110 0.102 0.059 0.141 0.110 0.108 0.130 0.078 0.074 0.050 0.036 136 K 0.242 0.170 0.086 0.146 0.109 0.089 0.075 0.033 0.024 0.015 0.010 137 S 0.291 0.154 0.084 0.137 0.100 0.078 0.066 0.033 0.027 0.018 0.014 138 S 0.243 0.174 0.081 0.144 0.098 0.078 0.074 0.035 0.033 0.022 0.019 139 V 0.104 0.099 0.043 0.087 0.070 0.075 0.128 0.102 0.121 0.097 0.074 140 P 0.176 0.145 0.067 0.154 0.133 0.112 0.095 0.043 0.036 0.023 0.015 141 V 0.084 0.059 0.050 0.080 0.083 0.092 0.145 0.104 0.119 0.095 0.088 142 R 0.091 0.098 0.082 0.185 0.153 0.131 0.131 0.057 0.039 0.021 0.013 143 I 0.055 0.069 0.077 0.112 0.063 0.068 0.140 0.103 0.129 0.108 0.076 144 A 0.077 0.064 0.146 0.096 0.074 0.090 0.141 0.089 0.096 0.074 0.053 145 E 0.042 0.061 0.201 0.196 0.139 0.117 0.119 0.049 0.037 0.024 0.016 146 I 0.018 0.038 0.171 0.066 0.040 0.042 0.119 0.110 0.145 0.141 0.110 147 Y 0.021 0.042 0.145 0.138 0.082 0.095 0.168 0.088 0.096 0.076 0.048 148 A 0.047 0.085 0.260 0.122 0.080 0.081 0.120 0.063 0.062 0.048 0.033 149 G 0.058 0.067 0.125 0.121 0.100 0.116 0.171 0.091 0.077 0.049 0.026 150 I 0.058 0.079 0.153 0.102 0.051 0.056 0.129 0.092 0.112 0.101 0.067 151 Y 0.068 0.067 0.154 0.079 0.056 0.069 0.131 0.097 0.109 0.095 0.075 152 S 0.021 0.103 0.187 0.163 0.109 0.096 0.117 0.065 0.066 0.042 0.030 153 A 0.015 0.032 0.074 0.060 0.041 0.047 0.125 0.125 0.185 0.173 0.123 154 K 0.103 0.088 0.171 0.214 0.155 0.114 0.091 0.031 0.019 0.010 0.004 155 W 0.014 0.029 0.074 0.074 0.084 0.115 0.213 0.142 0.121 0.084 0.051 156 G 0.005 0.019 0.041 0.054 0.041 0.041 0.099 0.108 0.193 0.197 0.203 157 I 0.001 0.004 0.010 0.023 0.042 0.094 0.218 0.165 0.193 0.147 0.102 158 E 0.084 0.095 0.428 0.219 0.097 0.039 0.023 0.007 0.005 0.002 0.002 159 N 0.013 0.046 0.059 0.138 0.157 0.187 0.241 0.082 0.045 0.020 0.012 160 V 0.001 0.001 0.003 0.005 0.006 0.013 0.050 0.079 0.185 0.253 0.405 161 E 0.095 0.144 0.144 0.250 0.177 0.104 0.061 0.014 0.007 0.003 0.003 162 K 0.077 0.153 0.397 0.187 0.088 0.053 0.030 0.007 0.004 0.002 0.002 163 E 0.196 0.153 0.074 0.205 0.144 0.104 0.078 0.021 0.012 0.007 0.006 164 G 0.406 0.177 0.050 0.138 0.088 0.060 0.045 0.016 0.010 0.006 0.004 165 H 0.009 0.046 0.047 0.168 0.240 0.224 0.158 0.058 0.030 0.014 0.006 166 L 0.001 0.003 0.003 0.013 0.024 0.057 0.149 0.172 0.214 0.203 0.163 167 I 0.002 0.005 0.006 0.024 0.038 0.070 0.193 0.181 0.191 0.151 0.138 168 I 0.009 0.009 0.011 0.026 0.029 0.039 0.117 0.144 0.202 0.206 0.209 169 G 0.056 0.056 0.030 0.096 0.096 0.094 0.139 0.112 0.134 0.112 0.075 170 L 0.012 0.022 0.011 0.054 0.057 0.072 0.140 0.145 0.191 0.163 0.132 171 P 0.096 0.110 0.051 0.148 0.136 0.124 0.134 0.080 0.061 0.035 0.023 172 R 0.180 0.147 0.069 0.177 0.135 0.098 0.091 0.045 0.031 0.017 0.009 173 Y 0.091 0.072 0.043 0.105 0.093 0.099 0.136 0.105 0.116 0.087 0.054 174 M 0.091 0.073 0.053 0.101 0.091 0.098 0.131 0.098 0.116 0.087 0.061 175 E 0.229 0.228 0.127 0.182 0.100 0.057 0.038 0.016 0.012 0.006 0.004 176 V 0.129 0.078 0.052 0.083 0.071 0.081 0.126 0.106 0.119 0.094 0.063