# TARGET T0344 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.13026 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.503 0.213 0.037 0.174 0.011 0.013 0.004 0.018 0.002 0.001 2 R 0.020 0.548 0.318 0.006 0.028 0.044 0.006 0.001 0.028 0.001 0.001 3 I 0.016 0.391 0.486 0.001 0.004 0.084 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 4 V 0.213 0.554 0.066 0.070 0.014 0.039 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 5 A 0.027 0.386 0.371 0.009 0.104 0.055 0.014 0.002 0.029 0.002 0.001 6 A 0.169 0.364 0.220 0.041 0.124 0.034 0.009 0.004 0.023 0.010 0.001 7 D 0.313 0.140 0.135 0.193 0.061 0.080 0.026 0.002 0.040 0.008 0.001 8 T 0.289 0.128 0.105 0.405 0.044 0.009 0.005 0.002 0.010 0.002 0.001 9 G 0.077 0.015 0.063 0.112 0.058 0.004 0.142 0.429 0.005 0.093 0.001 10 G 0.088 0.035 0.193 0.040 0.148 0.006 0.075 0.188 0.006 0.221 0.002 11 A 0.157 0.250 0.408 0.021 0.099 0.025 0.008 0.007 0.012 0.007 0.006 12 V 0.138 0.455 0.251 0.037 0.023 0.051 0.004 0.001 0.037 0.001 0.002 13 L 0.154 0.339 0.314 0.058 0.035 0.070 0.004 0.001 0.022 0.002 0.001 14 D 0.142 0.210 0.336 0.044 0.083 0.099 0.019 0.003 0.059 0.005 0.001 15 E 0.793 0.028 0.044 0.085 0.012 0.010 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 16 T 0.534 0.038 0.044 0.352 0.010 0.008 0.006 0.003 0.006 0.001 0.001 17 F 0.227 0.161 0.207 0.221 0.037 0.040 0.051 0.014 0.039 0.003 0.001 18 E 0.140 0.244 0.366 0.004 0.025 0.035 0.051 0.001 0.129 0.004 0.001 19 P 0.384 0.007 0.454 0.015 0.001 0.055 0.001 0.001 0.002 0.001 0.083 20 I 0.490 0.100 0.146 0.216 0.015 0.015 0.006 0.003 0.006 0.001 0.002 21 G 0.268 0.059 0.079 0.026 0.226 0.008 0.058 0.112 0.008 0.155 0.001 22 L 0.456 0.213 0.164 0.047 0.033 0.057 0.005 0.002 0.019 0.002 0.004 23 I 0.381 0.292 0.113 0.106 0.018 0.046 0.007 0.002 0.035 0.001 0.001 24 A 0.299 0.240 0.243 0.033 0.109 0.036 0.010 0.010 0.012 0.007 0.002 25 T 0.231 0.457 0.111 0.052 0.098 0.024 0.007 0.003 0.016 0.001 0.001 26 V 0.127 0.617 0.114 0.035 0.059 0.021 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 27 A 0.146 0.585 0.156 0.011 0.075 0.012 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 28 V 0.120 0.714 0.075 0.015 0.036 0.015 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 29 L 0.132 0.429 0.338 0.014 0.011 0.053 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 30 V 0.118 0.611 0.125 0.039 0.030 0.032 0.003 0.001 0.041 0.001 0.001 31 E 0.140 0.199 0.490 0.046 0.012 0.060 0.013 0.001 0.036 0.002 0.001 32 K 0.047 0.238 0.500 0.001 0.033 0.020 0.023 0.001 0.132 0.003 0.001 33 P 0.179 0.006 0.682 0.012 0.001 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 34 Y 0.192 0.243 0.265 0.110 0.067 0.051 0.022 0.018 0.026 0.004 0.001 35 R 0.258 0.239 0.231 0.106 0.048 0.045 0.034 0.005 0.028 0.006 0.001 36 S 0.172 0.174 0.298 0.136 0.104 0.037 0.027 0.012 0.027 0.012 0.001 37 A 0.481 0.077 0.203 0.093 0.042 0.024 0.036 0.020 0.016 0.007 0.001 38 K 0.594 0.121 0.157 0.067 0.019 0.020 0.008 0.003 0.009 0.003 0.001 39 E 0.429 0.192 0.196 0.078 0.024 0.031 0.020 0.003 0.024 0.001 0.001 40 V 0.226 0.427 0.206 0.057 0.035 0.020 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 41 M 0.148 0.397 0.329 0.019 0.023 0.051 0.008 0.001 0.022 0.001 0.001 42 V 0.113 0.601 0.167 0.017 0.030 0.035 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 43 K 0.216 0.461 0.208 0.022 0.023 0.045 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 44 Y 0.152 0.408 0.170 0.086 0.060 0.054 0.018 0.002 0.048 0.002 0.001 45 A 0.279 0.232 0.187 0.122 0.078 0.039 0.015 0.009 0.025 0.013 0.001 46 N 0.017 0.274 0.254 0.003 0.066 0.052 0.032 0.001 0.300 0.002 0.001 47 P 0.614 0.004 0.187 0.071 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 48 Y 0.351 0.136 0.153 0.224 0.050 0.026 0.023 0.019 0.012 0.006 0.001 49 D 0.225 0.107 0.131 0.222 0.018 0.110 0.117 0.009 0.056 0.004 0.002 50 Y 0.217 0.315 0.167 0.106 0.063 0.049 0.031 0.007 0.041 0.003 0.001 51 D 0.193 0.112 0.260 0.096 0.030 0.177 0.056 0.005 0.068 0.003 0.001 52 L 0.477 0.101 0.103 0.228 0.018 0.036 0.011 0.004 0.019 0.001 0.001 53 T 0.338 0.126 0.221 0.220 0.047 0.010 0.017 0.006 0.009 0.006 0.001 54 G 0.190 0.014 0.049 0.050 0.070 0.005 0.078 0.388 0.004 0.151 0.001 55 R 0.540 0.110 0.176 0.080 0.017 0.034 0.019 0.005 0.015 0.004 0.001 56 Q 0.595 0.134 0.140 0.062 0.011 0.030 0.009 0.001 0.017 0.001 0.001 57 A 0.762 0.064 0.096 0.032 0.018 0.010 0.005 0.005 0.004 0.004 0.002 58 I 0.811 0.065 0.037 0.056 0.005 0.013 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 59 R 0.870 0.037 0.044 0.025 0.006 0.006 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 60 D 0.894 0.010 0.013 0.035 0.005 0.011 0.023 0.004 0.004 0.001 0.001 61 E 0.921 0.011 0.008 0.049 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 62 V 0.947 0.023 0.013 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 L 0.976 0.007 0.006 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 L 0.983 0.005 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.987 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 I 0.980 0.006 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.976 0.006 0.005 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.950 0.006 0.010 0.030 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.904 0.012 0.023 0.043 0.004 0.003 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 70 R 0.810 0.033 0.044 0.087 0.009 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 71 K 0.689 0.031 0.038 0.201 0.005 0.016 0.009 0.003 0.007 0.001 0.001 72 V 0.140 0.337 0.306 0.102 0.016 0.039 0.003 0.001 0.055 0.001 0.001 73 K 0.024 0.113 0.369 0.002 0.013 0.040 0.136 0.001 0.299 0.003 0.001 74 P 0.200 0.001 0.679 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 75 D 0.433 0.008 0.015 0.521 0.003 0.011 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 76 V 0.016 0.828 0.045 0.028 0.068 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 77 I 0.015 0.805 0.100 0.005 0.021 0.021 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 78 H 0.017 0.526 0.173 0.008 0.032 0.136 0.006 0.001 0.101 0.001 0.001 79 L 0.159 0.329 0.183 0.073 0.034 0.143 0.006 0.002 0.067 0.001 0.002 80 D 0.151 0.148 0.333 0.101 0.063 0.104 0.024 0.008 0.051 0.015 0.002 81 S 0.543 0.066 0.119 0.084 0.076 0.025 0.041 0.017 0.008 0.020 0.002 82 T 0.527 0.076 0.121 0.198 0.026 0.026 0.007 0.003 0.012 0.003 0.001 83 L 0.274 0.134 0.167 0.335 0.017 0.023 0.020 0.005 0.023 0.001 0.001 84 G 0.094 0.021 0.100 0.084 0.060 0.004 0.229 0.218 0.004 0.187 0.001 85 G 0.098 0.039 0.143 0.055 0.142 0.011 0.115 0.302 0.006 0.087 0.002 86 I 0.051 0.608 0.245 0.012 0.048 0.014 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 87 E 0.034 0.297 0.555 0.004 0.004 0.083 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 88 L 0.111 0.517 0.233 0.017 0.012 0.067 0.002 0.001 0.040 0.001 0.001 89 R 0.249 0.445 0.175 0.024 0.039 0.031 0.006 0.001 0.028 0.001 0.001 90 K 0.110 0.286 0.386 0.046 0.020 0.073 0.020 0.001 0.054 0.001 0.002 91 L 0.154 0.234 0.417 0.073 0.038 0.050 0.009 0.002 0.018 0.003 0.001 92 D 0.111 0.148 0.173 0.180 0.054 0.168 0.070 0.007 0.082 0.005 0.001 93 E 0.250 0.214 0.336 0.021 0.056 0.016 0.030 0.004 0.066 0.006 0.001 94 P 0.407 0.006 0.519 0.017 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 95 T 0.433 0.189 0.152 0.101 0.036 0.038 0.012 0.014 0.023 0.002 0.001 96 I 0.397 0.248 0.218 0.030 0.022 0.040 0.009 0.002 0.031 0.002 0.001 97 D 0.723 0.068 0.105 0.055 0.007 0.026 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 98 A 0.556 0.148 0.095 0.111 0.043 0.017 0.013 0.003 0.013 0.001 0.002 99 L 0.449 0.162 0.125 0.201 0.026 0.014 0.005 0.002 0.015 0.001 0.001 100 G 0.129 0.126 0.131 0.060 0.194 0.027 0.110 0.145 0.018 0.059 0.001 101 I 0.158 0.407 0.200 0.112 0.031 0.050 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 102 S 0.290 0.147 0.313 0.095 0.061 0.038 0.009 0.007 0.014 0.027 0.001 103 D 0.525 0.045 0.045 0.233 0.020 0.041 0.054 0.005 0.027 0.002 0.001 104 K 0.460 0.038 0.137 0.317 0.008 0.009 0.021 0.002 0.006 0.001 0.001 105 G 0.250 0.008 0.061 0.046 0.040 0.004 0.068 0.450 0.003 0.069 0.001 106 K 0.740 0.058 0.137 0.030 0.007 0.012 0.006 0.002 0.006 0.002 0.001 107 E 0.801 0.041 0.112 0.018 0.003 0.015 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 108 V 0.865 0.052 0.028 0.036 0.004 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 109 W 0.869 0.030 0.055 0.017 0.006 0.012 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 110 K 0.925 0.024 0.019 0.017 0.005 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 111 E 0.900 0.012 0.021 0.051 0.003 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 112 L 0.785 0.014 0.034 0.151 0.002 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 113 S 0.763 0.028 0.065 0.081 0.015 0.016 0.011 0.006 0.010 0.004 0.001 114 K 0.853 0.010 0.027 0.080 0.004 0.007 0.012 0.003 0.001 0.002 0.001 115 D 0.601 0.009 0.029 0.269 0.005 0.054 0.007 0.002 0.023 0.001 0.001 116 L 0.727 0.011 0.022 0.217 0.001 0.011 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 117 Q 0.925 0.009 0.036 0.003 0.003 0.003 0.008 0.002 0.006 0.004 0.001 118 P 0.949 0.001 0.022 0.014 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 119 L 0.966 0.002 0.006 0.020 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.953 0.006 0.008 0.027 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 R 0.982 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 K 0.961 0.003 0.003 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 F 0.922 0.006 0.008 0.058 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 W 0.935 0.012 0.017 0.018 0.002 0.005 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 125 E 0.929 0.020 0.016 0.024 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 E 0.849 0.022 0.028 0.083 0.003 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 127 T 0.337 0.068 0.050 0.519 0.011 0.003 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 128 N 0.016 0.003 0.007 0.041 0.005 0.014 0.820 0.082 0.009 0.002 0.001 129 I 0.008 0.464 0.473 0.004 0.027 0.013 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 130 E 0.034 0.371 0.486 0.005 0.006 0.076 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 131 I 0.012 0.583 0.334 0.001 0.007 0.047 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 132 V 0.213 0.602 0.041 0.060 0.018 0.028 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 133 A 0.016 0.595 0.200 0.004 0.127 0.033 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 134 I 0.045 0.584 0.125 0.101 0.039 0.029 0.008 0.001 0.068 0.001 0.001 135 G 0.023 0.050 0.174 0.012 0.317 0.016 0.041 0.083 0.008 0.277 0.001 136 K 0.384 0.183 0.129 0.200 0.044 0.021 0.009 0.005 0.018 0.006 0.001 137 S 0.239 0.161 0.257 0.186 0.085 0.020 0.018 0.007 0.007 0.019 0.001 138 S 0.218 0.143 0.164 0.209 0.085 0.017 0.094 0.039 0.016 0.013 0.002 139 V 0.050 0.547 0.249 0.002 0.025 0.013 0.008 0.001 0.104 0.001 0.001 140 P 0.125 0.009 0.740 0.003 0.001 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 141 V 0.378 0.369 0.153 0.015 0.023 0.029 0.002 0.002 0.028 0.001 0.001 142 R 0.331 0.312 0.235 0.009 0.012 0.074 0.004 0.001 0.020 0.001 0.002 143 I 0.479 0.228 0.188 0.020 0.008 0.055 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 144 A 0.891 0.042 0.020 0.025 0.013 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 145 E 0.545 0.246 0.061 0.041 0.058 0.027 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 146 I 0.582 0.240 0.073 0.051 0.013 0.022 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 147 Y 0.505 0.213 0.055 0.131 0.026 0.024 0.006 0.001 0.036 0.002 0.001 148 A 0.448 0.105 0.188 0.121 0.059 0.010 0.040 0.011 0.009 0.009 0.001 149 G 0.326 0.023 0.044 0.066 0.095 0.009 0.086 0.267 0.003 0.079 0.001 150 I 0.516 0.191 0.109 0.123 0.018 0.026 0.003 0.001 0.010 0.002 0.001 151 Y 0.376 0.266 0.150 0.087 0.038 0.037 0.011 0.003 0.026 0.004 0.001 152 S 0.320 0.231 0.161 0.112 0.080 0.040 0.019 0.008 0.023 0.006 0.001 153 A 0.411 0.258 0.145 0.046 0.076 0.024 0.014 0.004 0.019 0.002 0.001 154 K 0.639 0.178 0.087 0.042 0.019 0.017 0.004 0.002 0.010 0.002 0.001 155 W 0.617 0.119 0.133 0.051 0.028 0.020 0.009 0.003 0.017 0.003 0.001 156 G 0.570 0.093 0.114 0.056 0.065 0.023 0.017 0.029 0.011 0.021 0.002 157 I 0.649 0.152 0.082 0.069 0.013 0.019 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 158 E 0.809 0.042 0.071 0.046 0.010 0.005 0.007 0.002 0.003 0.006 0.001 159 N 0.515 0.030 0.041 0.233 0.014 0.033 0.102 0.011 0.021 0.001 0.001 160 V 0.599 0.111 0.152 0.078 0.008 0.029 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 161 E 0.578 0.133 0.156 0.074 0.012 0.026 0.007 0.001 0.010 0.002 0.001 162 K 0.578 0.132 0.117 0.103 0.019 0.015 0.014 0.004 0.015 0.003 0.001 163 E 0.255 0.052 0.218 0.328 0.012 0.014 0.076 0.005 0.030 0.009 0.001 164 G 0.011 0.002 0.015 0.013 0.023 0.003 0.202 0.681 0.002 0.049 0.001 165 H 0.061 0.361 0.369 0.093 0.043 0.037 0.014 0.001 0.021 0.001 0.001 166 L 0.026 0.445 0.460 0.007 0.014 0.029 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 167 I 0.039 0.602 0.248 0.009 0.009 0.068 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 168 I 0.035 0.553 0.229 0.031 0.022 0.052 0.006 0.001 0.071 0.001 0.001 169 G 0.033 0.060 0.105 0.014 0.426 0.008 0.022 0.117 0.006 0.206 0.001 170 L 0.024 0.313 0.387 0.003 0.030 0.049 0.011 0.001 0.181 0.001 0.001 171 P 0.268 0.004 0.595 0.013 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 172 R 0.379 0.160 0.208 0.069 0.063 0.048 0.035 0.016 0.014 0.006 0.002 173 Y 0.260 0.263 0.149 0.204 0.038 0.032 0.018 0.004 0.028 0.002 0.002 174 M 0.128 0.401 0.224 0.083 0.083 0.028 0.017 0.003 0.030 0.002 0.001 175 E 0.087 0.267 0.343 0.055 0.044 0.103 0.045 0.007 0.046 0.003 0.001 176 V 0.159 0.367 0.270 0.063 0.044 0.049 0.007 0.002 0.035 0.002 0.001