# TARGET T0344 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.13026 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.146 0.298 0.051 0.006 0.412 0.004 0.006 0.028 0.012 0.013 0.023 2 R 0.155 0.207 0.020 0.002 0.565 0.002 0.007 0.020 0.005 0.005 0.012 3 I 0.389 0.064 0.007 0.003 0.467 0.004 0.008 0.019 0.004 0.004 0.032 4 V 0.155 0.213 0.038 0.017 0.437 0.015 0.019 0.046 0.010 0.016 0.034 5 A 0.161 0.211 0.062 0.012 0.385 0.005 0.008 0.047 0.018 0.042 0.050 6 A 0.065 0.180 0.085 0.016 0.090 0.022 0.057 0.271 0.136 0.047 0.031 7 D 0.119 0.088 0.069 0.018 0.126 0.033 0.112 0.204 0.081 0.087 0.064 8 T 0.040 0.413 0.152 0.061 0.141 0.024 0.026 0.042 0.025 0.056 0.020 9 G 0.031 0.102 0.175 0.226 0.035 0.065 0.027 0.051 0.045 0.175 0.066 10 G 0.068 0.074 0.080 0.098 0.082 0.046 0.029 0.121 0.101 0.211 0.090 11 A 0.104 0.186 0.047 0.012 0.318 0.014 0.028 0.161 0.073 0.031 0.027 12 V 0.190 0.147 0.045 0.006 0.241 0.006 0.025 0.212 0.044 0.040 0.045 13 L 0.057 0.141 0.067 0.039 0.111 0.036 0.052 0.255 0.105 0.102 0.035 14 D 0.078 0.223 0.125 0.038 0.172 0.018 0.026 0.161 0.082 0.046 0.032 15 E 0.015 0.025 0.016 0.005 0.019 0.010 0.042 0.440 0.348 0.068 0.012 16 T 0.012 0.075 0.028 0.015 0.036 0.021 0.157 0.371 0.169 0.108 0.008 17 F 0.176 0.126 0.039 0.010 0.167 0.009 0.017 0.065 0.062 0.194 0.135 18 E 0.031 0.220 0.261 0.053 0.091 0.034 0.057 0.166 0.053 0.019 0.015 19 P 0.161 0.158 0.059 0.018 0.193 0.015 0.033 0.198 0.060 0.049 0.054 20 I 0.059 0.098 0.049 0.075 0.106 0.072 0.084 0.211 0.125 0.088 0.032 21 G 0.052 0.137 0.113 0.108 0.099 0.046 0.039 0.212 0.086 0.078 0.029 22 L 0.218 0.065 0.014 0.010 0.242 0.014 0.044 0.263 0.050 0.030 0.049 23 I 0.158 0.052 0.014 0.024 0.180 0.048 0.078 0.221 0.092 0.072 0.061 24 A 0.109 0.137 0.032 0.019 0.251 0.018 0.054 0.258 0.069 0.026 0.026 25 T 0.245 0.091 0.017 0.010 0.300 0.015 0.044 0.159 0.041 0.040 0.039 26 V 0.271 0.065 0.005 0.007 0.388 0.010 0.022 0.135 0.041 0.014 0.041 27 A 0.244 0.080 0.006 0.005 0.502 0.011 0.017 0.084 0.021 0.010 0.020 28 V 0.204 0.112 0.010 0.004 0.525 0.005 0.013 0.096 0.010 0.005 0.015 29 L 0.352 0.061 0.006 0.005 0.321 0.011 0.026 0.103 0.021 0.025 0.070 30 V 0.153 0.188 0.034 0.009 0.371 0.011 0.032 0.110 0.037 0.030 0.026 31 E 0.092 0.101 0.049 0.051 0.135 0.061 0.105 0.159 0.074 0.129 0.046 32 K 0.036 0.338 0.334 0.035 0.135 0.007 0.018 0.062 0.019 0.007 0.009 33 P 0.093 0.178 0.059 0.020 0.156 0.028 0.066 0.195 0.099 0.063 0.044 34 Y 0.081 0.171 0.057 0.025 0.184 0.034 0.054 0.155 0.114 0.086 0.040 35 R 0.106 0.115 0.042 0.020 0.144 0.035 0.075 0.209 0.101 0.093 0.061 36 S 0.056 0.171 0.142 0.031 0.107 0.015 0.034 0.175 0.102 0.133 0.034 37 A 0.074 0.104 0.036 0.013 0.110 0.014 0.029 0.332 0.173 0.083 0.033 38 K 0.039 0.109 0.027 0.012 0.116 0.024 0.054 0.403 0.139 0.058 0.018 39 E 0.217 0.071 0.014 0.008 0.217 0.009 0.035 0.237 0.061 0.062 0.068 40 V 0.135 0.166 0.028 0.006 0.414 0.007 0.016 0.139 0.036 0.033 0.021 41 M 0.309 0.084 0.008 0.003 0.378 0.005 0.014 0.110 0.022 0.020 0.046 42 V 0.219 0.164 0.030 0.007 0.413 0.006 0.013 0.080 0.016 0.017 0.035 43 K 0.142 0.092 0.022 0.013 0.245 0.036 0.116 0.191 0.053 0.045 0.047 44 Y 0.196 0.171 0.058 0.011 0.291 0.007 0.022 0.078 0.041 0.074 0.051 45 A 0.082 0.216 0.103 0.057 0.161 0.052 0.060 0.073 0.065 0.087 0.044 46 N 0.188 0.195 0.119 0.013 0.365 0.005 0.014 0.025 0.014 0.017 0.046 47 P 0.031 0.059 0.017 0.007 0.046 0.012 0.036 0.284 0.380 0.109 0.019 48 Y 0.049 0.137 0.056 0.025 0.125 0.043 0.069 0.142 0.138 0.181 0.035 49 D 0.228 0.085 0.027 0.007 0.296 0.008 0.021 0.077 0.047 0.115 0.089 50 Y 0.108 0.197 0.056 0.009 0.222 0.010 0.020 0.151 0.092 0.077 0.059 51 D 0.280 0.103 0.028 0.003 0.337 0.005 0.018 0.075 0.022 0.046 0.084 52 L 0.108 0.054 0.015 0.009 0.111 0.014 0.018 0.293 0.147 0.172 0.060 53 T 0.012 0.170 0.223 0.076 0.034 0.036 0.045 0.270 0.050 0.075 0.009 54 G 0.017 0.032 0.057 0.090 0.023 0.024 0.012 0.455 0.105 0.155 0.029 55 R 0.033 0.044 0.010 0.005 0.055 0.006 0.013 0.637 0.134 0.046 0.019 56 Q 0.017 0.019 0.007 0.003 0.028 0.005 0.019 0.751 0.117 0.027 0.009 57 A 0.011 0.022 0.013 0.004 0.022 0.004 0.025 0.813 0.069 0.014 0.003 58 I 0.016 0.015 0.005 0.003 0.016 0.005 0.015 0.751 0.109 0.056 0.009 59 R 0.005 0.020 0.005 0.004 0.011 0.010 0.023 0.815 0.092 0.012 0.002 60 D 0.005 0.011 0.006 0.002 0.008 0.004 0.018 0.814 0.093 0.034 0.005 61 E 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.010 0.889 0.070 0.015 0.002 62 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.911 0.068 0.007 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.960 0.029 0.001 0.001 64 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.947 0.041 0.005 0.001 65 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.958 0.033 0.002 0.001 66 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.955 0.037 0.001 0.001 67 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.945 0.032 0.002 0.001 68 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.873 0.083 0.020 0.001 69 A 0.007 0.011 0.003 0.002 0.008 0.004 0.013 0.659 0.252 0.038 0.003 70 R 0.006 0.045 0.012 0.005 0.019 0.019 0.101 0.570 0.197 0.023 0.003 71 K 0.050 0.018 0.007 0.002 0.043 0.005 0.087 0.300 0.153 0.290 0.045 72 V 0.116 0.297 0.157 0.011 0.294 0.009 0.024 0.025 0.016 0.023 0.030 73 K 0.159 0.201 0.118 0.035 0.280 0.020 0.037 0.043 0.023 0.030 0.055 74 P 0.080 0.254 0.085 0.019 0.182 0.010 0.017 0.124 0.139 0.056 0.033 75 D 0.052 0.022 0.006 0.011 0.092 0.044 0.180 0.225 0.169 0.160 0.040 76 V 0.189 0.167 0.019 0.002 0.542 0.001 0.005 0.019 0.014 0.020 0.022 77 I 0.180 0.135 0.010 0.002 0.601 0.003 0.005 0.010 0.005 0.010 0.038 78 H 0.376 0.055 0.014 0.001 0.452 0.001 0.001 0.005 0.002 0.016 0.075 79 L 0.127 0.225 0.035 0.015 0.253 0.014 0.016 0.087 0.071 0.079 0.078 80 D 0.095 0.153 0.070 0.037 0.244 0.031 0.061 0.096 0.074 0.093 0.046 81 S 0.067 0.099 0.072 0.015 0.062 0.014 0.048 0.249 0.233 0.099 0.043 82 T 0.054 0.127 0.067 0.021 0.111 0.032 0.155 0.237 0.090 0.083 0.023 83 L 0.087 0.273 0.106 0.054 0.149 0.043 0.048 0.055 0.038 0.088 0.058 84 G 0.030 0.091 0.147 0.239 0.039 0.099 0.044 0.054 0.039 0.155 0.064 85 G 0.105 0.077 0.109 0.123 0.113 0.040 0.016 0.056 0.056 0.207 0.099 86 I 0.113 0.340 0.065 0.005 0.393 0.003 0.005 0.034 0.019 0.009 0.014 87 E 0.243 0.192 0.026 0.001 0.436 0.001 0.007 0.031 0.010 0.016 0.036 88 L 0.305 0.097 0.027 0.018 0.266 0.021 0.025 0.077 0.055 0.041 0.068 89 R 0.042 0.242 0.072 0.039 0.181 0.054 0.086 0.175 0.076 0.020 0.012 90 K 0.197 0.155 0.070 0.005 0.241 0.004 0.016 0.065 0.045 0.129 0.073 91 L 0.115 0.281 0.076 0.035 0.237 0.023 0.034 0.075 0.046 0.036 0.043 92 D 0.079 0.148 0.165 0.074 0.148 0.034 0.032 0.048 0.049 0.156 0.067 93 E 0.039 0.324 0.176 0.021 0.129 0.006 0.014 0.151 0.097 0.030 0.014 94 P 0.093 0.190 0.065 0.007 0.205 0.008 0.028 0.225 0.088 0.056 0.035 95 T 0.073 0.190 0.079 0.017 0.153 0.019 0.038 0.267 0.085 0.057 0.021 96 I 0.151 0.120 0.017 0.006 0.246 0.007 0.018 0.275 0.077 0.040 0.043 97 D 0.066 0.068 0.037 0.020 0.079 0.038 0.086 0.358 0.140 0.066 0.042 98 A 0.111 0.074 0.019 0.008 0.156 0.009 0.048 0.327 0.115 0.104 0.028 99 L 0.059 0.408 0.105 0.025 0.255 0.020 0.019 0.047 0.021 0.022 0.017 100 G 0.175 0.109 0.077 0.023 0.165 0.009 0.011 0.041 0.024 0.188 0.177 101 I 0.188 0.117 0.025 0.010 0.190 0.015 0.028 0.094 0.091 0.134 0.107 102 S 0.048 0.184 0.186 0.066 0.105 0.032 0.035 0.139 0.082 0.088 0.035 103 D 0.055 0.064 0.057 0.028 0.065 0.033 0.050 0.310 0.172 0.128 0.038 104 K 0.020 0.121 0.066 0.053 0.046 0.034 0.095 0.357 0.121 0.067 0.021 105 G 0.022 0.037 0.050 0.050 0.025 0.017 0.011 0.128 0.098 0.499 0.062 106 K 0.016 0.133 0.048 0.012 0.070 0.008 0.016 0.564 0.100 0.025 0.008 107 E 0.090 0.056 0.013 0.001 0.104 0.003 0.019 0.599 0.065 0.017 0.031 108 V 0.014 0.032 0.017 0.006 0.024 0.007 0.017 0.762 0.090 0.025 0.005 109 W 0.026 0.017 0.004 0.002 0.030 0.001 0.004 0.764 0.110 0.033 0.009 110 K 0.003 0.013 0.005 0.003 0.008 0.010 0.036 0.805 0.111 0.005 0.001 111 E 0.015 0.009 0.006 0.002 0.014 0.003 0.060 0.789 0.064 0.029 0.008 112 L 0.008 0.020 0.013 0.008 0.013 0.011 0.027 0.538 0.217 0.138 0.008 113 S 0.023 0.073 0.020 0.006 0.039 0.005 0.010 0.613 0.164 0.038 0.009 114 K 0.001 0.007 0.005 0.003 0.003 0.019 0.064 0.699 0.181 0.017 0.001 115 D 0.009 0.012 0.005 0.002 0.017 0.003 0.054 0.613 0.139 0.128 0.017 116 L 0.021 0.033 0.008 0.002 0.027 0.001 0.004 0.321 0.236 0.330 0.016 117 Q 0.001 0.012 0.007 0.002 0.005 0.002 0.005 0.864 0.100 0.002 0.001 118 P 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.009 0.932 0.045 0.001 0.001 119 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.889 0.075 0.019 0.001 120 A 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.861 0.102 0.020 0.002 121 R 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.016 0.851 0.108 0.008 0.001 122 K 0.004 0.005 0.003 0.002 0.006 0.005 0.060 0.820 0.060 0.033 0.002 123 F 0.006 0.012 0.006 0.003 0.010 0.003 0.018 0.803 0.102 0.031 0.005 124 W 0.021 0.015 0.002 0.002 0.025 0.004 0.019 0.762 0.117 0.025 0.007 125 E 0.007 0.016 0.012 0.004 0.006 0.008 0.053 0.717 0.158 0.014 0.005 126 E 0.008 0.008 0.007 0.005 0.010 0.018 0.176 0.614 0.117 0.034 0.004 127 T 0.004 0.615 0.284 0.010 0.070 0.002 0.002 0.004 0.002 0.005 0.002 128 N 0.201 0.020 0.011 0.011 0.046 0.008 0.007 0.017 0.017 0.217 0.445 129 I 0.142 0.311 0.026 0.001 0.502 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 130 E 0.062 0.248 0.013 0.001 0.668 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 131 I 0.676 0.013 0.001 0.001 0.280 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 132 V 0.158 0.100 0.012 0.039 0.529 0.079 0.030 0.011 0.003 0.006 0.032 133 A 0.370 0.075 0.021 0.003 0.457 0.001 0.002 0.003 0.001 0.013 0.053 134 I 0.163 0.078 0.020 0.129 0.128 0.130 0.079 0.050 0.025 0.086 0.111 135 G 0.037 0.128 0.236 0.347 0.079 0.042 0.011 0.014 0.018 0.061 0.025 136 K 0.092 0.131 0.065 0.055 0.124 0.063 0.055 0.104 0.129 0.122 0.060 137 S 0.067 0.161 0.064 0.037 0.197 0.022 0.058 0.120 0.124 0.107 0.042 138 S 0.204 0.092 0.060 0.018 0.174 0.017 0.038 0.062 0.084 0.153 0.098 139 V 0.020 0.512 0.253 0.008 0.159 0.003 0.007 0.027 0.007 0.002 0.003 140 P 0.283 0.178 0.025 0.002 0.380 0.003 0.010 0.040 0.014 0.013 0.052 141 V 0.146 0.238 0.051 0.008 0.416 0.016 0.020 0.061 0.015 0.006 0.023 142 R 0.148 0.233 0.025 0.002 0.464 0.002 0.010 0.079 0.012 0.007 0.019 143 I 0.246 0.041 0.007 0.007 0.181 0.009 0.021 0.261 0.099 0.057 0.070 144 A 0.052 0.111 0.020 0.017 0.176 0.019 0.042 0.434 0.096 0.022 0.011 145 E 0.135 0.061 0.011 0.003 0.218 0.006 0.037 0.454 0.044 0.008 0.022 146 I 0.100 0.041 0.012 0.021 0.099 0.051 0.103 0.494 0.043 0.013 0.022 147 Y 0.129 0.039 0.013 0.023 0.111 0.029 0.035 0.414 0.085 0.074 0.048 148 A 0.036 0.128 0.034 0.059 0.058 0.065 0.081 0.360 0.111 0.050 0.017 149 G 0.027 0.045 0.041 0.073 0.034 0.047 0.082 0.390 0.110 0.124 0.028 150 I 0.080 0.042 0.010 0.012 0.094 0.035 0.124 0.413 0.112 0.048 0.030 151 Y 0.071 0.104 0.027 0.017 0.158 0.024 0.049 0.341 0.110 0.064 0.036 152 S 0.151 0.118 0.032 0.008 0.185 0.008 0.024 0.315 0.071 0.047 0.041 153 A 0.066 0.061 0.018 0.009 0.110 0.010 0.019 0.503 0.126 0.055 0.024 154 K 0.048 0.035 0.010 0.011 0.069 0.023 0.071 0.571 0.116 0.029 0.018 155 W 0.090 0.076 0.024 0.010 0.107 0.009 0.028 0.436 0.118 0.066 0.036 156 G 0.042 0.082 0.036 0.013 0.074 0.014 0.033 0.529 0.107 0.054 0.015 157 I 0.186 0.037 0.008 0.007 0.115 0.012 0.022 0.358 0.126 0.071 0.059 158 E 0.012 0.074 0.033 0.036 0.041 0.101 0.134 0.473 0.082 0.012 0.004 159 N 0.220 0.050 0.025 0.003 0.172 0.002 0.014 0.175 0.058 0.170 0.111 160 V 0.108 0.139 0.018 0.013 0.179 0.020 0.027 0.285 0.135 0.050 0.027 161 E 0.089 0.134 0.100 0.022 0.105 0.021 0.053 0.305 0.109 0.032 0.030 162 K 0.034 0.043 0.061 0.070 0.038 0.099 0.159 0.300 0.114 0.062 0.019 163 E 0.012 0.292 0.148 0.249 0.061 0.070 0.076 0.051 0.017 0.017 0.008 164 G 0.037 0.032 0.031 0.097 0.024 0.025 0.009 0.022 0.035 0.503 0.185 165 H 0.103 0.306 0.066 0.015 0.382 0.009 0.011 0.027 0.023 0.038 0.021 166 L 0.197 0.145 0.012 0.001 0.619 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.014 167 I 0.411 0.055 0.014 0.005 0.425 0.007 0.008 0.006 0.002 0.006 0.062 168 I 0.147 0.112 0.058 0.055 0.213 0.033 0.084 0.065 0.028 0.104 0.100 169 G 0.077 0.135 0.249 0.127 0.097 0.024 0.014 0.020 0.021 0.162 0.073 170 L 0.051 0.413 0.255 0.024 0.154 0.006 0.010 0.029 0.022 0.019 0.015 171 P 0.066 0.287 0.123 0.029 0.180 0.026 0.040 0.122 0.080 0.023 0.023 172 R 0.062 0.100 0.038 0.016 0.112 0.033 0.099 0.272 0.177 0.065 0.026 173 Y 0.117 0.066 0.020 0.015 0.123 0.024 0.056 0.194 0.143 0.179 0.062 174 M 0.131 0.233 0.044 0.011 0.307 0.010 0.015 0.087 0.059 0.053 0.050 175 E 0.188 0.150 0.044 0.006 0.306 0.008 0.024 0.112 0.047 0.062 0.052 176 V 0.157 0.189 0.057 0.015 0.237 0.012 0.023 0.148 0.061 0.048 0.053