# TARGET T0344 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.13026 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.339 0.212 0.163 0.143 0.087 0.045 0.011 2 R 0.245 0.174 0.185 0.166 0.124 0.082 0.024 3 I 0.220 0.117 0.096 0.113 0.141 0.202 0.110 4 V 0.085 0.087 0.100 0.137 0.165 0.240 0.186 5 A 0.076 0.068 0.067 0.103 0.158 0.270 0.258 6 A 0.104 0.080 0.082 0.130 0.186 0.246 0.172 7 D 0.161 0.138 0.147 0.159 0.141 0.158 0.097 8 T 0.200 0.140 0.135 0.143 0.140 0.152 0.090 9 G 0.242 0.156 0.127 0.139 0.131 0.133 0.072 10 G 0.252 0.170 0.131 0.131 0.116 0.122 0.076 11 A 0.176 0.114 0.107 0.133 0.154 0.197 0.119 12 V 0.146 0.109 0.113 0.150 0.170 0.197 0.115 13 L 0.204 0.150 0.130 0.153 0.159 0.150 0.054 14 D 0.256 0.235 0.192 0.166 0.095 0.044 0.011 15 E 0.377 0.283 0.159 0.104 0.049 0.022 0.006 16 T 0.463 0.247 0.124 0.090 0.047 0.025 0.004 17 F 0.367 0.168 0.126 0.146 0.116 0.070 0.007 18 E 0.576 0.229 0.103 0.057 0.024 0.010 0.001 19 P 0.562 0.173 0.096 0.072 0.055 0.038 0.004 20 I 0.424 0.144 0.109 0.105 0.104 0.098 0.016 21 G 0.435 0.159 0.128 0.105 0.083 0.071 0.019 22 L 0.504 0.134 0.101 0.087 0.080 0.072 0.022 23 I 0.474 0.141 0.087 0.079 0.087 0.091 0.041 24 A 0.508 0.147 0.105 0.094 0.067 0.052 0.026 25 T 0.379 0.143 0.158 0.155 0.079 0.059 0.027 26 V 0.386 0.149 0.108 0.117 0.087 0.093 0.061 27 A 0.379 0.139 0.095 0.118 0.104 0.111 0.055 28 V 0.286 0.155 0.149 0.166 0.112 0.096 0.036 29 L 0.265 0.132 0.100 0.138 0.158 0.162 0.044 30 V 0.186 0.148 0.132 0.185 0.185 0.138 0.026 31 E 0.361 0.260 0.174 0.124 0.057 0.021 0.003 32 K 0.420 0.249 0.162 0.110 0.044 0.013 0.002 33 P 0.451 0.255 0.143 0.094 0.040 0.015 0.002 34 Y 0.311 0.208 0.187 0.164 0.092 0.035 0.003 35 R 0.529 0.282 0.115 0.051 0.017 0.006 0.001 36 S 0.304 0.296 0.204 0.129 0.050 0.015 0.001 37 A 0.227 0.169 0.181 0.209 0.149 0.059 0.005 38 K 0.405 0.306 0.173 0.082 0.026 0.007 0.001 39 E 0.449 0.316 0.146 0.062 0.020 0.006 0.001 40 V 0.170 0.169 0.199 0.232 0.156 0.067 0.006 41 M 0.138 0.191 0.203 0.218 0.163 0.078 0.008 42 V 0.140 0.126 0.139 0.210 0.212 0.144 0.029 43 K 0.165 0.231 0.221 0.203 0.115 0.056 0.009 44 Y 0.124 0.143 0.175 0.221 0.193 0.122 0.022 45 A 0.205 0.199 0.185 0.189 0.135 0.074 0.013 46 N 0.316 0.289 0.192 0.126 0.054 0.019 0.003 47 P 0.229 0.221 0.188 0.174 0.117 0.061 0.010 48 Y 0.143 0.161 0.187 0.232 0.177 0.090 0.010 49 D 0.283 0.354 0.227 0.102 0.028 0.006 0.001 50 Y 0.083 0.088 0.136 0.254 0.278 0.147 0.015 51 D 0.277 0.316 0.215 0.124 0.049 0.018 0.002 52 L 0.185 0.149 0.174 0.208 0.177 0.095 0.012 53 T 0.382 0.300 0.164 0.099 0.038 0.014 0.003 54 G 0.175 0.184 0.175 0.207 0.158 0.087 0.013 55 R 0.164 0.204 0.208 0.214 0.130 0.070 0.010 56 Q 0.217 0.249 0.202 0.170 0.103 0.052 0.008 57 A 0.105 0.129 0.167 0.209 0.192 0.163 0.034 58 I 0.053 0.062 0.085 0.171 0.264 0.301 0.065 59 R 0.138 0.199 0.216 0.206 0.145 0.079 0.017 60 D 0.259 0.229 0.179 0.158 0.105 0.059 0.011 61 E 0.160 0.140 0.147 0.164 0.176 0.169 0.044 62 V 0.155 0.088 0.099 0.169 0.215 0.229 0.046 63 L 0.162 0.153 0.181 0.210 0.166 0.108 0.021 64 L 0.246 0.111 0.095 0.132 0.160 0.200 0.055 65 A 0.146 0.084 0.091 0.130 0.182 0.278 0.089 66 I 0.182 0.129 0.151 0.186 0.174 0.142 0.036 67 E 0.244 0.223 0.190 0.169 0.106 0.057 0.012 68 L 0.088 0.093 0.124 0.212 0.239 0.212 0.032 69 A 0.127 0.112 0.135 0.221 0.241 0.150 0.014 70 R 0.319 0.335 0.196 0.107 0.034 0.007 0.001 71 K 0.480 0.307 0.140 0.056 0.014 0.003 0.001 72 V 0.136 0.145 0.181 0.259 0.200 0.074 0.005 73 K 0.377 0.358 0.166 0.071 0.021 0.006 0.001 74 P 0.159 0.188 0.197 0.224 0.158 0.065 0.009 75 D 0.147 0.237 0.232 0.211 0.115 0.050 0.008 76 V 0.064 0.079 0.128 0.212 0.260 0.208 0.049 77 I 0.073 0.062 0.070 0.107 0.177 0.336 0.175 78 H 0.096 0.114 0.139 0.176 0.180 0.185 0.110 79 L 0.086 0.082 0.088 0.135 0.186 0.256 0.167 80 D 0.112 0.143 0.147 0.185 0.170 0.157 0.086 81 S 0.167 0.151 0.144 0.169 0.152 0.149 0.067 82 T 0.228 0.194 0.169 0.170 0.124 0.088 0.028 83 L 0.227 0.140 0.129 0.159 0.156 0.139 0.050 84 G 0.306 0.207 0.162 0.133 0.092 0.074 0.026 85 G 0.285 0.209 0.155 0.137 0.102 0.081 0.031 86 I 0.251 0.141 0.120 0.145 0.146 0.139 0.057 87 E 0.206 0.215 0.184 0.171 0.120 0.082 0.021 88 L 0.168 0.117 0.121 0.179 0.198 0.173 0.043 89 R 0.187 0.237 0.205 0.190 0.110 0.059 0.013 90 K 0.249 0.265 0.198 0.147 0.081 0.047 0.013 91 L 0.192 0.163 0.163 0.191 0.155 0.106 0.029 92 D 0.290 0.233 0.172 0.137 0.090 0.063 0.016 93 E 0.375 0.233 0.173 0.114 0.064 0.033 0.007 94 P 0.434 0.233 0.137 0.094 0.058 0.035 0.008 95 T 0.366 0.231 0.157 0.127 0.076 0.039 0.005 96 I 0.225 0.138 0.151 0.206 0.175 0.092 0.013 97 D 0.481 0.274 0.139 0.073 0.024 0.008 0.001 98 A 0.381 0.236 0.170 0.117 0.062 0.029 0.004 99 L 0.297 0.136 0.136 0.174 0.153 0.090 0.014 100 G 0.343 0.283 0.195 0.114 0.047 0.016 0.002 101 I 0.252 0.157 0.155 0.206 0.156 0.067 0.006 102 S 0.446 0.319 0.145 0.067 0.018 0.004 0.001 103 D 0.576 0.231 0.114 0.059 0.016 0.003 0.001 104 K 0.706 0.210 0.061 0.019 0.004 0.001 0.001 105 G 0.657 0.183 0.080 0.052 0.022 0.006 0.001 106 K 0.501 0.304 0.137 0.047 0.010 0.002 0.001 107 E 0.567 0.267 0.099 0.045 0.017 0.005 0.001 108 V 0.186 0.192 0.241 0.240 0.111 0.028 0.001 109 W 0.151 0.166 0.221 0.251 0.159 0.049 0.002 110 K 0.522 0.302 0.124 0.043 0.008 0.001 0.001 111 E 0.553 0.318 0.092 0.029 0.006 0.001 0.001 112 L 0.196 0.138 0.184 0.269 0.166 0.046 0.001 113 S 0.371 0.248 0.186 0.128 0.052 0.014 0.001 114 K 0.685 0.232 0.061 0.017 0.003 0.001 0.001 115 D 0.587 0.230 0.114 0.052 0.014 0.003 0.001 116 L 0.359 0.164 0.161 0.168 0.106 0.041 0.002 117 Q 0.533 0.238 0.134 0.061 0.023 0.009 0.001 118 P 0.714 0.194 0.056 0.023 0.009 0.003 0.001 119 L 0.543 0.175 0.121 0.099 0.045 0.015 0.001 120 A 0.587 0.154 0.100 0.087 0.052 0.018 0.001 121 R 0.604 0.259 0.098 0.031 0.006 0.002 0.001 122 K 0.631 0.223 0.085 0.039 0.015 0.006 0.001 123 F 0.433 0.185 0.143 0.138 0.072 0.028 0.002 124 W 0.458 0.214 0.140 0.104 0.059 0.022 0.002 125 E 0.693 0.208 0.063 0.026 0.007 0.002 0.001 126 E 0.643 0.206 0.087 0.042 0.016 0.005 0.001 127 T 0.539 0.227 0.124 0.069 0.029 0.010 0.001 128 N 0.424 0.246 0.169 0.102 0.042 0.014 0.002 129 I 0.145 0.110 0.116 0.192 0.235 0.175 0.026 130 E 0.170 0.127 0.145 0.194 0.187 0.138 0.041 131 I 0.200 0.115 0.084 0.096 0.132 0.253 0.121 132 V 0.164 0.093 0.130 0.196 0.156 0.170 0.090 133 A 0.194 0.127 0.111 0.134 0.159 0.197 0.078 134 I 0.176 0.106 0.102 0.155 0.184 0.201 0.076 135 G 0.224 0.158 0.141 0.166 0.158 0.122 0.030 136 K 0.360 0.228 0.165 0.123 0.071 0.041 0.011 137 S 0.409 0.247 0.145 0.108 0.058 0.028 0.005 138 S 0.423 0.228 0.149 0.109 0.058 0.027 0.006 139 V 0.214 0.190 0.175 0.179 0.132 0.092 0.018 140 P 0.288 0.225 0.180 0.155 0.094 0.048 0.010 141 V 0.226 0.158 0.130 0.155 0.171 0.128 0.032 142 R 0.157 0.170 0.169 0.189 0.159 0.120 0.035 143 I 0.133 0.087 0.094 0.151 0.198 0.243 0.094 144 A 0.149 0.143 0.155 0.194 0.177 0.141 0.040 145 E 0.194 0.160 0.139 0.152 0.154 0.141 0.058 146 I 0.211 0.098 0.096 0.145 0.166 0.209 0.075 147 Y 0.283 0.142 0.140 0.142 0.116 0.134 0.042 148 A 0.425 0.167 0.098 0.092 0.089 0.095 0.033 149 G 0.377 0.124 0.095 0.111 0.128 0.124 0.042 150 I 0.310 0.126 0.128 0.132 0.125 0.130 0.049 151 Y 0.298 0.132 0.123 0.145 0.125 0.124 0.053 152 S 0.292 0.158 0.150 0.147 0.107 0.104 0.042 153 A 0.210 0.094 0.087 0.130 0.166 0.218 0.094 154 K 0.175 0.162 0.158 0.182 0.166 0.123 0.034 155 W 0.169 0.134 0.150 0.194 0.175 0.142 0.037 156 G 0.082 0.102 0.110 0.179 0.232 0.247 0.048 157 I 0.045 0.057 0.095 0.219 0.338 0.225 0.020 158 E 0.140 0.257 0.260 0.205 0.103 0.032 0.003 159 N 0.093 0.269 0.288 0.229 0.096 0.025 0.002 160 V 0.025 0.079 0.170 0.369 0.289 0.067 0.002 161 E 0.322 0.420 0.183 0.064 0.011 0.001 0.001 162 K 0.661 0.256 0.064 0.017 0.002 0.001 0.001 163 E 0.632 0.285 0.065 0.016 0.002 0.001 0.001 164 G 0.140 0.355 0.326 0.151 0.026 0.002 0.001 165 H 0.049 0.184 0.306 0.307 0.136 0.018 0.001 166 L 0.006 0.015 0.038 0.120 0.345 0.440 0.037 167 I 0.018 0.035 0.075 0.147 0.253 0.411 0.062 168 I 0.023 0.033 0.054 0.097 0.190 0.390 0.212 169 G 0.045 0.048 0.061 0.119 0.223 0.368 0.136 170 L 0.053 0.066 0.096 0.148 0.228 0.315 0.094 171 P 0.133 0.156 0.182 0.200 0.156 0.128 0.046 172 R 0.298 0.234 0.167 0.136 0.095 0.060 0.011 173 Y 0.305 0.179 0.166 0.169 0.108 0.066 0.007 174 M 0.406 0.199 0.151 0.123 0.078 0.039 0.004 175 E 0.604 0.235 0.092 0.045 0.017 0.006 0.001 176 V 0.618 0.179 0.098 0.068 0.028 0.009 0.001