# TARGET T0344 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.13026 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.134 0.002 0.002 0.002 0.091 0.768 2 R 0.760 0.007 0.001 0.003 0.033 0.196 3 I 0.924 0.004 0.001 0.002 0.014 0.055 4 V 0.958 0.005 0.001 0.003 0.007 0.025 5 A 0.945 0.003 0.002 0.007 0.015 0.028 6 A 0.819 0.005 0.007 0.015 0.063 0.092 7 D 0.502 0.010 0.020 0.020 0.261 0.187 8 T 0.188 0.021 0.022 0.027 0.500 0.242 9 G 0.114 0.012 0.035 0.030 0.527 0.281 10 G 0.174 0.012 0.049 0.017 0.327 0.422 11 A 0.428 0.026 0.074 0.034 0.201 0.236 12 V 0.485 0.061 0.063 0.031 0.131 0.229 13 L 0.361 0.085 0.049 0.048 0.167 0.290 14 D 0.159 0.027 0.046 0.053 0.544 0.170 15 E 0.031 0.004 0.195 0.101 0.595 0.074 16 T 0.023 0.007 0.142 0.101 0.635 0.093 17 F 0.036 0.045 0.074 0.086 0.622 0.137 18 E 0.033 0.022 0.026 0.047 0.382 0.490 19 P 0.038 0.012 0.071 0.170 0.323 0.386 20 I 0.112 0.017 0.115 0.402 0.201 0.154 21 G 0.486 0.015 0.094 0.197 0.098 0.110 22 L 0.676 0.010 0.046 0.185 0.037 0.047 23 I 0.630 0.005 0.029 0.240 0.049 0.047 24 A 0.688 0.003 0.033 0.158 0.067 0.051 25 T 0.624 0.003 0.016 0.243 0.064 0.049 26 V 0.537 0.002 0.015 0.301 0.081 0.064 27 A 0.450 0.001 0.008 0.502 0.025 0.014 28 V 0.506 0.001 0.003 0.472 0.009 0.010 29 L 0.553 0.001 0.002 0.408 0.012 0.024 30 V 0.737 0.002 0.001 0.212 0.021 0.027 31 E 0.761 0.004 0.001 0.102 0.047 0.086 32 K 0.260 0.010 0.004 0.062 0.213 0.451 33 P 0.108 0.013 0.021 0.060 0.412 0.386 34 Y 0.140 0.020 0.048 0.039 0.445 0.307 35 R 0.159 0.024 0.030 0.035 0.362 0.390 36 S 0.109 0.015 0.019 0.043 0.324 0.490 37 A 0.062 0.004 0.167 0.338 0.300 0.128 38 K 0.161 0.005 0.138 0.350 0.245 0.101 39 E 0.244 0.004 0.102 0.352 0.215 0.083 40 V 0.451 0.005 0.024 0.299 0.096 0.125 41 M 0.588 0.007 0.009 0.282 0.040 0.075 42 V 0.651 0.004 0.007 0.248 0.028 0.061 43 K 0.743 0.007 0.007 0.136 0.029 0.078 44 Y 0.659 0.016 0.007 0.071 0.074 0.173 45 A 0.277 0.026 0.006 0.024 0.179 0.489 46 N 0.054 0.010 0.003 0.005 0.405 0.524 47 P 0.015 0.006 0.080 0.034 0.722 0.143 48 Y 0.019 0.009 0.094 0.034 0.717 0.126 49 D 0.020 0.009 0.146 0.051 0.667 0.107 50 Y 0.039 0.026 0.042 0.111 0.373 0.409 51 D 0.055 0.041 0.017 0.176 0.177 0.534 52 L 0.032 0.013 0.013 0.712 0.118 0.111 53 T 0.035 0.010 0.006 0.685 0.111 0.153 54 G 0.016 0.002 0.008 0.894 0.040 0.040 55 R 0.016 0.001 0.010 0.933 0.021 0.018 56 Q 0.006 0.001 0.011 0.966 0.009 0.006 57 A 0.010 0.001 0.022 0.944 0.012 0.011 58 I 0.004 0.001 0.014 0.959 0.010 0.012 59 R 0.001 0.001 0.006 0.984 0.004 0.005 60 D 0.001 0.001 0.004 0.990 0.002 0.003 61 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 64 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 66 I 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 68 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.002 0.003 69 A 0.001 0.001 0.007 0.964 0.007 0.019 70 R 0.002 0.001 0.014 0.941 0.017 0.024 71 K 0.010 0.003 0.015 0.774 0.062 0.137 72 V 0.009 0.006 0.008 0.571 0.068 0.337 73 K 0.022 0.013 0.004 0.025 0.289 0.647 74 P 0.024 0.002 0.011 0.013 0.563 0.388 75 D 0.108 0.002 0.022 0.006 0.555 0.306 76 V 0.937 0.013 0.004 0.002 0.029 0.016 77 I 0.977 0.004 0.001 0.002 0.004 0.013 78 H 0.979 0.003 0.001 0.001 0.005 0.010 79 L 0.843 0.009 0.002 0.008 0.040 0.098 80 D 0.305 0.007 0.011 0.013 0.329 0.334 81 S 0.138 0.007 0.050 0.014 0.578 0.211 82 T 0.154 0.022 0.109 0.019 0.464 0.232 83 L 0.224 0.023 0.111 0.041 0.490 0.111 84 G 0.192 0.011 0.053 0.035 0.493 0.215 85 G 0.247 0.009 0.037 0.052 0.365 0.289 86 I 0.645 0.012 0.017 0.044 0.142 0.140 87 E 0.773 0.014 0.014 0.056 0.054 0.089 88 L 0.773 0.015 0.031 0.075 0.042 0.064 89 R 0.700 0.013 0.049 0.082 0.058 0.100 90 K 0.459 0.019 0.099 0.098 0.154 0.170 91 L 0.154 0.019 0.040 0.102 0.215 0.471 92 D 0.024 0.006 0.003 0.040 0.102 0.824 93 E 0.015 0.004 0.013 0.531 0.156 0.282 94 P 0.011 0.002 0.018 0.755 0.125 0.089 95 T 0.033 0.026 0.040 0.666 0.159 0.076 96 I 0.079 0.016 0.052 0.569 0.189 0.094 97 D 0.106 0.004 0.095 0.502 0.137 0.157 98 A 0.165 0.009 0.087 0.550 0.074 0.115 99 L 0.194 0.022 0.045 0.404 0.100 0.236 100 G 0.185 0.018 0.030 0.089 0.114 0.563 101 I 0.151 0.026 0.044 0.039 0.165 0.575 102 S 0.129 0.027 0.045 0.030 0.321 0.448 103 D 0.062 0.019 0.095 0.066 0.557 0.201 104 K 0.019 0.006 0.063 0.180 0.593 0.139 105 G 0.024 0.005 0.040 0.417 0.324 0.190 106 K 0.038 0.006 0.012 0.828 0.058 0.058 107 E 0.051 0.007 0.008 0.890 0.021 0.024 108 V 0.041 0.005 0.012 0.895 0.024 0.022 109 W 0.044 0.003 0.023 0.877 0.027 0.025 110 K 0.026 0.001 0.050 0.861 0.043 0.019 111 E 0.014 0.002 0.049 0.870 0.043 0.021 112 L 0.004 0.002 0.031 0.881 0.041 0.041 113 S 0.005 0.004 0.050 0.705 0.104 0.133 114 K 0.002 0.002 0.149 0.612 0.147 0.089 115 D 0.003 0.003 0.102 0.588 0.154 0.150 116 L 0.002 0.003 0.043 0.822 0.062 0.069 117 Q 0.004 0.004 0.028 0.671 0.113 0.181 118 P 0.001 0.001 0.031 0.883 0.052 0.032 119 L 0.001 0.001 0.032 0.955 0.009 0.003 120 A 0.001 0.001 0.017 0.974 0.006 0.002 121 R 0.001 0.001 0.011 0.979 0.006 0.004 122 K 0.001 0.001 0.008 0.973 0.010 0.008 123 F 0.003 0.001 0.009 0.966 0.014 0.007 124 W 0.008 0.001 0.026 0.915 0.038 0.012 125 E 0.010 0.001 0.037 0.921 0.023 0.009 126 E 0.013 0.002 0.033 0.912 0.031 0.009 127 T 0.016 0.002 0.025 0.756 0.083 0.118 128 N 0.013 0.001 0.003 0.014 0.090 0.879 129 I 0.448 0.010 0.004 0.010 0.106 0.422 130 E 0.883 0.002 0.001 0.002 0.022 0.090 131 I 0.984 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 132 V 0.988 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 133 A 0.981 0.001 0.001 0.002 0.008 0.009 134 I 0.891 0.004 0.001 0.003 0.032 0.069 135 G 0.472 0.007 0.003 0.003 0.223 0.291 136 K 0.288 0.012 0.018 0.004 0.547 0.131 137 S 0.188 0.007 0.038 0.008 0.544 0.215 138 S 0.195 0.015 0.046 0.007 0.573 0.165 139 V 0.339 0.015 0.008 0.004 0.330 0.305 140 P 0.472 0.012 0.004 0.006 0.088 0.419 141 V 0.758 0.012 0.006 0.010 0.045 0.168 142 R 0.874 0.005 0.004 0.009 0.025 0.083 143 I 0.912 0.002 0.010 0.027 0.015 0.034 144 A 0.897 0.001 0.010 0.047 0.020 0.025 145 E 0.886 0.001 0.010 0.057 0.024 0.022 146 I 0.847 0.003 0.008 0.068 0.042 0.033 147 Y 0.664 0.006 0.012 0.134 0.109 0.075 148 A 0.498 0.006 0.023 0.166 0.162 0.145 149 G 0.466 0.006 0.042 0.134 0.183 0.170 150 I 0.614 0.006 0.043 0.186 0.088 0.063 151 Y 0.596 0.008 0.023 0.263 0.052 0.057 152 S 0.409 0.006 0.012 0.371 0.062 0.139 153 A 0.196 0.003 0.022 0.625 0.050 0.105 154 K 0.277 0.003 0.046 0.532 0.071 0.071 155 W 0.425 0.007 0.076 0.384 0.070 0.039 156 G 0.600 0.008 0.058 0.224 0.061 0.050 157 I 0.508 0.004 0.068 0.315 0.067 0.038 158 E 0.428 0.003 0.051 0.376 0.090 0.052 159 N 0.358 0.004 0.057 0.410 0.100 0.070 160 V 0.397 0.026 0.036 0.336 0.111 0.094 161 E 0.365 0.019 0.060 0.304 0.210 0.043 162 K 0.299 0.009 0.071 0.231 0.347 0.043 163 E 0.074 0.003 0.046 0.198 0.594 0.086 164 G 0.114 0.006 0.013 0.021 0.622 0.223 165 H 0.455 0.012 0.003 0.004 0.139 0.387 166 L 0.915 0.010 0.002 0.001 0.019 0.054 167 I 0.964 0.007 0.002 0.001 0.011 0.015 168 I 0.936 0.005 0.003 0.002 0.019 0.036 169 G 0.712 0.004 0.009 0.005 0.110 0.160 170 L 0.385 0.008 0.011 0.007 0.238 0.351 171 P 0.267 0.009 0.035 0.024 0.298 0.366 172 R 0.288 0.013 0.083 0.040 0.299 0.277 173 Y 0.491 0.018 0.099 0.054 0.172 0.166 174 M 0.507 0.025 0.037 0.092 0.104 0.235 175 E 0.408 0.019 0.015 0.067 0.088 0.402 176 V 0.127 0.007 0.004 0.016 0.077 0.770