# TARGET T0344 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.13026 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.010 0.629 0.018 0.003 0.006 0.015 0.004 0.061 0.064 0.005 0.058 0.100 2 R 0.072 0.015 0.151 0.009 0.002 0.006 0.057 0.030 0.254 0.032 0.002 0.249 0.123 3 I 0.132 0.010 0.065 0.014 0.002 0.011 0.124 0.094 0.213 0.004 0.002 0.043 0.287 4 V 0.153 0.006 0.057 0.063 0.005 0.019 0.142 0.149 0.212 0.007 0.006 0.131 0.050 5 A 0.135 0.005 0.088 0.024 0.007 0.018 0.103 0.155 0.208 0.017 0.013 0.065 0.161 6 A 0.091 0.012 0.194 0.029 0.014 0.028 0.049 0.071 0.151 0.061 0.046 0.103 0.150 7 D 0.023 0.017 0.353 0.036 0.021 0.030 0.011 0.012 0.079 0.191 0.099 0.065 0.061 8 T 0.007 0.016 0.262 0.018 0.034 0.045 0.003 0.003 0.033 0.265 0.248 0.028 0.039 9 G 0.005 0.011 0.247 0.011 0.040 0.047 0.001 0.002 0.014 0.247 0.335 0.016 0.025 10 G 0.025 0.012 0.219 0.025 0.080 0.101 0.005 0.005 0.016 0.237 0.188 0.033 0.053 11 A 0.084 0.032 0.234 0.009 0.079 0.152 0.029 0.014 0.037 0.074 0.069 0.064 0.121 12 V 0.173 0.050 0.115 0.008 0.057 0.184 0.052 0.027 0.031 0.031 0.054 0.067 0.150 13 L 0.126 0.040 0.158 0.029 0.046 0.203 0.034 0.015 0.022 0.045 0.079 0.101 0.102 14 D 0.030 0.008 0.297 0.014 0.072 0.187 0.004 0.005 0.012 0.105 0.148 0.046 0.072 15 E 0.007 0.005 0.155 0.007 0.124 0.162 0.001 0.001 0.004 0.121 0.374 0.012 0.029 16 T 0.007 0.018 0.233 0.005 0.087 0.149 0.002 0.001 0.005 0.123 0.309 0.023 0.039 17 F 0.009 0.048 0.324 0.009 0.056 0.141 0.002 0.001 0.005 0.222 0.110 0.014 0.059 18 E 0.003 0.012 0.409 0.010 0.025 0.156 0.001 0.001 0.005 0.266 0.041 0.057 0.015 19 P 0.004 0.009 0.269 0.012 0.088 0.325 0.001 0.001 0.006 0.071 0.127 0.005 0.080 20 I 0.026 0.013 0.189 0.039 0.059 0.296 0.009 0.005 0.018 0.135 0.118 0.051 0.041 21 G 0.117 0.023 0.153 0.014 0.023 0.233 0.025 0.014 0.039 0.071 0.051 0.094 0.144 22 L 0.120 0.013 0.071 0.011 0.014 0.419 0.039 0.023 0.044 0.018 0.032 0.055 0.142 23 I 0.223 0.004 0.055 0.095 0.011 0.274 0.060 0.028 0.043 0.017 0.043 0.074 0.073 24 A 0.383 0.004 0.059 0.023 0.006 0.064 0.050 0.015 0.028 0.025 0.023 0.182 0.139 25 T 0.360 0.005 0.052 0.025 0.006 0.061 0.053 0.011 0.036 0.025 0.015 0.093 0.256 26 V 0.407 0.002 0.049 0.085 0.007 0.084 0.056 0.015 0.049 0.012 0.010 0.101 0.124 27 A 0.637 0.001 0.020 0.023 0.004 0.035 0.077 0.011 0.018 0.008 0.004 0.056 0.106 28 V 0.665 0.001 0.009 0.009 0.002 0.018 0.097 0.014 0.014 0.005 0.002 0.084 0.082 29 L 0.685 0.002 0.012 0.003 0.002 0.016 0.089 0.015 0.018 0.002 0.005 0.065 0.086 30 V 0.516 0.006 0.061 0.013 0.004 0.024 0.074 0.018 0.041 0.014 0.023 0.072 0.135 31 E 0.236 0.012 0.203 0.029 0.006 0.024 0.029 0.004 0.034 0.088 0.032 0.091 0.213 32 K 0.011 0.005 0.455 0.006 0.007 0.011 0.001 0.001 0.013 0.243 0.040 0.171 0.037 33 P 0.004 0.015 0.455 0.006 0.029 0.027 0.001 0.001 0.006 0.119 0.227 0.005 0.106 34 Y 0.006 0.024 0.336 0.008 0.070 0.045 0.001 0.001 0.003 0.171 0.278 0.038 0.018 35 R 0.004 0.020 0.346 0.002 0.057 0.072 0.001 0.001 0.004 0.247 0.185 0.028 0.034 36 S 0.003 0.017 0.518 0.004 0.040 0.074 0.001 0.001 0.003 0.109 0.161 0.009 0.058 37 A 0.007 0.012 0.305 0.015 0.108 0.191 0.002 0.001 0.002 0.112 0.186 0.020 0.040 38 K 0.018 0.007 0.200 0.025 0.140 0.216 0.003 0.001 0.005 0.173 0.133 0.045 0.034 39 E 0.062 0.009 0.119 0.018 0.082 0.212 0.017 0.004 0.044 0.061 0.043 0.077 0.252 40 V 0.149 0.009 0.122 0.056 0.014 0.154 0.041 0.014 0.059 0.049 0.017 0.156 0.158 41 M 0.252 0.016 0.053 0.012 0.004 0.085 0.087 0.026 0.085 0.012 0.006 0.164 0.197 42 V 0.322 0.010 0.072 0.019 0.004 0.069 0.087 0.032 0.063 0.008 0.007 0.107 0.201 43 K 0.292 0.011 0.091 0.021 0.005 0.060 0.059 0.021 0.052 0.022 0.021 0.189 0.156 44 Y 0.081 0.012 0.276 0.013 0.012 0.039 0.021 0.011 0.045 0.087 0.066 0.099 0.237 45 A 0.032 0.043 0.332 0.022 0.009 0.029 0.008 0.002 0.014 0.253 0.094 0.057 0.106 46 N 0.001 0.015 0.633 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.300 0.010 0.020 0.012 47 P 0.001 0.002 0.126 0.004 0.058 0.031 0.001 0.001 0.001 0.119 0.654 0.001 0.004 48 Y 0.002 0.012 0.068 0.001 0.065 0.021 0.001 0.001 0.001 0.104 0.708 0.011 0.006 49 D 0.014 0.047 0.297 0.006 0.107 0.042 0.002 0.001 0.003 0.230 0.187 0.013 0.053 50 Y 0.037 0.095 0.356 0.004 0.042 0.060 0.003 0.001 0.005 0.151 0.121 0.073 0.053 51 D 0.016 0.041 0.465 0.004 0.028 0.078 0.002 0.001 0.003 0.083 0.131 0.016 0.132 52 L 0.010 0.033 0.239 0.002 0.043 0.193 0.002 0.001 0.002 0.113 0.308 0.029 0.026 53 T 0.008 0.016 0.188 0.004 0.023 0.211 0.002 0.001 0.002 0.130 0.372 0.017 0.027 54 G 0.004 0.004 0.097 0.002 0.032 0.299 0.001 0.001 0.001 0.171 0.375 0.007 0.008 55 R 0.015 0.006 0.102 0.004 0.034 0.632 0.001 0.001 0.001 0.048 0.117 0.014 0.025 56 Q 0.040 0.015 0.067 0.004 0.034 0.635 0.007 0.001 0.003 0.039 0.049 0.039 0.065 57 A 0.039 0.011 0.109 0.005 0.024 0.659 0.007 0.001 0.003 0.023 0.033 0.028 0.058 58 I 0.026 0.011 0.064 0.006 0.016 0.770 0.005 0.001 0.003 0.015 0.031 0.021 0.032 59 R 0.006 0.002 0.026 0.003 0.003 0.912 0.001 0.001 0.001 0.012 0.017 0.006 0.010 60 D 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.961 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.002 0.002 61 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 62 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 L 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 66 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 67 E 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 68 L 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.012 0.001 0.009 0.946 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.001 0.001 70 R 0.002 0.001 0.017 0.001 0.055 0.807 0.001 0.001 0.001 0.011 0.097 0.003 0.004 71 K 0.001 0.002 0.028 0.001 0.057 0.663 0.001 0.001 0.001 0.030 0.209 0.003 0.004 72 V 0.002 0.014 0.254 0.002 0.032 0.283 0.001 0.001 0.006 0.244 0.146 0.002 0.012 73 K 0.001 0.011 0.668 0.004 0.010 0.026 0.001 0.001 0.015 0.205 0.039 0.016 0.006 74 P 0.001 0.007 0.556 0.016 0.037 0.028 0.001 0.001 0.023 0.155 0.161 0.002 0.013 75 D 0.003 0.007 0.240 0.035 0.059 0.019 0.004 0.018 0.095 0.330 0.157 0.023 0.009 76 V 0.035 0.015 0.130 0.007 0.022 0.017 0.059 0.149 0.384 0.023 0.012 0.015 0.133 77 I 0.043 0.014 0.041 0.006 0.003 0.011 0.097 0.357 0.335 0.008 0.004 0.061 0.019 78 H 0.038 0.006 0.058 0.008 0.002 0.009 0.055 0.455 0.275 0.009 0.006 0.034 0.045 79 L 0.037 0.014 0.224 0.024 0.009 0.016 0.028 0.201 0.238 0.038 0.034 0.037 0.101 80 D 0.019 0.015 0.287 0.051 0.050 0.040 0.008 0.026 0.108 0.165 0.127 0.057 0.048 81 S 0.008 0.007 0.137 0.027 0.091 0.055 0.002 0.005 0.028 0.253 0.338 0.014 0.034 82 T 0.016 0.025 0.201 0.010 0.157 0.054 0.004 0.004 0.020 0.189 0.239 0.022 0.058 83 L 0.028 0.040 0.224 0.015 0.117 0.075 0.007 0.005 0.018 0.125 0.215 0.055 0.075 84 G 0.018 0.014 0.175 0.029 0.047 0.050 0.004 0.003 0.013 0.186 0.407 0.024 0.030 85 G 0.064 0.012 0.155 0.025 0.040 0.050 0.009 0.006 0.019 0.183 0.312 0.050 0.075 86 I 0.233 0.015 0.228 0.009 0.013 0.030 0.037 0.010 0.029 0.041 0.028 0.136 0.189 87 E 0.234 0.018 0.120 0.009 0.009 0.035 0.071 0.020 0.066 0.018 0.011 0.203 0.186 88 L 0.234 0.009 0.099 0.024 0.011 0.039 0.087 0.011 0.030 0.012 0.007 0.049 0.390 89 R 0.153 0.008 0.142 0.060 0.020 0.044 0.033 0.006 0.040 0.067 0.029 0.319 0.080 90 K 0.026 0.023 0.326 0.017 0.030 0.034 0.013 0.002 0.038 0.068 0.043 0.035 0.344 91 L 0.008 0.018 0.451 0.012 0.028 0.042 0.004 0.001 0.010 0.114 0.204 0.048 0.057 92 D 0.002 0.011 0.591 0.003 0.013 0.042 0.001 0.001 0.006 0.186 0.114 0.008 0.025 93 E 0.001 0.004 0.261 0.001 0.038 0.252 0.001 0.001 0.001 0.334 0.097 0.009 0.002 94 P 0.001 0.008 0.372 0.002 0.038 0.283 0.001 0.001 0.006 0.068 0.182 0.003 0.035 95 T 0.006 0.050 0.195 0.021 0.113 0.297 0.004 0.003 0.013 0.090 0.145 0.028 0.034 96 I 0.028 0.026 0.096 0.006 0.200 0.419 0.004 0.004 0.012 0.039 0.067 0.026 0.074 97 D 0.096 0.012 0.122 0.099 0.168 0.242 0.006 0.005 0.010 0.049 0.066 0.083 0.041 98 A 0.114 0.015 0.119 0.011 0.154 0.166 0.007 0.003 0.011 0.028 0.062 0.046 0.265 99 L 0.059 0.009 0.168 0.056 0.043 0.100 0.008 0.003 0.008 0.094 0.272 0.080 0.100 100 G 0.050 0.015 0.266 0.024 0.012 0.024 0.005 0.002 0.009 0.098 0.281 0.164 0.050 101 I 0.114 0.045 0.229 0.004 0.006 0.014 0.010 0.003 0.013 0.042 0.017 0.044 0.461 102 S 0.088 0.031 0.224 0.032 0.016 0.019 0.007 0.002 0.018 0.067 0.109 0.262 0.125 103 D 0.017 0.009 0.134 0.003 0.032 0.061 0.005 0.002 0.011 0.115 0.481 0.021 0.108 104 K 0.002 0.006 0.056 0.003 0.012 0.062 0.001 0.001 0.003 0.127 0.695 0.025 0.008 105 G 0.003 0.004 0.185 0.002 0.007 0.078 0.001 0.001 0.001 0.242 0.449 0.010 0.018 106 K 0.010 0.005 0.146 0.001 0.009 0.460 0.001 0.001 0.001 0.139 0.194 0.019 0.012 107 E 0.051 0.039 0.098 0.001 0.008 0.508 0.009 0.001 0.002 0.030 0.026 0.022 0.204 108 V 0.055 0.016 0.058 0.007 0.012 0.680 0.010 0.001 0.002 0.018 0.028 0.067 0.046 109 W 0.029 0.005 0.070 0.004 0.013 0.800 0.003 0.001 0.001 0.008 0.017 0.012 0.039 110 K 0.016 0.002 0.020 0.003 0.030 0.872 0.001 0.001 0.001 0.010 0.020 0.017 0.009 111 E 0.014 0.003 0.033 0.001 0.048 0.809 0.001 0.001 0.001 0.009 0.046 0.006 0.028 112 L 0.007 0.005 0.055 0.001 0.045 0.748 0.001 0.001 0.001 0.024 0.097 0.007 0.009 113 S 0.001 0.006 0.165 0.001 0.045 0.640 0.001 0.001 0.001 0.036 0.095 0.002 0.008 114 K 0.001 0.003 0.046 0.001 0.118 0.588 0.001 0.001 0.001 0.043 0.198 0.002 0.001 115 D 0.001 0.004 0.074 0.001 0.099 0.441 0.001 0.001 0.001 0.039 0.339 0.001 0.003 116 L 0.001 0.007 0.132 0.001 0.050 0.649 0.001 0.001 0.002 0.072 0.085 0.001 0.003 117 Q 0.001 0.003 0.136 0.001 0.015 0.790 0.001 0.001 0.001 0.037 0.016 0.001 0.001 118 P 0.001 0.001 0.031 0.001 0.031 0.895 0.001 0.001 0.001 0.006 0.034 0.001 0.001 119 L 0.001 0.001 0.018 0.001 0.047 0.888 0.001 0.001 0.001 0.008 0.037 0.001 0.001 120 A 0.001 0.002 0.018 0.001 0.034 0.898 0.001 0.001 0.001 0.009 0.035 0.001 0.001 121 R 0.001 0.001 0.016 0.001 0.018 0.892 0.001 0.001 0.001 0.015 0.053 0.001 0.001 122 K 0.001 0.001 0.024 0.001 0.015 0.843 0.001 0.001 0.002 0.025 0.084 0.001 0.004 123 F 0.001 0.005 0.051 0.001 0.017 0.827 0.001 0.001 0.006 0.033 0.047 0.003 0.007 124 W 0.001 0.007 0.042 0.002 0.026 0.839 0.001 0.003 0.006 0.021 0.042 0.005 0.007 125 E 0.007 0.004 0.034 0.008 0.048 0.769 0.002 0.005 0.006 0.020 0.073 0.010 0.014 126 E 0.020 0.004 0.071 0.001 0.059 0.640 0.003 0.004 0.006 0.027 0.127 0.022 0.016 127 T 0.005 0.007 0.074 0.010 0.021 0.210 0.002 0.004 0.008 0.096 0.545 0.007 0.011 128 N 0.004 0.003 0.104 0.080 0.010 0.012 0.001 0.001 0.004 0.109 0.652 0.010 0.010 129 I 0.034 0.006 0.618 0.014 0.002 0.003 0.015 0.010 0.059 0.050 0.007 0.039 0.143 130 E 0.075 0.017 0.119 0.011 0.002 0.002 0.053 0.032 0.295 0.031 0.002 0.308 0.053 131 I 0.078 0.007 0.044 0.004 0.001 0.002 0.113 0.130 0.293 0.002 0.001 0.025 0.299 132 V 0.092 0.002 0.030 0.398 0.003 0.002 0.104 0.136 0.146 0.006 0.004 0.048 0.028 133 A 0.213 0.002 0.068 0.020 0.005 0.003 0.120 0.077 0.177 0.021 0.009 0.158 0.129 134 I 0.163 0.007 0.087 0.019 0.004 0.003 0.068 0.025 0.103 0.048 0.027 0.104 0.343 135 G 0.081 0.012 0.225 0.033 0.005 0.003 0.015 0.006 0.047 0.096 0.068 0.303 0.104 136 K 0.027 0.013 0.293 0.028 0.026 0.013 0.006 0.003 0.037 0.146 0.174 0.042 0.192 137 S 0.010 0.006 0.269 0.043 0.026 0.012 0.005 0.001 0.020 0.210 0.277 0.049 0.072 138 S 0.040 0.024 0.258 0.058 0.029 0.013 0.011 0.001 0.017 0.200 0.177 0.020 0.151 139 V 0.009 0.011 0.233 0.001 0.006 0.013 0.003 0.001 0.036 0.284 0.018 0.355 0.030 140 P 0.014 0.015 0.320 0.019 0.004 0.023 0.009 0.001 0.033 0.023 0.012 0.007 0.519 141 V 0.060 0.019 0.257 0.013 0.003 0.037 0.042 0.007 0.068 0.024 0.006 0.403 0.062 142 R 0.075 0.016 0.230 0.004 0.002 0.082 0.026 0.007 0.050 0.028 0.005 0.083 0.393 143 I 0.056 0.008 0.060 0.021 0.036 0.569 0.029 0.010 0.028 0.006 0.020 0.026 0.131 144 A 0.052 0.002 0.027 0.227 0.045 0.479 0.023 0.016 0.025 0.008 0.031 0.041 0.025 145 E 0.137 0.005 0.045 0.019 0.076 0.333 0.029 0.014 0.036 0.022 0.030 0.127 0.128 146 I 0.070 0.010 0.047 0.005 0.048 0.456 0.018 0.009 0.041 0.013 0.018 0.031 0.235 147 Y 0.041 0.008 0.062 0.118 0.042 0.514 0.008 0.006 0.033 0.018 0.030 0.081 0.038 148 A 0.025 0.005 0.059 0.046 0.053 0.493 0.004 0.002 0.011 0.085 0.115 0.023 0.080 149 G 0.032 0.002 0.060 0.012 0.038 0.510 0.004 0.002 0.008 0.075 0.184 0.036 0.038 150 I 0.065 0.006 0.045 0.003 0.009 0.701 0.011 0.014 0.015 0.019 0.039 0.016 0.058 151 Y 0.032 0.005 0.032 0.001 0.004 0.820 0.009 0.008 0.012 0.012 0.014 0.036 0.016 152 S 0.048 0.002 0.032 0.002 0.006 0.804 0.008 0.004 0.007 0.010 0.020 0.013 0.044 153 A 0.030 0.001 0.021 0.003 0.012 0.880 0.003 0.001 0.003 0.007 0.017 0.008 0.016 154 K 0.011 0.001 0.008 0.003 0.019 0.917 0.001 0.001 0.002 0.004 0.020 0.006 0.008 155 W 0.040 0.002 0.018 0.004 0.031 0.766 0.005 0.001 0.003 0.012 0.068 0.025 0.027 156 G 0.073 0.006 0.049 0.004 0.030 0.688 0.006 0.001 0.003 0.010 0.069 0.020 0.041 157 I 0.047 0.006 0.064 0.006 0.038 0.703 0.003 0.001 0.003 0.016 0.033 0.019 0.061 158 E 0.028 0.003 0.066 0.042 0.056 0.546 0.002 0.001 0.003 0.042 0.102 0.071 0.039 159 N 0.036 0.003 0.090 0.018 0.055 0.425 0.003 0.002 0.009 0.061 0.119 0.036 0.142 160 V 0.048 0.025 0.177 0.010 0.031 0.325 0.008 0.007 0.032 0.069 0.038 0.073 0.157 161 E 0.026 0.031 0.305 0.034 0.028 0.238 0.010 0.012 0.042 0.047 0.072 0.055 0.099 162 K 0.034 0.022 0.194 0.013 0.046 0.179 0.009 0.012 0.027 0.057 0.219 0.096 0.093 163 E 0.001 0.002 0.038 0.015 0.015 0.030 0.001 0.001 0.003 0.050 0.829 0.008 0.006 164 G 0.001 0.001 0.061 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.120 0.792 0.003 0.002 165 H 0.023 0.013 0.575 0.010 0.002 0.001 0.008 0.007 0.033 0.117 0.035 0.067 0.110 166 L 0.179 0.045 0.107 0.003 0.001 0.001 0.071 0.042 0.087 0.013 0.003 0.114 0.334 167 I 0.314 0.014 0.045 0.034 0.003 0.002 0.188 0.083 0.066 0.006 0.005 0.132 0.107 168 I 0.240 0.007 0.085 0.031 0.007 0.005 0.137 0.067 0.060 0.026 0.027 0.198 0.109 169 G 0.140 0.009 0.162 0.032 0.006 0.004 0.049 0.021 0.066 0.080 0.051 0.131 0.248 170 L 0.032 0.007 0.398 0.041 0.006 0.004 0.006 0.002 0.029 0.160 0.028 0.173 0.115 171 P 0.030 0.015 0.370 0.045 0.044 0.015 0.006 0.001 0.015 0.117 0.101 0.037 0.205 172 R 0.036 0.023 0.251 0.031 0.109 0.035 0.009 0.002 0.019 0.141 0.150 0.121 0.073 173 Y 0.040 0.029 0.251 0.033 0.138 0.047 0.012 0.002 0.024 0.079 0.077 0.020 0.247 174 M 0.022 0.019 0.352 0.019 0.055 0.038 0.010 0.003 0.028 0.112 0.069 0.228 0.045 175 E 0.020 0.030 0.416 0.004 0.022 0.032 0.008 0.003 0.024 0.049 0.055 0.040 0.298 176 V 0.007 0.025 0.710 0.013 0.010 0.019 0.002 0.001 0.009 0.057 0.018 0.051 0.078