# TARGET T0344 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.13026 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.146 0.162 0.159 0.187 0.180 0.133 0.034 2 R 0.049 0.067 0.127 0.220 0.255 0.214 0.068 3 I 0.031 0.037 0.042 0.064 0.135 0.381 0.310 4 V 0.018 0.031 0.041 0.084 0.166 0.326 0.335 5 A 0.022 0.032 0.056 0.106 0.168 0.293 0.323 6 A 0.046 0.051 0.060 0.113 0.216 0.307 0.207 7 D 0.100 0.133 0.172 0.197 0.168 0.159 0.071 8 T 0.131 0.130 0.141 0.181 0.180 0.157 0.080 9 G 0.218 0.154 0.128 0.151 0.150 0.140 0.059 10 G 0.199 0.149 0.134 0.144 0.145 0.149 0.081 11 A 0.091 0.091 0.113 0.163 0.195 0.221 0.126 12 V 0.070 0.088 0.107 0.164 0.207 0.244 0.120 13 L 0.092 0.097 0.118 0.183 0.228 0.214 0.069 14 D 0.155 0.238 0.228 0.193 0.122 0.053 0.012 15 E 0.229 0.279 0.232 0.152 0.073 0.028 0.008 16 T 0.235 0.232 0.183 0.162 0.110 0.063 0.015 17 F 0.075 0.091 0.140 0.240 0.266 0.162 0.027 18 E 0.222 0.273 0.226 0.156 0.075 0.039 0.010 19 P 0.130 0.144 0.165 0.191 0.186 0.148 0.036 20 I 0.064 0.078 0.121 0.178 0.236 0.241 0.082 21 G 0.103 0.127 0.171 0.189 0.182 0.157 0.072 22 L 0.091 0.065 0.083 0.127 0.189 0.267 0.178 23 I 0.100 0.087 0.107 0.146 0.176 0.218 0.167 24 A 0.134 0.099 0.116 0.144 0.137 0.187 0.182 25 T 0.144 0.093 0.099 0.137 0.137 0.177 0.214 26 V 0.110 0.074 0.076 0.113 0.116 0.222 0.289 27 A 0.160 0.112 0.108 0.145 0.126 0.190 0.159 28 V 0.154 0.130 0.125 0.148 0.131 0.202 0.110 29 L 0.112 0.096 0.099 0.168 0.189 0.250 0.086 30 V 0.073 0.099 0.106 0.174 0.217 0.268 0.063 31 E 0.130 0.209 0.211 0.226 0.146 0.069 0.009 32 K 0.185 0.248 0.236 0.186 0.102 0.039 0.004 33 P 0.175 0.274 0.244 0.179 0.092 0.034 0.003 34 Y 0.160 0.175 0.218 0.238 0.159 0.048 0.003 35 R 0.521 0.313 0.111 0.040 0.012 0.003 0.001 36 S 0.402 0.266 0.170 0.111 0.039 0.011 0.001 37 A 0.288 0.158 0.156 0.195 0.144 0.055 0.005 38 K 0.446 0.304 0.159 0.067 0.019 0.004 0.001 39 E 0.383 0.362 0.162 0.068 0.020 0.004 0.001 40 V 0.151 0.165 0.205 0.223 0.175 0.073 0.008 41 M 0.076 0.173 0.236 0.247 0.177 0.083 0.009 42 V 0.074 0.087 0.127 0.231 0.276 0.179 0.025 43 K 0.121 0.229 0.243 0.232 0.125 0.043 0.005 44 Y 0.088 0.095 0.114 0.198 0.252 0.220 0.033 45 A 0.158 0.194 0.213 0.223 0.145 0.059 0.008 46 N 0.257 0.322 0.220 0.128 0.053 0.017 0.003 47 P 0.283 0.259 0.191 0.149 0.080 0.032 0.007 48 Y 0.127 0.146 0.200 0.247 0.192 0.081 0.007 49 D 0.274 0.394 0.215 0.085 0.025 0.006 0.001 50 Y 0.062 0.072 0.124 0.253 0.307 0.163 0.020 51 D 0.133 0.237 0.254 0.206 0.118 0.046 0.007 52 L 0.139 0.130 0.163 0.218 0.206 0.125 0.020 53 T 0.257 0.245 0.215 0.155 0.078 0.040 0.010 54 G 0.167 0.179 0.182 0.201 0.154 0.092 0.023 55 R 0.168 0.197 0.187 0.202 0.150 0.079 0.018 56 Q 0.111 0.171 0.193 0.216 0.172 0.113 0.024 57 A 0.073 0.095 0.143 0.207 0.215 0.205 0.061 58 I 0.078 0.078 0.091 0.151 0.230 0.284 0.087 59 R 0.143 0.232 0.237 0.221 0.114 0.044 0.009 60 D 0.167 0.237 0.222 0.196 0.108 0.056 0.013 61 E 0.093 0.114 0.119 0.145 0.201 0.251 0.075 62 V 0.055 0.056 0.091 0.191 0.287 0.265 0.056 63 L 0.084 0.155 0.227 0.265 0.178 0.078 0.013 64 L 0.076 0.060 0.090 0.159 0.212 0.301 0.101 65 A 0.048 0.050 0.046 0.082 0.165 0.407 0.203 66 I 0.067 0.098 0.132 0.204 0.237 0.197 0.065 67 E 0.113 0.188 0.222 0.246 0.150 0.064 0.017 68 L 0.051 0.075 0.105 0.186 0.261 0.268 0.054 69 A 0.087 0.128 0.179 0.257 0.233 0.106 0.010 70 R 0.293 0.368 0.206 0.093 0.032 0.007 0.001 71 K 0.406 0.290 0.172 0.096 0.029 0.005 0.001 72 V 0.133 0.154 0.213 0.263 0.179 0.055 0.003 73 K 0.396 0.377 0.151 0.056 0.015 0.004 0.001 74 P 0.123 0.139 0.188 0.258 0.199 0.082 0.011 75 D 0.169 0.228 0.200 0.187 0.135 0.069 0.013 76 V 0.060 0.076 0.122 0.219 0.257 0.210 0.056 77 I 0.044 0.051 0.062 0.118 0.203 0.337 0.186 78 H 0.055 0.091 0.113 0.157 0.197 0.232 0.156 79 L 0.065 0.071 0.087 0.153 0.221 0.251 0.151 80 D 0.131 0.172 0.174 0.180 0.154 0.123 0.067 81 S 0.178 0.151 0.149 0.174 0.160 0.135 0.052 82 T 0.195 0.186 0.177 0.179 0.137 0.095 0.030 83 L 0.198 0.135 0.133 0.171 0.176 0.140 0.046 84 G 0.289 0.202 0.160 0.144 0.097 0.076 0.032 85 G 0.249 0.214 0.171 0.152 0.110 0.076 0.028 86 I 0.144 0.117 0.130 0.185 0.194 0.166 0.064 87 E 0.134 0.176 0.186 0.195 0.161 0.115 0.032 88 L 0.109 0.105 0.119 0.178 0.238 0.209 0.042 89 R 0.119 0.198 0.229 0.243 0.149 0.056 0.007 90 K 0.200 0.282 0.228 0.158 0.086 0.039 0.008 91 L 0.088 0.119 0.175 0.256 0.221 0.121 0.021 92 D 0.304 0.267 0.183 0.133 0.074 0.033 0.006 93 E 0.309 0.279 0.207 0.126 0.055 0.021 0.004 94 P 0.386 0.222 0.156 0.125 0.073 0.033 0.005 95 T 0.241 0.213 0.196 0.169 0.119 0.056 0.007 96 I 0.175 0.108 0.144 0.229 0.223 0.109 0.012 97 D 0.338 0.337 0.192 0.094 0.030 0.009 0.001 98 A 0.281 0.209 0.172 0.164 0.115 0.051 0.006 99 L 0.181 0.133 0.138 0.194 0.212 0.122 0.020 100 G 0.273 0.290 0.218 0.133 0.058 0.023 0.004 101 I 0.175 0.146 0.168 0.237 0.193 0.074 0.009 102 S 0.239 0.313 0.238 0.137 0.056 0.015 0.002 103 D 0.443 0.256 0.149 0.097 0.042 0.011 0.001 104 K 0.596 0.246 0.097 0.042 0.014 0.004 0.001 105 G 0.575 0.190 0.101 0.078 0.042 0.013 0.001 106 K 0.505 0.273 0.136 0.062 0.020 0.005 0.001 107 E 0.474 0.304 0.136 0.059 0.020 0.005 0.001 108 V 0.176 0.187 0.202 0.231 0.143 0.055 0.006 109 W 0.246 0.215 0.211 0.197 0.107 0.023 0.001 110 K 0.502 0.277 0.135 0.064 0.019 0.003 0.001 111 E 0.561 0.267 0.108 0.049 0.012 0.003 0.001 112 L 0.255 0.165 0.211 0.210 0.122 0.035 0.002 113 S 0.563 0.249 0.111 0.053 0.019 0.004 0.001 114 K 0.688 0.194 0.072 0.031 0.011 0.004 0.001 115 D 0.503 0.227 0.140 0.080 0.035 0.014 0.001 116 L 0.339 0.136 0.131 0.164 0.146 0.075 0.009 117 Q 0.409 0.295 0.157 0.085 0.036 0.016 0.003 118 P 0.667 0.189 0.081 0.040 0.017 0.005 0.001 119 L 0.552 0.151 0.112 0.098 0.061 0.023 0.003 120 A 0.373 0.124 0.119 0.171 0.142 0.065 0.006 121 R 0.471 0.334 0.129 0.048 0.014 0.004 0.001 122 K 0.494 0.213 0.138 0.100 0.044 0.010 0.001 123 F 0.296 0.158 0.120 0.166 0.158 0.093 0.011 124 W 0.155 0.170 0.195 0.230 0.162 0.078 0.011 125 E 0.394 0.303 0.155 0.089 0.041 0.015 0.003 126 E 0.294 0.233 0.198 0.166 0.082 0.024 0.003 127 T 0.248 0.221 0.179 0.171 0.113 0.057 0.011 128 N 0.170 0.258 0.241 0.179 0.098 0.042 0.012 129 I 0.051 0.049 0.079 0.182 0.289 0.280 0.069 130 E 0.083 0.116 0.156 0.220 0.215 0.153 0.058 131 I 0.076 0.085 0.096 0.130 0.170 0.286 0.157 132 V 0.081 0.079 0.108 0.180 0.199 0.221 0.133 133 A 0.090 0.100 0.109 0.143 0.158 0.241 0.160 134 I 0.110 0.103 0.117 0.178 0.200 0.197 0.094 135 G 0.133 0.156 0.165 0.202 0.172 0.136 0.036 136 K 0.214 0.201 0.173 0.181 0.137 0.072 0.023 137 S 0.227 0.242 0.206 0.163 0.091 0.057 0.015 138 S 0.206 0.210 0.203 0.173 0.124 0.067 0.017 139 V 0.076 0.109 0.152 0.216 0.217 0.176 0.054 140 P 0.113 0.161 0.171 0.213 0.182 0.121 0.039 141 V 0.061 0.089 0.116 0.196 0.231 0.222 0.085 142 R 0.054 0.121 0.178 0.224 0.193 0.158 0.072 143 I 0.023 0.028 0.046 0.099 0.185 0.354 0.265 144 A 0.039 0.073 0.109 0.181 0.210 0.231 0.159 145 E 0.039 0.102 0.142 0.177 0.185 0.217 0.139 146 I 0.034 0.043 0.062 0.118 0.191 0.301 0.252 147 Y 0.051 0.065 0.082 0.116 0.153 0.272 0.260 148 A 0.082 0.091 0.114 0.141 0.151 0.223 0.197 149 G 0.075 0.082 0.109 0.150 0.163 0.225 0.196 150 I 0.076 0.063 0.067 0.115 0.167 0.252 0.261 151 Y 0.086 0.070 0.081 0.132 0.146 0.227 0.258 152 S 0.101 0.110 0.116 0.142 0.132 0.201 0.198 153 A 0.034 0.041 0.059 0.107 0.171 0.304 0.284 154 K 0.018 0.048 0.097 0.193 0.250 0.287 0.107 155 W 0.027 0.054 0.084 0.156 0.248 0.324 0.108 156 G 0.015 0.035 0.057 0.134 0.264 0.402 0.091 157 I 0.012 0.033 0.086 0.197 0.337 0.297 0.039 158 E 0.053 0.216 0.285 0.252 0.138 0.049 0.006 159 N 0.045 0.260 0.312 0.251 0.104 0.027 0.002 160 V 0.009 0.045 0.140 0.355 0.357 0.092 0.002 161 E 0.298 0.373 0.211 0.090 0.025 0.003 0.001 162 K 0.560 0.305 0.105 0.026 0.003 0.001 0.001 163 E 0.543 0.314 0.108 0.031 0.004 0.001 0.001 164 G 0.170 0.363 0.299 0.135 0.030 0.003 0.001 165 H 0.038 0.148 0.315 0.331 0.142 0.025 0.001 166 L 0.003 0.009 0.026 0.097 0.331 0.491 0.043 167 I 0.006 0.019 0.043 0.123 0.297 0.422 0.091 168 I 0.007 0.018 0.032 0.071 0.160 0.414 0.297 169 G 0.014 0.030 0.050 0.120 0.217 0.362 0.206 170 L 0.012 0.029 0.055 0.121 0.238 0.385 0.160 171 P 0.059 0.109 0.159 0.223 0.225 0.168 0.056 172 R 0.177 0.214 0.188 0.181 0.131 0.090 0.019 173 Y 0.148 0.129 0.152 0.195 0.203 0.148 0.024 174 M 0.207 0.163 0.159 0.178 0.170 0.107 0.016 175 E 0.386 0.290 0.166 0.094 0.041 0.019 0.004 176 V 0.373 0.195 0.168 0.145 0.081 0.032 0.007