# TARGET T0344 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.003 0.020 0.692 0.004 0.007 0.018 0.010 0.007 0.105 0.043 0.009 0.028 0.054 2 I 0.017 0.059 0.427 0.015 0.016 0.026 0.038 0.031 0.205 0.031 0.020 0.025 0.091 3 I 0.028 0.047 0.320 0.019 0.012 0.014 0.066 0.032 0.192 0.074 0.040 0.093 0.064 4 G 0.017 0.031 0.357 0.021 0.012 0.006 0.034 0.046 0.109 0.132 0.058 0.023 0.154 5 L 0.003 0.019 0.438 0.010 0.008 0.003 0.004 0.004 0.023 0.290 0.031 0.146 0.023 6 P 0.001 0.005 0.453 0.044 0.035 0.002 0.001 0.001 0.005 0.179 0.180 0.004 0.090 7 R 0.007 0.021 0.296 0.029 0.048 0.004 0.001 0.001 0.009 0.318 0.197 0.043 0.028 8 Y 0.069 0.023 0.288 0.027 0.026 0.004 0.007 0.001 0.013 0.129 0.075 0.054 0.285 9 M 0.133 0.006 0.227 0.015 0.008 0.002 0.017 0.001 0.013 0.067 0.010 0.348 0.155 10 E 0.214 0.007 0.086 0.006 0.002 0.002 0.018 0.001 0.016 0.023 0.004 0.128 0.495 11 V 0.168 0.009 0.101 0.007 0.002 0.002 0.023 0.001 0.020 0.014 0.002 0.419 0.233 12 N 0.115 0.011 0.203 0.003 0.001 0.001 0.018 0.001 0.030 0.006 0.001 0.168 0.445 13 I 0.124 0.041 0.398 0.016 0.003 0.001 0.008 0.001 0.023 0.007 0.003 0.068 0.306 14 K 0.044 0.018 0.548 0.019 0.007 0.001 0.001 0.001 0.018 0.073 0.016 0.121 0.133 15 D 0.004 0.003 0.071 0.014 0.020 0.002 0.001 0.001 0.002 0.197 0.642 0.013 0.030 16 G 0.003 0.001 0.080 0.009 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.248 0.617 0.015 0.014 17 K 0.044 0.021 0.415 0.005 0.008 0.005 0.005 0.001 0.006 0.173 0.047 0.083 0.189 18 I 0.095 0.087 0.254 0.001 0.003 0.007 0.021 0.003 0.024 0.030 0.009 0.097 0.370 19 I 0.071 0.078 0.236 0.078 0.010 0.011 0.021 0.004 0.014 0.078 0.070 0.162 0.167 20 G 0.039 0.016 0.298 0.041 0.021 0.006 0.007 0.001 0.005 0.172 0.132 0.126 0.135 21 R 0.011 0.016 0.459 0.012 0.030 0.007 0.003 0.001 0.004 0.200 0.060 0.064 0.133 22 S 0.009 0.109 0.475 0.016 0.022 0.005 0.002 0.001 0.004 0.118 0.055 0.048 0.138 23 L 0.006 0.120 0.516 0.013 0.013 0.005 0.001 0.001 0.003 0.143 0.035 0.071 0.074 24 D 0.001 0.029 0.804 0.003 0.007 0.003 0.001 0.001 0.002 0.097 0.013 0.011 0.030 25 P 0.001 0.009 0.173 0.009 0.098 0.030 0.001 0.001 0.001 0.153 0.501 0.004 0.021 26 R 0.003 0.011 0.098 0.001 0.095 0.027 0.001 0.001 0.001 0.112 0.620 0.021 0.011 27 E 0.014 0.050 0.291 0.005 0.106 0.042 0.001 0.001 0.001 0.212 0.196 0.009 0.073 28 G 0.029 0.065 0.257 0.004 0.050 0.037 0.002 0.001 0.001 0.173 0.229 0.081 0.072 29 G 0.049 0.025 0.229 0.012 0.036 0.016 0.001 0.001 0.001 0.163 0.334 0.024 0.111 30 L 0.099 0.031 0.246 0.007 0.033 0.010 0.002 0.001 0.001 0.236 0.184 0.092 0.059 31 Y 0.257 0.023 0.139 0.010 0.012 0.008 0.006 0.001 0.005 0.094 0.075 0.078 0.292 32 G 0.283 0.003 0.141 0.074 0.006 0.004 0.004 0.001 0.001 0.087 0.029 0.281 0.087 33 S 0.459 0.005 0.063 0.008 0.002 0.002 0.008 0.001 0.002 0.020 0.004 0.062 0.364 34 A 0.526 0.003 0.035 0.004 0.003 0.003 0.014 0.001 0.002 0.007 0.001 0.258 0.145 35 E 0.480 0.003 0.041 0.028 0.002 0.002 0.014 0.001 0.002 0.005 0.001 0.063 0.358 36 V 0.283 0.002 0.045 0.019 0.002 0.002 0.013 0.001 0.003 0.005 0.002 0.470 0.154 37 S 0.145 0.007 0.083 0.008 0.003 0.003 0.019 0.001 0.003 0.026 0.008 0.048 0.647 38 V 0.017 0.030 0.383 0.024 0.017 0.006 0.003 0.001 0.006 0.107 0.037 0.215 0.155 39 P 0.001 0.004 0.253 0.007 0.060 0.012 0.001 0.001 0.001 0.251 0.310 0.017 0.083 40 E 0.001 0.002 0.034 0.023 0.040 0.007 0.001 0.001 0.001 0.200 0.680 0.006 0.005 41 G 0.003 0.004 0.163 0.041 0.033 0.005 0.001 0.001 0.007 0.260 0.413 0.034 0.037 42 V 0.026 0.014 0.486 0.003 0.002 0.002 0.010 0.003 0.058 0.066 0.005 0.057 0.269 43 K 0.062 0.023 0.165 0.050 0.001 0.003 0.036 0.051 0.246 0.047 0.006 0.176 0.135 44 W 0.155 0.008 0.060 0.010 0.003 0.003 0.116 0.126 0.240 0.021 0.004 0.074 0.180 45 E 0.163 0.010 0.085 0.005 0.007 0.005 0.108 0.183 0.244 0.008 0.007 0.099 0.075 46 I 0.127 0.026 0.135 0.010 0.019 0.008 0.060 0.069 0.273 0.039 0.043 0.031 0.159 47 Y 0.021 0.014 0.505 0.006 0.009 0.008 0.007 0.003 0.106 0.118 0.045 0.094 0.065 48 P 0.002 0.014 0.408 0.002 0.009 0.015 0.001 0.001 0.018 0.293 0.209 0.007 0.022 49 N 0.001 0.006 0.474 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 0.001 0.435 0.054 0.001 0.006 50 P 0.001 0.002 0.067 0.001 0.065 0.609 0.001 0.001 0.001 0.058 0.195 0.001 0.003 51 V 0.002 0.002 0.053 0.002 0.086 0.671 0.001 0.001 0.001 0.045 0.131 0.002 0.006 52 A 0.005 0.004 0.034 0.001 0.093 0.765 0.001 0.001 0.001 0.026 0.035 0.009 0.026 53 R 0.037 0.011 0.092 0.017 0.042 0.669 0.002 0.001 0.004 0.023 0.042 0.011 0.049 54 R 0.058 0.009 0.033 0.005 0.026 0.633 0.007 0.002 0.006 0.018 0.106 0.033 0.063 55 F 0.131 0.003 0.060 0.084 0.008 0.497 0.016 0.003 0.011 0.031 0.071 0.013 0.072 56 M 0.216 0.004 0.112 0.045 0.006 0.184 0.032 0.002 0.021 0.027 0.016 0.260 0.077 57 I 0.220 0.010 0.063 0.013 0.007 0.158 0.079 0.006 0.025 0.016 0.010 0.031 0.362 58 F 0.346 0.008 0.064 0.023 0.006 0.089 0.082 0.003 0.013 0.013 0.009 0.218 0.127 59 E 0.267 0.005 0.067 0.004 0.003 0.028 0.077 0.003 0.022 0.016 0.004 0.208 0.296 60 I 0.174 0.007 0.165 0.016 0.014 0.057 0.029 0.001 0.017 0.032 0.017 0.081 0.390 61 F 0.072 0.014 0.296 0.092 0.022 0.044 0.012 0.001 0.013 0.136 0.028 0.085 0.185 62 S 0.017 0.034 0.363 0.004 0.021 0.051 0.004 0.001 0.012 0.175 0.064 0.114 0.141 63 K 0.001 0.009 0.816 0.001 0.009 0.019 0.001 0.001 0.004 0.029 0.035 0.012 0.066 64 R 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004