# TARGET T0344 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.36871 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.007 0.010 0.001 0.398 0.133 0.156 0.050 0.002 0.001 0.051 0.191 2 I 0.018 0.003 0.001 0.372 0.136 0.164 0.049 0.001 0.001 0.079 0.177 3 I 0.004 0.001 0.002 0.306 0.132 0.196 0.056 0.001 0.001 0.031 0.269 4 G 0.040 0.005 0.004 0.175 0.064 0.137 0.102 0.003 0.004 0.041 0.425 5 L 0.147 0.011 0.004 0.052 0.082 0.115 0.130 0.019 0.003 0.094 0.342 6 P 0.076 0.004 0.005 0.030 0.035 0.087 0.134 0.002 0.004 0.059 0.565 7 R 0.012 0.002 0.001 0.032 0.140 0.360 0.084 0.005 0.001 0.035 0.327 8 Y 0.010 0.002 0.001 0.038 0.097 0.217 0.087 0.001 0.001 0.051 0.497 9 M 0.001 0.001 0.001 0.054 0.288 0.483 0.022 0.001 0.001 0.038 0.111 10 E 0.002 0.001 0.001 0.058 0.185 0.441 0.030 0.001 0.001 0.052 0.229 11 V 0.001 0.001 0.001 0.053 0.455 0.348 0.014 0.001 0.001 0.017 0.111 12 N 0.003 0.001 0.001 0.073 0.258 0.446 0.033 0.001 0.001 0.048 0.136 13 I 0.028 0.001 0.002 0.040 0.147 0.202 0.058 0.004 0.003 0.040 0.476 14 K 0.591 0.005 0.001 0.022 0.024 0.025 0.040 0.010 0.001 0.049 0.230 15 D 0.033 0.003 0.001 0.016 0.005 0.010 0.097 0.002 0.001 0.021 0.811 16 G 0.006 0.001 0.001 0.031 0.036 0.063 0.111 0.003 0.001 0.017 0.730 17 K 0.018 0.006 0.001 0.117 0.267 0.189 0.068 0.002 0.001 0.045 0.287 18 I 0.015 0.007 0.002 0.100 0.115 0.138 0.070 0.001 0.001 0.044 0.509 19 I 0.017 0.012 0.002 0.150 0.213 0.205 0.073 0.003 0.001 0.041 0.283 20 G 0.051 0.028 0.001 0.087 0.076 0.150 0.115 0.009 0.001 0.049 0.433 21 R 0.055 0.010 0.001 0.111 0.109 0.147 0.101 0.004 0.001 0.063 0.399 22 S 0.009 0.007 0.001 0.104 0.089 0.180 0.119 0.001 0.001 0.029 0.460 23 L 0.005 0.009 0.002 0.065 0.088 0.122 0.110 0.002 0.001 0.029 0.565 24 D 0.201 0.045 0.010 0.046 0.088 0.060 0.103 0.016 0.008 0.144 0.279 25 P 0.279 0.019 0.012 0.020 0.006 0.010 0.081 0.005 0.006 0.103 0.458 26 R 0.105 0.007 0.002 0.013 0.011 0.028 0.094 0.005 0.001 0.065 0.670 27 E 0.073 0.011 0.002 0.017 0.012 0.030 0.126 0.002 0.001 0.052 0.674 28 G 0.017 0.006 0.002 0.024 0.046 0.107 0.175 0.005 0.001 0.070 0.548 29 G 0.019 0.004 0.001 0.025 0.094 0.167 0.120 0.002 0.001 0.085 0.482 30 L 0.012 0.006 0.001 0.038 0.172 0.263 0.090 0.002 0.001 0.064 0.352 31 Y 0.014 0.006 0.002 0.050 0.113 0.266 0.099 0.001 0.001 0.052 0.396 32 G 0.004 0.002 0.001 0.050 0.217 0.505 0.034 0.002 0.001 0.044 0.142 33 S 0.012 0.002 0.001 0.046 0.170 0.370 0.055 0.001 0.001 0.084 0.258 34 A 0.004 0.001 0.001 0.055 0.335 0.418 0.027 0.001 0.001 0.024 0.134 35 E 0.011 0.001 0.001 0.042 0.205 0.307 0.058 0.001 0.001 0.042 0.333 36 V 0.001 0.001 0.001 0.027 0.343 0.322 0.041 0.001 0.001 0.015 0.250 37 S 0.025 0.003 0.005 0.057 0.099 0.151 0.086 0.002 0.004 0.047 0.520 38 V 0.335 0.004 0.004 0.016 0.058 0.057 0.070 0.033 0.003 0.089 0.330 39 P 0.201 0.003 0.002 0.011 0.004 0.008 0.068 0.002 0.001 0.042 0.658 40 E 0.013 0.002 0.001 0.026 0.026 0.057 0.100 0.002 0.001 0.022 0.751 41 G 0.008 0.003 0.001 0.035 0.040 0.072 0.105 0.001 0.001 0.025 0.711 42 V 0.004 0.004 0.001 0.095 0.320 0.186 0.065 0.002 0.001 0.044 0.279 43 K 0.008 0.008 0.001 0.188 0.158 0.232 0.050 0.003 0.001 0.056 0.297 44 W 0.011 0.002 0.001 0.139 0.225 0.222 0.045 0.001 0.001 0.037 0.317 45 E 0.003 0.001 0.001 0.324 0.129 0.204 0.053 0.001 0.001 0.023 0.263 46 I 0.004 0.001 0.001 0.247 0.066 0.092 0.068 0.001 0.001 0.030 0.490 47 Y 0.023 0.006 0.001 0.119 0.142 0.100 0.118 0.006 0.001 0.078 0.405 48 P 0.081 0.233 0.003 0.024 0.005 0.006 0.073 0.006 0.002 0.028 0.539 49 N 0.097 0.479 0.003 0.006 0.008 0.008 0.040 0.021 0.002 0.049 0.286 50 P 0.079 0.500 0.006 0.009 0.005 0.008 0.040 0.005 0.002 0.076 0.269 51 V 0.074 0.560 0.004 0.007 0.015 0.027 0.038 0.007 0.001 0.100 0.167 52 A 0.095 0.395 0.006 0.019 0.033 0.044 0.048 0.007 0.002 0.125 0.226 53 R 0.048 0.273 0.005 0.036 0.068 0.122 0.089 0.003 0.001 0.106 0.249 54 R 0.016 0.171 0.003 0.069 0.095 0.201 0.075 0.002 0.001 0.128 0.238 55 F 0.009 0.146 0.005 0.079 0.119 0.192 0.081 0.003 0.001 0.124 0.241 56 M 0.009 0.077 0.004 0.104 0.215 0.329 0.039 0.004 0.001 0.130 0.089 57 I 0.008 0.054 0.004 0.107 0.172 0.298 0.040 0.002 0.001 0.107 0.208 58 F 0.010 0.012 0.003 0.096 0.284 0.285 0.035 0.001 0.001 0.105 0.167 59 E 0.012 0.012 0.004 0.124 0.203 0.298 0.051 0.002 0.002 0.093 0.198 60 I 0.049 0.009 0.007 0.086 0.154 0.210 0.071 0.004 0.005 0.077 0.327 61 F 0.129 0.008 0.004 0.063 0.096 0.140 0.087 0.006 0.004 0.072 0.391 62 S 0.075 0.006 0.002 0.023 0.038 0.074 0.095 0.003 0.001 0.037 0.646 63 K 0.042 0.006 0.002 0.016 0.029 0.044 0.100 0.004 0.001 0.027 0.729 64 R 0.040 0.007 0.001 0.013 0.027 0.034 0.113 0.008 0.001 0.030 0.726