# TARGET T0344 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.37146 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.065 0.006 0.008 0.084 0.062 0.063 0.072 0.001 0.001 0.005 0.633 2 I 0.035 0.005 0.007 0.125 0.116 0.166 0.110 0.001 0.001 0.005 0.430 3 I 0.018 0.004 0.002 0.205 0.160 0.250 0.076 0.001 0.001 0.003 0.280 4 G 0.015 0.005 0.002 0.137 0.110 0.218 0.094 0.001 0.001 0.004 0.415 5 L 0.030 0.004 0.002 0.199 0.174 0.243 0.086 0.001 0.001 0.004 0.256 6 P 0.001 0.001 0.001 0.018 0.011 0.020 0.015 0.001 0.001 0.001 0.934 7 R 0.010 0.001 0.001 0.152 0.135 0.295 0.121 0.001 0.001 0.008 0.278 8 Y 0.172 0.006 0.002 0.076 0.070 0.150 0.072 0.001 0.001 0.021 0.428 9 M 0.037 0.016 0.002 0.200 0.317 0.271 0.035 0.001 0.001 0.004 0.117 10 E 0.018 0.007 0.003 0.098 0.143 0.252 0.061 0.001 0.001 0.004 0.413 11 V 0.013 0.005 0.003 0.136 0.343 0.375 0.020 0.001 0.001 0.002 0.103 12 N 0.007 0.005 0.001 0.104 0.231 0.365 0.060 0.001 0.001 0.002 0.224 13 I 0.008 0.005 0.002 0.102 0.285 0.389 0.056 0.001 0.001 0.004 0.148 14 K 0.012 0.007 0.001 0.077 0.149 0.218 0.228 0.001 0.001 0.009 0.298 15 D 0.030 0.003 0.001 0.016 0.019 0.031 0.209 0.001 0.001 0.020 0.670 16 G 0.244 0.007 0.007 0.034 0.028 0.032 0.288 0.002 0.001 0.085 0.275 17 K 0.203 0.010 0.016 0.020 0.031 0.025 0.409 0.001 0.001 0.040 0.246 18 I 0.026 0.015 0.014 0.046 0.108 0.152 0.179 0.001 0.001 0.006 0.453 19 I 0.007 0.011 0.001 0.068 0.206 0.436 0.073 0.001 0.001 0.002 0.195 20 G 0.021 0.015 0.001 0.046 0.155 0.231 0.056 0.001 0.001 0.005 0.469 21 R 0.050 0.017 0.004 0.036 0.134 0.288 0.085 0.002 0.001 0.008 0.376 22 S 0.053 0.008 0.003 0.045 0.118 0.186 0.122 0.007 0.001 0.009 0.450 23 L 0.070 0.007 0.013 0.154 0.085 0.146 0.112 0.005 0.001 0.018 0.390 24 D 0.037 0.003 0.003 0.052 0.080 0.070 0.483 0.002 0.001 0.006 0.263 25 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.992 26 R 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.016 0.740 0.001 0.001 0.006 0.223 27 E 0.559 0.002 0.001 0.004 0.002 0.005 0.217 0.001 0.001 0.100 0.110 28 G 0.528 0.130 0.002 0.032 0.012 0.010 0.068 0.005 0.001 0.015 0.199 29 G 0.288 0.039 0.020 0.024 0.027 0.022 0.207 0.002 0.001 0.032 0.338 30 L 0.073 0.024 0.030 0.044 0.041 0.066 0.072 0.001 0.001 0.006 0.642 31 Y 0.008 0.012 0.002 0.090 0.177 0.330 0.075 0.002 0.001 0.002 0.301 32 G 0.056 0.012 0.003 0.053 0.145 0.203 0.067 0.002 0.001 0.010 0.449 33 S 0.062 0.018 0.006 0.073 0.105 0.184 0.071 0.002 0.001 0.010 0.469 34 A 0.029 0.007 0.007 0.185 0.171 0.212 0.075 0.002 0.001 0.006 0.307 35 E 0.027 0.006 0.003 0.146 0.124 0.204 0.079 0.001 0.001 0.008 0.404 36 V 0.015 0.005 0.003 0.123 0.288 0.324 0.036 0.001 0.001 0.003 0.202 37 S 0.011 0.005 0.002 0.093 0.146 0.275 0.052 0.001 0.001 0.003 0.412 38 V 0.012 0.003 0.002 0.080 0.216 0.301 0.054 0.001 0.001 0.003 0.328 39 P 0.003 0.001 0.001 0.017 0.030 0.058 0.033 0.001 0.001 0.001 0.856 40 E 0.016 0.002 0.001 0.023 0.046 0.100 0.158 0.001 0.001 0.008 0.646 41 G 0.298 0.003 0.001 0.018 0.017 0.025 0.077 0.002 0.001 0.027 0.533 42 V 0.245 0.011 0.019 0.047 0.091 0.071 0.117 0.001 0.001 0.016 0.383 43 K 0.013 0.003 0.004 0.090 0.142 0.176 0.142 0.001 0.001 0.002 0.427 44 W 0.009 0.003 0.002 0.088 0.185 0.308 0.036 0.001 0.001 0.001 0.366 45 E 0.007 0.007 0.001 0.187 0.269 0.328 0.052 0.001 0.001 0.001 0.147 46 I 0.013 0.008 0.001 0.056 0.076 0.174 0.074 0.001 0.001 0.003 0.594 47 Y 0.029 0.008 0.003 0.241 0.124 0.316 0.051 0.001 0.001 0.003 0.223 48 P 0.005 0.001 0.001 0.026 0.010 0.031 0.021 0.001 0.001 0.001 0.903 49 N 0.028 0.003 0.001 0.072 0.030 0.107 0.136 0.001 0.001 0.004 0.618 50 P 0.007 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.981 51 V 0.046 0.038 0.001 0.019 0.023 0.034 0.200 0.001 0.001 0.005 0.633 52 A 0.154 0.087 0.002 0.020 0.042 0.111 0.194 0.002 0.001 0.013 0.375 53 R 0.091 0.508 0.001 0.032 0.058 0.083 0.048 0.002 0.001 0.002 0.176 54 R 0.095 0.504 0.003 0.013 0.032 0.068 0.023 0.003 0.001 0.003 0.255 55 F 0.112 0.381 0.009 0.040 0.097 0.169 0.019 0.013 0.001 0.004 0.156 56 M 0.066 0.171 0.019 0.122 0.247 0.229 0.023 0.017 0.001 0.003 0.103 57 I 0.024 0.082 0.039 0.126 0.199 0.306 0.027 0.006 0.001 0.002 0.190 58 F 0.005 0.023 0.004 0.195 0.296 0.415 0.014 0.001 0.001 0.001 0.047 59 E 0.008 0.024 0.003 0.215 0.186 0.306 0.040 0.002 0.001 0.002 0.214 60 I 0.011 0.030 0.005 0.182 0.200 0.304 0.043 0.002 0.001 0.003 0.219 61 F 0.011 0.024 0.003 0.179 0.175 0.366 0.061 0.002 0.001 0.004 0.175 62 S 0.016 0.022 0.002 0.073 0.107 0.224 0.114 0.003 0.001 0.006 0.432 63 K 0.044 0.022 0.004 0.034 0.053 0.081 0.100 0.003 0.001 0.010 0.649 64 R 0.107 0.035 0.007 0.018 0.037 0.051 0.171 0.003 0.001 0.014 0.557