# TARGET T0344 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.37146 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.181 0.158 0.018 0.003 0.586 0.003 0.005 0.017 0.005 0.006 0.019 2 I 0.356 0.068 0.013 0.004 0.439 0.005 0.008 0.017 0.005 0.013 0.072 3 I 0.108 0.136 0.062 0.062 0.193 0.053 0.106 0.097 0.048 0.077 0.059 4 G 0.077 0.111 0.203 0.142 0.104 0.043 0.025 0.033 0.038 0.167 0.057 5 L 0.055 0.416 0.203 0.024 0.191 0.005 0.011 0.045 0.021 0.016 0.013 6 P 0.107 0.337 0.092 0.017 0.252 0.023 0.028 0.064 0.037 0.019 0.025 7 R 0.128 0.151 0.037 0.031 0.247 0.050 0.106 0.089 0.079 0.051 0.032 8 Y 0.370 0.061 0.018 0.012 0.244 0.017 0.025 0.017 0.023 0.094 0.119 9 M 0.100 0.321 0.064 0.007 0.468 0.004 0.004 0.004 0.003 0.008 0.017 10 E 0.461 0.036 0.007 0.001 0.355 0.002 0.008 0.005 0.006 0.028 0.093 11 V 0.154 0.265 0.025 0.001 0.519 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.025 12 N 0.247 0.105 0.011 0.001 0.591 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.038 13 I 0.405 0.132 0.044 0.007 0.308 0.004 0.004 0.012 0.010 0.015 0.059 14 K 0.007 0.033 0.157 0.446 0.015 0.241 0.045 0.032 0.016 0.005 0.002 15 D 0.002 0.033 0.032 0.383 0.005 0.115 0.324 0.080 0.017 0.007 0.003 16 G 0.008 0.016 0.019 0.041 0.007 0.008 0.002 0.008 0.036 0.741 0.115 17 K 0.048 0.409 0.086 0.004 0.363 0.005 0.009 0.025 0.027 0.019 0.006 18 I 0.542 0.035 0.008 0.002 0.293 0.003 0.003 0.006 0.003 0.010 0.096 19 I 0.040 0.078 0.064 0.370 0.059 0.136 0.136 0.031 0.020 0.039 0.027 20 G 0.068 0.087 0.121 0.192 0.089 0.058 0.013 0.027 0.035 0.232 0.076 21 R 0.123 0.178 0.088 0.031 0.239 0.021 0.024 0.062 0.081 0.098 0.054 22 S 0.146 0.234 0.062 0.005 0.380 0.005 0.015 0.046 0.019 0.046 0.041 23 L 0.052 0.369 0.191 0.029 0.213 0.021 0.026 0.020 0.014 0.037 0.028 24 D 0.252 0.049 0.012 0.001 0.654 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 25 P 0.013 0.011 0.005 0.001 0.009 0.001 0.003 0.249 0.664 0.037 0.008 26 R 0.010 0.015 0.017 0.005 0.010 0.017 0.227 0.462 0.171 0.061 0.006 27 E 0.024 0.487 0.093 0.047 0.106 0.014 0.064 0.066 0.029 0.062 0.008 28 G 0.030 0.074 0.119 0.223 0.023 0.048 0.013 0.015 0.019 0.231 0.204 29 G 0.052 0.103 0.130 0.173 0.080 0.112 0.023 0.049 0.049 0.157 0.071 30 L 0.352 0.077 0.023 0.015 0.284 0.013 0.014 0.047 0.042 0.050 0.083 31 Y 0.070 0.112 0.071 0.193 0.087 0.108 0.114 0.065 0.042 0.094 0.044 32 G 0.042 0.171 0.200 0.235 0.109 0.054 0.018 0.022 0.021 0.101 0.026 33 S 0.261 0.128 0.048 0.011 0.349 0.011 0.013 0.027 0.028 0.052 0.073 34 A 0.191 0.187 0.052 0.006 0.429 0.005 0.005 0.024 0.021 0.025 0.054 35 E 0.275 0.109 0.021 0.004 0.436 0.005 0.015 0.028 0.015 0.029 0.064 36 V 0.156 0.268 0.042 0.003 0.424 0.003 0.007 0.023 0.017 0.023 0.033 37 S 0.200 0.166 0.073 0.006 0.361 0.008 0.016 0.035 0.025 0.051 0.058 38 V 0.054 0.382 0.337 0.018 0.131 0.004 0.009 0.029 0.013 0.008 0.015 39 P 0.042 0.305 0.239 0.067 0.125 0.028 0.020 0.088 0.055 0.015 0.015 40 E 0.004 0.091 0.085 0.072 0.017 0.138 0.351 0.155 0.072 0.012 0.004 41 G 0.058 0.023 0.018 0.017 0.031 0.010 0.009 0.018 0.032 0.509 0.274 42 V 0.213 0.262 0.024 0.001 0.443 0.001 0.002 0.005 0.006 0.015 0.028 43 K 0.200 0.123 0.024 0.009 0.488 0.014 0.031 0.025 0.020 0.028 0.040 44 W 0.291 0.115 0.013 0.004 0.523 0.004 0.005 0.010 0.008 0.005 0.023 45 E 0.188 0.102 0.018 0.004 0.600 0.006 0.015 0.024 0.008 0.009 0.027 46 I 0.187 0.174 0.065 0.012 0.337 0.012 0.017 0.034 0.012 0.067 0.082 47 Y 0.161 0.244 0.068 0.004 0.469 0.001 0.005 0.012 0.002 0.007 0.026 48 P 0.026 0.200 0.133 0.036 0.090 0.062 0.049 0.099 0.121 0.161 0.023 49 N 0.302 0.064 0.039 0.004 0.436 0.002 0.017 0.041 0.020 0.013 0.063 50 P 0.008 0.016 0.005 0.001 0.015 0.002 0.006 0.570 0.345 0.029 0.003 51 V 0.005 0.011 0.003 0.003 0.011 0.010 0.081 0.598 0.193 0.081 0.003 52 A 0.020 0.020 0.005 0.006 0.031 0.013 0.033 0.699 0.135 0.032 0.006 53 R 0.011 0.024 0.012 0.007 0.034 0.026 0.052 0.714 0.090 0.021 0.007 54 R 0.078 0.031 0.009 0.005 0.096 0.009 0.066 0.461 0.114 0.102 0.030 55 F 0.119 0.165 0.022 0.004 0.291 0.008 0.019 0.255 0.060 0.027 0.030 56 M 0.119 0.165 0.019 0.004 0.321 0.003 0.017 0.273 0.040 0.019 0.020 57 I 0.384 0.035 0.004 0.003 0.273 0.006 0.029 0.179 0.030 0.016 0.041 58 F 0.124 0.145 0.016 0.021 0.362 0.040 0.057 0.191 0.029 0.006 0.008 59 E 0.296 0.085 0.008 0.002 0.437 0.004 0.016 0.105 0.012 0.007 0.028 60 I 0.185 0.077 0.015 0.014 0.181 0.036 0.073 0.272 0.050 0.052 0.046 61 F 0.112 0.173 0.043 0.035 0.190 0.040 0.063 0.152 0.055 0.087 0.050 62 S 0.075 0.187 0.083 0.041 0.141 0.035 0.040 0.173 0.084 0.095 0.046 63 K 0.054 0.112 0.058 0.036 0.095 0.040 0.076 0.232 0.145 0.115 0.036 64 R 0.073 0.191 0.106 0.044 0.140 0.036 0.075 0.154 0.083 0.062 0.036