# TARGET T0344 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.073 0.004 0.002 0.005 0.209 0.708 2 R 0.391 0.024 0.002 0.006 0.043 0.534 3 I 0.703 0.011 0.002 0.008 0.021 0.255 4 V 0.829 0.006 0.008 0.012 0.022 0.123 5 A 0.788 0.019 0.012 0.016 0.038 0.126 6 A 0.571 0.009 0.047 0.025 0.142 0.207 7 D 0.310 0.012 0.044 0.024 0.394 0.217 8 T 0.096 0.015 0.058 0.049 0.522 0.260 9 G 0.047 0.008 0.041 0.022 0.533 0.348 10 G 0.097 0.012 0.164 0.055 0.465 0.207 11 A 0.142 0.020 0.185 0.105 0.356 0.192 12 V 0.197 0.063 0.209 0.205 0.224 0.102 13 L 0.160 0.023 0.114 0.259 0.277 0.167 14 D 0.052 0.014 0.103 0.203 0.498 0.131 15 E 0.017 0.008 0.138 0.241 0.525 0.069 16 T 0.014 0.016 0.097 0.266 0.532 0.075 17 F 0.026 0.011 0.057 0.356 0.463 0.088 18 E 0.077 0.010 0.021 0.141 0.480 0.271 19 P 0.224 0.020 0.030 0.087 0.402 0.238 20 I 0.546 0.014 0.037 0.050 0.223 0.131 21 G 0.835 0.010 0.022 0.013 0.055 0.065 22 L 0.935 0.004 0.009 0.006 0.016 0.030 23 I 0.953 0.003 0.004 0.004 0.010 0.026 24 A 0.971 0.001 0.001 0.002 0.005 0.020 25 T 0.966 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 26 V 0.979 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 27 A 0.982 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 28 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 29 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 30 V 0.938 0.001 0.001 0.002 0.023 0.035 31 E 0.826 0.006 0.001 0.005 0.051 0.111 32 K 0.471 0.013 0.002 0.008 0.176 0.330 33 P 0.272 0.012 0.006 0.011 0.325 0.374 34 Y 0.133 0.016 0.010 0.013 0.492 0.337 35 R 0.173 0.040 0.018 0.022 0.415 0.331 36 S 0.243 0.027 0.017 0.015 0.409 0.289 37 A 0.216 0.007 0.108 0.071 0.432 0.167 38 K 0.473 0.009 0.071 0.041 0.269 0.136 39 E 0.644 0.006 0.060 0.039 0.176 0.076 40 V 0.785 0.007 0.021 0.029 0.081 0.078 41 M 0.875 0.008 0.007 0.021 0.039 0.050 42 V 0.886 0.004 0.005 0.014 0.038 0.053 43 K 0.847 0.006 0.004 0.016 0.040 0.086 44 Y 0.580 0.035 0.013 0.031 0.128 0.213 45 A 0.201 0.021 0.012 0.022 0.288 0.456 46 N 0.055 0.023 0.016 0.009 0.571 0.325 47 P 0.057 0.020 0.065 0.030 0.673 0.154 48 Y 0.086 0.034 0.093 0.043 0.579 0.165 49 D 0.169 0.053 0.069 0.035 0.554 0.120 50 Y 0.204 0.041 0.069 0.057 0.471 0.159 51 D 0.112 0.073 0.031 0.073 0.431 0.280 52 L 0.053 0.043 0.052 0.143 0.585 0.124 53 T 0.040 0.012 0.025 0.146 0.538 0.239 54 G 0.018 0.006 0.028 0.461 0.395 0.091 55 R 0.025 0.010 0.014 0.673 0.211 0.068 56 Q 0.049 0.026 0.016 0.691 0.128 0.090 57 A 0.047 0.014 0.030 0.684 0.124 0.100 58 I 0.038 0.009 0.051 0.709 0.099 0.094 59 R 0.031 0.007 0.044 0.726 0.103 0.089 60 D 0.018 0.004 0.032 0.760 0.070 0.116 61 E 0.006 0.003 0.011 0.947 0.013 0.020 62 V 0.002 0.001 0.003 0.986 0.004 0.004 63 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 64 L 0.002 0.001 0.002 0.991 0.003 0.002 65 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.005 66 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.002 67 E 0.001 0.001 0.001 0.988 0.005 0.004 68 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.005 0.004 69 A 0.001 0.001 0.009 0.955 0.017 0.017 70 R 0.002 0.001 0.023 0.903 0.039 0.032 71 K 0.009 0.008 0.027 0.713 0.136 0.106 72 V 0.011 0.009 0.014 0.310 0.203 0.453 73 K 0.009 0.008 0.009 0.017 0.670 0.287 74 P 0.008 0.002 0.031 0.012 0.832 0.116 75 D 0.040 0.002 0.043 0.011 0.826 0.078 76 V 0.733 0.017 0.014 0.006 0.196 0.033 77 I 0.935 0.005 0.002 0.002 0.019 0.037 78 H 0.937 0.010 0.002 0.003 0.019 0.029 79 L 0.816 0.015 0.008 0.007 0.073 0.081 80 D 0.357 0.012 0.046 0.022 0.345 0.218 81 S 0.137 0.007 0.109 0.029 0.529 0.189 82 T 0.094 0.024 0.083 0.043 0.621 0.136 83 L 0.049 0.026 0.052 0.050 0.689 0.134 84 G 0.053 0.012 0.018 0.042 0.591 0.284 85 G 0.113 0.017 0.022 0.049 0.397 0.402 86 I 0.196 0.035 0.018 0.162 0.189 0.400 87 E 0.205 0.025 0.020 0.278 0.130 0.343 88 L 0.221 0.011 0.039 0.304 0.110 0.314 89 R 0.189 0.012 0.072 0.411 0.119 0.197 90 K 0.113 0.008 0.119 0.353 0.198 0.210 91 L 0.091 0.012 0.068 0.377 0.211 0.240 92 D 0.045 0.014 0.029 0.231 0.168 0.513 93 E 0.025 0.007 0.015 0.362 0.198 0.393 94 P 0.015 0.008 0.037 0.355 0.208 0.376 95 T 0.015 0.009 0.089 0.749 0.095 0.044 96 I 0.011 0.002 0.216 0.635 0.105 0.032 97 D 0.013 0.004 0.228 0.666 0.058 0.031 98 A 0.014 0.005 0.198 0.707 0.045 0.032 99 L 0.049 0.006 0.051 0.446 0.130 0.318 100 G 0.139 0.009 0.042 0.072 0.212 0.527 101 I 0.239 0.043 0.051 0.089 0.250 0.328 102 S 0.185 0.041 0.034 0.130 0.397 0.213 103 D 0.017 0.006 0.043 0.381 0.500 0.054 104 K 0.005 0.002 0.031 0.596 0.333 0.033 105 G 0.007 0.004 0.016 0.647 0.249 0.077 106 K 0.002 0.001 0.002 0.973 0.014 0.009 107 E 0.006 0.001 0.002 0.976 0.010 0.006 108 V 0.005 0.001 0.003 0.980 0.007 0.003 109 W 0.006 0.001 0.007 0.972 0.011 0.005 110 K 0.004 0.001 0.009 0.954 0.025 0.008 111 E 0.003 0.001 0.011 0.940 0.030 0.015 112 L 0.004 0.001 0.005 0.936 0.020 0.033 113 S 0.005 0.003 0.016 0.795 0.068 0.114 114 K 0.004 0.003 0.027 0.757 0.097 0.111 115 D 0.003 0.003 0.033 0.755 0.090 0.117 116 L 0.001 0.001 0.012 0.908 0.034 0.044 117 Q 0.001 0.001 0.031 0.783 0.068 0.117 118 P 0.001 0.001 0.044 0.854 0.052 0.049 119 L 0.001 0.001 0.044 0.932 0.014 0.009 120 A 0.001 0.001 0.018 0.969 0.008 0.004 121 R 0.001 0.001 0.008 0.979 0.009 0.003 122 K 0.001 0.001 0.002 0.982 0.010 0.005 123 F 0.001 0.001 0.002 0.984 0.009 0.003 124 W 0.003 0.001 0.005 0.973 0.014 0.005 125 E 0.004 0.001 0.011 0.963 0.015 0.007 126 E 0.005 0.001 0.015 0.949 0.017 0.014 127 T 0.013 0.002 0.008 0.833 0.032 0.111 128 N 0.015 0.001 0.001 0.006 0.060 0.918 129 I 0.148 0.002 0.001 0.003 0.062 0.785 130 E 0.870 0.004 0.001 0.001 0.019 0.106 131 I 0.961 0.003 0.001 0.001 0.007 0.028 132 V 0.953 0.001 0.001 0.001 0.010 0.034 133 A 0.914 0.003 0.002 0.002 0.019 0.061 134 I 0.622 0.005 0.004 0.004 0.117 0.248 135 G 0.240 0.012 0.006 0.006 0.343 0.393 136 K 0.108 0.025 0.026 0.011 0.545 0.285 137 S 0.064 0.027 0.038 0.023 0.590 0.258 138 S 0.057 0.036 0.022 0.036 0.555 0.293 139 V 0.114 0.016 0.010 0.093 0.542 0.226 140 P 0.149 0.010 0.007 0.157 0.314 0.363 141 V 0.315 0.017 0.006 0.452 0.108 0.103 142 R 0.406 0.003 0.005 0.510 0.038 0.038 143 I 0.280 0.003 0.004 0.672 0.015 0.026 144 A 0.298 0.003 0.005 0.664 0.014 0.016 145 E 0.273 0.004 0.004 0.681 0.017 0.020 146 I 0.180 0.002 0.008 0.718 0.034 0.059 147 Y 0.077 0.004 0.010 0.788 0.050 0.071 148 A 0.092 0.007 0.039 0.694 0.078 0.090 149 G 0.124 0.005 0.037 0.675 0.078 0.081 150 I 0.089 0.004 0.019 0.833 0.028 0.026 151 Y 0.173 0.005 0.015 0.745 0.028 0.034 152 S 0.080 0.006 0.010 0.846 0.022 0.036 153 A 0.012 0.001 0.008 0.955 0.010 0.014 154 K 0.003 0.001 0.007 0.980 0.006 0.004 155 W 0.002 0.001 0.010 0.979 0.005 0.003 156 G 0.007 0.001 0.010 0.967 0.010 0.006 157 I 0.007 0.001 0.010 0.961 0.015 0.007 158 E 0.010 0.001 0.009 0.945 0.025 0.011 159 N 0.010 0.002 0.009 0.939 0.026 0.014 160 V 0.033 0.003 0.021 0.844 0.069 0.030 161 E 0.046 0.002 0.025 0.805 0.086 0.036 162 K 0.059 0.005 0.024 0.751 0.114 0.048 163 E 0.099 0.005 0.012 0.259 0.365 0.261 164 G 0.035 0.001 0.001 0.002 0.299 0.663 165 H 0.531 0.003 0.001 0.001 0.145 0.318 166 L 0.973 0.003 0.001 0.001 0.008 0.017 167 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 168 I 0.983 0.002 0.001 0.001 0.004 0.011 169 G 0.878 0.007 0.001 0.001 0.032 0.082 170 L 0.462 0.004 0.006 0.001 0.169 0.358 171 P 0.202 0.002 0.044 0.001 0.366 0.385 172 R 0.364 0.019 0.126 0.002 0.310 0.179 173 Y 0.605 0.032 0.081 0.002 0.171 0.108 174 M 0.776 0.003 0.026 0.002 0.109 0.084 175 E 0.887 0.002 0.007 0.002 0.044 0.058 176 V 0.939 0.005 0.002 0.002 0.018 0.035 177 N 0.949 0.002 0.001 0.001 0.017 0.030 178 I 0.914 0.009 0.001 0.001 0.029 0.046 179 K 0.539 0.023 0.002 0.002 0.378 0.055 180 D 0.060 0.001 0.008 0.004 0.876 0.050 181 G 0.051 0.001 0.008 0.003 0.892 0.044 182 K 0.540 0.031 0.005 0.003 0.366 0.057 183 I 0.790 0.048 0.001 0.002 0.048 0.110 184 I 0.824 0.017 0.001 0.003 0.048 0.106 185 G 0.622 0.012 0.008 0.005 0.155 0.197 186 R 0.459 0.022 0.010 0.008 0.203 0.298 187 S 0.353 0.037 0.008 0.010 0.177 0.415 188 L 0.173 0.036 0.006 0.017 0.163 0.605 189 D 0.183 0.041 0.010 0.019 0.337 0.409 190 P 0.085 0.030 0.104 0.105 0.533 0.143 191 R 0.039 0.011 0.112 0.047 0.725 0.066 192 E 0.105 0.016 0.129 0.029 0.674 0.048 193 G 0.092 0.018 0.102 0.017 0.602 0.168 194 G 0.209 0.021 0.013 0.003 0.379 0.375 195 L 0.536 0.023 0.008 0.001 0.174 0.258 196 Y 0.746 0.009 0.004 0.001 0.105 0.136 197 G 0.853 0.008 0.002 0.001 0.070 0.066 198 S 0.871 0.006 0.001 0.001 0.054 0.068 199 A 0.929 0.001 0.001 0.001 0.023 0.047 200 E 0.963 0.003 0.001 0.001 0.010 0.023 201 V 0.937 0.004 0.001 0.001 0.019 0.039 202 S 0.883 0.008 0.002 0.001 0.042 0.064 203 V 0.658 0.029 0.005 0.001 0.158 0.149 204 P 0.146 0.016 0.011 0.002 0.762 0.062 205 E 0.030 0.007 0.030 0.006 0.877 0.051 206 G 0.073 0.002 0.010 0.002 0.812 0.102 207 V 0.585 0.021 0.004 0.002 0.279 0.110 208 K 0.822 0.031 0.001 0.001 0.025 0.120 209 W 0.927 0.007 0.001 0.001 0.011 0.053 210 E 0.935 0.002 0.002 0.001 0.012 0.049 211 I 0.894 0.019 0.001 0.001 0.019 0.066 212 Y 0.451 0.027 0.002 0.003 0.255 0.262 213 P 0.160 0.035 0.001 0.003 0.427 0.374 214 N 0.023 0.017 0.001 0.003 0.590 0.367 215 P 0.026 0.007 0.007 0.127 0.690 0.142 216 V 0.112 0.017 0.026 0.280 0.500 0.066 217 A 0.175 0.026 0.043 0.287 0.416 0.053 218 R 0.265 0.015 0.070 0.284 0.300 0.065 219 R 0.426 0.025 0.038 0.180 0.228 0.102 220 F 0.577 0.005 0.017 0.146 0.148 0.108 221 M 0.778 0.002 0.003 0.055 0.055 0.107 222 I 0.944 0.004 0.001 0.020 0.007 0.025 223 F 0.962 0.002 0.001 0.010 0.004 0.022 224 E 0.940 0.002 0.001 0.016 0.007 0.035 225 I 0.916 0.002 0.001 0.010 0.020 0.051 226 F 0.598 0.005 0.007 0.018 0.094 0.278 227 S 0.241 0.010 0.011 0.020 0.182 0.536 228 K 0.097 0.019 0.008 0.015 0.123 0.738 229 R 0.002 0.003 0.001 0.001 0.021 0.972