# TARGET T0344 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.474 0.237 0.148 0.089 0.039 0.012 0.001 2 R 0.372 0.240 0.153 0.127 0.077 0.026 0.004 3 I 0.277 0.153 0.122 0.153 0.159 0.109 0.027 4 V 0.291 0.171 0.144 0.149 0.125 0.092 0.027 5 A 0.247 0.157 0.132 0.168 0.142 0.100 0.054 6 A 0.251 0.181 0.160 0.152 0.130 0.079 0.047 7 D 0.364 0.167 0.119 0.115 0.111 0.089 0.034 8 T 0.311 0.211 0.139 0.124 0.092 0.084 0.038 9 G 0.259 0.221 0.179 0.167 0.093 0.057 0.023 10 G 0.274 0.233 0.170 0.133 0.108 0.063 0.018 11 A 0.210 0.165 0.136 0.185 0.162 0.106 0.034 12 V 0.206 0.156 0.147 0.179 0.147 0.115 0.049 13 L 0.214 0.116 0.112 0.178 0.182 0.147 0.052 14 D 0.234 0.197 0.175 0.174 0.129 0.067 0.024 15 E 0.359 0.199 0.150 0.126 0.088 0.057 0.020 16 T 0.501 0.195 0.117 0.085 0.055 0.039 0.008 17 F 0.200 0.146 0.138 0.177 0.193 0.122 0.024 18 E 0.286 0.320 0.163 0.125 0.066 0.034 0.007 19 P 0.335 0.198 0.115 0.135 0.110 0.085 0.022 20 I 0.351 0.176 0.161 0.144 0.101 0.055 0.011 21 G 0.284 0.185 0.148 0.141 0.119 0.095 0.028 22 L 0.257 0.116 0.123 0.157 0.158 0.129 0.059 23 I 0.249 0.123 0.148 0.149 0.134 0.144 0.053 24 A 0.152 0.081 0.129 0.157 0.180 0.205 0.097 25 T 0.059 0.053 0.111 0.167 0.208 0.228 0.174 26 V 0.124 0.104 0.120 0.134 0.127 0.267 0.124 27 A 0.224 0.087 0.150 0.221 0.184 0.100 0.034 28 V 0.216 0.117 0.191 0.120 0.160 0.158 0.038 29 L 0.204 0.124 0.133 0.199 0.168 0.153 0.020 30 V 0.204 0.115 0.155 0.217 0.196 0.103 0.010 31 E 0.327 0.207 0.148 0.142 0.125 0.049 0.002 32 K 0.320 0.256 0.170 0.165 0.076 0.013 0.001 33 P 0.356 0.248 0.158 0.134 0.075 0.027 0.002 34 Y 0.260 0.212 0.180 0.228 0.098 0.022 0.001 35 R 0.565 0.250 0.109 0.050 0.022 0.004 0.001 36 S 0.393 0.236 0.159 0.120 0.067 0.022 0.002 37 A 0.356 0.147 0.104 0.142 0.150 0.092 0.009 38 K 0.390 0.288 0.170 0.098 0.039 0.013 0.001 39 E 0.277 0.313 0.202 0.126 0.058 0.020 0.003 40 V 0.071 0.103 0.133 0.232 0.268 0.165 0.029 41 M 0.047 0.088 0.120 0.208 0.266 0.233 0.038 42 V 0.078 0.068 0.102 0.173 0.209 0.276 0.093 43 K 0.163 0.139 0.129 0.178 0.183 0.159 0.049 44 Y 0.154 0.119 0.122 0.155 0.184 0.197 0.068 45 A 0.119 0.077 0.097 0.165 0.234 0.245 0.063 46 N 0.106 0.196 0.225 0.245 0.150 0.069 0.010 47 P 0.076 0.118 0.166 0.237 0.238 0.130 0.034 48 Y 0.085 0.129 0.169 0.206 0.212 0.157 0.041 49 D 0.162 0.242 0.214 0.191 0.116 0.058 0.016 50 Y 0.067 0.100 0.129 0.204 0.243 0.186 0.071 51 D 0.166 0.179 0.157 0.177 0.160 0.121 0.041 52 L 0.109 0.102 0.138 0.186 0.206 0.188 0.071 53 T 0.232 0.169 0.137 0.166 0.153 0.107 0.035 54 G 0.147 0.159 0.139 0.188 0.165 0.149 0.053 55 R 0.059 0.103 0.119 0.174 0.241 0.231 0.073 56 Q 0.080 0.175 0.220 0.246 0.175 0.079 0.024 57 A 0.043 0.079 0.112 0.208 0.253 0.234 0.071 58 I 0.009 0.011 0.018 0.057 0.173 0.486 0.246 59 R 0.013 0.050 0.103 0.249 0.304 0.229 0.051 60 D 0.012 0.047 0.099 0.232 0.334 0.235 0.041 61 E 0.003 0.008 0.020 0.070 0.253 0.488 0.159 62 V 0.001 0.004 0.008 0.030 0.120 0.532 0.303 63 L 0.010 0.047 0.115 0.251 0.311 0.231 0.036 64 L 0.005 0.019 0.054 0.168 0.301 0.360 0.094 65 A 0.003 0.005 0.008 0.028 0.109 0.460 0.386 66 I 0.007 0.025 0.063 0.166 0.241 0.339 0.160 67 E 0.017 0.064 0.119 0.240 0.288 0.217 0.056 68 L 0.005 0.015 0.033 0.116 0.304 0.386 0.141 69 A 0.004 0.012 0.039 0.143 0.299 0.385 0.118 70 R 0.033 0.172 0.238 0.281 0.167 0.087 0.022 71 K 0.065 0.199 0.214 0.244 0.187 0.075 0.014 72 V 0.016 0.069 0.132 0.248 0.332 0.182 0.021 73 K 0.052 0.261 0.322 0.230 0.104 0.028 0.002 74 P 0.026 0.090 0.163 0.288 0.273 0.140 0.020 75 D 0.012 0.058 0.111 0.229 0.309 0.240 0.042 76 V 0.002 0.005 0.013 0.045 0.152 0.450 0.333 77 I 0.007 0.009 0.014 0.039 0.102 0.317 0.511 78 H 0.011 0.023 0.041 0.083 0.124 0.272 0.445 79 L 0.019 0.023 0.030 0.061 0.121 0.329 0.416 80 D 0.022 0.039 0.053 0.106 0.194 0.355 0.230 81 S 0.039 0.064 0.083 0.139 0.224 0.297 0.154 82 T 0.063 0.127 0.182 0.204 0.197 0.169 0.058 83 L 0.051 0.084 0.133 0.219 0.239 0.213 0.061 84 G 0.069 0.128 0.152 0.214 0.216 0.164 0.056 85 G 0.068 0.094 0.140 0.199 0.224 0.184 0.091 86 I 0.035 0.034 0.056 0.097 0.161 0.351 0.264 87 E 0.055 0.064 0.075 0.164 0.246 0.256 0.140 88 L 0.029 0.038 0.063 0.113 0.206 0.332 0.220 89 R 0.064 0.081 0.115 0.192 0.217 0.218 0.112 90 K 0.136 0.160 0.170 0.174 0.146 0.137 0.076 91 L 0.198 0.148 0.151 0.180 0.158 0.121 0.044 92 D 0.267 0.189 0.136 0.149 0.149 0.095 0.014 93 E 0.326 0.223 0.163 0.144 0.092 0.044 0.007 94 P 0.411 0.213 0.132 0.116 0.071 0.045 0.014 95 T 0.324 0.194 0.151 0.151 0.111 0.060 0.009 96 I 0.401 0.165 0.124 0.126 0.118 0.057 0.009 97 D 0.541 0.240 0.116 0.064 0.028 0.010 0.002 98 A 0.472 0.187 0.125 0.110 0.065 0.037 0.005 99 L 0.393 0.200 0.143 0.128 0.087 0.042 0.006 100 G 0.507 0.231 0.112 0.085 0.045 0.018 0.002 101 I 0.448 0.171 0.124 0.126 0.090 0.036 0.005 102 S 0.457 0.246 0.153 0.091 0.038 0.012 0.002 103 D 0.464 0.231 0.141 0.102 0.046 0.014 0.002 104 K 0.422 0.258 0.163 0.100 0.043 0.013 0.002 105 G 0.444 0.174 0.114 0.128 0.089 0.044 0.007 106 K 0.429 0.251 0.157 0.103 0.043 0.015 0.002 107 E 0.337 0.231 0.165 0.131 0.095 0.036 0.005 108 V 0.193 0.138 0.144 0.204 0.177 0.124 0.019 109 W 0.196 0.107 0.102 0.167 0.200 0.191 0.036 110 K 0.294 0.214 0.173 0.145 0.101 0.058 0.015 111 E 0.338 0.211 0.169 0.144 0.092 0.039 0.006 112 L 0.300 0.148 0.127 0.170 0.153 0.092 0.011 113 S 0.348 0.186 0.133 0.153 0.102 0.067 0.011 114 K 0.467 0.246 0.145 0.087 0.041 0.013 0.002 115 D 0.249 0.203 0.187 0.172 0.126 0.057 0.007 116 L 0.110 0.097 0.102 0.187 0.251 0.222 0.030 117 Q 0.106 0.159 0.213 0.247 0.180 0.084 0.010 118 P 0.179 0.259 0.229 0.171 0.107 0.047 0.008 119 L 0.079 0.086 0.120 0.227 0.284 0.172 0.032 120 A 0.052 0.044 0.049 0.133 0.297 0.340 0.085 121 R 0.093 0.217 0.239 0.251 0.135 0.053 0.012 122 K 0.159 0.224 0.195 0.197 0.137 0.069 0.019 123 F 0.044 0.050 0.055 0.108 0.209 0.362 0.172 124 W 0.085 0.101 0.103 0.184 0.211 0.219 0.097 125 E 0.260 0.292 0.189 0.125 0.071 0.044 0.019 126 E 0.212 0.171 0.133 0.143 0.144 0.137 0.060 127 T 0.069 0.098 0.116 0.185 0.207 0.227 0.100 128 N 0.069 0.120 0.156 0.221 0.201 0.159 0.074 129 I 0.061 0.075 0.105 0.166 0.211 0.231 0.151 130 E 0.061 0.067 0.087 0.164 0.233 0.232 0.157 131 I 0.031 0.031 0.052 0.088 0.147 0.320 0.330 132 V 0.022 0.031 0.058 0.103 0.163 0.314 0.309 133 A 0.014 0.022 0.031 0.077 0.175 0.343 0.338 134 I 0.023 0.028 0.046 0.099 0.188 0.341 0.276 135 G 0.053 0.061 0.072 0.124 0.175 0.299 0.215 136 K 0.075 0.108 0.155 0.211 0.196 0.172 0.082 137 S 0.083 0.080 0.111 0.164 0.269 0.220 0.072 138 S 0.064 0.075 0.093 0.148 0.203 0.295 0.122 139 V 0.048 0.060 0.082 0.209 0.232 0.263 0.105 140 P 0.114 0.145 0.152 0.160 0.191 0.171 0.066 141 V 0.095 0.079 0.093 0.165 0.231 0.235 0.102 142 R 0.116 0.072 0.066 0.118 0.185 0.294 0.149 143 I 0.099 0.071 0.086 0.137 0.178 0.272 0.157 144 A 0.094 0.113 0.120 0.173 0.218 0.200 0.082 145 E 0.047 0.068 0.098 0.163 0.221 0.264 0.140 146 I 0.026 0.029 0.039 0.087 0.173 0.374 0.272 147 Y 0.057 0.077 0.088 0.137 0.195 0.278 0.169 148 A 0.050 0.062 0.065 0.110 0.186 0.298 0.230 149 G 0.038 0.045 0.064 0.107 0.168 0.299 0.278 150 I 0.034 0.032 0.037 0.078 0.154 0.319 0.346 151 Y 0.009 0.012 0.021 0.051 0.111 0.305 0.492 152 S 0.005 0.013 0.024 0.066 0.123 0.278 0.490 153 A 0.003 0.006 0.012 0.029 0.072 0.325 0.552 154 K 0.007 0.018 0.039 0.104 0.180 0.325 0.327 155 W 0.005 0.012 0.037 0.087 0.191 0.392 0.277 156 G 0.003 0.007 0.015 0.057 0.176 0.458 0.284 157 I 0.001 0.005 0.016 0.076 0.272 0.506 0.123 158 E 0.006 0.063 0.119 0.229 0.288 0.234 0.063 159 N 0.011 0.092 0.263 0.341 0.201 0.084 0.008 160 V 0.006 0.031 0.071 0.290 0.444 0.153 0.005 161 E 0.154 0.413 0.280 0.122 0.028 0.003 0.001 162 K 0.604 0.299 0.074 0.020 0.002 0.001 0.001 163 E 0.423 0.446 0.113 0.017 0.002 0.001 0.001 164 G 0.101 0.372 0.323 0.171 0.032 0.002 0.001 165 H 0.005 0.051 0.169 0.366 0.323 0.084 0.002 166 L 0.001 0.003 0.011 0.066 0.243 0.554 0.123 167 I 0.001 0.002 0.005 0.020 0.094 0.492 0.386 168 I 0.001 0.001 0.002 0.008 0.033 0.271 0.685 169 G 0.001 0.004 0.009 0.030 0.087 0.307 0.561 170 L 0.002 0.008 0.018 0.048 0.129 0.349 0.446 171 P 0.006 0.023 0.044 0.105 0.210 0.374 0.238 172 R 0.013 0.054 0.159 0.248 0.248 0.215 0.064 173 Y 0.025 0.061 0.125 0.198 0.285 0.260 0.046 174 M 0.019 0.046 0.097 0.191 0.320 0.284 0.043 175 E 0.050 0.165 0.263 0.263 0.168 0.081 0.010 176 V 0.026 0.054 0.084 0.203 0.331 0.273 0.029 177 N 0.113 0.289 0.277 0.210 0.084 0.025 0.001 178 I 0.061 0.091 0.151 0.269 0.309 0.115 0.004 179 K 0.271 0.278 0.236 0.160 0.046 0.008 0.001 180 D 0.611 0.242 0.092 0.041 0.012 0.002 0.001 181 G 0.451 0.317 0.130 0.070 0.026 0.006 0.001 182 K 0.154 0.324 0.277 0.169 0.060 0.014 0.001 183 I 0.069 0.097 0.165 0.280 0.261 0.117 0.011 184 I 0.110 0.165 0.194 0.238 0.195 0.091 0.007 185 G 0.215 0.175 0.145 0.177 0.174 0.101 0.013 186 R 0.171 0.282 0.249 0.180 0.087 0.028 0.003 187 S 0.163 0.207 0.190 0.213 0.154 0.064 0.008 188 L 0.080 0.095 0.119 0.216 0.244 0.205 0.043 189 D 0.167 0.169 0.175 0.206 0.167 0.098 0.017 190 P 0.195 0.128 0.137 0.152 0.163 0.162 0.063 191 R 0.255 0.171 0.141 0.178 0.137 0.089 0.029 192 E 0.209 0.171 0.167 0.152 0.125 0.114 0.062 193 G 0.255 0.196 0.137 0.139 0.120 0.103 0.049 194 G 0.122 0.144 0.130 0.156 0.174 0.178 0.095 195 L 0.086 0.077 0.102 0.155 0.194 0.253 0.134 196 Y 0.098 0.111 0.128 0.185 0.199 0.207 0.073 197 G 0.065 0.103 0.142 0.198 0.238 0.203 0.052 198 S 0.086 0.194 0.274 0.244 0.138 0.057 0.007 199 A 0.035 0.074 0.111 0.238 0.339 0.185 0.017 200 E 0.086 0.260 0.310 0.231 0.089 0.023 0.002 201 V 0.046 0.096 0.152 0.306 0.280 0.112 0.007 202 S 0.280 0.417 0.194 0.079 0.024 0.005 0.001 203 V 0.090 0.169 0.229 0.309 0.168 0.033 0.001 204 P 0.265 0.266 0.220 0.171 0.066 0.012 0.001 205 E 0.542 0.341 0.087 0.024 0.005 0.001 0.001 206 G 0.365 0.377 0.167 0.071 0.017 0.003 0.001 207 V 0.029 0.081 0.142 0.284 0.336 0.122 0.007 208 K 0.038 0.164 0.269 0.297 0.170 0.056 0.007 209 W 0.025 0.030 0.054 0.142 0.277 0.359 0.113 210 E 0.039 0.094 0.137 0.210 0.252 0.203 0.064 211 I 0.025 0.048 0.084 0.137 0.204 0.310 0.192 212 Y 0.035 0.055 0.073 0.142 0.224 0.292 0.180 213 P 0.040 0.074 0.086 0.138 0.186 0.267 0.210 214 N 0.061 0.088 0.092 0.153 0.193 0.231 0.182 215 P 0.061 0.075 0.092 0.147 0.216 0.241 0.169 216 V 0.086 0.090 0.096 0.146 0.159 0.233 0.190 217 A 0.048 0.039 0.044 0.079 0.154 0.305 0.331 218 R 0.030 0.047 0.065 0.124 0.202 0.333 0.200 219 R 0.014 0.032 0.062 0.126 0.204 0.341 0.221 220 F 0.013 0.018 0.032 0.070 0.150 0.349 0.368 221 M 0.022 0.034 0.052 0.110 0.201 0.337 0.243 222 I 0.025 0.034 0.069 0.133 0.217 0.318 0.202 223 F 0.021 0.022 0.040 0.086 0.155 0.415 0.261 224 E 0.066 0.075 0.103 0.183 0.247 0.257 0.069 225 I 0.063 0.065 0.095 0.172 0.290 0.274 0.042 226 F 0.151 0.174 0.186 0.225 0.178 0.080 0.005 227 S 0.238 0.218 0.219 0.206 0.096 0.022 0.001 228 K 0.585 0.253 0.103 0.044 0.012 0.003 0.001 229 R 0.691 0.188 0.073 0.032 0.012 0.003 0.001