# TARGET T0344 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.6722 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.093 0.001 0.001 0.010 0.066 0.829 2 R 0.789 0.003 0.001 0.013 0.021 0.173 3 I 0.953 0.002 0.001 0.008 0.007 0.028 4 V 0.963 0.003 0.001 0.008 0.006 0.018 5 A 0.916 0.002 0.003 0.014 0.025 0.039 6 A 0.747 0.003 0.010 0.020 0.086 0.135 7 D 0.382 0.015 0.022 0.029 0.289 0.263 8 T 0.128 0.015 0.023 0.046 0.487 0.300 9 G 0.074 0.010 0.041 0.114 0.459 0.302 10 G 0.077 0.007 0.027 0.035 0.356 0.498 11 A 0.278 0.018 0.119 0.081 0.255 0.249 12 V 0.423 0.053 0.121 0.072 0.147 0.184 13 L 0.421 0.077 0.093 0.068 0.157 0.183 14 D 0.204 0.021 0.088 0.093 0.435 0.159 15 E 0.037 0.004 0.218 0.165 0.496 0.080 16 T 0.032 0.005 0.128 0.188 0.547 0.098 17 F 0.039 0.022 0.067 0.162 0.536 0.174 18 E 0.037 0.020 0.022 0.106 0.282 0.532 19 P 0.041 0.010 0.051 0.308 0.238 0.352 20 I 0.098 0.011 0.060 0.557 0.145 0.129 21 G 0.300 0.010 0.044 0.467 0.089 0.090 22 L 0.510 0.006 0.040 0.357 0.049 0.038 23 I 0.651 0.003 0.022 0.232 0.057 0.035 24 A 0.748 0.001 0.017 0.137 0.070 0.028 25 T 0.799 0.001 0.008 0.120 0.050 0.021 26 V 0.690 0.001 0.009 0.240 0.039 0.020 27 A 0.495 0.001 0.011 0.460 0.021 0.012 28 V 0.366 0.001 0.008 0.604 0.012 0.010 29 L 0.308 0.001 0.006 0.652 0.012 0.021 30 V 0.435 0.003 0.004 0.489 0.025 0.044 31 E 0.556 0.006 0.004 0.265 0.056 0.114 32 K 0.355 0.008 0.010 0.134 0.204 0.290 33 P 0.136 0.009 0.034 0.106 0.383 0.331 34 Y 0.123 0.015 0.078 0.109 0.416 0.259 35 R 0.087 0.013 0.083 0.107 0.456 0.254 36 S 0.065 0.013 0.044 0.092 0.445 0.342 37 A 0.056 0.004 0.133 0.238 0.420 0.148 38 K 0.139 0.005 0.148 0.245 0.334 0.130 39 E 0.257 0.006 0.131 0.230 0.259 0.117 40 V 0.445 0.008 0.040 0.240 0.118 0.149 41 M 0.625 0.011 0.016 0.172 0.054 0.121 42 V 0.715 0.008 0.009 0.124 0.040 0.105 43 K 0.735 0.008 0.006 0.053 0.059 0.139 44 Y 0.588 0.020 0.007 0.040 0.124 0.221 45 A 0.234 0.029 0.006 0.023 0.220 0.488 46 N 0.058 0.013 0.003 0.006 0.421 0.499 47 P 0.011 0.004 0.094 0.055 0.647 0.189 48 Y 0.019 0.009 0.128 0.065 0.627 0.153 49 D 0.018 0.010 0.188 0.079 0.607 0.098 50 Y 0.032 0.025 0.069 0.156 0.430 0.288 51 D 0.066 0.042 0.038 0.171 0.365 0.318 52 L 0.040 0.016 0.042 0.494 0.274 0.135 53 T 0.045 0.009 0.023 0.486 0.236 0.201 54 G 0.033 0.006 0.027 0.667 0.154 0.113 55 R 0.019 0.002 0.023 0.853 0.049 0.054 56 Q 0.015 0.002 0.026 0.910 0.025 0.021 57 A 0.027 0.003 0.034 0.891 0.025 0.021 58 I 0.039 0.003 0.030 0.857 0.036 0.037 59 R 0.020 0.002 0.022 0.884 0.036 0.035 60 D 0.005 0.001 0.014 0.937 0.022 0.020 61 E 0.002 0.001 0.007 0.981 0.006 0.005 62 V 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.002 63 L 0.002 0.001 0.003 0.987 0.006 0.002 64 L 0.003 0.001 0.004 0.988 0.005 0.001 65 A 0.003 0.001 0.002 0.990 0.003 0.001 66 I 0.003 0.001 0.006 0.986 0.004 0.001 67 E 0.006 0.001 0.006 0.980 0.006 0.001 68 L 0.005 0.001 0.007 0.969 0.010 0.008 69 A 0.003 0.003 0.009 0.948 0.016 0.021 70 R 0.004 0.001 0.019 0.922 0.030 0.024 71 K 0.009 0.003 0.018 0.749 0.107 0.114 72 V 0.011 0.006 0.014 0.457 0.137 0.375 73 K 0.022 0.012 0.005 0.012 0.337 0.611 74 P 0.017 0.001 0.012 0.005 0.561 0.404 75 D 0.052 0.002 0.018 0.003 0.591 0.334 76 V 0.868 0.022 0.004 0.003 0.057 0.046 77 I 0.944 0.012 0.001 0.003 0.007 0.033 78 H 0.949 0.007 0.001 0.003 0.010 0.030 79 L 0.736 0.010 0.005 0.017 0.079 0.153 80 D 0.281 0.009 0.016 0.014 0.358 0.323 81 S 0.139 0.012 0.071 0.029 0.532 0.217 82 T 0.113 0.036 0.103 0.040 0.501 0.207 83 L 0.131 0.015 0.063 0.053 0.592 0.147 84 G 0.116 0.010 0.031 0.066 0.559 0.218 85 G 0.202 0.010 0.018 0.052 0.401 0.318 86 I 0.496 0.023 0.020 0.084 0.175 0.202 87 E 0.618 0.020 0.021 0.089 0.086 0.166 88 L 0.610 0.014 0.064 0.095 0.092 0.124 89 R 0.517 0.015 0.070 0.096 0.114 0.188 90 K 0.460 0.026 0.091 0.087 0.163 0.174 91 L 0.183 0.025 0.039 0.089 0.267 0.398 92 D 0.075 0.020 0.012 0.080 0.246 0.566 93 E 0.019 0.006 0.036 0.455 0.278 0.206 94 P 0.015 0.004 0.041 0.540 0.270 0.129 95 T 0.020 0.018 0.070 0.597 0.210 0.086 96 I 0.036 0.010 0.080 0.622 0.159 0.093 97 D 0.049 0.005 0.139 0.529 0.134 0.144 98 A 0.063 0.007 0.116 0.572 0.101 0.142 99 L 0.060 0.007 0.049 0.586 0.086 0.211 100 G 0.071 0.008 0.017 0.083 0.123 0.697 101 I 0.052 0.009 0.011 0.028 0.126 0.774 102 S 0.094 0.014 0.028 0.045 0.254 0.566 103 D 0.043 0.008 0.129 0.161 0.450 0.210 104 K 0.020 0.005 0.102 0.314 0.402 0.157 105 G 0.023 0.003 0.050 0.451 0.289 0.184 106 K 0.042 0.003 0.022 0.768 0.079 0.085 107 E 0.054 0.008 0.016 0.843 0.031 0.048 108 V 0.058 0.006 0.019 0.850 0.029 0.037 109 W 0.069 0.004 0.025 0.833 0.031 0.038 110 K 0.033 0.002 0.045 0.852 0.042 0.027 111 E 0.028 0.003 0.049 0.801 0.077 0.041 112 L 0.007 0.002 0.044 0.838 0.066 0.043 113 S 0.007 0.004 0.056 0.763 0.094 0.076 114 K 0.003 0.001 0.108 0.713 0.113 0.062 115 D 0.004 0.004 0.094 0.559 0.176 0.162 116 L 0.002 0.002 0.040 0.812 0.071 0.072 117 Q 0.006 0.003 0.067 0.763 0.077 0.085 118 P 0.002 0.001 0.050 0.849 0.060 0.038 119 L 0.001 0.001 0.073 0.888 0.025 0.011 120 A 0.002 0.001 0.039 0.928 0.020 0.009 121 R 0.003 0.001 0.048 0.912 0.025 0.012 122 K 0.005 0.001 0.030 0.897 0.042 0.025 123 F 0.013 0.005 0.022 0.882 0.045 0.033 124 W 0.028 0.003 0.047 0.807 0.084 0.031 125 E 0.026 0.002 0.081 0.807 0.062 0.023 126 E 0.027 0.003 0.058 0.800 0.095 0.017 127 T 0.014 0.001 0.030 0.734 0.123 0.098 128 N 0.008 0.001 0.001 0.006 0.131 0.853 129 I 0.416 0.006 0.001 0.003 0.127 0.446 130 E 0.865 0.001 0.001 0.001 0.019 0.112 131 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 132 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 133 A 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 134 I 0.877 0.003 0.001 0.005 0.029 0.085 135 G 0.388 0.005 0.005 0.004 0.220 0.378 136 K 0.204 0.007 0.037 0.009 0.529 0.214 137 S 0.144 0.009 0.054 0.023 0.479 0.289 138 S 0.150 0.014 0.069 0.033 0.514 0.220 139 V 0.204 0.021 0.015 0.030 0.316 0.415 140 P 0.252 0.016 0.008 0.030 0.092 0.602 141 V 0.493 0.019 0.016 0.063 0.075 0.334 142 R 0.607 0.010 0.016 0.076 0.059 0.233 143 I 0.619 0.007 0.041 0.189 0.050 0.094 144 A 0.573 0.003 0.045 0.257 0.063 0.059 145 E 0.594 0.003 0.047 0.271 0.056 0.029 146 I 0.513 0.005 0.031 0.330 0.086 0.035 147 Y 0.297 0.004 0.021 0.489 0.142 0.046 148 A 0.168 0.002 0.027 0.547 0.162 0.094 149 G 0.146 0.003 0.046 0.457 0.213 0.136 150 I 0.275 0.008 0.042 0.454 0.141 0.080 151 Y 0.291 0.011 0.032 0.509 0.085 0.072 152 S 0.214 0.005 0.022 0.562 0.087 0.110 153 A 0.143 0.002 0.033 0.673 0.063 0.085 154 K 0.160 0.003 0.035 0.671 0.064 0.068 155 W 0.238 0.004 0.045 0.604 0.058 0.051 156 G 0.379 0.005 0.047 0.429 0.062 0.078 157 I 0.297 0.005 0.062 0.524 0.062 0.049 158 E 0.247 0.003 0.046 0.567 0.081 0.055 159 N 0.173 0.003 0.047 0.620 0.095 0.062 160 V 0.212 0.011 0.040 0.467 0.142 0.128 161 E 0.208 0.012 0.046 0.475 0.183 0.076 162 K 0.136 0.011 0.062 0.401 0.351 0.039 163 E 0.042 0.003 0.028 0.252 0.593 0.081 164 G 0.044 0.002 0.011 0.036 0.703 0.205 165 H 0.391 0.009 0.004 0.008 0.259 0.328 166 L 0.834 0.012 0.003 0.005 0.035 0.110 167 I 0.938 0.011 0.004 0.004 0.018 0.025 168 I 0.902 0.006 0.006 0.004 0.028 0.054 169 G 0.680 0.010 0.012 0.006 0.120 0.171 170 L 0.403 0.013 0.012 0.006 0.285 0.281 171 P 0.304 0.005 0.039 0.007 0.344 0.301 172 R 0.453 0.008 0.059 0.008 0.293 0.178 173 Y 0.742 0.011 0.033 0.007 0.114 0.092 174 M 0.866 0.005 0.005 0.006 0.053 0.064 175 E 0.925 0.003 0.002 0.004 0.022 0.044 176 V 0.926 0.003 0.001 0.003 0.013 0.054 177 N 0.893 0.005 0.001 0.003 0.030 0.069 178 I 0.712 0.017 0.002 0.004 0.121 0.144 179 K 0.350 0.015 0.006 0.006 0.484 0.139 180 D 0.130 0.005 0.016 0.011 0.697 0.141 181 G 0.153 0.006 0.021 0.008 0.666 0.146 182 K 0.667 0.030 0.013 0.007 0.172 0.111 183 I 0.770 0.044 0.011 0.008 0.092 0.075 184 I 0.629 0.023 0.013 0.017 0.181 0.138 185 G 0.374 0.009 0.028 0.016 0.350 0.223 186 R 0.417 0.014 0.022 0.011 0.288 0.248 187 S 0.381 0.047 0.015 0.015 0.204 0.338 188 L 0.266 0.079 0.015 0.009 0.210 0.421 189 D 0.102 0.037 0.007 0.004 0.417 0.434 190 P 0.017 0.005 0.157 0.015 0.670 0.135 191 R 0.020 0.005 0.154 0.017 0.711 0.093 192 E 0.024 0.008 0.174 0.018 0.703 0.072 193 G 0.046 0.014 0.039 0.013 0.673 0.216 194 G 0.212 0.044 0.035 0.015 0.372 0.322 195 L 0.480 0.077 0.031 0.013 0.244 0.154 196 Y 0.627 0.021 0.014 0.007 0.176 0.155 197 G 0.564 0.008 0.012 0.004 0.210 0.204 198 S 0.676 0.006 0.006 0.003 0.112 0.197 199 A 0.796 0.010 0.004 0.005 0.060 0.126 200 E 0.844 0.007 0.002 0.003 0.053 0.091 201 V 0.815 0.009 0.002 0.003 0.038 0.134 202 S 0.679 0.020 0.003 0.004 0.070 0.224 203 V 0.396 0.030 0.006 0.002 0.246 0.319 204 P 0.115 0.007 0.046 0.003 0.644 0.184 205 E 0.066 0.004 0.068 0.005 0.717 0.139 206 G 0.095 0.005 0.036 0.004 0.709 0.151 207 V 0.446 0.023 0.006 0.004 0.245 0.278 208 K 0.750 0.017 0.002 0.003 0.045 0.182 209 W 0.872 0.008 0.005 0.006 0.034 0.074 210 E 0.896 0.007 0.005 0.008 0.026 0.058 211 I 0.838 0.016 0.008 0.012 0.036 0.090 212 Y 0.466 0.012 0.006 0.012 0.184 0.321 213 P 0.165 0.010 0.009 0.028 0.253 0.534 214 N 0.055 0.012 0.010 0.063 0.320 0.540 215 P 0.043 0.008 0.039 0.509 0.272 0.129 216 V 0.053 0.008 0.088 0.560 0.209 0.081 217 A 0.109 0.009 0.103 0.517 0.193 0.068 218 R 0.187 0.003 0.108 0.437 0.164 0.101 219 R 0.410 0.006 0.054 0.343 0.099 0.088 220 F 0.634 0.003 0.011 0.188 0.076 0.088 221 M 0.783 0.002 0.005 0.129 0.035 0.045 222 I 0.837 0.002 0.002 0.131 0.012 0.017 223 F 0.780 0.001 0.004 0.173 0.018 0.025 224 E 0.725 0.001 0.005 0.221 0.019 0.029 225 I 0.686 0.003 0.008 0.203 0.033 0.067 226 F 0.456 0.007 0.011 0.214 0.078 0.234 227 S 0.286 0.006 0.015 0.100 0.133 0.460 228 K 0.090 0.008 0.013 0.066 0.130 0.693 229 R 0.006 0.001 0.001 0.002 0.025 0.966