# TARGET T0344 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.074 0.004 0.002 0.005 0.207 0.709 2 R 0.393 0.023 0.002 0.006 0.043 0.532 3 I 0.706 0.011 0.002 0.008 0.021 0.253 4 V 0.830 0.006 0.008 0.012 0.022 0.122 5 A 0.790 0.018 0.012 0.016 0.037 0.126 6 A 0.576 0.009 0.046 0.024 0.140 0.205 7 D 0.312 0.012 0.044 0.023 0.392 0.216 8 T 0.097 0.015 0.059 0.048 0.525 0.257 9 G 0.048 0.008 0.041 0.022 0.536 0.346 10 G 0.099 0.012 0.159 0.053 0.468 0.208 11 A 0.147 0.020 0.179 0.101 0.357 0.195 12 V 0.206 0.064 0.204 0.198 0.225 0.104 13 L 0.166 0.023 0.113 0.251 0.277 0.169 14 D 0.054 0.014 0.103 0.197 0.501 0.132 15 E 0.018 0.008 0.139 0.235 0.530 0.070 16 T 0.014 0.016 0.098 0.262 0.535 0.076 17 F 0.027 0.011 0.057 0.350 0.466 0.089 18 E 0.078 0.011 0.021 0.140 0.477 0.274 19 P 0.224 0.020 0.030 0.088 0.399 0.240 20 I 0.545 0.014 0.037 0.051 0.222 0.131 21 G 0.834 0.010 0.022 0.013 0.055 0.065 22 L 0.934 0.004 0.009 0.006 0.016 0.031 23 I 0.953 0.003 0.004 0.005 0.010 0.026 24 A 0.971 0.001 0.001 0.002 0.005 0.020 25 T 0.966 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 26 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 27 A 0.982 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 28 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 29 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 30 V 0.937 0.001 0.001 0.002 0.023 0.035 31 E 0.825 0.006 0.001 0.005 0.052 0.111 32 K 0.470 0.012 0.002 0.008 0.176 0.332 33 P 0.273 0.012 0.006 0.012 0.323 0.375 34 Y 0.134 0.016 0.010 0.013 0.489 0.338 35 R 0.175 0.040 0.018 0.023 0.413 0.332 36 S 0.244 0.027 0.017 0.016 0.407 0.288 37 A 0.216 0.007 0.108 0.071 0.431 0.166 38 K 0.469 0.009 0.072 0.042 0.271 0.137 39 E 0.640 0.006 0.061 0.040 0.177 0.077 40 V 0.782 0.007 0.021 0.029 0.082 0.079 41 M 0.874 0.008 0.007 0.021 0.039 0.051 42 V 0.886 0.004 0.005 0.014 0.038 0.053 43 K 0.847 0.006 0.004 0.016 0.041 0.086 44 Y 0.582 0.035 0.013 0.031 0.128 0.211 45 A 0.203 0.021 0.012 0.022 0.288 0.454 46 N 0.056 0.023 0.016 0.009 0.571 0.326 47 P 0.058 0.020 0.065 0.030 0.672 0.155 48 Y 0.086 0.034 0.093 0.042 0.578 0.166 49 D 0.170 0.053 0.069 0.035 0.552 0.121 50 Y 0.205 0.042 0.068 0.056 0.469 0.160 51 D 0.113 0.072 0.031 0.073 0.430 0.281 52 L 0.053 0.043 0.052 0.144 0.584 0.125 53 T 0.040 0.012 0.025 0.148 0.537 0.237 54 G 0.018 0.006 0.028 0.461 0.395 0.091 55 R 0.026 0.010 0.014 0.670 0.212 0.069 56 Q 0.051 0.026 0.017 0.686 0.129 0.091 57 A 0.049 0.015 0.031 0.678 0.125 0.102 58 I 0.039 0.009 0.052 0.705 0.099 0.095 59 R 0.032 0.007 0.045 0.724 0.103 0.089 60 D 0.018 0.004 0.032 0.761 0.070 0.115 61 E 0.007 0.003 0.011 0.946 0.013 0.020 62 V 0.002 0.001 0.003 0.986 0.004 0.004 63 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 64 L 0.002 0.001 0.002 0.991 0.003 0.002 65 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.005 66 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.002 67 E 0.001 0.001 0.001 0.988 0.005 0.004 68 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.005 0.004 69 A 0.001 0.001 0.009 0.955 0.018 0.017 70 R 0.002 0.001 0.023 0.901 0.040 0.032 71 K 0.009 0.008 0.027 0.711 0.137 0.108 72 V 0.011 0.009 0.014 0.308 0.204 0.454 73 K 0.009 0.008 0.009 0.017 0.670 0.287 74 P 0.008 0.002 0.031 0.012 0.831 0.117 75 D 0.041 0.002 0.044 0.012 0.824 0.079 76 V 0.735 0.017 0.014 0.006 0.195 0.033 77 I 0.935 0.005 0.002 0.002 0.019 0.037 78 H 0.937 0.010 0.002 0.003 0.019 0.030 79 L 0.814 0.015 0.008 0.007 0.074 0.082 80 D 0.354 0.012 0.047 0.022 0.347 0.217 81 S 0.137 0.007 0.108 0.029 0.532 0.187 82 T 0.094 0.024 0.083 0.043 0.622 0.135 83 L 0.050 0.026 0.052 0.050 0.690 0.132 84 G 0.054 0.012 0.018 0.041 0.591 0.283 85 G 0.117 0.017 0.022 0.048 0.398 0.398 86 I 0.206 0.035 0.018 0.153 0.189 0.398 87 E 0.218 0.025 0.019 0.261 0.129 0.346 88 L 0.236 0.012 0.040 0.285 0.110 0.318 89 R 0.204 0.012 0.073 0.388 0.121 0.203 90 K 0.123 0.008 0.118 0.332 0.201 0.218 91 L 0.098 0.013 0.068 0.358 0.216 0.247 92 D 0.049 0.015 0.029 0.219 0.172 0.518 93 E 0.027 0.008 0.015 0.352 0.204 0.395 94 P 0.016 0.009 0.038 0.346 0.213 0.378 95 T 0.016 0.010 0.090 0.739 0.099 0.046 96 I 0.012 0.002 0.217 0.629 0.107 0.033 97 D 0.014 0.004 0.229 0.661 0.059 0.032 98 A 0.015 0.005 0.200 0.702 0.046 0.033 99 L 0.052 0.006 0.051 0.437 0.132 0.323 100 G 0.143 0.009 0.041 0.069 0.211 0.526 101 I 0.244 0.043 0.050 0.086 0.249 0.327 102 S 0.187 0.040 0.034 0.128 0.400 0.211 103 D 0.017 0.006 0.044 0.373 0.506 0.054 104 K 0.005 0.002 0.031 0.587 0.340 0.034 105 G 0.008 0.004 0.016 0.642 0.252 0.078 106 K 0.002 0.001 0.002 0.972 0.014 0.009 107 E 0.006 0.001 0.002 0.976 0.010 0.006 108 V 0.005 0.001 0.003 0.980 0.008 0.003 109 W 0.006 0.001 0.007 0.971 0.011 0.005 110 K 0.004 0.001 0.009 0.953 0.025 0.008 111 E 0.003 0.001 0.011 0.939 0.031 0.015 112 L 0.004 0.001 0.005 0.936 0.020 0.033 113 S 0.005 0.003 0.016 0.794 0.068 0.114 114 K 0.004 0.003 0.028 0.755 0.098 0.113 115 D 0.003 0.003 0.033 0.751 0.092 0.118 116 L 0.001 0.001 0.012 0.904 0.036 0.046 117 Q 0.001 0.001 0.032 0.777 0.070 0.120 118 P 0.001 0.001 0.045 0.850 0.053 0.050 119 L 0.001 0.001 0.044 0.931 0.014 0.009 120 A 0.001 0.001 0.019 0.969 0.008 0.004 121 R 0.001 0.001 0.008 0.978 0.009 0.003 122 K 0.001 0.001 0.002 0.982 0.010 0.005 123 F 0.001 0.001 0.002 0.984 0.009 0.003 124 W 0.003 0.001 0.005 0.973 0.014 0.005 125 E 0.003 0.001 0.011 0.963 0.015 0.007 126 E 0.005 0.001 0.015 0.949 0.017 0.014 127 T 0.013 0.002 0.008 0.833 0.032 0.111 128 N 0.015 0.001 0.001 0.006 0.060 0.918 129 I 0.148 0.002 0.001 0.003 0.062 0.784 130 E 0.870 0.004 0.001 0.001 0.019 0.105 131 I 0.962 0.003 0.001 0.001 0.006 0.028 132 V 0.953 0.001 0.001 0.001 0.010 0.033 133 A 0.915 0.003 0.002 0.002 0.019 0.060 134 I 0.623 0.005 0.004 0.004 0.118 0.246 135 G 0.242 0.012 0.005 0.006 0.342 0.393 136 K 0.110 0.025 0.026 0.011 0.546 0.282 137 S 0.066 0.027 0.038 0.023 0.590 0.256 138 S 0.059 0.036 0.023 0.036 0.552 0.293 139 V 0.118 0.015 0.010 0.093 0.537 0.225 140 P 0.153 0.010 0.007 0.160 0.310 0.361 141 V 0.323 0.017 0.006 0.447 0.105 0.102 142 R 0.413 0.003 0.005 0.503 0.038 0.038 143 I 0.286 0.003 0.004 0.667 0.015 0.026 144 A 0.304 0.003 0.005 0.658 0.014 0.016 145 E 0.282 0.004 0.004 0.672 0.017 0.021 146 I 0.188 0.002 0.008 0.710 0.033 0.059 147 Y 0.082 0.004 0.011 0.783 0.050 0.071 148 A 0.097 0.007 0.039 0.690 0.078 0.089 149 G 0.130 0.005 0.037 0.667 0.079 0.081 150 I 0.094 0.004 0.019 0.827 0.029 0.027 151 Y 0.179 0.005 0.014 0.738 0.028 0.035 152 S 0.084 0.006 0.010 0.841 0.022 0.037 153 A 0.013 0.001 0.008 0.954 0.010 0.015 154 K 0.003 0.001 0.007 0.979 0.006 0.004 155 W 0.003 0.001 0.011 0.978 0.006 0.003 156 G 0.008 0.001 0.011 0.964 0.010 0.006 157 I 0.008 0.001 0.010 0.958 0.016 0.008 158 E 0.011 0.001 0.010 0.941 0.026 0.012 159 N 0.011 0.002 0.009 0.935 0.028 0.014 160 V 0.036 0.003 0.023 0.835 0.072 0.032 161 E 0.051 0.002 0.026 0.791 0.091 0.039 162 K 0.063 0.005 0.024 0.739 0.119 0.050 163 E 0.101 0.005 0.012 0.251 0.374 0.258 164 G 0.038 0.001 0.001 0.002 0.314 0.644 165 H 0.548 0.003 0.001 0.001 0.147 0.300 166 L 0.968 0.003 0.001 0.001 0.009 0.019 167 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 168 I 0.979 0.002 0.001 0.001 0.004 0.014 169 G 0.870 0.006 0.001 0.002 0.028 0.094 170 L 0.411 0.005 0.011 0.009 0.164 0.401 171 P 0.161 0.005 0.087 0.016 0.349 0.383 172 R 0.144 0.012 0.296 0.028 0.316 0.203 173 Y 0.147 0.034 0.355 0.050 0.244 0.170 174 M 0.238 0.035 0.178 0.078 0.207 0.263 175 E 0.142 0.014 0.054 0.068 0.160 0.562 176 V 0.004 0.004 0.005 0.018 0.047 0.922