# TARGET T0344 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.13026 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.052 0.052 0.040 0.083 0.079 0.097 0.143 0.129 0.136 0.107 0.080 2 R 0.042 0.071 0.055 0.174 0.175 0.157 0.144 0.076 0.052 0.033 0.020 3 I 0.009 0.011 0.012 0.024 0.032 0.049 0.114 0.148 0.203 0.198 0.201 4 V 0.016 0.025 0.026 0.067 0.083 0.097 0.169 0.151 0.152 0.119 0.095 5 A 0.018 0.025 0.019 0.055 0.063 0.075 0.142 0.139 0.159 0.153 0.153 6 A 0.022 0.024 0.025 0.063 0.067 0.076 0.117 0.131 0.158 0.153 0.163 7 D 0.096 0.074 0.062 0.128 0.128 0.123 0.142 0.091 0.072 0.046 0.036 8 T 0.076 0.079 0.068 0.114 0.101 0.102 0.140 0.097 0.089 0.076 0.059 9 G 0.136 0.107 0.046 0.120 0.103 0.099 0.128 0.085 0.073 0.060 0.043 10 G 0.113 0.098 0.048 0.119 0.103 0.109 0.122 0.076 0.079 0.068 0.066 11 A 0.045 0.048 0.032 0.061 0.068 0.079 0.150 0.126 0.140 0.125 0.126 12 V 0.048 0.038 0.021 0.074 0.077 0.094 0.143 0.118 0.130 0.125 0.131 13 L 0.016 0.031 0.020 0.059 0.078 0.088 0.134 0.126 0.151 0.144 0.152 14 D 0.056 0.086 0.070 0.170 0.174 0.141 0.123 0.069 0.057 0.031 0.022 15 E 0.294 0.109 0.089 0.136 0.103 0.086 0.079 0.039 0.027 0.020 0.019 16 T 0.126 0.119 0.068 0.142 0.107 0.097 0.137 0.071 0.059 0.042 0.031 17 F 0.036 0.023 0.019 0.042 0.054 0.078 0.158 0.139 0.153 0.146 0.151 18 E 0.277 0.263 0.120 0.169 0.089 0.042 0.024 0.008 0.004 0.003 0.002 19 P 0.053 0.063 0.051 0.124 0.142 0.166 0.193 0.089 0.064 0.038 0.018 20 I 0.029 0.019 0.012 0.041 0.060 0.083 0.169 0.157 0.167 0.148 0.117 21 G 0.066 0.057 0.050 0.120 0.123 0.144 0.182 0.089 0.073 0.052 0.044 22 L 0.015 0.022 0.041 0.050 0.048 0.064 0.148 0.154 0.179 0.164 0.115 23 I 0.023 0.023 0.035 0.049 0.041 0.050 0.121 0.138 0.175 0.182 0.164 24 A 0.023 0.025 0.047 0.065 0.068 0.075 0.159 0.147 0.154 0.134 0.104 25 T 0.024 0.043 0.105 0.125 0.118 0.113 0.158 0.107 0.099 0.068 0.041 26 V 0.011 0.011 0.040 0.034 0.027 0.035 0.113 0.144 0.217 0.218 0.150 27 A 0.010 0.014 0.050 0.061 0.064 0.095 0.187 0.143 0.151 0.131 0.095 28 V 0.009 0.018 0.071 0.046 0.045 0.064 0.161 0.153 0.185 0.149 0.099 29 L 0.009 0.013 0.026 0.039 0.045 0.062 0.155 0.171 0.202 0.166 0.112 30 V 0.012 0.021 0.031 0.043 0.044 0.058 0.139 0.144 0.201 0.180 0.126 31 E 0.041 0.065 0.059 0.139 0.152 0.129 0.159 0.106 0.083 0.044 0.023 32 K 0.213 0.177 0.082 0.153 0.115 0.081 0.078 0.046 0.030 0.018 0.007 33 P 0.137 0.134 0.055 0.143 0.130 0.109 0.123 0.069 0.053 0.033 0.014 34 Y 0.064 0.052 0.027 0.081 0.088 0.107 0.174 0.129 0.134 0.088 0.056 35 R 0.337 0.167 0.094 0.152 0.093 0.057 0.046 0.023 0.017 0.009 0.004 36 S 0.198 0.202 0.085 0.160 0.098 0.081 0.079 0.043 0.030 0.016 0.008 37 A 0.064 0.033 0.025 0.048 0.055 0.103 0.174 0.157 0.157 0.117 0.067 38 K 0.180 0.119 0.133 0.228 0.137 0.089 0.066 0.024 0.013 0.006 0.003 39 E 0.068 0.103 0.303 0.250 0.127 0.070 0.044 0.017 0.010 0.005 0.003 40 V 0.033 0.029 0.059 0.084 0.079 0.102 0.170 0.145 0.142 0.102 0.055 41 M 0.022 0.040 0.076 0.152 0.139 0.134 0.176 0.104 0.083 0.051 0.023 42 V 0.002 0.010 0.069 0.050 0.060 0.077 0.133 0.142 0.192 0.149 0.116 43 K 0.017 0.049 0.106 0.200 0.209 0.173 0.142 0.055 0.030 0.013 0.006 44 Y 0.016 0.022 0.015 0.049 0.060 0.085 0.213 0.188 0.174 0.115 0.062 45 A 0.047 0.047 0.038 0.093 0.088 0.102 0.142 0.126 0.141 0.105 0.072 46 N 0.179 0.165 0.061 0.168 0.136 0.098 0.087 0.044 0.033 0.017 0.010 47 P 0.098 0.093 0.044 0.132 0.114 0.110 0.128 0.102 0.087 0.059 0.032 48 Y 0.105 0.078 0.037 0.104 0.119 0.114 0.148 0.107 0.090 0.058 0.039 49 D 0.266 0.209 0.082 0.200 0.110 0.058 0.041 0.017 0.009 0.005 0.003 50 Y 0.048 0.042 0.022 0.067 0.082 0.106 0.157 0.146 0.147 0.114 0.068 51 D 0.109 0.201 0.090 0.225 0.140 0.093 0.069 0.033 0.021 0.011 0.008 52 L 0.024 0.015 0.013 0.026 0.037 0.057 0.125 0.147 0.201 0.183 0.171 53 T 0.141 0.253 0.111 0.206 0.131 0.066 0.051 0.021 0.012 0.006 0.004 54 G 0.280 0.160 0.050 0.139 0.104 0.081 0.081 0.043 0.031 0.020 0.012 55 R 0.056 0.063 0.053 0.121 0.138 0.153 0.162 0.086 0.074 0.052 0.041 56 Q 0.068 0.092 0.111 0.196 0.150 0.130 0.128 0.054 0.037 0.020 0.013 57 A 0.035 0.035 0.044 0.084 0.098 0.112 0.202 0.142 0.108 0.082 0.057 58 I 0.023 0.023 0.048 0.057 0.054 0.069 0.155 0.138 0.161 0.152 0.121 59 R 0.034 0.051 0.133 0.174 0.174 0.155 0.137 0.060 0.046 0.023 0.012 60 D 0.056 0.064 0.232 0.197 0.130 0.110 0.112 0.046 0.028 0.016 0.010 61 E 0.006 0.014 0.069 0.049 0.061 0.099 0.241 0.162 0.143 0.101 0.056 62 V 0.009 0.008 0.065 0.028 0.024 0.039 0.168 0.166 0.201 0.180 0.113 63 L 0.010 0.019 0.216 0.188 0.185 0.164 0.111 0.049 0.029 0.018 0.009 64 L 0.002 0.012 0.127 0.060 0.059 0.079 0.181 0.142 0.146 0.119 0.074 65 A 0.001 0.002 0.018 0.012 0.014 0.024 0.102 0.146 0.241 0.247 0.193 66 I 0.004 0.007 0.117 0.047 0.047 0.071 0.207 0.131 0.153 0.127 0.089 67 E 0.004 0.014 0.278 0.163 0.167 0.133 0.126 0.058 0.032 0.017 0.009 68 L 0.001 0.004 0.040 0.022 0.025 0.044 0.150 0.149 0.209 0.199 0.156 69 A 0.002 0.003 0.024 0.025 0.029 0.044 0.138 0.161 0.246 0.204 0.124 70 R 0.018 0.033 0.173 0.182 0.183 0.181 0.150 0.048 0.021 0.008 0.004 71 K 0.143 0.157 0.233 0.188 0.117 0.084 0.052 0.014 0.006 0.003 0.002 72 V 0.024 0.023 0.016 0.043 0.051 0.076 0.165 0.171 0.173 0.157 0.100 73 K 0.370 0.319 0.069 0.131 0.061 0.026 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 74 P 0.042 0.024 0.022 0.042 0.055 0.076 0.156 0.155 0.191 0.143 0.095 75 D 0.079 0.153 0.064 0.225 0.180 0.125 0.102 0.038 0.019 0.009 0.005 76 V 0.014 0.025 0.017 0.062 0.069 0.098 0.164 0.148 0.159 0.133 0.112 77 I 0.016 0.017 0.014 0.045 0.061 0.095 0.156 0.156 0.179 0.144 0.116 78 H 0.026 0.049 0.034 0.117 0.114 0.117 0.164 0.134 0.113 0.076 0.058 79 L 0.019 0.018 0.013 0.036 0.039 0.045 0.107 0.142 0.193 0.197 0.190 80 D 0.061 0.088 0.045 0.210 0.209 0.146 0.110 0.056 0.039 0.021 0.015 81 S 0.084 0.079 0.052 0.115 0.113 0.105 0.134 0.106 0.097 0.071 0.044 82 T 0.135 0.129 0.080 0.195 0.144 0.102 0.093 0.050 0.036 0.022 0.014 83 L 0.051 0.040 0.030 0.062 0.061 0.082 0.151 0.134 0.150 0.132 0.106 84 G 0.109 0.147 0.067 0.153 0.121 0.106 0.111 0.070 0.053 0.037 0.024 85 G 0.155 0.160 0.072 0.173 0.120 0.102 0.090 0.048 0.037 0.025 0.019 86 I 0.073 0.040 0.031 0.051 0.052 0.061 0.110 0.116 0.168 0.156 0.142 87 E 0.110 0.139 0.090 0.234 0.168 0.103 0.085 0.034 0.021 0.010 0.007 88 L 0.043 0.037 0.039 0.070 0.064 0.062 0.112 0.122 0.157 0.155 0.139 89 R 0.066 0.064 0.081 0.174 0.180 0.166 0.136 0.062 0.040 0.020 0.012 90 K 0.113 0.135 0.127 0.210 0.159 0.105 0.086 0.033 0.019 0.009 0.004 91 L 0.032 0.028 0.036 0.052 0.055 0.072 0.140 0.135 0.157 0.170 0.124 92 D 0.168 0.216 0.106 0.175 0.123 0.075 0.069 0.029 0.020 0.011 0.008 93 E 0.209 0.137 0.084 0.126 0.095 0.079 0.097 0.065 0.050 0.034 0.023 94 P 0.357 0.196 0.095 0.121 0.086 0.059 0.042 0.018 0.012 0.009 0.006 95 T 0.110 0.181 0.097 0.198 0.139 0.089 0.081 0.041 0.032 0.019 0.014 96 I 0.093 0.043 0.028 0.059 0.082 0.101 0.152 0.132 0.141 0.102 0.066 97 D 0.211 0.190 0.198 0.226 0.098 0.042 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 98 A 0.048 0.059 0.086 0.113 0.100 0.116 0.173 0.115 0.090 0.062 0.037 99 L 0.052 0.033 0.037 0.071 0.082 0.099 0.146 0.130 0.138 0.117 0.095 100 G 0.164 0.237 0.152 0.194 0.111 0.065 0.044 0.015 0.010 0.005 0.003 101 I 0.037 0.050 0.060 0.073 0.071 0.077 0.127 0.118 0.142 0.138 0.108 102 S 0.216 0.181 0.096 0.166 0.121 0.074 0.069 0.032 0.022 0.012 0.009 103 D 0.194 0.117 0.069 0.116 0.103 0.101 0.129 0.068 0.051 0.031 0.021 104 K 0.287 0.270 0.108 0.139 0.081 0.048 0.036 0.015 0.009 0.005 0.002 105 G 0.384 0.169 0.065 0.098 0.066 0.062 0.062 0.034 0.027 0.020 0.012 106 K 0.171 0.171 0.126 0.195 0.129 0.086 0.073 0.025 0.014 0.006 0.003 107 E 0.304 0.187 0.178 0.164 0.073 0.045 0.032 0.010 0.005 0.002 0.001 108 V 0.023 0.029 0.064 0.099 0.100 0.127 0.218 0.142 0.102 0.063 0.033 109 W 0.019 0.019 0.098 0.074 0.082 0.121 0.226 0.147 0.108 0.069 0.035 110 K 0.021 0.047 0.454 0.254 0.125 0.053 0.030 0.009 0.004 0.001 0.001 111 E 0.048 0.076 0.368 0.224 0.140 0.087 0.042 0.010 0.004 0.001 0.001 112 L 0.007 0.015 0.109 0.044 0.048 0.076 0.209 0.154 0.158 0.121 0.059 113 S 0.028 0.047 0.212 0.119 0.130 0.130 0.205 0.072 0.038 0.014 0.005 114 K 0.081 0.075 0.633 0.139 0.047 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 115 D 0.055 0.094 0.246 0.148 0.154 0.140 0.106 0.031 0.015 0.008 0.003 116 L 0.020 0.036 0.148 0.049 0.036 0.049 0.137 0.125 0.165 0.140 0.095 117 Q 0.046 0.092 0.231 0.202 0.180 0.113 0.087 0.028 0.013 0.005 0.002 118 P 0.197 0.125 0.507 0.103 0.035 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 119 L 0.026 0.026 0.127 0.080 0.089 0.122 0.232 0.117 0.092 0.060 0.028 120 A 0.021 0.016 0.069 0.040 0.043 0.081 0.240 0.161 0.150 0.108 0.069 121 R 0.021 0.042 0.395 0.278 0.149 0.067 0.029 0.011 0.005 0.002 0.001 122 K 0.054 0.097 0.361 0.153 0.126 0.099 0.066 0.023 0.013 0.006 0.003 123 F 0.028 0.039 0.081 0.085 0.080 0.087 0.152 0.124 0.138 0.112 0.075 124 W 0.030 0.031 0.046 0.056 0.095 0.130 0.245 0.137 0.119 0.074 0.037 125 E 0.083 0.105 0.346 0.218 0.110 0.059 0.040 0.018 0.010 0.006 0.004 126 E 0.086 0.093 0.190 0.140 0.127 0.111 0.123 0.055 0.038 0.022 0.014 127 T 0.098 0.074 0.073 0.111 0.083 0.088 0.136 0.105 0.104 0.078 0.049 128 N 0.217 0.209 0.115 0.178 0.123 0.079 0.044 0.015 0.010 0.006 0.003 129 I 0.012 0.013 0.024 0.028 0.031 0.042 0.110 0.146 0.222 0.201 0.172 130 E 0.037 0.069 0.087 0.176 0.170 0.155 0.166 0.067 0.039 0.020 0.015 131 I 0.011 0.017 0.025 0.036 0.029 0.039 0.105 0.133 0.188 0.206 0.210 132 V 0.012 0.015 0.023 0.052 0.065 0.087 0.154 0.156 0.176 0.142 0.118 133 A 0.019 0.028 0.043 0.052 0.052 0.068 0.123 0.127 0.183 0.158 0.149 134 I 0.015 0.024 0.027 0.060 0.068 0.077 0.147 0.146 0.171 0.150 0.115 135 G 0.112 0.102 0.050 0.134 0.136 0.114 0.131 0.083 0.066 0.042 0.031 136 K 0.220 0.157 0.077 0.157 0.129 0.095 0.081 0.038 0.024 0.015 0.008 137 S 0.319 0.147 0.063 0.145 0.106 0.076 0.063 0.032 0.024 0.015 0.011 138 S 0.217 0.170 0.046 0.125 0.107 0.094 0.092 0.052 0.041 0.031 0.026 139 V 0.114 0.073 0.023 0.069 0.078 0.082 0.138 0.117 0.121 0.108 0.078 140 P 0.178 0.125 0.044 0.139 0.127 0.118 0.116 0.059 0.047 0.028 0.019 141 V 0.061 0.037 0.024 0.064 0.073 0.090 0.150 0.121 0.147 0.127 0.105 142 R 0.048 0.079 0.063 0.170 0.155 0.142 0.153 0.079 0.054 0.034 0.025 143 I 0.035 0.032 0.045 0.067 0.058 0.071 0.131 0.126 0.158 0.153 0.123 144 A 0.054 0.038 0.091 0.086 0.076 0.086 0.152 0.121 0.127 0.101 0.068 145 E 0.031 0.055 0.098 0.205 0.161 0.128 0.139 0.078 0.051 0.033 0.022 146 I 0.016 0.021 0.072 0.045 0.043 0.045 0.119 0.135 0.182 0.183 0.140 147 Y 0.013 0.018 0.055 0.088 0.097 0.123 0.186 0.122 0.122 0.098 0.078 148 A 0.022 0.032 0.099 0.086 0.086 0.096 0.177 0.119 0.120 0.100 0.062 149 G 0.032 0.052 0.072 0.098 0.093 0.114 0.181 0.127 0.110 0.077 0.044 150 I 0.037 0.037 0.067 0.049 0.037 0.047 0.118 0.121 0.184 0.173 0.129 151 Y 0.037 0.027 0.059 0.064 0.067 0.087 0.153 0.134 0.142 0.126 0.103 152 S 0.012 0.053 0.085 0.104 0.097 0.100 0.158 0.121 0.126 0.086 0.057 153 A 0.010 0.011 0.027 0.032 0.033 0.043 0.117 0.147 0.219 0.210 0.151 154 K 0.064 0.059 0.106 0.196 0.171 0.157 0.129 0.053 0.036 0.019 0.010 155 W 0.007 0.019 0.058 0.070 0.089 0.120 0.211 0.149 0.127 0.092 0.057 156 G 0.002 0.007 0.010 0.023 0.025 0.035 0.099 0.133 0.200 0.236 0.229 157 I 0.001 0.002 0.006 0.014 0.029 0.060 0.191 0.172 0.225 0.176 0.123 158 E 0.068 0.080 0.369 0.229 0.124 0.062 0.039 0.014 0.009 0.004 0.003 159 N 0.009 0.032 0.039 0.121 0.150 0.200 0.248 0.096 0.057 0.031 0.016 160 V 0.002 0.002 0.002 0.004 0.005 0.011 0.048 0.091 0.195 0.272 0.368 161 E 0.079 0.128 0.106 0.213 0.179 0.138 0.102 0.030 0.015 0.006 0.004 162 K 0.126 0.182 0.326 0.181 0.086 0.054 0.030 0.008 0.004 0.002 0.001 163 E 0.303 0.179 0.067 0.171 0.114 0.073 0.056 0.019 0.009 0.005 0.003 164 G 0.386 0.150 0.046 0.127 0.095 0.073 0.064 0.028 0.016 0.008 0.005 165 H 0.008 0.054 0.048 0.161 0.225 0.227 0.153 0.067 0.034 0.015 0.007 166 L 0.001 0.002 0.002 0.011 0.026 0.068 0.167 0.209 0.209 0.175 0.130 167 I 0.002 0.004 0.005 0.019 0.033 0.064 0.191 0.213 0.199 0.150 0.120 168 I 0.004 0.005 0.006 0.019 0.023 0.037 0.130 0.171 0.220 0.210 0.176 169 G 0.041 0.059 0.027 0.115 0.097 0.091 0.130 0.119 0.126 0.107 0.088 170 L 0.007 0.013 0.005 0.027 0.037 0.049 0.108 0.153 0.208 0.208 0.185 171 P 0.098 0.129 0.052 0.162 0.157 0.118 0.121 0.070 0.049 0.027 0.016 172 R 0.160 0.129 0.048 0.161 0.151 0.113 0.117 0.057 0.034 0.019 0.010 173 Y 0.080 0.069 0.039 0.115 0.101 0.101 0.133 0.100 0.102 0.087 0.073 174 M 0.076 0.058 0.047 0.100 0.099 0.124 0.150 0.107 0.110 0.079 0.049 175 E 0.258 0.205 0.106 0.179 0.098 0.060 0.047 0.022 0.013 0.007 0.004 176 V 0.091 0.063 0.041 0.070 0.071 0.081 0.130 0.128 0.131 0.114 0.080