# TARGET T0344 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.13026 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.107 0.020 0.031 0.083 0.075 0.103 0.057 0.004 0.001 0.009 0.511 2 R 0.024 0.007 0.013 0.133 0.167 0.224 0.098 0.002 0.001 0.005 0.327 3 I 0.017 0.004 0.009 0.208 0.217 0.266 0.038 0.001 0.001 0.003 0.238 4 V 0.004 0.003 0.001 0.241 0.236 0.329 0.044 0.001 0.001 0.001 0.141 5 A 0.005 0.003 0.001 0.227 0.248 0.338 0.028 0.001 0.001 0.001 0.148 6 A 0.004 0.006 0.001 0.243 0.184 0.351 0.065 0.001 0.001 0.002 0.143 7 D 0.023 0.011 0.001 0.159 0.162 0.257 0.151 0.002 0.001 0.012 0.222 8 T 0.059 0.013 0.004 0.078 0.067 0.092 0.159 0.002 0.001 0.027 0.499 9 G 0.058 0.009 0.006 0.036 0.049 0.066 0.332 0.002 0.001 0.040 0.402 10 G 0.177 0.010 0.021 0.034 0.046 0.064 0.224 0.002 0.001 0.050 0.372 11 A 0.070 0.021 0.020 0.063 0.101 0.114 0.188 0.001 0.001 0.010 0.411 12 V 0.016 0.011 0.004 0.064 0.173 0.242 0.116 0.001 0.001 0.004 0.371 13 L 0.014 0.016 0.001 0.074 0.200 0.380 0.080 0.001 0.001 0.003 0.230 14 D 0.023 0.034 0.001 0.064 0.134 0.221 0.121 0.001 0.001 0.004 0.396 15 E 0.054 0.046 0.002 0.028 0.053 0.084 0.183 0.002 0.001 0.012 0.536 16 T 0.154 0.046 0.004 0.030 0.030 0.043 0.351 0.007 0.001 0.033 0.300 17 F 0.244 0.090 0.033 0.047 0.026 0.043 0.197 0.007 0.001 0.029 0.284 18 E 0.068 0.106 0.018 0.056 0.064 0.092 0.174 0.003 0.001 0.008 0.412 19 P 0.004 0.010 0.003 0.004 0.004 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.956 20 I 0.043 0.051 0.001 0.052 0.104 0.252 0.069 0.002 0.001 0.004 0.422 21 G 0.188 0.136 0.003 0.047 0.068 0.100 0.050 0.003 0.001 0.006 0.399 22 L 0.055 0.383 0.003 0.059 0.117 0.128 0.027 0.003 0.001 0.001 0.224 23 I 0.022 0.337 0.003 0.111 0.109 0.290 0.029 0.002 0.001 0.002 0.096 24 A 0.034 0.357 0.003 0.105 0.111 0.246 0.031 0.006 0.001 0.004 0.103 25 T 0.040 0.381 0.014 0.081 0.091 0.218 0.037 0.007 0.001 0.003 0.128 26 V 0.036 0.221 0.014 0.114 0.199 0.235 0.019 0.009 0.001 0.002 0.151 27 A 0.020 0.122 0.010 0.141 0.231 0.352 0.025 0.003 0.001 0.003 0.093 28 V 0.008 0.080 0.006 0.151 0.291 0.344 0.021 0.003 0.001 0.001 0.095 29 L 0.020 0.097 0.004 0.166 0.220 0.342 0.021 0.004 0.001 0.001 0.123 30 V 0.019 0.078 0.006 0.130 0.174 0.410 0.026 0.006 0.001 0.002 0.149 31 E 0.026 0.041 0.010 0.114 0.131 0.359 0.043 0.009 0.001 0.005 0.263 32 K 0.023 0.013 0.018 0.054 0.085 0.152 0.061 0.004 0.001 0.002 0.589 33 P 0.002 0.001 0.001 0.007 0.005 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.969 34 Y 0.032 0.004 0.002 0.027 0.030 0.083 0.132 0.001 0.001 0.006 0.683 35 R 0.162 0.018 0.002 0.016 0.016 0.027 0.083 0.001 0.001 0.005 0.669 36 S 0.136 0.071 0.001 0.013 0.016 0.018 0.075 0.001 0.001 0.002 0.666 37 A 0.090 0.087 0.004 0.012 0.013 0.023 0.087 0.001 0.001 0.005 0.678 38 K 0.062 0.137 0.002 0.011 0.024 0.045 0.222 0.002 0.001 0.009 0.486 39 E 0.134 0.256 0.006 0.011 0.023 0.071 0.135 0.005 0.001 0.012 0.348 40 V 0.146 0.404 0.006 0.017 0.076 0.058 0.034 0.007 0.001 0.004 0.248 41 M 0.077 0.497 0.011 0.018 0.055 0.086 0.047 0.004 0.001 0.004 0.201 42 V 0.024 0.363 0.008 0.042 0.166 0.211 0.019 0.006 0.001 0.001 0.161 43 K 0.049 0.354 0.004 0.064 0.092 0.166 0.037 0.016 0.001 0.003 0.216 44 Y 0.137 0.245 0.015 0.038 0.069 0.135 0.056 0.039 0.001 0.007 0.260 45 A 0.139 0.157 0.051 0.131 0.059 0.122 0.054 0.036 0.001 0.009 0.240 46 N 0.066 0.045 0.026 0.058 0.052 0.068 0.202 0.015 0.001 0.005 0.463 47 P 0.003 0.001 0.005 0.007 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.973 48 Y 0.015 0.005 0.003 0.032 0.032 0.070 0.469 0.001 0.001 0.010 0.363 49 D 0.389 0.013 0.003 0.023 0.023 0.034 0.160 0.003 0.001 0.029 0.322 50 Y 0.158 0.129 0.005 0.094 0.076 0.071 0.082 0.004 0.001 0.008 0.373 51 D 0.096 0.063 0.006 0.036 0.035 0.049 0.341 0.003 0.001 0.017 0.353 52 L 0.158 0.078 0.015 0.095 0.040 0.050 0.140 0.006 0.001 0.024 0.394 53 T 0.077 0.073 0.008 0.035 0.019 0.030 0.460 0.006 0.001 0.022 0.270 54 G 0.150 0.055 0.019 0.021 0.013 0.016 0.289 0.008 0.001 0.044 0.386 55 R 0.100 0.197 0.018 0.022 0.009 0.018 0.276 0.003 0.001 0.021 0.337 56 Q 0.036 0.134 0.006 0.013 0.013 0.019 0.371 0.004 0.001 0.013 0.392 57 A 0.080 0.453 0.006 0.015 0.016 0.029 0.091 0.003 0.001 0.005 0.301 58 I 0.066 0.648 0.002 0.006 0.019 0.031 0.032 0.005 0.001 0.002 0.188 59 R 0.035 0.786 0.002 0.003 0.009 0.025 0.018 0.004 0.001 0.002 0.117 60 D 0.034 0.725 0.002 0.002 0.003 0.006 0.008 0.010 0.001 0.001 0.210 61 E 0.050 0.838 0.003 0.002 0.003 0.004 0.015 0.017 0.001 0.001 0.066 62 V 0.051 0.852 0.006 0.003 0.004 0.005 0.013 0.019 0.001 0.002 0.046 63 L 0.015 0.927 0.010 0.003 0.002 0.005 0.007 0.004 0.001 0.001 0.028 64 L 0.007 0.931 0.002 0.003 0.004 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.044 65 A 0.017 0.946 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.027 66 I 0.005 0.958 0.002 0.004 0.004 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.016 67 E 0.011 0.943 0.001 0.003 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.030 68 L 0.010 0.921 0.003 0.002 0.003 0.006 0.006 0.004 0.001 0.001 0.045 69 A 0.039 0.885 0.004 0.003 0.003 0.009 0.004 0.006 0.001 0.001 0.046 70 R 0.048 0.837 0.007 0.003 0.004 0.006 0.006 0.018 0.001 0.001 0.070 71 K 0.189 0.539 0.006 0.003 0.004 0.003 0.003 0.061 0.001 0.001 0.192 72 V 0.291 0.414 0.108 0.003 0.005 0.005 0.008 0.023 0.001 0.001 0.142 73 K 0.111 0.163 0.041 0.043 0.056 0.077 0.054 0.049 0.001 0.003 0.401 74 P 0.002 0.002 0.010 0.005 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.975 75 D 0.026 0.004 0.002 0.106 0.055 0.061 0.130 0.003 0.001 0.002 0.611 76 V 0.495 0.008 0.008 0.061 0.011 0.020 0.035 0.001 0.001 0.012 0.350 77 I 0.042 0.031 0.008 0.307 0.101 0.118 0.080 0.001 0.001 0.003 0.310 78 H 0.020 0.007 0.003 0.219 0.145 0.234 0.081 0.001 0.001 0.003 0.288 79 L 0.021 0.010 0.001 0.237 0.111 0.209 0.058 0.001 0.001 0.003 0.350 80 D 0.010 0.011 0.001 0.124 0.157 0.251 0.086 0.001 0.001 0.003 0.356 81 S 0.018 0.015 0.001 0.068 0.119 0.189 0.131 0.001 0.001 0.008 0.449 82 T 0.062 0.039 0.001 0.047 0.082 0.106 0.231 0.003 0.001 0.019 0.410 83 L 0.209 0.070 0.006 0.039 0.058 0.078 0.171 0.005 0.001 0.035 0.330 84 G 0.101 0.078 0.010 0.020 0.055 0.059 0.249 0.003 0.001 0.023 0.402 85 G 0.126 0.049 0.021 0.022 0.046 0.072 0.158 0.004 0.001 0.023 0.479 86 I 0.082 0.058 0.043 0.054 0.128 0.212 0.110 0.002 0.001 0.010 0.302 87 E 0.008 0.025 0.003 0.089 0.257 0.293 0.083 0.001 0.001 0.002 0.239 88 L 0.012 0.027 0.002 0.046 0.184 0.375 0.037 0.001 0.001 0.002 0.313 89 R 0.022 0.050 0.002 0.144 0.218 0.381 0.051 0.002 0.001 0.003 0.129 90 K 0.044 0.032 0.002 0.028 0.037 0.058 0.065 0.006 0.001 0.004 0.723 91 L 0.110 0.048 0.035 0.153 0.082 0.187 0.067 0.007 0.001 0.012 0.298 92 D 0.035 0.017 0.006 0.047 0.040 0.076 0.141 0.008 0.001 0.006 0.624 93 E 0.038 0.007 0.010 0.027 0.009 0.017 0.037 0.001 0.001 0.005 0.848 94 P 0.003 0.002 0.001 0.004 0.002 0.003 0.030 0.001 0.001 0.001 0.955 95 T 0.084 0.014 0.001 0.025 0.025 0.041 0.414 0.001 0.001 0.025 0.369 96 I 0.160 0.186 0.003 0.065 0.033 0.090 0.154 0.002 0.001 0.011 0.295 97 D 0.032 0.575 0.001 0.072 0.071 0.075 0.033 0.002 0.001 0.002 0.135 98 A 0.094 0.586 0.002 0.018 0.030 0.071 0.025 0.006 0.001 0.004 0.163 99 L 0.105 0.463 0.006 0.041 0.088 0.149 0.020 0.040 0.001 0.004 0.084 100 G 0.262 0.194 0.035 0.020 0.058 0.046 0.049 0.085 0.001 0.008 0.242 101 I 0.071 0.052 0.260 0.046 0.107 0.120 0.029 0.010 0.001 0.004 0.301 102 S 0.011 0.016 0.005 0.108 0.099 0.137 0.150 0.010 0.001 0.003 0.462 103 D 0.103 0.014 0.012 0.049 0.021 0.027 0.112 0.003 0.001 0.012 0.648 104 K 0.058 0.015 0.003 0.014 0.006 0.011 0.370 0.002 0.001 0.015 0.506 105 G 0.190 0.009 0.004 0.013 0.004 0.006 0.496 0.002 0.001 0.060 0.216 106 K 0.308 0.076 0.013 0.020 0.003 0.005 0.269 0.001 0.001 0.030 0.276 107 E 0.023 0.137 0.003 0.013 0.011 0.009 0.231 0.001 0.001 0.004 0.568 108 V 0.037 0.250 0.003 0.010 0.017 0.045 0.110 0.001 0.001 0.004 0.525 109 W 0.045 0.509 0.001 0.015 0.047 0.229 0.032 0.002 0.001 0.003 0.118 110 K 0.024 0.636 0.001 0.003 0.012 0.032 0.013 0.003 0.001 0.001 0.276 111 E 0.108 0.673 0.001 0.002 0.011 0.013 0.005 0.010 0.001 0.001 0.177 112 L 0.085 0.797 0.003 0.003 0.006 0.006 0.007 0.013 0.001 0.001 0.080 113 S 0.081 0.695 0.010 0.008 0.009 0.014 0.027 0.022 0.001 0.002 0.132 114 K 0.076 0.497 0.025 0.006 0.003 0.008 0.055 0.012 0.001 0.001 0.316 115 D 0.192 0.333 0.005 0.007 0.004 0.004 0.055 0.026 0.001 0.002 0.372 116 L 0.383 0.326 0.062 0.006 0.002 0.004 0.051 0.005 0.001 0.007 0.154 117 Q 0.054 0.427 0.032 0.026 0.009 0.022 0.113 0.006 0.001 0.002 0.308 118 P 0.005 0.036 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.952 119 L 0.054 0.250 0.001 0.005 0.003 0.007 0.048 0.002 0.001 0.001 0.629 120 A 0.070 0.719 0.001 0.004 0.002 0.008 0.028 0.003 0.001 0.001 0.164 121 R 0.015 0.932 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.040 122 K 0.028 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.052 123 F 0.031 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.038 124 W 0.017 0.956 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.015 125 E 0.006 0.954 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.023 126 E 0.065 0.871 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.021 0.001 0.001 0.032 127 T 0.288 0.508 0.017 0.002 0.005 0.004 0.010 0.096 0.001 0.002 0.069 128 N 0.373 0.164 0.152 0.011 0.010 0.007 0.029 0.060 0.001 0.012 0.181 129 I 0.018 0.017 0.792 0.022 0.017 0.018 0.019 0.002 0.001 0.003 0.093 130 E 0.004 0.009 0.010 0.476 0.201 0.182 0.049 0.001 0.001 0.001 0.066 131 I 0.006 0.011 0.003 0.442 0.123 0.175 0.039 0.001 0.001 0.001 0.200 132 V 0.001 0.006 0.001 0.625 0.138 0.213 0.006 0.001 0.001 0.001 0.011 133 A 0.002 0.013 0.001 0.404 0.169 0.266 0.026 0.001 0.001 0.001 0.119 134 I 0.005 0.015 0.001 0.336 0.209 0.317 0.024 0.001 0.001 0.002 0.090 135 G 0.027 0.017 0.002 0.202 0.151 0.254 0.076 0.005 0.001 0.006 0.259 136 K 0.022 0.007 0.006 0.058 0.058 0.080 0.081 0.003 0.001 0.008 0.676 137 S 0.024 0.005 0.007 0.063 0.058 0.112 0.161 0.002 0.001 0.011 0.556 138 S 0.111 0.008 0.013 0.043 0.035 0.055 0.107 0.002 0.001 0.015 0.611 139 V 0.090 0.018 0.008 0.110 0.115 0.098 0.125 0.001 0.001 0.007 0.426 140 P 0.009 0.004 0.002 0.020 0.009 0.021 0.038 0.001 0.001 0.001 0.895 141 V 0.024 0.014 0.003 0.219 0.128 0.307 0.069 0.001 0.001 0.004 0.231 142 R 0.030 0.042 0.001 0.154 0.109 0.208 0.098 0.001 0.001 0.004 0.353 143 I 0.021 0.098 0.002 0.104 0.115 0.199 0.050 0.001 0.001 0.002 0.408 144 A 0.016 0.146 0.001 0.179 0.146 0.279 0.046 0.001 0.001 0.002 0.184 145 E 0.038 0.193 0.001 0.050 0.076 0.142 0.099 0.004 0.001 0.005 0.392 146 I 0.058 0.458 0.007 0.051 0.082 0.145 0.036 0.006 0.001 0.004 0.153 147 Y 0.064 0.537 0.007 0.024 0.060 0.102 0.034 0.008 0.001 0.003 0.162 148 A 0.046 0.396 0.008 0.023 0.053 0.097 0.034 0.012 0.001 0.003 0.327 149 G 0.147 0.205 0.012 0.028 0.073 0.076 0.042 0.034 0.001 0.007 0.376 150 I 0.233 0.209 0.193 0.024 0.018 0.035 0.046 0.005 0.001 0.008 0.229 151 Y 0.024 0.150 0.026 0.157 0.146 0.165 0.066 0.006 0.001 0.003 0.258 152 S 0.027 0.120 0.009 0.108 0.062 0.148 0.072 0.002 0.001 0.003 0.448 153 A 0.023 0.233 0.004 0.111 0.096 0.157 0.042 0.003 0.001 0.002 0.330 154 K 0.035 0.359 0.003 0.079 0.044 0.114 0.088 0.003 0.001 0.006 0.269 155 W 0.040 0.303 0.003 0.045 0.051 0.080 0.113 0.006 0.001 0.004 0.354 156 G 0.052 0.595 0.005 0.035 0.035 0.063 0.031 0.004 0.001 0.003 0.176 157 I 0.029 0.748 0.006 0.017 0.026 0.070 0.017 0.003 0.001 0.001 0.082 158 E 0.023 0.662 0.002 0.013 0.034 0.070 0.013 0.011 0.001 0.001 0.171 159 N 0.193 0.463 0.006 0.004 0.020 0.020 0.013 0.021 0.001 0.001 0.260 160 V 0.175 0.531 0.028 0.007 0.022 0.024 0.017 0.011 0.001 0.002 0.184 161 E 0.040 0.440 0.010 0.025 0.069 0.126 0.066 0.020 0.001 0.004 0.199 162 K 0.072 0.235 0.005 0.006 0.019 0.023 0.045 0.017 0.001 0.003 0.574 163 E 0.312 0.257 0.005 0.010 0.013 0.023 0.053 0.030 0.001 0.010 0.286 164 G 0.550 0.031 0.033 0.015 0.013 0.011 0.068 0.025 0.001 0.019 0.234 165 H 0.076 0.008 0.299 0.065 0.052 0.030 0.088 0.001 0.001 0.006 0.375 166 L 0.005 0.002 0.011 0.304 0.187 0.222 0.110 0.001 0.001 0.001 0.157 167 I 0.004 0.002 0.001 0.444 0.166 0.278 0.031 0.001 0.001 0.001 0.072 168 I 0.001 0.004 0.001 0.525 0.149 0.242 0.028 0.001 0.001 0.001 0.050 169 G 0.006 0.006 0.001 0.355 0.118 0.212 0.053 0.001 0.001 0.003 0.245 170 L 0.008 0.003 0.001 0.398 0.122 0.205 0.057 0.001 0.001 0.003 0.204 171 P 0.001 0.001 0.001 0.025 0.010 0.025 0.012 0.001 0.001 0.001 0.926 172 R 0.011 0.001 0.001 0.100 0.091 0.162 0.142 0.001 0.001 0.009 0.483 173 Y 0.260 0.011 0.003 0.047 0.035 0.063 0.066 0.001 0.001 0.015 0.499 174 M 0.091 0.060 0.003 0.134 0.122 0.155 0.069 0.003 0.001 0.006 0.359 175 E 0.059 0.024 0.004 0.067 0.074 0.130 0.088 0.001 0.001 0.005 0.547 176 V 0.060 0.038 0.009 0.112 0.111 0.205 0.060 0.002 0.001 0.004 0.400