# TARGET T0344 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 R 0.442 0.006 0.001 0.008 0.025 0.003 0.515 3 I 0.870 0.020 0.001 0.005 0.009 0.002 0.094 4 V 0.944 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.044 5 A 0.917 0.002 0.001 0.007 0.010 0.003 0.060 6 A 0.776 0.005 0.003 0.014 0.025 0.009 0.168 7 D 0.363 0.007 0.012 0.019 0.128 0.077 0.394 8 T 0.091 0.004 0.024 0.032 0.364 0.233 0.252 9 G 0.033 0.010 0.039 0.034 0.329 0.350 0.205 10 G 0.078 0.007 0.088 0.061 0.232 0.235 0.298 11 A 0.311 0.033 0.085 0.070 0.133 0.102 0.267 12 V 0.451 0.043 0.055 0.081 0.100 0.064 0.205 13 L 0.452 0.046 0.034 0.090 0.079 0.053 0.247 14 D 0.245 0.027 0.053 0.076 0.100 0.083 0.415 15 E 0.090 0.007 0.103 0.049 0.086 0.505 0.159 16 T 0.041 0.009 0.051 0.035 0.129 0.637 0.098 17 F 0.060 0.017 0.021 0.040 0.389 0.176 0.297 18 E 0.086 0.004 0.002 0.018 0.492 0.021 0.378 19 P 0.273 0.033 0.007 0.064 0.129 0.042 0.453 20 I 0.580 0.017 0.007 0.120 0.032 0.034 0.209 21 G 0.709 0.009 0.013 0.113 0.038 0.021 0.096 22 L 0.774 0.006 0.015 0.135 0.015 0.012 0.042 23 I 0.779 0.006 0.011 0.107 0.011 0.008 0.078 24 A 0.703 0.004 0.027 0.162 0.026 0.010 0.068 25 T 0.725 0.007 0.029 0.144 0.022 0.027 0.047 26 V 0.505 0.008 0.051 0.271 0.033 0.042 0.089 27 A 0.478 0.004 0.054 0.313 0.040 0.045 0.066 28 V 0.394 0.010 0.056 0.371 0.039 0.052 0.077 29 L 0.487 0.011 0.053 0.222 0.038 0.081 0.108 30 V 0.459 0.029 0.021 0.091 0.115 0.073 0.213 31 E 0.267 0.017 0.012 0.055 0.190 0.062 0.396 32 K 0.154 0.012 0.017 0.042 0.179 0.065 0.530 33 P 0.139 0.029 0.026 0.050 0.189 0.085 0.482 34 Y 0.059 0.011 0.106 0.191 0.151 0.182 0.299 35 R 0.038 0.009 0.080 0.203 0.268 0.185 0.217 36 S 0.051 0.017 0.082 0.254 0.170 0.146 0.281 37 A 0.050 0.016 0.096 0.357 0.125 0.142 0.215 38 K 0.097 0.012 0.092 0.318 0.137 0.173 0.171 39 E 0.221 0.019 0.075 0.215 0.077 0.170 0.223 40 V 0.290 0.008 0.019 0.140 0.105 0.079 0.357 41 M 0.531 0.012 0.015 0.098 0.147 0.052 0.145 42 V 0.756 0.018 0.008 0.048 0.026 0.014 0.130 43 K 0.821 0.008 0.010 0.034 0.021 0.017 0.090 44 Y 0.755 0.009 0.005 0.017 0.048 0.020 0.146 45 A 0.422 0.017 0.005 0.012 0.119 0.030 0.395 46 N 0.105 0.010 0.006 0.005 0.184 0.030 0.661 47 P 0.035 0.006 0.089 0.032 0.201 0.340 0.297 48 Y 0.024 0.010 0.115 0.032 0.212 0.434 0.172 49 D 0.034 0.021 0.098 0.047 0.262 0.191 0.347 50 Y 0.042 0.039 0.029 0.046 0.265 0.061 0.517 51 D 0.052 0.028 0.031 0.072 0.201 0.128 0.488 52 L 0.036 0.015 0.050 0.165 0.146 0.331 0.258 53 T 0.035 0.013 0.037 0.241 0.173 0.295 0.207 54 G 0.032 0.006 0.046 0.426 0.201 0.159 0.130 55 R 0.024 0.006 0.037 0.672 0.076 0.054 0.132 56 Q 0.019 0.006 0.033 0.817 0.038 0.033 0.054 57 A 0.023 0.003 0.020 0.869 0.013 0.034 0.038 58 I 0.016 0.002 0.010 0.919 0.007 0.025 0.021 59 R 0.008 0.001 0.005 0.947 0.008 0.012 0.019 60 D 0.003 0.001 0.005 0.961 0.008 0.013 0.010 61 E 0.001 0.001 0.002 0.981 0.003 0.008 0.005 62 V 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.006 0.003 63 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.002 64 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.002 65 A 0.002 0.001 0.001 0.988 0.002 0.004 0.003 66 I 0.003 0.001 0.002 0.986 0.003 0.004 0.003 67 E 0.002 0.001 0.004 0.980 0.003 0.008 0.003 68 L 0.001 0.001 0.007 0.966 0.002 0.019 0.004 69 A 0.001 0.001 0.014 0.931 0.005 0.039 0.009 70 R 0.001 0.001 0.027 0.791 0.010 0.161 0.009 71 K 0.002 0.001 0.025 0.549 0.023 0.378 0.022 72 V 0.013 0.019 0.011 0.223 0.292 0.121 0.321 73 K 0.020 0.015 0.004 0.013 0.169 0.047 0.733 74 P 0.026 0.004 0.007 0.012 0.344 0.075 0.532 75 D 0.100 0.004 0.010 0.008 0.535 0.072 0.271 76 V 0.814 0.019 0.008 0.006 0.016 0.013 0.123 77 I 0.935 0.002 0.002 0.003 0.007 0.006 0.045 78 H 0.907 0.007 0.003 0.004 0.017 0.006 0.056 79 L 0.807 0.009 0.005 0.006 0.031 0.007 0.136 80 D 0.485 0.010 0.019 0.010 0.091 0.031 0.354 81 S 0.339 0.008 0.047 0.017 0.140 0.118 0.331 82 T 0.263 0.039 0.071 0.018 0.146 0.243 0.220 83 L 0.196 0.024 0.085 0.023 0.287 0.208 0.176 84 G 0.114 0.007 0.056 0.021 0.290 0.282 0.229 85 G 0.224 0.010 0.054 0.052 0.166 0.205 0.289 86 I 0.612 0.019 0.018 0.047 0.048 0.024 0.233 87 E 0.714 0.032 0.014 0.052 0.028 0.007 0.154 88 L 0.691 0.027 0.025 0.051 0.026 0.011 0.169 89 R 0.506 0.027 0.046 0.070 0.059 0.029 0.263 90 K 0.259 0.018 0.061 0.107 0.109 0.065 0.380 91 L 0.089 0.013 0.025 0.072 0.223 0.069 0.509 92 D 0.030 0.010 0.012 0.045 0.299 0.066 0.538 93 E 0.014 0.008 0.038 0.327 0.273 0.081 0.258 94 P 0.009 0.008 0.045 0.524 0.082 0.150 0.183 95 T 0.026 0.009 0.084 0.487 0.079 0.100 0.214 96 I 0.035 0.011 0.179 0.535 0.064 0.053 0.123 97 D 0.051 0.004 0.216 0.454 0.059 0.113 0.104 98 A 0.039 0.012 0.229 0.398 0.032 0.219 0.071 99 L 0.080 0.017 0.098 0.292 0.128 0.220 0.166 100 G 0.106 0.018 0.063 0.228 0.118 0.227 0.239 101 I 0.081 0.046 0.035 0.228 0.183 0.091 0.336 102 S 0.058 0.025 0.040 0.294 0.126 0.130 0.326 103 D 0.015 0.007 0.040 0.366 0.107 0.315 0.151 104 K 0.005 0.004 0.015 0.407 0.153 0.359 0.056 105 G 0.004 0.002 0.008 0.460 0.183 0.231 0.112 106 K 0.005 0.002 0.007 0.667 0.108 0.083 0.128 107 E 0.028 0.016 0.019 0.783 0.031 0.057 0.066 108 V 0.032 0.009 0.057 0.765 0.026 0.055 0.056 109 W 0.029 0.005 0.088 0.745 0.020 0.048 0.064 110 K 0.020 0.003 0.117 0.743 0.031 0.048 0.038 111 E 0.021 0.006 0.123 0.616 0.038 0.134 0.063 112 L 0.010 0.004 0.073 0.616 0.056 0.163 0.080 113 S 0.013 0.006 0.085 0.411 0.087 0.171 0.227 114 K 0.003 0.001 0.080 0.543 0.087 0.253 0.032 115 D 0.003 0.002 0.076 0.539 0.061 0.273 0.047 116 L 0.002 0.003 0.032 0.831 0.041 0.052 0.039 117 Q 0.003 0.002 0.026 0.827 0.030 0.030 0.082 118 P 0.002 0.001 0.035 0.878 0.013 0.052 0.020 119 L 0.001 0.001 0.023 0.908 0.006 0.049 0.013 120 A 0.001 0.001 0.012 0.931 0.008 0.029 0.017 121 R 0.001 0.001 0.007 0.937 0.012 0.029 0.013 122 K 0.001 0.001 0.006 0.945 0.006 0.033 0.009 123 F 0.002 0.001 0.004 0.940 0.009 0.025 0.019 124 W 0.003 0.002 0.007 0.931 0.012 0.027 0.019 125 E 0.003 0.001 0.015 0.897 0.013 0.056 0.014 126 E 0.002 0.001 0.014 0.868 0.016 0.084 0.016 127 T 0.004 0.004 0.013 0.548 0.075 0.305 0.052 128 N 0.006 0.001 0.004 0.027 0.073 0.670 0.219 129 I 0.026 0.004 0.001 0.003 0.099 0.009 0.858 130 E 0.315 0.009 0.002 0.002 0.121 0.004 0.547 131 I 0.814 0.005 0.001 0.001 0.010 0.002 0.167 132 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.011 133 A 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 134 I 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 135 G 0.740 0.003 0.001 0.001 0.059 0.009 0.188 136 K 0.110 0.002 0.036 0.007 0.363 0.191 0.290 137 S 0.045 0.010 0.066 0.008 0.404 0.222 0.245 138 S 0.088 0.023 0.080 0.020 0.326 0.127 0.337 139 V 0.173 0.013 0.007 0.026 0.369 0.018 0.394 140 P 0.511 0.015 0.002 0.021 0.074 0.021 0.356 141 V 0.644 0.016 0.003 0.040 0.022 0.006 0.269 142 R 0.834 0.007 0.004 0.053 0.035 0.004 0.063 143 I 0.893 0.004 0.006 0.053 0.007 0.003 0.033 144 A 0.849 0.002 0.010 0.094 0.008 0.007 0.030 145 E 0.819 0.003 0.010 0.101 0.014 0.011 0.041 146 I 0.700 0.003 0.022 0.161 0.025 0.039 0.050 147 Y 0.380 0.012 0.031 0.356 0.048 0.062 0.111 148 A 0.139 0.006 0.032 0.569 0.079 0.088 0.087 149 G 0.082 0.004 0.029 0.662 0.033 0.140 0.049 150 I 0.066 0.006 0.009 0.824 0.018 0.048 0.028 151 Y 0.035 0.002 0.006 0.912 0.009 0.023 0.014 152 S 0.020 0.001 0.006 0.920 0.012 0.026 0.016 153 A 0.022 0.001 0.007 0.925 0.007 0.026 0.013 154 K 0.017 0.001 0.007 0.944 0.008 0.017 0.007 155 W 0.020 0.001 0.011 0.932 0.007 0.020 0.009 156 G 0.026 0.001 0.016 0.911 0.005 0.028 0.012 157 I 0.037 0.003 0.028 0.879 0.011 0.030 0.012 158 E 0.071 0.001 0.026 0.834 0.013 0.032 0.023 159 N 0.047 0.001 0.029 0.786 0.016 0.093 0.028 160 V 0.178 0.011 0.025 0.532 0.069 0.063 0.122 161 E 0.202 0.010 0.054 0.412 0.058 0.098 0.167 162 K 0.124 0.006 0.049 0.375 0.113 0.221 0.112 163 E 0.026 0.004 0.030 0.086 0.129 0.679 0.046 164 G 0.013 0.001 0.009 0.005 0.165 0.735 0.072 165 H 0.270 0.011 0.007 0.002 0.139 0.090 0.481 166 L 0.859 0.011 0.001 0.001 0.017 0.006 0.106 167 I 0.927 0.009 0.001 0.001 0.007 0.006 0.049 168 I 0.912 0.007 0.001 0.001 0.010 0.006 0.063 169 G 0.647 0.019 0.001 0.001 0.074 0.016 0.241 170 L 0.128 0.007 0.008 0.006 0.186 0.021 0.643 171 P 0.019 0.006 0.108 0.031 0.217 0.451 0.167 172 R 0.019 0.006 0.177 0.038 0.182 0.477 0.103 173 Y 0.090 0.036 0.182 0.071 0.120 0.169 0.332 174 M 0.150 0.044 0.041 0.069 0.111 0.175 0.409 175 E 0.114 0.035 0.018 0.029 0.007 0.142 0.656 176 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998