# TARGET T0344 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.469 0.238 0.149 0.090 0.040 0.012 0.001 2 R 0.365 0.240 0.155 0.130 0.079 0.027 0.004 3 I 0.270 0.151 0.121 0.154 0.163 0.113 0.028 4 V 0.284 0.170 0.144 0.150 0.128 0.095 0.028 5 A 0.241 0.155 0.132 0.169 0.144 0.103 0.056 6 A 0.245 0.180 0.159 0.153 0.132 0.082 0.050 7 D 0.357 0.166 0.120 0.117 0.113 0.091 0.036 8 T 0.303 0.210 0.140 0.126 0.095 0.087 0.040 9 G 0.255 0.220 0.179 0.168 0.095 0.059 0.024 10 G 0.270 0.232 0.170 0.134 0.110 0.065 0.019 11 A 0.206 0.163 0.136 0.186 0.164 0.109 0.036 12 V 0.200 0.154 0.146 0.180 0.150 0.119 0.051 13 L 0.207 0.114 0.112 0.178 0.186 0.150 0.053 14 D 0.230 0.198 0.177 0.176 0.129 0.067 0.024 15 E 0.358 0.201 0.152 0.126 0.088 0.056 0.020 16 T 0.500 0.196 0.118 0.085 0.055 0.038 0.007 17 F 0.199 0.146 0.138 0.178 0.194 0.121 0.023 18 E 0.286 0.320 0.164 0.125 0.066 0.033 0.006 19 P 0.335 0.198 0.115 0.135 0.110 0.085 0.022 20 I 0.352 0.176 0.161 0.144 0.101 0.054 0.011 21 G 0.282 0.185 0.149 0.142 0.120 0.095 0.028 22 L 0.258 0.118 0.123 0.156 0.157 0.129 0.059 23 I 0.247 0.123 0.148 0.150 0.134 0.144 0.054 24 A 0.148 0.080 0.128 0.157 0.180 0.207 0.099 25 T 0.058 0.053 0.110 0.167 0.208 0.229 0.175 26 V 0.122 0.102 0.119 0.133 0.128 0.269 0.126 27 A 0.220 0.086 0.150 0.222 0.185 0.102 0.036 28 V 0.213 0.116 0.191 0.120 0.161 0.161 0.039 29 L 0.200 0.123 0.132 0.200 0.169 0.155 0.021 30 V 0.202 0.115 0.154 0.217 0.197 0.104 0.010 31 E 0.324 0.207 0.149 0.143 0.126 0.049 0.002 32 K 0.317 0.256 0.171 0.165 0.076 0.013 0.001 33 P 0.354 0.248 0.158 0.135 0.076 0.027 0.002 34 Y 0.259 0.211 0.180 0.228 0.098 0.022 0.001 35 R 0.565 0.251 0.109 0.050 0.021 0.004 0.001 36 S 0.393 0.236 0.159 0.120 0.067 0.022 0.002 37 A 0.358 0.148 0.104 0.142 0.148 0.090 0.009 38 K 0.394 0.288 0.168 0.097 0.038 0.013 0.001 39 E 0.279 0.313 0.202 0.126 0.057 0.020 0.003 40 V 0.071 0.104 0.134 0.232 0.267 0.163 0.029 41 M 0.047 0.089 0.121 0.208 0.266 0.232 0.037 42 V 0.077 0.067 0.102 0.175 0.211 0.276 0.091 43 K 0.162 0.141 0.131 0.179 0.184 0.156 0.047 44 Y 0.156 0.120 0.122 0.155 0.184 0.197 0.067 45 A 0.119 0.078 0.097 0.166 0.234 0.244 0.062 46 N 0.107 0.197 0.227 0.245 0.148 0.067 0.009 47 P 0.077 0.118 0.166 0.237 0.238 0.130 0.033 48 Y 0.085 0.129 0.169 0.206 0.213 0.157 0.041 49 D 0.165 0.244 0.215 0.189 0.114 0.057 0.015 50 Y 0.068 0.100 0.130 0.205 0.243 0.185 0.069 51 D 0.168 0.181 0.159 0.177 0.159 0.118 0.039 52 L 0.110 0.103 0.139 0.186 0.206 0.186 0.069 53 T 0.234 0.171 0.139 0.166 0.152 0.105 0.034 54 G 0.149 0.160 0.140 0.188 0.164 0.147 0.052 55 R 0.060 0.105 0.121 0.175 0.241 0.228 0.071 56 Q 0.081 0.178 0.222 0.246 0.172 0.077 0.023 57 A 0.044 0.079 0.113 0.208 0.253 0.233 0.070 58 I 0.010 0.011 0.018 0.057 0.174 0.485 0.245 59 R 0.014 0.051 0.105 0.250 0.303 0.227 0.051 60 D 0.013 0.048 0.100 0.233 0.333 0.234 0.040 61 E 0.003 0.008 0.020 0.070 0.253 0.487 0.159 62 V 0.001 0.005 0.009 0.030 0.121 0.532 0.302 63 L 0.010 0.047 0.115 0.250 0.311 0.231 0.036 64 L 0.005 0.019 0.054 0.167 0.300 0.361 0.094 65 A 0.003 0.005 0.008 0.028 0.109 0.459 0.388 66 I 0.007 0.025 0.063 0.165 0.240 0.339 0.161 67 E 0.017 0.064 0.119 0.239 0.288 0.217 0.057 68 L 0.005 0.015 0.033 0.116 0.304 0.386 0.140 69 A 0.004 0.012 0.040 0.144 0.299 0.384 0.117 70 R 0.033 0.174 0.239 0.281 0.165 0.086 0.021 71 K 0.067 0.202 0.216 0.243 0.185 0.073 0.014 72 V 0.016 0.070 0.133 0.251 0.331 0.179 0.020 73 K 0.053 0.264 0.322 0.229 0.103 0.028 0.002 74 P 0.027 0.090 0.163 0.288 0.273 0.140 0.020 75 D 0.013 0.060 0.114 0.231 0.306 0.235 0.041 76 V 0.002 0.005 0.014 0.046 0.154 0.451 0.328 77 I 0.007 0.009 0.014 0.040 0.103 0.319 0.507 78 H 0.011 0.023 0.042 0.085 0.127 0.274 0.438 79 L 0.019 0.023 0.031 0.062 0.123 0.331 0.412 80 D 0.023 0.040 0.055 0.109 0.195 0.352 0.225 81 S 0.041 0.066 0.085 0.141 0.224 0.293 0.151 82 T 0.064 0.128 0.183 0.204 0.196 0.167 0.057 83 L 0.052 0.085 0.133 0.219 0.239 0.212 0.060 84 G 0.069 0.130 0.154 0.214 0.215 0.162 0.056 85 G 0.069 0.095 0.140 0.199 0.222 0.183 0.091 86 I 0.036 0.035 0.057 0.098 0.163 0.350 0.262 87 E 0.056 0.065 0.076 0.164 0.245 0.255 0.139 88 L 0.029 0.038 0.063 0.113 0.206 0.332 0.219 89 R 0.063 0.081 0.116 0.193 0.218 0.217 0.111 90 K 0.137 0.161 0.171 0.174 0.146 0.137 0.074 91 L 0.196 0.147 0.152 0.181 0.160 0.121 0.043 92 D 0.265 0.190 0.137 0.150 0.149 0.095 0.014 93 E 0.323 0.224 0.164 0.145 0.092 0.044 0.007 94 P 0.407 0.213 0.133 0.117 0.071 0.045 0.014 95 T 0.319 0.194 0.152 0.153 0.112 0.060 0.009 96 I 0.394 0.164 0.125 0.128 0.121 0.058 0.009 97 D 0.536 0.242 0.118 0.065 0.028 0.010 0.002 98 A 0.465 0.188 0.126 0.112 0.066 0.038 0.005 99 L 0.384 0.200 0.145 0.131 0.090 0.044 0.007 100 G 0.498 0.234 0.115 0.087 0.046 0.018 0.002 101 I 0.438 0.172 0.126 0.129 0.093 0.037 0.005 102 S 0.450 0.249 0.156 0.092 0.039 0.012 0.001 103 D 0.460 0.232 0.142 0.103 0.046 0.014 0.002 104 K 0.420 0.259 0.164 0.100 0.042 0.013 0.002 105 G 0.439 0.176 0.115 0.129 0.090 0.044 0.007 106 K 0.425 0.253 0.158 0.104 0.043 0.015 0.002 107 E 0.334 0.233 0.167 0.132 0.094 0.035 0.005 108 V 0.187 0.137 0.145 0.206 0.180 0.126 0.019 109 W 0.192 0.106 0.103 0.169 0.202 0.192 0.036 110 K 0.289 0.215 0.175 0.147 0.102 0.058 0.015 111 E 0.331 0.212 0.171 0.147 0.093 0.039 0.006 112 L 0.290 0.147 0.127 0.173 0.157 0.094 0.011 113 S 0.343 0.186 0.135 0.154 0.104 0.067 0.011 114 K 0.465 0.247 0.145 0.087 0.041 0.013 0.002 115 D 0.247 0.203 0.187 0.172 0.126 0.057 0.007 116 L 0.109 0.098 0.102 0.188 0.251 0.222 0.030 117 Q 0.106 0.161 0.214 0.246 0.179 0.083 0.010 118 P 0.179 0.260 0.231 0.171 0.106 0.046 0.008 119 L 0.078 0.084 0.119 0.227 0.286 0.174 0.032 120 A 0.052 0.043 0.049 0.133 0.298 0.341 0.084 121 R 0.092 0.218 0.241 0.251 0.135 0.052 0.011 122 K 0.155 0.223 0.197 0.199 0.138 0.069 0.019 123 F 0.044 0.049 0.055 0.108 0.210 0.365 0.169 124 W 0.085 0.100 0.103 0.185 0.213 0.220 0.095 125 E 0.260 0.292 0.191 0.125 0.071 0.043 0.018 126 E 0.214 0.171 0.133 0.144 0.145 0.135 0.058 127 T 0.069 0.099 0.117 0.186 0.207 0.225 0.098 128 N 0.070 0.120 0.156 0.222 0.201 0.159 0.072 129 I 0.060 0.074 0.105 0.166 0.213 0.231 0.150 130 E 0.060 0.067 0.087 0.164 0.232 0.232 0.158 131 I 0.032 0.031 0.052 0.087 0.147 0.321 0.330 132 V 0.023 0.031 0.058 0.103 0.163 0.314 0.308 133 A 0.015 0.022 0.032 0.078 0.175 0.342 0.336 134 I 0.024 0.028 0.047 0.100 0.188 0.339 0.273 135 G 0.055 0.063 0.074 0.126 0.176 0.297 0.211 136 K 0.078 0.111 0.158 0.212 0.194 0.169 0.080 137 S 0.085 0.082 0.113 0.165 0.268 0.216 0.070 138 S 0.065 0.076 0.094 0.148 0.204 0.293 0.120 139 V 0.048 0.060 0.082 0.207 0.233 0.265 0.106 140 P 0.114 0.145 0.151 0.161 0.191 0.172 0.066 141 V 0.096 0.079 0.094 0.165 0.230 0.235 0.102 142 R 0.117 0.073 0.067 0.119 0.185 0.292 0.148 143 I 0.100 0.071 0.085 0.136 0.177 0.273 0.158 144 A 0.096 0.112 0.120 0.173 0.218 0.200 0.081 145 E 0.048 0.070 0.099 0.163 0.220 0.262 0.137 146 I 0.027 0.030 0.040 0.088 0.174 0.373 0.269 147 Y 0.058 0.077 0.089 0.137 0.195 0.277 0.167 148 A 0.051 0.063 0.066 0.111 0.186 0.297 0.226 149 G 0.040 0.046 0.064 0.107 0.169 0.298 0.276 150 I 0.035 0.033 0.037 0.079 0.154 0.318 0.345 151 Y 0.009 0.012 0.021 0.052 0.112 0.305 0.488 152 S 0.005 0.014 0.025 0.068 0.124 0.279 0.485 153 A 0.003 0.006 0.013 0.029 0.074 0.329 0.546 154 K 0.007 0.019 0.041 0.107 0.183 0.325 0.318 155 W 0.005 0.012 0.039 0.090 0.194 0.391 0.270 156 G 0.003 0.008 0.015 0.058 0.178 0.461 0.277 157 I 0.002 0.006 0.017 0.079 0.281 0.500 0.116 158 E 0.006 0.066 0.125 0.235 0.287 0.225 0.057 159 N 0.012 0.096 0.268 0.340 0.197 0.080 0.008 160 V 0.007 0.033 0.075 0.295 0.437 0.148 0.005 161 E 0.160 0.416 0.275 0.119 0.027 0.002 0.001 162 K 0.602 0.298 0.076 0.021 0.003 0.001 0.001 163 E 0.436 0.438 0.109 0.016 0.002 0.001 0.001 164 G 0.113 0.377 0.317 0.162 0.030 0.002 0.001 165 H 0.006 0.055 0.174 0.372 0.311 0.080 0.002 166 L 0.001 0.003 0.012 0.068 0.245 0.540 0.131 167 I 0.001 0.001 0.005 0.019 0.085 0.449 0.440 168 I 0.001 0.001 0.003 0.010 0.038 0.269 0.679 169 G 0.002 0.005 0.012 0.037 0.101 0.328 0.514 170 L 0.009 0.015 0.031 0.063 0.156 0.376 0.349 171 P 0.029 0.047 0.081 0.149 0.234 0.296 0.165 172 R 0.073 0.117 0.180 0.241 0.200 0.154 0.036 173 Y 0.167 0.153 0.145 0.171 0.206 0.142 0.016 174 M 0.233 0.183 0.158 0.182 0.150 0.082 0.012 175 E 0.428 0.259 0.151 0.105 0.040 0.014 0.002 176 V 0.452 0.190 0.126 0.106 0.085 0.036 0.005